genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  87  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27126498--27126625	12	10.4	12	74	9	62	10	9	7	73	1.25
27126591--27126624	6	5.7	6	100	0	68	14	0	14	70	1.17
27126556--27126632	18	4.4	17	72	6	64	11	6	10	71	1.30
27127403--27127459	25	2.2	25	84	9	71	54	5	17	22	1.63
27137179--27137235	26	2.2	25	90	6	96	31	15	3	49	1.62
27139047--27139149	19	5.5	18	70	15	66	66	1	3	28	1.20
27139047--27139147	38	2.7	37	80	4	114	66	1	3	27	1.20
27138963--27139150	9	20.0	9	67	21	57	63	1	2	32	1.18
27139345--27139427	19	4.5	18	70	19	55	26	2	0	71	0.99
27139345--27139400	19	3.0	19	80	12	62	28	1	0	69	0.98
27139865--27139916	25	2.1	25	100	0	104	26	15	11	46	1.80
27141281--27141314	6	5.7	6	96	0	59	20	47	14	17	1.83
27141505--27141540	19	1.9	19	88	5	56	55	8	11	25	1.62
27143437--27143490	23	2.3	23	96	0	99	18	25	3	51	1.62
27143719--27143958	50	4.7	50	79	4	205	24	27	20	27	1.99
27143768--27143953	100	1.8	103	83	6	252	24	27	20	27	1.99
27161872--27162062	50	3.8	50	78	4	172	21	26	22	28	1.99
27163406--27163442	5	7.4	5	100	0	74	43	0	0	56	0.99
27165380--27165409	10	3.0	10	95	0	51	50	43	0	6	1.28
27167696--27167737	18	2.3	18	80	12	50	4	0	19	76	0.96
27169583--27169648	32	2.1	32	97	0	123	56	13	13	16	1.68
27170165--27170214	25	2.0	26	88	4	75	34	18	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27172174--27172218	17	2.6	17	92	0	72	35	11	20	33	1.88
27173694--27173800	37	2.8	39	80	13	127	37	0	6	55	1.32
27173831--27173864	12	2.8	12	83	16	52	50	0	0	50	1.00
27179159--27179286	67	1.9	67	88	3	195	22	22	25	29	1.99
27181581--27181727	58	2.6	58	93	2	244	37	19	8	35	1.81
27185211--27185269	24	2.5	24	76	15	61	37	16	20	25	1.93
27185236--27185281	24	1.9	24	86	0	65	30	21	19	28	1.98
27186425--27186482	17	3.2	17	76	21	55	56	1	0	41	1.09
27186452--27186487	17	2.1	17	90	10	56	61	0	0	38	0.96
27187257--27187412	27	5.8	27	80	0	150	19	28	19	32	1.96
27187257--27187412	81	1.9	81	82	0	195	19	28	19	32	1.96
27187242--27187421	27	6.7	26	73	13	107	20	27	20	32	1.97
27190016--27190167	40	3.8	41	81	7	161	21	23	26	28	1.99
27190031--27190141	41	2.8	40	82	9	129	20	23	27	27	1.99
27191682--27191744	20	3.1	20	77	11	74	50	0	4	44	1.23
27191685--27191744	10	5.8	10	78	11	59	48	0	5	46	1.24
27196845--27196933	42	2.1	42	83	8	110	22	14	30	32	1.94
27196822--27197049	115	2.0	116	88	1	341	25	13	23	37	1.91
27196973--27197157	43	4.3	43	78	5	185	21	18	29	29	1.97
27197232--27197274	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
27206989--27207045	20	2.8	19	76	10	60	71	1	3	22	1.10
27206990--27207069	42	1.9	41	82	14	101	75	1	3	20	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27207585--27207659	19	3.8	19	87	6	105	37	14	9	38	1.79
27207588--27207669	19	4.3	18	83	8	58	37	14	10	36	1.82
27207943--27208194	128	2.0	128	81	3	301	29	21	19	29	1.97
27208478--27209115	44	14.5	44	76	5	572	29	26	15	28	1.96
27208486--27208993	132	3.8	132	90	2	770	28	26	15	28	1.96
27208475--27209115	220	2.9	219	83	2	714	29	26	15	27	1.96
27208478--27209100	132	4.7	130	88	2	725	30	26	15	27	1.96
27214838--27214910	26	3.0	24	77	16	80	63	5	1	30	1.26
27214976--27215053	24	3.4	22	82	10	93	73	1	2	23	1.03
27215569--27215664	21	4.8	19	91	5	120	37	15	9	37	1.80
27215580--27215663	21	4.1	21	93	6	154	38	14	9	38	1.78
27215569--27215664	40	2.4	38	85	10	138	37	15	9	37	1.80
27217148--27217232	9	9.4	9	79	5	100	43	21	8	27	1.80
27217148--27217232	18	4.7	18	88	0	116	43	21	8	27	1.80
27228049--27228097	25	2.0	25	95	0	89	38	20	20	20	1.93
27232502--27232540	21	1.9	20	85	15	53	48	23	5	23	1.70
27236334--27236628	47	6.2	47	87	2	401	31	8	30	29	1.87
27236337--27236573	96	2.5	96	95	0	429	32	8	29	30	1.86
27240234--27240280	24	2.0	24	83	8	60	34	0	12	53	1.39
27240293--27240325	14	2.4	14	90	10	50	45	0	3	51	1.16
27242085--27242136	21	2.4	22	84	12	63	71	15	5	7	1.29
27242089--27242136	24	2.0	24	88	4	71	70	16	6	6	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27242763--27242800	11	3.5	11	92	0	67	47	0	28	23	1.52
27242763--27242806	22	2.0	23	95	4	81	45	0	29	25	1.54
27248840--27248899	31	1.9	32	82	3	77	53	0	28	18	1.45
27252844--27252885	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
27256577--27256622	24	1.9	24	86	0	65	47	15	26	10	1.78
27277233--27277350	45	2.6	45	78	13	120	27	18	25	27	1.98
27277236--27277793	44	12.8	45	69	16	137	28	19	24	27	1.98
27277327--27277837	44	11.8	44	70	10	194	28	19	23	27	1.99
27277140--27277917	217	3.6	217	90	1	1193	28	20	23	27	1.99
27278181--27278219	15	2.6	15	100	0	78	38	28	15	17	1.91
27287161--27287285	41	3.0	41	86	4	180	19	27	19	34	1.95
27288933--27289119	51	3.7	50	75	16	179	25	16	26	31	1.96
27294534--27294701	51	3.3	51	75	7	173	22	16	29	32	1.95
27294711--27294799	45	2.0	45	93	0	151	25	15	24	33	1.95
27313297--27313551	39	6.5	39	84	8	308	30	3	20	44	1.69
27313299--27313551	117	2.2	117	86	3	348	30	3	20	45	1.69
27313295--27313552	78	3.3	78	88	4	369	31	3	20	44	1.69
27324264--27324530	29	9.1	29	82	2	239	37	14	24	23	1.92
27324273--27324483	87	2.4	87	88	3	300	37	12	25	23	1.91
27349187--27349226	22	2.0	20	85	14	55	55	22	2	20	1.56
27349943--27350042	43	2.3	43	98	0	191	36	29	16	19	1.93
27356436--27356589	43	3.6	43	80	3	175	33	26	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27356431--27356589	86	1.8	86	84	0	219	33	27	18	20	1.96
27361467--27361523	30	1.9	30	82	7	71	14	33	31	21	1.92
27365996--27366093	27	3.5	28	87	5	119	24	13	28	33	1.93
27366024--27366106	27	3.0	27	84	5	87	28	12	25	33	1.92
27371860--27371890	13	2.4	13	94	0	53	58	12	3	25	1.50
27374529--27374583	24	2.2	25	93	6	103	41	14	12	30	1.83
27374891--27374945	4	13.8	4	100	0	110	49	25	0	25	1.51
27388445--27388494	22	2.3	22	85	0	64	20	10	8	62	1.52
27391346--27391373	6	4.7	6	100	0	56	17	0	46	35	1.49
27391346--27391380	18	1.9	18	88	0	52	20	0	42	37	1.52
27392339--27392383	10	4.8	10	81	15	60	60	8	0	31	1.28
27392379--27392432	28	1.9	28	85	7	74	64	3	0	31	1.11
27392399--27392441	21	2.1	20	82	4	50	65	2	0	32	1.06
27392398--27392457	18	3.3	18	79	9	61	65	1	0	33	1.03
27392515--27392550	8	4.6	8	86	6	56	63	0	0	36	0.94
27393968--27394124	43	3.7	43	89	1	244	34	28	17	19	1.95
27393970--27394128	85	1.9	85	93	0	273	33	28	18	19	1.95
27395109--27395193	40	2.1	40	86	4	118	51	14	5	28	1.65
27395200--27395545	86	4.0	85	85	5	288	41	16	9	32	1.81
27399299--27399380	10	7.8	10	84	15	96	42	6	0	51	1.26
27399299--27399380	22	3.9	22	89	9	118	42	6	0	51	1.26
27399898--27400088	14	13.4	14	68	13	77	45	31	2	20	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27399898--27399939	21	2.0	20	90	4	66	47	35	2	14	1.57
27399977--27400030	7	7.6	7	77	4	54	50	29	0	20	1.49
27399899--27399939	20	2.0	22	90	4	50	48	34	2	14	1.57
27400269--27400470	41	5.0	41	85	5	252	31	26	20	22	1.98
27400268--27400468	82	2.5	79	87	5	287	31	26	19	22	1.98
27401262--27401312	13	3.8	13	75	17	50	68	1	3	25	1.17
27410906--27410949	22	1.9	22	81	9	52	27	0	29	43	1.55
27410915--27410958	22	2.0	22	86	0	61	29	0	27	43	1.55
27410957--27411003	23	2.0	23	84	8	60	36	0	29	34	1.58
27411942--27411972	5	6.2	5	92	0	53	41	16	19	22	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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