genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  217  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68546237--68547787	132	11.8	132	85	3	1100	29	26	17	27	1.97
68565580--68565632	26	2.0	27	81	7	63	32	18	5	43	1.74
68571208--68571237	12	2.5	12	100	0	60	50	10	0	40	1.36
68574150--68574358	46	4.6	46	90	1	305	34	14	21	30	1.93
68576014--68576047	17	2.0	17	94	0	59	44	17	14	23	1.86
68582454--68582497	20	2.2	21	88	11	67	31	0	2	65	1.05
68582634--68582681	22	2.2	21	85	7	60	66	2	2	29	1.14
68583785--68583824	21	2.0	21	90	5	64	62	7	5	25	1.42
68587206--68587247	21	2.0	20	86	13	59	61	4	0	33	1.17
68588826--68588867	17	2.5	17	81	11	52	35	2	0	61	1.09
68590382--68590432	24	2.1	24	82	7	59	35	13	15	35	1.87
68590859--68590974	32	3.3	34	76	20	114	63	0	3	32	1.11
68590865--68591009	41	3.5	41	77	15	163	66	0	3	30	1.08
68590859--68590934	33	2.3	33	84	13	95	64	0	3	31	1.12
68590865--68590921	20	2.8	20	70	2	60	73	0	1	24	0.92
68605730--68606618	381	2.3	381	96	0	1652	33	16	25	24	1.96
68608916--68609479	222	2.5	222	89	1	853	35	13	25	26	1.92
68620657--68620738	42	2.0	42	95	2	148	23	6	6	64	1.39
68622695--68622884	60	3.1	63	75	15	177	47	14	15	22	1.81
68625549--68625591	9	4.8	9	88	0	59	25	9	25	39	1.85
68628516--68628708	66	3.0	66	85	3	241	44	8	31	16	1.78
68633591--68633621	16	1.9	16	100	0	62	32	6	6	54	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68635849--68635881	13	2.6	13	95	4	59	39	21	9	30	1.84
68636724--68636757	6	5.7	6	92	0	50	29	5	35	29	1.81
68640684--68640730	24	2.0	24	82	0	58	70	0	27	2	0.99
68640827--68640867	21	2.0	21	85	0	55	75	14	9	0	1.04
68641002--68641066	15	4.2	15	74	18	62	80	0	20	0	0.72
68641002--68641062	12	5.5	11	75	19	56	80	0	19	0	0.72
68641002--68641066	10	6.3	10	78	19	62	80	0	20	0	0.72
68641212--68641249	16	2.3	17	86	4	51	23	0	2	73	0.95
68641415--68641456	21	2.0	20	90	4	66	35	14	9	40	1.78
68641415--68641456	20	2.1	19	86	8	57	35	14	9	40	1.78
68641562--68641630	36	1.9	35	88	2	102	28	14	11	44	1.80
68641562--68641913	17	19.9	17	68	15	180	30	14	10	44	1.79
68641856--68641964	18	6.4	16	70	17	60	27	11	12	48	1.75
68641885--68641969	33	2.5	33	83	9	100	34	9	9	47	1.68
68641918--68641970	15	3.3	15	73	14	52	41	7	9	41	1.66
68643949--68643984	4	9.0	4	93	0	63	25	22	0	52	1.47
68647951--68648040	1	90.0	1	68	0	54	84	8	6	0	0.78
68647951--68648040	9	9.8	9	84	7	92	84	8	6	0	0.78
68648892--68649578	77	8.8	77	87	6	920	28	15	18	38	1.91
68648895--68649578	236	2.9	232	88	4	997	28	15	18	38	1.91
68648910--68649578	157	4.3	156	87	5	905	28	15	18	37	1.91
68649763--68649901	30	4.7	30	86	3	183	31	24	5	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68650252--68650302	3	17.0	3	76	15	52	68	0	31	0	0.90
68650252--68650288	14	2.8	13	91	4	56	64	0	35	0	0.94
68650255--68650301	24	2.0	24	91	0	76	68	0	31	0	0.90
68650571--68650639	10	6.5	11	74	15	58	79	0	20	0	0.73
68650585--68650669	9	9.0	9	80	16	52	78	0	21	0	0.74
68650569--68650659	11	7.9	11	74	16	78	79	0	20	0	0.74
68650578--68650666	32	2.8	30	75	16	74	79	0	20	0	0.73
68650814--68650851	16	2.3	17	86	4	51	23	0	2	73	0.95
68651018--68651059	21	2.0	20	95	4	75	35	16	9	38	1.81
68651018--68651059	20	2.1	19	91	8	66	35	16	9	38	1.81
68651165--68651517	17	19.9	18	68	11	196	31	13	9	45	1.77
68651508--68651566	18	3.4	18	72	13	61	27	8	11	52	1.66
68651215--68651566	34	10.1	33	74	12	160	31	13	9	45	1.76
68651459--68651566	33	3.2	33	83	10	105	27	11	12	48	1.76
68657457--68657495	21	1.9	20	84	5	51	46	0	5	48	1.24
68658603--68658670	30	2.3	29	84	2	82	50	2	10	36	1.52
68658612--68658670	29	2.0	30	86	3	84	52	1	8	37	1.42
68664676--68664732	30	1.9	30	89	7	89	50	3	15	29	1.61
68666169--68666239	35	2.0	35	100	0	142	14	2	19	63	1.42
68669268--68669354	32	2.7	32	71	11	79	39	9	11	40	1.73
68671988--68672021	15	2.3	15	94	0	59	58	11	14	14	1.63
68672113--68672168	18	3.1	19	76	20	57	69	5	5	19	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68673014--68673055	9	4.9	9	82	5	52	88	11	0	0	0.53
68673017--68673054	15	2.6	14	91	8	58	89	10	0	0	0.49
68673020--68673055	10	3.5	10	96	3	63	88	11	0	0	0.50
68673751--68673775	12	2.1	12	100	0	50	24	20	24	32	1.98
68676363--68676401	17	2.2	19	86	9	55	64	0	2	33	1.08
68676944--68676993	25	2.0	25	84	7	66	66	2	8	24	1.29
68678524--68678562	3	13.0	3	83	0	51	5	30	2	61	1.31
68679694--68680216	204	2.6	205	90	1	791	26	14	21	37	1.92
68683519--68683579	31	2.0	31	86	0	86	19	8	24	47	1.76
68695563--68695612	19	2.6	19	78	6	57	64	6	8	22	1.43
68696756--68696954	96	2.1	96	86	0	272	31	29	15	24	1.95
68696852--68697246	123	3.3	120	78	10	436	28	31	14	25	1.95
68696980--68697196	108	2.0	108	90	0	344	27	33	12	26	1.92
68698125--68698171	22	2.1	22	96	0	85	31	10	8	48	1.68
68706552--68706603	9	5.8	9	95	0	86	23	9	28	38	1.86
68706788--68707093	90	3.4	86	76	12	280	48	15	10	26	1.77
68706957--68707375	141	3.0	140	80	5	411	46	17	9	26	1.78
68707239--68707801	184	3.0	187	78	9	471	42	15	8	33	1.76
68707239--68708212	91	10.6	90	71	11	455	44	14	7	33	1.73
68707264--68707950	92	7.4	93	73	11	395	43	13	7	35	1.73
68707264--68707950	279	2.5	277	79	7	659	43	13	7	35	1.73
68707976--68708273	93	3.2	90	73	12	230	44	13	7	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68708439--68709094	92	7.3	90	71	12	336	46	13	8	30	1.73
68708439--68708854	91	4.6	91	75	10	325	46	12	9	32	1.72
68710490--68710540	13	3.9	13	72	10	50	39	19	3	37	1.70
68711408--68711452	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
68714863--68715038	46	3.8	46	89	1	273	28	25	10	35	1.89
68714863--68715038	91	1.9	91	90	0	280	28	25	10	35	1.89
68716234--68716280	17	2.8	17	90	3	69	55	17	0	27	1.42
68717298--68717372	34	2.2	33	84	9	98	25	29	1	44	1.63
68717298--68717374	22	3.5	22	81	18	97	25	28	1	44	1.62
68717298--68717374	11	6.9	11	74	21	72	25	28	1	44	1.62
68728710--68728922	40	5.3	39	73	7	156	33	18	21	26	1.96
68728710--68729050	123	2.7	124	83	5	378	35	18	20	25	1.95
68729852--68729894	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
68730002--68730042	9	4.6	9	87	0	55	24	4	21	48	1.69
68733341--68733373	13	2.4	14	85	10	50	45	21	6	27	1.75
68740561--68740633	30	2.4	30	83	0	83	35	23	4	36	1.74
68740803--68740843	19	2.4	17	88	12	57	82	4	12	0	0.81
68741139--68741199	7	8.0	7	74	16	50	78	1	19	0	0.83
68741154--68741200	17	2.8	16	81	9	58	82	2	14	0	0.75
68741354--68741395	14	3.1	14	80	19	61	26	35	33	4	1.77
68741485--68741553	21	3.5	18	76	23	68	79	1	18	0	0.80
68741506--68741558	14	3.7	14	80	5	61	81	1	16	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68741521--68741561	7	5.7	7	83	16	57	85	0	14	0	0.60
68741486--68741560	18	3.8	18	71	20	60	81	1	17	0	0.76
68741710--68741751	19	2.2	19	83	8	50	33	0	0	66	0.92
68741864--68741955	18	4.9	18	70	20	73	32	14	11	41	1.82
68741867--68741909	22	2.0	21	95	4	77	37	11	13	37	1.82
68741864--68741967	37	2.8	37	81	8	122	35	12	10	41	1.78
68741920--68741967	18	2.6	19	80	6	62	41	10	8	39	1.69
68742069--68742171	20	5.4	20	72	16	69	42	13	9	33	1.77
68742104--68742183	20	3.8	21	77	9	83	40	15	8	36	1.78
68743943--68743999	26	2.1	27	87	9	82	24	10	21	43	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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