genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68222053--68222099	23	2.0	23	91	0	76	31	6	19	42	1.76
68223056--68223082	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
68224497--68224562	25	2.6	25	73	0	69	25	25	16	31	1.96
68231953--68232002	21	2.4	20	74	9	55	48	2	0	50	1.12
68231959--68232007	21	2.5	19	76	20	55	46	2	0	51	1.12
68234580--68234664	32	2.6	33	80	17	90	34	1	0	64	1.01
68234580--68234643	16	3.9	16	75	15	51	35	0	0	64	0.94
68234602--68234705	23	4.7	22	69	19	72	33	2	0	62	1.16
68234594--68234651	27	2.2	26	81	3	62	34	1	0	63	1.04
68240897--68240957	27	2.2	28	88	8	90	34	29	9	26	1.88
68240914--68240974	27	2.3	26	82	5	68	36	27	9	26	1.88
68254987--68255110	64	2.0	63	90	6	200	33	4	12	49	1.62
68255440--68255489	18	2.6	21	72	21	54	40	2	0	58	1.10
68273874--68273929	21	2.7	21	85	0	85	26	8	35	28	1.87
68274098--68274254	30	5.2	29	87	7	224	36	10	1	51	1.47
68274098--68274254	61	2.6	60	90	4	235	36	10	1	51	1.47
68275192--68275237	23	2.0	23	87	4	67	60	0	4	34	1.16
68286747--68286845	49	2.0	49	92	3	164	30	11	18	40	1.85
68293054--68293094	21	2.0	21	90	4	66	29	0	7	63	1.21
68298574--68298682	42	2.6	40	78	8	110	33	22	20	23	1.97
68298578--68298696	42	2.9	42	73	6	107	34	24	18	22	1.96
68303054--68303117	29	2.2	29	83	8	76	32	4	4	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68305314--68305385	27	2.6	27	78	10	74	43	0	4	52	1.20
68309183--68309230	21	2.3	20	79	10	51	10	8	12	68	1.39
68309453--68309486	16	2.1	17	88	5	52	73	0	0	26	0.83
68310185--68310219	15	2.5	13	90	9	52	28	0	2	68	1.04
68311937--68312090	75	2.1	74	98	1	299	38	10	20	29	1.86
68312439--68312487	19	2.5	19	80	6	53	30	0	2	67	1.02
68312561--68312608	21	2.2	22	82	10	64	52	4	0	43	1.20
68320050--68320151	42	2.4	42	74	8	100	56	14	4	23	1.57
68321550--68321593	22	2.0	22	90	0	70	38	18	18	25	1.92
68331192--68331285	47	2.0	47	91	0	152	34	13	25	26	1.94
68332996--68333203	109	1.9	109	92	2	346	33	20	16	29	1.95
68333187--68333229	18	2.4	18	80	0	50	34	13	6	44	1.72
68333642--68333751	8	14.0	8	75	11	50	54	4	5	35	1.44
68333714--68333761	10	4.5	10	77	12	51	64	0	4	31	1.12
68335469--68335981	88	5.8	88	91	2	818	25	24	23	26	2.00
68335469--68335981	175	2.9	175	92	1	841	25	24	23	26	2.00
68335469--68335990	263	2.0	263	96	0	956	25	24	23	26	2.00
68340679--68340727	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
68342094--68342301	109	1.9	109	92	2	346	33	20	16	29	1.95
68342285--68342327	18	2.4	18	80	0	50	34	13	6	44	1.72
68342739--68342850	8	14.0	8	75	11	52	54	4	5	35	1.43
68342813--68342860	10	4.5	10	77	12	51	64	0	4	31	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68342940--68343016	30	2.6	30	73	6	75	55	14	20	9	1.66
68347173--68347284	57	2.0	57	96	0	206	45	14	8	31	1.75
68347437--68347486	26	2.0	25	84	4	64	62	6	8	24	1.46
68347730--68348637	304	3.0	298	80	5	931	37	11	15	35	1.83
68350171--68350257	22	4.2	21	82	11	99	31	0	11	57	1.34
68350195--68350251	19	2.9	19	86	2	78	33	0	14	52	1.41
68350316--68350373	22	2.9	19	72	22	55	32	1	13	51	1.51
68350326--68350462	21	6.0	21	74	18	121	30	1	13	54	1.49
68350292--68350474	47	3.8	46	83	8	213	32	1	13	53	1.48
68350382--68350491	47	2.4	46	71	11	100	30	1	12	54	1.48
68350294--68350476	95	1.9	97	88	5	273	31	1	13	53	1.50
68354713--68354754	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
68355135--68355330	27	7.8	26	76	18	193	53	13	1	31	1.49
68355139--68355332	49	3.9	49	87	7	286	54	13	1	30	1.49
68355140--68355332	97	2.0	100	92	3	329	54	13	1	30	1.48
68355156--68355213	22	2.9	19	76	14	62	51	12	1	34	1.49
68355253--68355310	22	2.9	19	76	14	62	53	13	1	31	1.50
68355369--68355455	20	4.2	21	82	11	99	57	11	0	31	1.34
68376159--68376240	39	2.0	41	88	4	123	51	9	0	39	1.35
68379923--68380000	38	2.1	38	100	0	156	33	25	7	33	1.84
68396015--68396047	10	3.3	10	95	0	57	42	27	0	30	1.56
68414523--68414791	131	2.0	132	86	3	373	39	15	21	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68416902--68417011	39	2.8	39	80	2	114	34	19	17	29	1.94
68427705--68427747	22	2.0	22	90	4	70	67	0	0	32	0.91
68427788--68427828	21	2.0	21	85	9	57	68	0	0	31	0.90
68427796--68427838	21	2.1	21	86	4	61	65	0	0	34	0.93
68428496--68428553	20	2.8	20	80	17	57	53	3	1	41	1.28
68428521--68428609	30	3.0	30	85	9	103	62	0	3	33	1.11
68430974--68431115	20	7.7	19	72	20	90	42	9	8	39	1.69
68431067--68431102	17	2.1	17	89	0	54	44	11	5	38	1.63
68431028--68431112	37	2.2	40	85	6	113	38	10	9	41	1.72
68431082--68431124	21	2.0	21	86	4	59	48	6	2	41	1.43
68431186--68431299	56	2.1	54	86	3	156	42	8	14	34	1.76
68431151--68431391	18	13.5	18	68	14	142	43	9	13	33	1.77
68431243--68431334	34	2.7	35	88	6	134	43	8	11	35	1.73
68431244--68431369	34	3.7	34	83	10	107	44	8	11	35	1.71
68432201--68432250	13	3.9	13	80	15	59	2	24	0	74	0.93
68432200--68432247	25	2.0	25	83	4	62	2	25	0	72	0.95
68432330--68432374	16	2.9	16	86	3	56	0	22	2	75	0.91
68432781--68432912	29	4.5	29	70	8	70	45	6	17	30	1.74
68444470--68444539	31	2.3	31	80	5	79	54	10	7	28	1.60
68444691--68444731	21	2.0	21	90	0	64	56	4	2	36	1.34
68453308--68453351	20	2.1	21	83	4	54	36	4	11	47	1.60
68454927--68454993	33	2.0	33	82	5	82	25	7	14	52	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68457769--68457835	19	3.5	19	70	8	55	52	4	13	29	1.60
68463296--68463429	47	2.8	48	76	6	139	36	12	21	29	1.90
68484907--68484942	15	2.4	15	85	0	54	52	0	16	30	1.44
68486331--68486397	33	2.0	33	91	0	107	13	23	8	53	1.68
68488677--68488740	22	2.9	22	83	0	74	42	20	25	12	1.87
68490114--68490165	25	2.1	25	92	7	88	25	26	9	38	1.86
68492607--68492634	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
68492767--68492806	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
68492732--68492798	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
68499793--68500568	275	2.8	269	81	6	837	33	27	7	31	1.84
68502196--68502260	29	2.1	29	83	8	76	60	1	0	38	1.07
68502178--68502264	32	2.6	34	74	20	85	57	1	1	40	1.14
68510913--68510937	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
68511044--68511101	3	20.3	3	79	13	61	65	1	1	31	1.13
68512359--68513790	132	10.8	132	95	0	2459	29	25	17	27	1.97
68513798--68514269	134	3.5	134	95	0	809	28	22	21	27	1.99
68514008--68514201	46	4.3	46	67	10	148	30	24	20	25	1.98
68514173--68514330	45	3.4	45	65	17	115	28	23	18	29	1.98
68514171--68514360	95	2.0	96	95	2	346	28	22	19	28	1.98
68514433--68514566	42	3.1	42	61	19	96	24	23	25	26	2.00
68514357--68514620	86	3.1	86	91	0	411	26	24	21	26	2.00
68521117--68521141	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68521249--68521306	3	20.3	3	79	13	61	65	1	1	31	1.13
68524082--68524133	10	5.0	10	73	17	52	32	0	1	65	1.04
68524126--68524166	20	2.0	21	85	4	57	46	2	2	48	1.28
68527101--68527130	6	5.2	6	92	8	53	86	0	13	0	0.57
68527098--68527132	12	2.8	12	86	4	52	85	0	14	0	0.59
68533213--68533264	26	2.0	26	100	0	104	23	19	30	26	1.98
68538594--68538626	16	2.0	17	88	5	50	39	0	6	54	1.25
68540699--68540748	18	2.8	17	82	8	64	58	0	10	32	1.31
68546227--68547788	87	17.8	87	76	7	792	29	26	17	27	1.97
68546589--68547257	219	3.1	219	88	1	898	29	26	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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