genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  180  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57665040--57665094	28	2.0	28	85	7	76	29	5	23	41	1.76
57668334--57668363	11	2.7	11	89	0	51	30	0	0	70	0.88
57668613--57668758	50	2.9	51	71	7	136	23	17	23	35	1.95
57668932--57669220	46	6.7	41	69	11	132	29	19	19	32	1.96
57668775--57669230	175	2.6	175	89	0	673	29	19	18	33	1.95
57668937--57669179	44	5.5	45	70	11	171	29	17	19	33	1.95
57689697--57689784	19	4.7	20	66	27	59	57	7	0	34	1.28
57689697--57689740	22	2.2	19	84	12	52	59	6	0	34	1.24
57689748--57689825	15	5.5	15	70	20	51	57	6	0	35	1.24
57689704--57689824	56	2.2	56	100	0	242	58	7	0	33	1.26
57689740--57689800	22	2.8	23	78	12	74	57	6	0	36	1.25
57689733--57689814	22	3.6	23	75	12	71	60	6	0	32	1.21
57689736--57689816	19	4.3	18	67	22	51	59	6	0	34	1.23
57696215--57696248	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
57696295--57696335	20	2.1	19	86	13	57	36	21	0	41	1.54
57701045--57701110	25	2.5	27	78	9	64	24	3	10	62	1.42
57701340--57701369	15	2.0	15	93	0	51	16	0	6	76	0.99
57708175--57708237	30	2.1	30	90	0	99	49	6	20	23	1.72
57712390--57712467	39	2.0	39	97	0	147	34	25	8	30	1.87
57714315--57714466	35	4.3	35	84	0	178	39	29	12	18	1.87
57719707--57719745	19	2.1	18	90	9	60	69	0	2	28	1.02
57722371--57722431	29	2.1	29	81	0	68	29	3	3	63	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57722849--57722890	7	6.0	7	94	0	75	14	26	14	45	1.83
57725506--57725538	15	2.1	16	88	5	50	51	3	0	45	1.16
57730256--57730305	24	2.1	24	100	0	100	42	10	12	36	1.76
57730435--57730529	42	2.3	42	88	0	145	25	27	17	29	1.98
57739724--57739770	26	2.0	23	84	16	60	25	12	8	53	1.67
57742693--57742757	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
57743251--57743395	10	14.1	10	69	15	73	73	11	12	2	1.19
57743258--57743353	19	4.9	19	75	11	68	76	10	10	3	1.14
57743317--57743390	33	2.2	33	85	2	94	72	12	13	1	1.18
57743278--57743413	54	2.7	50	85	12	190	73	11	13	2	1.18
57743288--57743396	20	5.8	20	72	14	97	72	11	14	1	1.20
57743288--57743387	19	5.4	19	73	19	86	73	11	14	2	1.19
57743309--57743417	28	4.0	28	72	25	99	72	10	14	2	1.22
57746570--57746634	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
57747899--57748024	42	3.0	43	84	2	148	43	17	22	16	1.87
57755072--57755116	18	2.5	18	89	7	65	42	17	0	40	1.50
57758017--57758051	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
57764456--57764535	4	19.5	4	73	19	51	20	3	1	75	1.03
57764450--57764528	5	15.6	5	72	25	51	18	3	1	75	1.02
57764450--57764543	31	3.1	31	78	13	108	20	4	1	74	1.05
57764678--57764737	22	2.8	21	79	5	57	25	46	10	18	1.79
57765839--57765897	6	10.2	6	78	14	52	79	1	3	15	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57765839--57765901	23	2.8	22	81	9	74	79	1	3	15	0.94
57765843--57765884	16	2.5	17	92	3	68	78	2	0	19	0.86
57765843--57765891	16	2.9	16	78	6	53	79	2	2	16	0.92
57766453--57766487	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
57771396--57771525	5	26.0	5	96	0	242	40	0	20	40	1.52
57775852--57776241	51	7.7	51	82	6	443	29	26	15	28	1.96
57775850--57776241	102	3.9	102	90	2	499	29	26	15	28	1.96
57775850--57776241	153	2.6	151	83	5	493	29	26	15	28	1.96
57785311--57785356	20	2.3	20	84	0	56	41	17	17	23	1.90
57789440--57789473	12	2.9	11	91	8	50	8	26	44	20	1.81
57791575--57791941	46	7.6	49	85	10	440	34	13	22	29	1.92
57791575--57791930	98	3.6	98	93	0	586	34	13	21	30	1.92
57791905--57792050	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
57793306--57793449	49	2.9	49	90	1	207	22	13	30	32	1.93
57796572--57796938	46	7.6	49	85	10	440	34	13	22	29	1.92
57796572--57796927	98	3.6	98	93	0	586	34	13	21	30	1.92
57796902--57797047	37	4.0	37	91	1	233	36	16	22	24	1.94
57801620--57801740	38	3.2	38	68	13	104	48	5	11	33	1.63
57801388--57801679	137	2.1	138	91	1	471	45	5	9	40	1.59
57801602--57801755	76	2.0	76	92	0	254	46	5	10	37	1.60
57801823--57802037	75	2.9	73	88	5	317	31	14	9	44	1.78
57802361--57802425	33	2.0	33	96	0	121	36	26	12	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57805644--57805680	19	2.0	20	89	10	60	35	8	2	54	1.44
57807269--57807293	10	2.5	10	100	0	50	48	20	12	20	1.80
57812614--57812672	29	2.0	29	90	0	91	23	10	30	35	1.88
57826310--57826361	24	2.1	24	82	3	59	57	5	3	32	1.40
57826321--57826370	24	2.1	23	85	7	64	54	8	2	36	1.42
57826405--57826450	17	2.7	17	93	0	74	41	13	15	30	1.85
57828343--57828400	30	1.9	30	100	0	116	37	17	17	27	1.92
57835047--57835120	31	2.4	31	97	2	141	37	22	8	31	1.84
57835067--57835129	14	4.3	14	73	11	54	41	23	6	28	1.79
57845425--57845485	30	2.0	30	96	0	113	18	50	6	24	1.70
57846199--57846254	28	2.0	28	89	3	87	30	0	1	67	1.01
57865621--57865704	6	14.0	6	97	0	159	34	0	15	50	1.45
57868482--57868536	25	2.2	25	86	0	74	12	25	21	40	1.89
57868626--57868749	50	2.5	49	78	7	115	26	22	18	32	1.97
57878651--57878744	27	3.6	27	72	23	76	42	1	1	55	1.14
57878893--57879093	55	4.1	47	78	12	174	26	15	12	44	1.83
57878893--57879089	46	4.1	46	79	11	182	25	16	13	44	1.84
57878991--57879107	55	2.1	56	91	1	191	30	14	11	43	1.80
57882888--57882912	9	2.8	9	100	0	50	44	8	0	48	1.32
57884992--57885029	20	1.9	20	88	0	58	47	10	10	31	1.72
57892686--57892760	19	3.8	19	84	6	105	36	17	10	36	1.84
57893333--57893448	45	2.6	45	87	0	151	25	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57893567--57894360	88	9.0	88	90	0	1131	24	26	23	24	2.00
57901093--57901167	19	3.8	19	89	6	123	36	17	10	36	1.84
57903691--57903787	41	2.4	41	85	5	133	32	19	13	34	1.91
57905731--57905781	24	2.1	24	100	0	102	27	15	17	39	1.90
57907960--57907999	21	1.9	21	100	0	80	42	10	7	40	1.67
57929953--57929988	18	1.9	19	88	5	56	44	2	19	33	1.65
57932490--57932610	42	2.9	42	81	9	165	28	15	27	28	1.96
57938274--57938336	25	2.5	25	77	10	74	31	23	19	25	1.98
57943542--57943611	25	2.8	25	88	0	95	25	22	24	27	2.00
57949623--57949877	87	2.9	87	85	0	339	23	20	18	37	1.94
57949615--57949924	87	3.6	87	83	2	325	24	20	18	36	1.95
57951593--57951631	18	2.1	19	85	4	53	25	15	2	56	1.52
57952882--57952921	21	1.9	21	94	0	71	35	17	32	15	1.91
57954854--57955038	101	1.8	102	90	3	302	23	17	28	31	1.97
57954846--57955036	51	3.8	51	83	4	253	24	16	28	30	1.97
57955042--57955134	45	2.1	45	95	0	168	29	19	18	33	1.95
57981460--57981489	3	10.3	3	92	7	53	63	0	36	0	0.95
57981460--57981489	14	2.1	14	93	6	51	63	0	36	0	0.95
57982174--57982343	93	1.8	92	92	1	286	43	11	14	30	1.81
57989885--57989929	3	15.3	3	90	4	74	2	0	31	66	1.04
57993830--57993926	30	3.3	29	82	1	104	28	6	19	45	1.74
57993857--57993926	29	2.4	30	88	7	99	28	4	20	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57995191--57995229	21	1.9	21	85	15	55	33	5	2	58	1.33
57997719--57997747	9	3.3	9	95	4	51	79	0	0	20	0.74
57997718--57997757	14	2.9	14	92	3	64	77	2	0	20	0.88
57998043--57998104	28	2.2	27	86	11	81	48	1	9	40	1.46
57999638--57999691	28	2.0	28	85	7	76	61	3	1	33	1.25
58000217--58000302	19	4.2	21	86	10	81	38	17	6	37	1.77
58000220--58000264	23	2.0	22	91	4	72	40	17	4	37	1.70
58000243--58000315	19	3.8	19	96	0	128	38	16	8	36	1.79
58000632--58000976	44	7.8	44	67	8	182	30	24	16	28	1.97
58000543--58000978	132	3.3	132	93	1	725	30	23	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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