genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1499403--1499474	23	3.2	23	73	9	67	40	1	4	54	1.28
1499486--1499620	67	1.9	71	85	8	188	53	3	5	37	1.43
1499792--1499832	13	3.1	14	75	13	50	51	0	2	46	1.14
1500228--1500271	20	2.2	20	84	8	54	9	6	2	81	0.94
1507479--1507544	31	2.1	31	100	0	132	45	12	9	33	1.73
1512340--1512366	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1527864--1527897	17	2.0	17	94	0	59	29	14	14	41	1.86
1528791--1528832	21	2.0	21	85	0	57	42	0	16	40	1.48
1529395--1529453	24	2.5	24	88	0	91	16	28	20	33	1.95
1531636--1531707	36	2.0	36	97	0	135	25	12	29	33	1.92
1533843--1533894	26	2.0	26	88	3	79	69	0	1	28	0.99
1534536--1534585	16	2.7	18	75	25	59	34	0	4	62	1.14
1535925--1535972	15	3.3	15	77	16	64	35	12	12	39	1.81
1535927--1535973	14	3.3	14	77	16	60	34	14	12	38	1.85
1535970--1536009	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1535955--1536021	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
1535949--1536025	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
1539090--1539116	4	6.8	4	100	0	54	51	25	0	22	1.48
1540313--1540399	45	1.9	45	83	4	113	26	28	8	36	1.85
1543337--1543526	63	3.0	62	86	3	263	24	27	10	37	1.88
1544395--1544427	16	2.0	17	94	5	59	6	39	0	54	1.25
1548573--1548655	3	27.0	3	72	18	64	33	4	2	59	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1548581--1548655	19	3.9	20	75	13	68	34	4	2	58	1.31
1549042--1549079	4	9.2	4	83	16	51	21	5	0	73	1.02
1550237--1550301	20	3.2	20	77	16	62	35	9	3	52	1.49
1550395--1550434	20	2.0	20	85	0	53	37	10	2	50	1.50
1557673--1557699	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
1569005--1569038	17	2.0	17	88	0	50	29	5	8	55	1.54
1585409--1585442	9	3.7	9	84	7	50	76	11	5	5	1.14
1585409--1585448	19	2.1	19	100	0	80	75	10	5	10	1.19
1592034--1592305	129	2.1	127	82	6	316	33	22	20	22	1.97
1596471--1596506	17	2.1	17	100	0	72	22	0	22	55	1.44
1601649--1601691	19	2.2	20	88	12	63	25	4	0	69	1.07
1603653--1603723	30	2.4	30	92	0	115	30	18	0	50	1.47
1609574--1609608	18	1.9	18	100	0	70	28	28	0	42	1.56
1611578--1611620	17	2.3	20	88	11	65	30	4	0	65	1.13
1613621--1613646	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
1616442--1616503	22	2.8	22	97	2	115	40	0	0	59	0.97
1619161--1619195	6	5.5	6	87	12	52	65	0	20	14	1.26
1621926--1621980	28	1.9	29	92	3	94	76	7	3	12	1.12
1621920--1622005	29	3.0	28	81	11	102	72	6	5	15	1.26
1622374--1622406	7	4.9	7	85	7	50	69	0	15	15	1.19
1622377--1622401	13	1.9	13	100	0	50	64	0	20	16	1.30
1623629--1623803	87	2.0	87	89	0	269	29	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1623687--1623902	116	1.9	116	89	0	333	26	23	22	27	1.99
1634836--1634879	22	2.0	22	90	0	70	29	2	13	54	1.51
1642729--1642815	7	11.9	7	71	11	50	36	4	2	56	1.33
1655777--1655814	15	2.5	15	84	12	51	39	2	0	57	1.12
1656059--1656097	20	2.0	20	90	10	62	35	0	2	61	1.10
1660999--1661173	44	4.1	44	74	9	148	25	19	24	31	1.98
1661192--1661921	131	5.5	131	93	2	1208	25	24	20	29	1.99
1661143--1661919	44	17.7	44	66	14	277	25	24	20	29	1.99
1662410--1662497	45	1.9	46	88	2	133	50	9	13	27	1.72
1663258--1663327	12	5.9	12	75	17	58	1	2	15	80	0.91
1663295--1663335	12	3.3	12	93	3	64	0	4	14	80	0.87
1663260--1663327	10	6.4	11	75	10	54	1	2	16	79	0.93
1670385--1670542	54	2.9	54	95	0	280	32	16	22	27	1.96
1670983--1671052	29	2.6	27	80	14	81	40	0	2	57	1.14
1671064--1671100	16	2.3	17	86	13	60	54	0	5	40	1.24
1674576--1674610	14	2.5	14	90	0	52	62	11	5	20	1.48
1686552--1686598	3	15.7	3	95	0	85	29	0	2	68	1.02
1707046--1707101	3	18.7	3	96	0	103	30	0	1	67	1.01
1710901--1710943	17	2.3	19	80	11	54	51	6	0	41	1.29
1714670--1715155	48	10.6	45	74	8	225	31	36	12	19	1.89
1714800--1714888	27	3.5	26	70	17	71	21	44	5	28	1.74
1714900--1715155	42	5.8	42	76	9	269	32	34	14	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1714622--1715263	180	3.5	182	86	3	772	30	38	10	20	1.86
1714942--1715204	138	1.9	137	89	3	415	31	36	11	20	1.88
1715139--1715738	48	12.4	48	77	4	501	30	47	3	19	1.64
1715167--1715248	27	3.3	26	75	19	84	30	50	1	18	1.55
1715139--1715734	147	4.1	143	81	4	518	30	47	3	19	1.64
1715653--1715734	24	3.4	23	68	18	69	30	48	1	19	1.57
1715791--1715830	6	6.7	6	94	0	71	17	80	0	2	0.83
1716885--1716973	36	2.5	36	81	0	97	23	43	7	24	1.80
1716876--1717153	150	1.9	150	94	0	493	26	39	8	24	1.85
1717035--1717123	36	2.5	36	86	0	115	23	42	10	23	1.84
1717649--1717733	21	3.8	21	71	17	62	23	52	0	23	1.47
1717650--1717732	24	3.5	24	73	12	89	24	54	0	21	1.45
1717442--1718479	240	4.3	238	89	3	1374	28	47	5	18	1.71
1717890--1717972	24	3.5	24	69	12	80	21	54	2	21	1.56
1718081--1718164	21	3.7	21	70	22	62	26	58	3	11	1.50
1717206--1718701	96	15.6	96	77	9	724	28	47	5	19	1.70
1718345--1718523	27	7.3	27	64	24	92	28	52	1	17	1.52
1722660--1722689	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
1725508--1725537	15	2.0	15	93	0	51	20	13	30	36	1.90
1728213--1728238	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
1730668--1730725	29	2.0	31	83	10	77	53	3	5	37	1.40
1738139--1738214	33	2.3	33	81	4	82	31	31	19	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1738901--1738931	6	5.2	6	96	0	53	19	12	51	16	1.76
1741094--1741271	33	5.4	32	72	11	108	29	32	18	19	1.96
1747922--1747977	27	2.1	27	96	0	103	23	28	5	42	1.76
1749332--1749383	23	2.2	24	83	13	63	50	0	0	50	1.00
1749924--1749952	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
1750002--1750067	12	5.2	12	72	16	53	69	3	22	4	1.20
1753391--1753418	12	2.3	12	100	0	56	42	25	0	32	1.55
1767761--1767806	18	2.6	18	80	13	58	28	4	4	63	1.33
1769749--1769790	21	2.0	22	90	4	68	28	2	47	21	1.63
1769749--1769790	11	4.0	10	87	3	57	28	2	47	21	1.63
1773838--1773930	18	5.2	18	84	0	123	34	16	21	27	1.95
1773838--1773930	36	2.6	36	91	0	150	34	16	21	27	1.95
1774464--1774505	21	2.0	22	90	4	68	28	2	47	21	1.63
1774464--1774505	11	4.0	10	87	3	57	28	2	47	21	1.63
1780485--1780521	20	1.9	20	94	5	67	27	29	8	35	1.85
1785207--1785232	12	2.2	12	100	0	52	30	34	15	19	1.93
1785236--1785280	6	7.5	6	100	0	90	33	17	15	33	1.92
1789858--1789897	19	2.1	18	82	13	53	57	0	2	40	1.12
1798347--1798425	32	2.5	32	81	6	90	48	1	0	50	1.08
1798609--1798652	18	2.4	18	82	10	54	40	0	6	52	1.28
1811734--1813200	727	2.0	728	85	6	1978	34	19	19	26	1.96
1814103--1814156	25	2.2	24	83	12	65	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1836143--1836169	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
1842008--1842044	14	2.9	13	85	14	51	72	0	27	0	0.84
1842008--1842044	13	2.9	14	88	11	53	72	0	27	0	0.84
1850207--1850331	28	4.6	27	74	16	107	28	3	1	66	1.16
1850208--1850304	9	10.4	9	72	13	72	27	2	2	68	1.12
1850242--1850299	20	2.9	19	75	14	55	31	1	3	63	1.21
1850161--1850284	56	2.2	59	86	7	175	29	6	2	61	1.34
1850208--1850322	19	6.1	20	75	9	82	27	3	1	66	1.17
1850361--1850401	20	2.0	20	90	0	64	31	4	0	63	1.15
1850400--1850608	91	2.3	91	81	5	246	35	8	19	36	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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