genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29016030--29016055	9	2.9	9	100	0	52	30	0	23	46	1.53
29018795--29018966	40	4.3	39	79	7	202	16	21	21	40	1.92
29018830--29018933	20	5.2	20	69	7	77	17	22	21	39	1.92
29018795--29018966	80	2.2	80	86	2	229	16	21	21	40	1.92
29027535--29027600	29	2.2	29	83	2	78	36	7	15	40	1.75
29034840--29034891	25	2.1	25	100	0	104	32	19	3	44	1.69
29037787--29037839	20	2.7	20	88	2	72	32	13	13	41	1.82
29070798--29070824	11	2.5	11	100	0	54	29	0	0	70	0.88
29076457--29076528	35	2.1	35	100	0	144	44	19	16	19	1.87
29077244--29077410	66	2.6	65	80	5	176	40	15	19	25	1.90
29077313--29077667	130	2.8	125	76	6	311	40	14	20	24	1.90
29080495--29080537	24	1.9	22	86	13	61	55	0	2	41	1.12
29080466--29080579	62	1.9	59	87	5	165	51	3	4	40	1.39
29080573--29080621	25	1.9	26	84	12	66	51	8	4	36	1.51
29082433--29082462	8	3.8	8	100	0	60	76	13	0	10	1.01
29087231--29087288	3	19.3	3	100	0	116	0	32	0	67	0.91
29094979--29095257	62	4.5	62	97	0	522	42	15	20	21	1.88
29099183--29099250	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
29099072--29099399	174	1.9	174	94	0	584	31	24	14	29	1.94
29099357--29099430	29	2.6	29	83	16	100	28	28	14	28	1.96
29103036--29103414	47	8.1	47	93	0	598	32	8	29	28	1.88
29103533--29103611	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29111531--29111598	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
29111420--29111747	174	1.9	174	95	0	593	30	24	14	30	1.95
29111705--29111778	29	2.6	29	83	16	100	28	28	14	28	1.96
29119361--29119423	32	2.0	32	100	0	126	39	0	9	50	1.35
29121761--29121796	16	2.2	16	95	0	63	38	2	5	52	1.39
29121806--29121836	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
29121972--29122338	82	4.4	84	77	7	302	27	13	13	45	1.81
29121974--29122271	164	1.8	165	83	5	406	27	13	12	46	1.79
29122176--29122354	89	2.0	89	81	6	211	27	10	14	47	1.77
29127357--29127403	22	2.0	24	88	8	71	42	2	6	48	1.40
29127378--29127413	16	2.2	16	90	0	54	41	2	2	52	1.30
29127408--29127451	6	7.7	6	92	7	74	34	0	0	65	0.93
29128864--29128927	9	7.0	9	74	15	51	60	3	1	34	1.22
29128855--29128905	20	2.5	20	80	0	66	66	3	1	27	1.20
29128893--29128927	8	4.1	8	86	13	52	57	0	0	42	0.99
29128886--29128929	18	2.5	17	92	3	70	56	2	0	40	1.11
29132949--29132999	21	2.5	21	83	3	68	39	7	15	37	1.77
29137859--29137895	18	2.1	18	89	0	56	72	13	2	10	1.21
29142278--29142319	17	2.6	16	81	7	57	26	2	21	50	1.61
29142289--29142326	18	2.2	18	95	4	69	23	5	21	50	1.69
29143547--29143731	46	4.0	46	92	1	291	34	9	28	28	1.89
29145757--29145865	29	3.8	29	75	2	94	40	16	22	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29146051--29146136	26	3.3	26	85	0	82	40	17	13	27	1.88
29146038--29146141	52	2.0	52	84	0	136	39	18	17	25	1.92
29149235--29149328	26	3.6	26	86	0	125	25	14	17	42	1.87
29155661--29155695	18	1.9	18	94	0	61	48	11	11	28	1.74
29160423--29160489	34	1.9	35	90	3	109	32	8	13	44	1.75
29163083--29163260	50	3.5	50	83	8	191	29	20	25	23	1.99
29169251--29169475	40	5.7	40	84	5	242	26	25	22	25	2.00
29169252--29169475	119	1.9	120	81	8	278	26	25	22	25	2.00
29177162--29177384	40	5.7	40	84	9	262	25	27	22	24	2.00
29177162--29177384	117	1.9	118	83	8	294	25	27	22	24	2.00
29180934--29181126	50	3.7	50	76	9	138	27	21	27	22	1.99
29181261--29181322	25	2.5	25	87	10	99	48	8	19	24	1.75
29190161--29190192	16	1.9	17	93	6	57	43	9	3	43	1.52
29190607--29190700	24	3.9	24	91	2	145	32	17	23	26	1.96
29195672--29195710	15	2.6	15	87	0	60	17	25	12	43	1.85
29200003--29200039	17	2.2	17	90	0	56	48	8	18	24	1.75
29211058--29211112	19	2.7	21	91	5	87	38	9	12	40	1.75
29212109--29212152	22	2.0	23	82	13	56	22	6	13	56	1.61
29215761--29215827	26	2.5	26	78	7	73	20	14	5	58	1.58
29218090--29218233	44	3.3	43	66	5	101	26	31	22	19	1.98
29217999--29218649	88	7.4	88	87	0	901	28	26	23	21	1.99
29218464--29218601	43	3.2	43	65	4	114	27	27	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29219103--29219214	44	2.5	44	89	2	172	30	22	19	27	1.98
29219658--29219733	21	3.7	21	89	3	111	36	10	13	39	1.79
29219689--29219756	21	3.0	24	87	8	90	36	7	16	39	1.76
29226175--29226214	18	2.2	18	86	0	53	32	27	15	25	1.95
29226184--29226226	18	2.4	18	88	0	59	32	30	13	23	1.93
29226166--29226225	27	2.2	27	79	5	68	30	28	13	28	1.94
29232640--29232728	18	4.9	18	80	0	88	33	29	11	25	1.91
29245546--29245614	25	2.6	27	78	15	81	68	1	2	27	1.13
29245561--29245614	26	2.1	25	83	10	65	68	1	1	27	1.10
29245574--29245633	30	2.0	29	81	9	68	65	3	3	28	1.25
29246304--29246356	24	2.2	24	83	6	63	30	5	9	54	1.55
29257182--29257234	13	4.1	13	76	9	54	41	28	3	26	1.73
29258671--29258764	40	2.3	40	80	3	100	23	21	19	36	1.95
29274457--29274530	24	3.1	24	82	0	94	25	21	8	44	1.79
29275127--29275183	23	2.4	24	85	2	71	26	24	7	42	1.80
29287698--29287833	50	2.6	52	81	11	161	25	19	30	24	1.98
29287742--29287878	50	2.7	50	84	2	150	26	20	29	23	1.99
29288134--29288184	12	4.2	12	78	9	50	56	3	21	17	1.57
29288135--29288173	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
29301024--29301084	25	2.4	25	81	10	72	39	3	0	57	1.15
29301972--29301996	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
29315873--29316337	40	11.6	40	93	0	770	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29319046--29319116	27	2.6	27	84	4	81	21	29	18	30	1.97
29319070--29319153	27	3.1	27	81	6	91	17	25	20	36	1.94
29319228--29319343	40	2.7	43	81	6	139	26	21	10	41	1.85
29323580--29323704	62	2.0	62	95	0	223	36	19	17	26	1.94
29324044--29324197	61	2.5	61	88	3	222	19	16	22	40	1.91
29324317--29324394	30	2.6	30	86	8	97	17	19	24	38	1.93
29329382--29330001	42	14.7	42	69	9	332	29	21	18	30	1.97
29329336--29329864	83	6.3	83	75	7	381	30	22	18	28	1.97
29329339--29329657	169	1.9	168	81	8	389	30	21	19	28	1.97
29329586--29329909	44	7.6	44	68	15	178	29	21	18	30	1.97
29329507--29330001	127	3.9	127	90	0	756	29	21	18	29	1.97
29329331--29329864	210	2.5	210	73	9	544	30	22	18	28	1.97
29330887--29330919	15	2.1	16	88	5	50	51	12	15	21	1.75
29334700--29334734	16	2.2	16	94	0	61	42	20	17	20	1.89
29336517--29336561	22	2.0	23	86	4	65	55	4	6	33	1.46
29336536--29336696	61	2.6	61	80	13	161	57	2	6	33	1.39
29336521--29336832	154	2.0	156	90	3	488	55	2	6	35	1.39
29336887--29336921	3	11.3	3	93	6	61	68	0	0	31	0.90
29336887--29336918	16	2.0	16	100	0	64	68	0	0	31	0.90
29337509--29337540	16	1.9	17	93	6	57	81	3	0	15	0.82
29341758--29341800	10	4.3	10	82	11	61	69	0	2	27	1.00
29341750--29341800	20	2.7	20	90	6	79	68	0	1	29	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29342126--29342150	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
29342166--29342366	89	2.3	89	81	2	235	31	8	20	39	1.83
29345028--29345134	34	3.1	34	62	19	78	41	20	9	28	1.83
29345003--29345141	68	2.0	68	97	0	260	40	23	8	28	1.84
29345989--29346024	5	7.2	5	100	0	72	80	0	0	19	0.71
29351891--29351938	24	1.9	26	87	8	73	22	8	8	60	1.52
29353494--29353539	18	2.5	19	82	13	60	19	0	26	54	1.44
29356063--29356120	9	6.4	9	74	7	55	41	22	10	25	1.85
29361503--29361729	117	1.9	118	94	0	402	40	7	23	28	1.80
29361670--29361786	57	2.1	57	91	0	189	38	5	23	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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