genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20838386--20838464	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
20838582--20838865	47	5.7	49	84	12	380	29	29	9	30	1.89
20838651--20838770	60	2.0	59	96	1	222	29	30	12	28	1.93
20842289--20842549	40	6.5	40	81	4	287	24	27	22	24	2.00
20842858--20842957	43	2.3	43	98	0	191	26	36	15	23	1.93
20844810--20844888	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
20845005--20845319	47	6.7	47	95	2	526	30	29	9	30	1.88
20848738--20848996	40	6.5	40	80	6	278	24	28	22	24	2.00
20848745--20848958	118	1.8	119	82	3	279	25	27	21	24	2.00
20849305--20849404	43	2.3	43	98	0	191	26	36	15	23	1.93
20851247--20851325	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
20851443--20851745	46	6.7	46	89	10	441	30	29	8	31	1.86
20851443--20851744	93	3.3	91	87	11	444	30	29	8	31	1.87
20851580--20851734	82	1.9	84	91	6	262	30	29	6	33	1.83
20855156--20855415	40	6.5	40	81	5	287	24	28	22	24	2.00
20855160--20855413	119	2.1	119	81	5	289	24	27	22	24	2.00
20855724--20855823	43	2.3	43	98	0	191	26	36	15	23	1.93
20857668--20857746	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
20857864--20858179	47	6.7	47	96	1	544	30	29	9	31	1.88
20857864--20858178	140	2.2	142	93	2	544	30	29	9	31	1.88
20861588--20861844	40	6.5	40	81	5	269	25	28	21	24	1.99
20861588--20861842	118	2.2	118	80	5	284	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20862153--20862252	43	2.3	43	98	0	191	26	36	15	23	1.93
20864100--20864178	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
20864368--20864446	25	3.3	25	63	10	65	34	26	5	34	1.78
20864284--20864620	46	7.2	46	94	2	559	30	29	8	32	1.86
20864284--20864620	91	3.6	93	94	2	572	30	29	8	32	1.86
20864284--20864620	137	2.4	140	94	3	572	30	29	8	32	1.86
20870903--20871005	28	3.6	27	71	14	82	28	26	14	31	1.95
20870875--20871027	57	2.7	57	86	2	209	26	25	15	32	1.96
20870803--20870971	86	2.0	85	86	1	239	26	25	18	30	1.98
20870848--20871047	29	7.0	29	72	6	138	26	25	15	33	1.95
20883274--20883325	27	1.9	27	84	7	70	30	23	15	30	1.95
20888670--20888705	7	5.0	7	89	3	54	11	16	13	58	1.63
20891399--20891543	66	2.2	66	92	1	236	20	13	22	43	1.86
20897607--20897666	29	2.1	29	100	0	120	53	0	10	36	1.35
20904047--20904272	68	3.3	67	80	6	222	35	14	21	27	1.93
20904083--20904272	68	2.8	68	84	5	233	35	15	22	26	1.94
20904083--20904324	68	3.6	68	81	8	194	37	15	20	26	1.92
20906389--20906677	112	2.6	112	76	9	257	30	19	23	26	1.98
20906783--20907281	229	2.2	228	79	5	549	33	19	22	24	1.97
20906669--20907283	115	5.4	113	73	8	460	32	18	22	26	1.97
20907343--20907381	21	1.9	20	89	5	60	20	0	35	43	1.52
20908197--20908237	14	2.7	15	85	7	57	19	0	39	41	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20908624--20908703	41	2.0	40	83	16	103	40	20	18	21	1.92
20911825--20912244	27	15.6	27	91	0	642	50	13	2	33	1.54
20912233--20912288	25	2.2	25	81	6	69	41	26	0	32	1.56
20912349--20912395	7	6.1	7	90	9	58	53	17	0	29	1.44
20917889--20917939	21	2.4	21	86	0	66	35	19	43	1	1.63
20918267--20918485	114	1.9	113	90	2	350	41	13	16	27	1.87
20918428--20918555	43	3.0	43	83	0	157	31	17	21	28	1.97
20921783--20921905	43	2.9	43	81	11	153	18	18	29	33	1.95
20924374--20924412	18	2.1	18	85	4	51	76	2	10	10	1.10
20924426--20924463	11	3.2	12	88	7	51	73	5	21	0	1.02
20936120--20936177	29	2.2	26	82	17	75	44	1	1	51	1.21
20937109--20937152	20	2.2	20	100	0	88	45	18	9	27	1.79
20937403--20937461	21	2.8	21	85	10	68	37	1	3	57	1.25
20938844--20938885	16	2.7	16	88	3	59	38	11	16	33	1.86
20939262--20939299	18	2.0	21	85	15	55	15	42	2	39	1.61
20939304--20939337	18	1.9	17	94	5	59	17	35	2	44	1.64
20939496--20939617	54	2.3	55	78	5	133	24	27	11	36	1.90
20939762--20939879	26	4.5	26	85	0	137	33	22	13	30	1.93
20946847--20946877	11	2.8	11	95	0	53	35	12	19	32	1.90
20961295--20961326	15	2.0	17	88	11	50	46	18	0	34	1.49
20974990--20975031	17	2.4	18	76	4	50	57	0	0	42	0.99
20976955--20977000	23	2.0	23	91	0	74	15	15	28	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20978724--20978782	30	1.9	31	82	3	75	37	16	28	16	1.92
20978745--20978792	20	2.4	20	67	0	51	33	16	29	20	1.95
20992253--20992325	36	2.0	36	97	0	137	36	10	23	28	1.89
20999033--20999470	47	9.3	47	90	1	646	33	10	29	26	1.90
21006428--21006459	17	1.9	16	93	6	55	34	31	12	21	1.91
21006634--21006729	46	2.1	46	94	0	165	35	17	8	38	1.80
21010997--21011094	41	2.3	42	81	6	101	25	17	26	30	1.97
21024240--21024382	37	3.9	37	95	0	241	25	31	18	24	1.97
21024526--21025163	48	13.0	48	91	3	1006	31	26	5	36	1.81
21024526--21025163	98	6.5	97	92	2	1030	31	26	5	36	1.81
21024526--21025163	146	4.3	144	93	2	1024	31	26	5	36	1.81
21032415--21032530	43	2.6	41	77	12	115	23	16	26	33	1.95
21036552--21036580	9	3.2	9	100	0	58	24	0	10	65	1.23
21041200--21041240	20	2.0	20	100	0	82	46	4	4	43	1.46
21043490--21043529	17	2.4	16	84	12	53	5	37	0	57	1.21
21047431--21047470	17	2.4	16	84	12	53	5	37	0	57	1.21
21055014--21055060	17	2.8	17	83	0	58	8	8	4	78	1.07
21071725--21071760	18	2.0	18	100	0	72	27	5	27	38	1.79
21080320--21080353	17	1.9	18	94	5	61	35	5	5	52	1.50
21080638--21080695	30	2.0	30	86	3	82	46	10	6	36	1.65
21082782--21082854	9	8.6	9	71	25	61	56	19	0	24	1.42
21082782--21082835	10	4.9	11	74	17	58	55	18	0	25	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21082782--21082835	23	2.5	22	87	6	74	55	18	0	25	1.43
21083025--21083115	45	2.0	47	81	12	109	39	16	10	32	1.84
21094481--21094674	48	4.0	48	83	4	246	24	18	29	27	1.98
21094492--21094570	24	3.2	26	62	26	62	24	18	30	26	1.98
21101231--21101282	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
21101875--21101905	10	3.0	10	95	4	53	9	32	19	38	1.84
21116844--21116897	27	2.0	27	82	7	65	42	5	7	44	1.55
21118398--21118549	42	3.5	43	78	8	148	33	27	14	24	1.94
21121387--21121560	49	3.5	49	82	9	237	29	25	18	26	1.98
21127272--21127304	12	2.8	12	90	4	50	48	9	0	42	1.35
21128747--21128777	16	1.9	16	100	0	62	38	0	22	38	1.54
21131699--21131822	43	2.9	42	73	16	128	25	17	25	32	1.97
21136577--21136667	25	3.6	25	95	0	155	28	18	25	27	1.98
21136579--21136690	50	2.2	50	85	3	145	29	18	25	26	1.98
21137428--21137466	20	2.0	20	90	10	62	46	0	17	35	1.49
21138119--21138330	46	4.5	48	79	4	218	30	20	27	22	1.98
21138351--21138526	49	3.5	51	76	9	150	28	22	26	23	1.99
21139164--21139193	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
21139786--21139928	56	2.6	56	85	0	187	29	13	23	33	1.93
21139920--21140004	43	2.0	43	92	0	143	25	20	28	25	1.99
21146183--21146355	27	6.4	27	87	2	204	34	17	21	26	1.96
21148400--21148428	12	2.4	12	100	0	58	6	27	51	13	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21153796--21153942	27	5.5	27	87	0	215	34	18	22	24	1.96
21153800--21153967	80	2.1	81	88	3	250	34	18	21	25	1.96
21157220--21157390	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
21157218--21157387	46	3.7	46	77	10	184	28	27	21	22	1.99
21157812--21157871	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
21159109--21159168	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
21162231--21162279	25	2.0	25	92	8	82	24	20	8	46	1.77
21173275--21173301	13	2.1	13	100	0	54	33	7	44	14	1.73
21176013--21176077	32	2.0	32	96	0	121	33	3	16	46	1.63
21177497--21177547	20	2.5	20	78	9	59	58	15	21	3	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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