genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  207  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65660736--65660797	26	2.3	26	86	2	79	35	1	1	61	1.16
65661800--65661919	25	4.8	25	80	1	89	34	22	25	18	1.96
65661815--65661921	50	2.2	49	87	1	151	34	21	25	18	1.96
65663063--65663087	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
65677634--65677660	10	2.7	10	100	0	54	0	7	0	92	0.38
65689498--65689545	25	1.9	25	87	8	71	72	6	12	8	1.26
65689499--65689557	25	2.3	26	82	8	68	74	3	13	8	1.17
65689632--65689665	17	1.9	17	88	5	50	44	14	11	29	1.81
65699573--65699610	13	2.9	13	88	0	58	31	7	21	39	1.82
65702277--65702469	41	4.7	41	90	2	280	22	27	21	28	1.99
65705065--65705254	72	2.6	72	81	4	204	55	12	5	25	1.59
65706620--65706651	15	2.2	14	94	5	55	53	12	28	6	1.62
65709076--65709125	16	3.1	16	94	0	91	28	0	34	38	1.57
65709105--65709196	45	2.1	44	83	2	112	30	5	28	35	1.80
65709342--65709383	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
65709351--65709392	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
65709480--65709521	16	2.6	16	82	14	50	52	0	2	45	1.13
65709533--65709791	91	2.8	91	97	0	482	47	2	3	46	1.32
65715131--65715165	17	2.0	18	88	5	54	48	0	2	48	1.16
65715951--65716019	17	4.0	18	74	9	63	52	7	2	37	1.44
65726971--65727022	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
65732686--65732754	28	2.4	30	79	13	74	62	2	5	28	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65738713--65738754	21	2.0	21	90	0	66	47	0	19	33	1.49
65744584--65744613	14	2.1	14	93	0	51	40	0	3	56	1.16
65746081--65746115	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
65746226--65746267	14	2.9	14	86	10	50	50	0	0	50	1.00
65745968--65746283	156	2.0	157	94	0	553	43	3	5	48	1.41
65746215--65746505	120	2.4	121	92	4	482	48	5	3	42	1.40
65746336--65746387	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
65746553--65746600	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
65746519--65746737	92	2.4	92	83	6	248	46	3	3	46	1.38
65752825--65752866	16	2.7	15	73	20	50	47	4	0	47	1.23
65759352--65759413	28	2.2	28	86	11	83	53	19	4	22	1.64
65759352--65759410	29	2.1	27	84	9	73	55	18	5	20	1.61
65773535--65773691	41	3.8	41	82	3	199	19	20	27	32	1.97
65774467--65774504	16	2.3	16	86	13	51	31	0	21	47	1.51
65774604--65774710	22	4.7	23	72	16	80	26	5	21	46	1.73
65774529--65774763	69	3.4	69	85	4	292	26	8	19	45	1.80
65774529--65774779	139	1.8	139	82	3	308	27	8	18	45	1.78
65775572--65775697	61	2.0	63	87	3	184	36	7	2	53	1.43
65775638--65775718	39	2.0	41	83	4	103	34	7	1	56	1.35
65775636--65775718	43	2.0	42	84	13	109	34	7	1	56	1.35
65778447--65778544	33	2.9	35	73	19	91	46	3	0	50	1.17
65778495--65778551	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65788968--65789486	126	4.1	126	86	2	724	29	17	16	36	1.92
65789546--65789654	34	3.3	32	80	5	110	46	12	0	39	1.48
65794921--65794966	20	2.3	20	96	3	85	41	13	13	32	1.82
65797803--65797883	19	4.3	18	69	16	58	35	12	14	37	1.84
65797832--65797892	19	3.2	19	65	17	54	29	13	18	39	1.88
65803833--65803999	88	1.9	89	93	2	291	32	23	9	34	1.87
65807952--65808024	36	2.0	36	100	0	146	38	10	13	36	1.80
65808699--65808739	19	2.2	19	95	0	73	21	19	14	43	1.87
65813177--65813227	4	12.8	4	95	0	93	23	1	23	50	1.59
65814845--65814889	17	2.6	17	82	10	56	37	4	4	53	1.41
65814845--65814891	18	2.6	18	86	6	60	38	4	4	53	1.40
65815304--65815358	27	2.0	29	85	7	78	52	14	3	29	1.58
65818719--65818752	6	5.7	6	96	0	59	2	29	17	50	1.61
65819994--65820036	21	2.0	21	82	8	52	55	0	2	41	1.12
65827136--65827201	34	1.9	34	90	3	105	42	15	10	31	1.81
65827171--65827210	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
65843424--65843620	17	11.6	17	82	2	216	47	23	8	21	1.77
65843424--65843620	34	5.8	34	90	2	279	47	23	8	21	1.77
65843415--65843652	51	4.7	51	85	0	296	47	22	7	23	1.76
65843415--65843652	17	14.0	17	77	5	194	47	22	7	23	1.76
65845840--65845944	34	3.1	34	100	0	210	35	9	20	35	1.85
65861153--65861187	17	2.1	17	88	0	52	20	2	2	74	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65870057--65870114	22	2.6	22	81	8	64	65	1	1	31	1.13
65870291--65870317	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
65871426--65871512	11	8.3	11	68	16	51	24	28	2	44	1.66
65871426--65871475	22	2.3	22	89	6	75	24	32	2	42	1.66
65871437--65871536	51	2.0	51	86	4	139	26	26	2	46	1.64
65871556--65871581	11	2.4	11	100	0	52	34	0	0	65	0.93
65872683--65872708	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
65873730--65873773	19	2.4	18	88	11	63	47	0	0	52	1.00
65873742--65873773	7	4.9	7	85	14	50	46	0	0	53	1.00
65873826--65873851	12	2.2	12	100	0	52	30	46	7	15	1.74
65873834--65873888	27	2.0	27	92	0	92	40	38	1	20	1.63
65873871--65874005	61	2.1	63	87	9	193	44	34	1	20	1.60
65873917--65873949	15	2.2	15	100	0	66	48	27	0	24	1.51
65873980--65874050	33	2.2	33	92	0	124	39	38	0	22	1.54
65873980--65874019	21	1.9	21	90	10	64	40	37	0	22	1.54
65873932--65874218	113	2.5	113	90	3	448	43	34	1	20	1.61
65874070--65874163	33	2.9	33	88	3	147	38	38	1	22	1.61
65874092--65874132	21	2.0	21	85	9	57	41	34	0	24	1.55
65874233--65874395	35	4.4	36	67	11	98	46	8	4	39	1.56
65874216--65874453	112	2.1	111	92	0	386	44	7	7	40	1.59
65874449--65874497	22	2.2	23	85	3	64	46	2	4	46	1.33
65875963--65876030	29	2.3	30	85	12	88	41	4	2	51	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65882686--65882710	13	1.9	13	100	0	50	56	0	32	12	1.36
65882676--65882756	32	2.6	32	92	2	128	44	0	33	22	1.53
65882699--65882756	19	3.4	19	68	26	65	43	0	36	20	1.52
65883081--65883108	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
65885310--65885349	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
65890296--65890336	20	2.0	20	100	0	82	24	0	9	65	1.22
65912233--65912447	107	2.0	107	97	1	405	47	12	3	35	1.59
65915006--65915081	20	3.8	20	80	3	82	22	9	15	52	1.71
65915006--65915081	40	1.9	40	83	5	100	22	9	15	52	1.71
65919056--65919168	20	5.3	20	74	12	82	19	7	16	55	1.65
65919136--65919174	20	2.0	20	89	0	60	28	5	12	53	1.60
65920497--65920528	16	2.0	16	100	0	64	25	25	0	50	1.50
65923711--65923757	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
65928999--65929023	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
65929154--65929230	9	8.4	9	85	8	93	40	25	10	23	1.86
65929153--65929230	27	2.9	27	82	7	104	41	25	10	23	1.86
65932896--65932941	23	2.0	23	100	0	92	43	26	8	21	1.81
65937958--65938029	20	3.6	19	79	7	81	59	4	0	36	1.17
65938012--65938061	24	2.0	25	84	7	66	58	2	0	40	1.10
65938012--65938059	23	2.0	25	84	8	64	58	2	0	39	1.10
65938017--65938066	23	2.1	24	81	3	57	66	2	0	32	1.03
65944849--65944885	11	3.2	12	85	11	51	32	5	5	56	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65952065--65952090	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
65952893--65952933	16	2.5	16	88	11	57	17	9	2	70	1.25
65952952--65953001	26	2.0	27	84	11	70	26	10	10	54	1.65
65959806--65959847	16	2.6	16	92	0	66	11	50	14	23	1.76
65961693--65962638	54	17.5	54	78	2	754	28	19	14	38	1.90
65961693--65962653	108	8.9	108	80	1	843	28	19	14	38	1.90
65961693--65962624	162	5.8	161	78	2	837	28	19	13	38	1.90
65962594--65962781	94	2.0	94	87	2	270	30	17	12	39	1.86
65962878--65962928	23	2.3	23	89	3	77	31	15	9	43	1.80
65963448--65963549	32	3.2	31	84	6	125	39	8	18	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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