Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  91  of  222  ( 26535 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28410462--28410593
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201
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2.0
177
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0
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0
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20
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2.3
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0
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2.0
22
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15
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0
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17
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0
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2.0
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1.9
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1.9
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16
19
31
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25
2.3
25
90
0
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26
19
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29
1.98
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3.7
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2.5
12
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0
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23
40
30
6
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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49
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27
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23
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21
1.98
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2.1
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10
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1.90
28525930--28526101
47
3.7
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310
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38
2.4
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21
19
1.97
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8
3.5
8
100
0
56
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0
0
25
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206
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19
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12
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2.0
20
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5
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1.59
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40
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16
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30
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28
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1.98
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33
20
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19
1.96
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4.2
40
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236
26
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21
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1.99
28573844--28574012
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26
27
21
24
1.99
28573844--28574065
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1.99
28581771--28581994
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5.7
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262
25
27
21
25
1.99
28581771--28581939
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2.1
80
88
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245
27
27
20
24
1.99
28581771--28581994
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1.9
119
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271
25
27
21
25
1.99
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2.2
78
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238
26
28
21
24
1.99
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5.7
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25
27
21
25
2.00
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4.8
6
100
0
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17
0
13
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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15
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3
13
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1.13
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2.0
71
100
0
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1.74
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38
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19
1.9
19
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41
0
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1.54
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11
21
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15
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25
2.00
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27
25
2.00
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21
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1.99
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22
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2.00
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21
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1.99
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24
13
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1.93
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1.79
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1.99
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2.2
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14
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1.91
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1.07
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16
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1.97
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1.9
174
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501
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15
24
30
1.95
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16
2.4
16
82
0
51
41
0
20
38
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28694628--28694675
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0
0
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0.98
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2.7
31
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16
86
42
0
1
56
1.07
28694638--28694721
15
5.3
17
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58
41
0
1
57
1.06
28694679--28694742
31
2.1
31
82
11
78
46
1
1
50
1.20
28695042--28695126
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1.9
44
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127
36
9
5
48
1.60
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14
3.9
13
75
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52
18
9
1
69
1.25
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2.6
15
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15
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5
0
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1.23
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1.9
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1
229
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8
13
48
1.72
28717966--28718041
36
2.1
36
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7
93
31
7
23
36
1.84
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22
2.0
21
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4
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0
11
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2.5
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56
48
0
2
48
1.13
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29
2.4
29
90
4
104
30
18
14
36
1.91
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2.0
43
100
0
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16
27
1.83
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43
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40
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113
28
25
16
29
1.97
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30
10.7
30
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7
336
42
14
6
36
1.72
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120
2.4
118
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2
472
43
14
6
35
1.72
28748956--28748995
21
2.0
20
85
5
53
50
25
2
22
1.62
28750734--28750820
33
2.6
33
81
0
102
19
18
14
47
1.83
28750707--28750818
33
3.4
33
78
1
98
19
18
14
47
1.83
28752797--28752829
10
3.3
10
95
0
57
21
15
15
48
1.81
28753476--28753583
55
2.0
55
92
0
180
29
12
25
32
1.92
28763804--28763856
25
2.2
24
89
3
79
37
24
22
15
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28769805--28769852
19
2.4
21
76
16
57
22
31
8
37
1.84
28785045--28785071
3
9.0
3
100
0
54
66
0
0
33
0.92
28785403--28785469
16
4.4
16
75
21
54
67
2
7
22
1.30
28785948--28785982
6
5.8
6
100
0
70
0
14
0
85
0.59
28786353--28786378
3
8.7
3
100
0
52
0
0
30
69
0.89
28786625--28786681
3
18.7
3
81
3
51
54
1
7
36
1.38
28790674--28790714
21
2.0
21
95
0
73
12
17
36
34
1.87
28790673--28790718
21
2.3
19
82
13
65
10
15
39
34
1.82
28793473--28793509
2
18.5
2
100
0
74
51
48
0
0
1.00
28793871--28793906
18
2.0
18
88
0
54
11
2
8
77
1.08
28796745--28796792
21
2.2
22
88
3
71
31
31
29
8
1.87
28797606--28797630
6
4.2
6
100
0
50
68
0
0
32
0.90
28799615--28799646
15
2.1
15
100
0
64
56
6
6
31
1.49
28802688--28802739
26
2.0
26
85
7
70
19
25
19
36
1.95
28802698--28802875
72
2.4
72
78
9
182
19
26
19
34
1.96
28807071--28807118
19
2.5
19
86
3
60
47
22
20
8
1.77
28808012--28808057
11
4.4
10
81
10
56
36
8
0
54
1.32
28812433--28812493
14
4.4
14
73
8
52
18
18
8
55
1.66
28812549--28812648
51
1.9
52
87
2
148
41
0
9
50
1.34
28825485--28825513
14
2.0
15
93
6
51
24
0
0
75
0.80
28826227--28826286
20
3.0
20
80
7
68
46
3
5
45
1.41
28826508--28826629
61
2.0
63
81
12
146
29
7
1
61
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28826481--28826740
10
26.0
10
64
21
66
29
5
1
63
1.26
28826484--28826659
19
8.8
19
65
20
67
28
5
2
64
1.27
28826657--28826732
30
2.5
31
77
12
79
31
3
1
63
1.21
28826824--28827011
97
2.0
93
83
8
236
40
7
18
32
1.79
28827620--28827743
34
3.7
33
81
5
142
39
0
16
44
1.47
28827620--28827744
33
3.8
33
81
5
144
39
0
16
44
1.47
28827834--28828355
125
4.2
126
83
4
633
37
15
16
29
1.91
28827852--28828344
251
2.0
252
85
2
679
38
16
16
28
1.90
28832142--28832313
40
4.3
40
88
2
213
25
27
21
25
1.99
28832144--28832366
40
5.6
39
82
5
207
25
26
21
26
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222