genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1180968--1181002	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
1182162--1182215	12	4.5	12	92	0	90	53	12	7	25	1.65
1183583--1183641	30	1.9	31	86	6	84	22	23	25	28	1.99
1183755--1183898	43	3.4	43	79	9	127	20	19	24	36	1.95
1183886--1184091	43	4.7	42	82	10	229	30	30	18	20	1.97
1183927--1184092	89	1.9	89	85	7	230	30	28	18	21	1.97
1184399--1184510	21	5.3	21	84	0	125	3	42	17	35	1.67
1184487--1184627	66	2.2	65	85	6	187	14	26	19	39	1.90
1184521--1184650	65	2.0	65	86	4	181	15	23	19	41	1.89
1185795--1185825	9	3.4	9	95	0	53	48	19	6	25	1.72
1188899--1188987	44	2.0	45	97	2	171	31	17	20	30	1.96
1192767--1192951	88	2.1	87	82	8	214	37	22	8	31	1.83
1192980--1193031	18	2.9	18	80	5	61	57	0	1	40	1.10
1193055--1193087	17	1.9	17	93	0	57	69	3	6	21	1.24
1196777--1196829	23	2.2	24	83	10	63	20	9	9	60	1.55
1198389--1198463	23	3.3	23	90	3	116	17	21	29	32	1.96
1202488--1202529	17	2.5	17	82	17	52	35	2	0	61	1.09
1202609--1202648	16	2.5	16	91	0	62	62	5	0	32	1.17
1202625--1202672	22	2.1	23	85	11	64	62	4	2	31	1.26
1211388--1211462	10	7.6	10	79	7	73	30	1	1	66	1.08
1211460--1211506	19	2.4	21	82	13	64	25	8	0	65	1.20
1211631--1211690	9	6.7	9	77	7	59	26	0	5	68	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1211643--1211700	28	2.1	27	81	9	64	36	0	3	60	1.14
1223754--1223786	8	4.1	8	85	14	50	84	0	3	12	0.72
1224361--1224420	29	2.0	32	81	15	74	51	8	23	16	1.71
1237070--1237119	21	2.4	22	80	6	59	42	2	0	56	1.11
1237455--1237483	12	2.5	12	94	5	51	48	0	0	51	1.00
1243378--1243418	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1246411--1246462	21	2.5	21	84	3	70	26	19	1	51	1.57
1250579--1250635	18	3.2	18	94	0	96	29	26	14	29	1.95
1265102--1265128	14	1.9	14	100	0	54	51	29	0	18	1.46
1268255--1268336	30	2.7	30	92	0	128	46	8	21	23	1.79
1268259--1268336	15	5.2	15	67	11	52	44	8	21	24	1.81
1272921--1272968	15	3.2	15	71	11	53	41	8	22	27	1.82
1272915--1272978	30	2.1	31	91	2	103	40	6	26	26	1.79
1280906--1280946	21	2.0	21	95	0	73	31	0	24	43	1.54
1282571--1282618	24	2.0	24	84	8	62	58	4	2	35	1.29
1282833--1282873	21	2.0	21	86	13	59	60	4	2	31	1.30
1282917--1282983	33	2.0	33	83	11	84	67	4	2	25	1.24
1282979--1283017	19	2.2	17	86	13	53	69	0	5	25	1.09
1282947--1283009	24	2.7	23	75	7	63	66	1	4	26	1.20
1283061--1283107	18	2.6	18	86	6	60	68	0	2	29	1.02
1283026--1283102	10	7.7	10	77	12	61	66	1	1	31	1.08
1283269--1283319	26	1.9	26	84	11	68	19	1	9	68	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1298326--1298372	22	2.1	22	85	14	62	31	2	4	61	1.27
1298350--1298381	15	2.1	15	94	5	55	28	0	6	65	1.16
1302521--1302596	23	3.3	23	88	5	118	31	28	21	18	1.97
1304154--1304206	23	2.2	24	83	10	63	60	9	9	20	1.55
1307888--1308000	38	3.0	37	73	11	95	34	2	1	61	1.21
1308052--1308237	88	2.1	87	83	7	223	31	8	22	38	1.83
1312026--1312115	45	2.0	45	100	0	180	31	20	17	31	1.96
1315199--1315229	9	3.4	9	95	0	53	25	6	19	48	1.72
1316378--1316543	66	2.5	65	84	4	199	40	19	25	13	1.89
1316520--1316631	21	5.3	21	84	0	98	35	17	42	3	1.67
1316530--1316631	42	2.4	42	86	0	132	36	17	43	2	1.65
1316938--1317143	43	4.7	42	82	10	229	20	18	30	30	1.97
1316937--1317143	89	2.4	89	81	11	241	21	18	29	29	1.97
1317389--1317450	31	1.9	33	87	6	92	30	24	24	20	1.99
1318819--1318872	12	4.5	12	92	0	90	25	7	12	53	1.65
1320032--1320066	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
1320885--1320920	16	2.1	16	90	10	54	44	0	0	55	0.99
1323462--1323519	20	2.7	21	81	10	64	65	3	3	27	1.25
1323526--1323570	21	2.0	23	87	12	67	66	0	2	31	1.04
1323525--1323583	24	2.5	23	76	18	59	66	3	5	25	1.28
1323578--1323624	19	2.4	20	86	13	71	63	0	8	27	1.23
1323435--1323687	9	26.7	9	64	18	61	63	3	4	28	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1323637--1323703	19	3.5	19	78	10	57	65	4	2	26	1.26
1323654--1323703	19	2.5	20	84	9	59	68	4	2	26	1.18
1336823--1336866	21	2.1	21	100	0	88	25	27	13	34	1.93
1355348--1355394	6	7.8	6	100	0	94	34	0	14	51	1.43
1355615--1355650	17	2.1	18	89	5	56	22	16	19	41	1.90
1358305--1358367	22	2.9	22	77	13	60	63	3	4	28	1.30
1360784--1360941	78	2.0	78	97	0	298	46	15	17	20	1.84
1364021--1364071	21	2.4	22	80	3	59	45	0	7	47	1.32
1372533--1372660	7	17.7	7	65	20	50	41	2	3	52	1.33
1372481--1372696	101	2.2	101	94	1	391	44	3	4	47	1.39
1372500--1372660	26	6.2	26	69	18	95	42	1	3	52	1.28
1372724--1372764	12	3.2	12	80	12	55	41	0	0	58	0.98
1372782--1372833	18	2.9	17	91	5	68	40	1	1	55	1.22
1373062--1373114	16	3.3	15	79	10	52	24	26	3	45	1.70
1373069--1373115	16	2.9	16	80	0	58	25	27	2	44	1.65
1375823--1375862	20	2.0	20	95	5	71	67	5	0	27	1.11
1375983--1376026	21	2.2	20	83	4	52	63	0	6	29	1.20
1376049--1376101	20	2.7	19	85	8	70	67	0	5	26	1.12
1376243--1376287	21	2.2	20	84	11	56	20	4	6	68	1.29
1377155--1377232	19	4.3	19	65	22	51	48	7	2	41	1.45
1377155--1377326	86	2.0	85	85	10	235	47	6	5	40	1.51
1377315--1377354	17	2.4	17	87	8	55	45	7	15	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1377372--1377428	16	3.6	16	87	0	78	43	3	3	49	1.36
1377402--1377463	23	2.7	23	87	5	81	46	1	1	50	1.20
1378841--1378988	46	3.3	46	89	2	230	29	22	14	33	1.93
1378928--1379050	62	2.0	64	90	6	198	30	21	11	35	1.89
1380183--1380209	6	4.5	6	100	0	54	81	0	0	18	0.69
1393276--1393313	20	1.9	20	84	10	51	39	2	7	50	1.46
1400645--1400679	17	2.0	18	94	5	63	65	0	34	0	0.93
1402371--1402405	18	2.0	18	88	5	54	0	22	0	77	0.78
1403839--1403882	21	2.1	21	84	12	56	52	6	0	40	1.28
1405943--1405989	23	2.0	23	100	0	94	34	21	8	36	1.84
1406161--1406464	162	1.9	163	88	2	459	43	15	7	33	1.74
1408008--1408759	298	2.5	298	82	4	856	29	8	20	42	1.81
1413753--1413779	3	9.0	3	100	0	54	0	0	66	33	0.92
1416971--1417032	31	2.0	31	90	0	97	46	3	8	41	1.49
1421172--1421246	39	1.9	39	100	0	150	34	18	21	25	1.96
1425071--1425098	14	2.0	14	100	0	56	28	21	0	50	1.49
1427693--1427762	34	2.1	34	100	0	140	28	5	14	51	1.65
1435826--1435872	21	2.2	21	100	0	94	53	0	12	34	1.39
1436858--1436882	13	1.9	13	100	0	50	56	8	12	24	1.62
1445810--1445986	59	3.1	59	79	8	220	36	14	11	37	1.82
1457658--1458228	60	9.6	60	82	4	595	23	18	18	39	1.92
1457658--1458228	239	2.4	238	82	4	686	23	18	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1457658--1458228	299	1.9	298	85	4	801	23	18	18	39	1.92
1475762--1475843	30	2.8	28	75	12	67	26	9	6	57	1.54
1480716--1480796	41	2.0	41	92	4	137	35	13	19	30	1.91
1488852--1489236	89	4.2	90	79	6	400	46	17	6	29	1.74
1488881--1489218	182	1.9	181	86	0	487	46	17	7	28	1.75
1489955--1489984	14	2.1	14	93	0	51	30	13	3	53	1.56
1490704--1490751	24	2.0	24	87	4	69	31	8	18	41	1.80
1496533--1496573	15	2.8	15	82	10	50	58	2	0	39	1.11
1497250--1497274	13	1.9	13	100	0	50	48	20	8	24	1.76
1498874--1498932	29	1.9	32	83	10	79	44	13	0	42	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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