genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
507204--507301	23	4.3	23	89	2	153	21	21	25	31	1.98
507206--507294	45	2.0	45	93	0	151	20	22	25	31	1.98
514306--514344	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
514570--514667	23	4.3	23	89	2	153	21	21	25	31	1.98
514572--514660	45	2.0	45	93	0	151	20	22	25	31	1.98
526738--527623	132	6.7	132	96	0	1632	29	26	16	27	1.97
526738--527626	395	2.2	396	95	0	1638	29	26	16	27	1.97
532596--533126	266	2.0	265	97	0	999	23	25	18	32	1.97
537150--537555	200	2.0	200	100	0	812	42	21	14	22	1.88
540358--540400	21	2.0	21	86	9	59	44	2	0	53	1.13
550206--550231	7	3.7	7	100	0	52	61	15	11	11	1.57
552768--552801	17	1.9	18	94	5	61	23	5	0	70	1.09
553443--553508	31	2.1	31	88	0	96	42	12	10	34	1.77
553594--553627	18	1.9	18	88	5	52	29	2	5	61	1.34
555267--555308	21	2.0	21	85	0	57	30	9	23	35	1.87
557751--557776	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
565472--565518	16	3.0	16	78	12	53	68	2	0	29	1.02
575298--575339	13	3.1	14	83	13	52	71	0	0	28	0.86
577852--577926	29	2.5	28	80	8	78	57	10	4	28	1.50
584155--584198	14	3.2	13	75	12	52	61	2	0	36	1.09
584922--584975	16	3.0	17	79	15	56	29	0	0	70	0.88
587282--587339	26	2.2	27	87	3	82	20	13	15	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
597669--597709	16	2.6	16	80	0	55	51	17	7	24	1.70
600973--601039	34	1.9	35	84	3	91	34	8	11	44	1.73
616188--616223	18	2.0	18	88	0	54	69	2	2	25	1.15
621577--621617	20	2.0	20	85	0	55	53	2	4	39	1.35
639479--639522	22	2.0	23	81	4	54	61	13	0	25	1.32
641477--641511	17	2.1	17	100	0	70	28	14	17	40	1.88
652617--652660	23	1.9	22	90	9	70	56	0	0	43	0.99
660413--660458	22	2.1	22	84	8	58	34	30	17	17	1.93
664578--664636	19	3.4	19	68	22	65	59	3	22	15	1.51
664577--664640	33	1.9	33	100	0	128	56	4	21	17	1.59
665663--667141	210	7.0	210	92	1	2254	32	19	17	30	1.95
671357--671482	42	3.0	42	96	0	234	26	5	30	36	1.80
675553--675617	32	2.0	34	87	6	98	61	4	1	32	1.26
675673--675719	21	2.2	21	88	7	69	61	0	0	38	0.96
676395--676454	30	2.0	31	86	3	86	63	3	1	31	1.20
676473--676521	21	2.4	21	89	3	73	63	0	2	34	1.06
676487--676551	34	1.9	33	87	9	96	61	1	1	35	1.15
676595--676634	13	3.2	13	89	7	64	77	0	0	22	0.77
676613--676691	31	2.6	29	78	11	86	72	5	6	16	1.24
683082--684570	210	7.2	209	83	7	1630	32	19	17	30	1.95
683459--684506	210	5.0	210	93	0	1650	32	19	17	30	1.95
685546--685592	21	2.2	22	88	3	69	21	36	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702764--704401	210	7.8	209	87	2	2142	32	18	18	30	1.95
707316--707452	43	3.2	43	78	2	141	26	29	18	25	1.98
707832--707875	21	2.1	22	87	8	65	59	11	4	25	1.51
710607--710688	42	1.9	43	83	11	107	62	1	1	35	1.11
711886--711925	14	2.9	14	84	0	62	40	47	0	12	1.41
712100--712164	14	4.6	14	79	5	69	35	38	0	26	1.57
712100--712178	28	2.8	29	82	3	81	37	39	0	22	1.55
712251--712288	14	2.7	14	91	0	67	44	28	0	26	1.54
712616--712771	41	3.8	41	83	4	206	32	28	19	19	1.96
718870--720685	210	8.7	209	89	2	2430	33	18	18	30	1.95
743363--743400	20	2.0	20	89	5	60	23	0	2	73	0.95
745939--747674	629	2.8	630	91	0	2774	31	18	19	29	1.96
745828--747674	839	2.2	840	89	1	2797	31	18	19	30	1.96
745847--747674	210	8.7	210	92	0	2710	31	18	19	30	1.96
752640--752666	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
753145--753169	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
760427--760455	5	5.8	5	100	0	58	20	17	20	41	1.90
767870--767933	34	2.0	31	82	14	76	46	28	6	18	1.73
775750--775814	33	1.9	34	84	9	89	33	20	16	29	1.95
783268--783360	18	5.2	18	81	0	114	34	15	21	29	1.94
785158--785280	58	2.1	57	77	4	131	52	10	14	22	1.72
789073--789238	59	2.9	57	79	8	160	52	8	15	24	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793009--793144	60	2.3	58	81	6	150	52	10	16	21	1.73
794824--794873	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
799463--799512	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
804586--804616	15	2.1	15	93	0	53	45	9	0	45	1.36
805356--805398	16	2.7	16	81	0	59	30	0	18	51	1.47
809134--809159	12	2.2	12	100	0	52	38	7	15	38	1.76
809234--809264	15	2.1	15	93	0	53	45	9	0	45	1.36
811000--811050	14	3.6	14	81	7	50	50	1	3	43	1.31
811980--812076	46	2.1	46	86	0	131	41	13	14	30	1.84
812026--812174	56	2.6	57	92	2	246	40	11	17	30	1.85
812246--812304	29	2.0	29	96	0	109	23	20	10	45	1.81
817267--818184	458	2.0	458	100	0	1836	34	13	15	35	1.87
820904--820934	16	1.9	16	100	0	62	45	22	12	19	1.84
838793--838853	17	3.4	17	68	12	50	32	1	11	54	1.46
838771--838860	37	2.4	36	87	7	119	32	4	13	50	1.61
838867--838972	9	11.8	9	73	13	51	29	5	16	48	1.70
838862--838973	18	6.2	18	77	12	95	28	5	16	49	1.68
838869--838972	27	3.8	26	80	2	82	29	5	16	48	1.69
839924--840029	4	26.5	4	100	0	212	50	25	0	24	1.50
846082--847127	510	2.0	511	94	0	1844	26	25	19	29	1.98
848838--848881	16	2.9	15	80	6	54	59	0	6	34	1.24
850849--850882	13	2.4	14	90	9	52	20	0	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850897--850925	14	2.1	14	100	0	58	13	0	0	86	0.58
858227--858258	17	1.9	16	93	6	55	37	0	0	62	0.95
861757--861783	14	1.9	14	100	0	54	74	7	3	14	1.18
862851--862908	30	1.9	30	89	0	89	12	25	41	20	1.87
867362--867388	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
867696--867746	21	2.5	20	81	15	59	58	1	0	39	1.09
867696--867742	7	6.6	7	79	11	51	57	2	0	40	1.11
868191--868259	8	8.1	8	76	10	66	68	2	2	26	1.18
868191--868248	17	3.4	17	77	13	73	68	1	1	27	1.08
868206--868261	26	2.1	27	90	3	87	66	3	3	26	1.25
868584--868613	16	1.9	15	93	6	51	70	3	0	26	1.03
868852--868922	27	2.7	26	84	8	81	22	29	21	26	1.99
871823--871847	13	1.9	13	100	0	50	32	12	16	40	1.84
873046--873093	17	2.9	17	81	3	53	20	2	4	72	1.11
879626--879845	37	6.0	37	94	1	372	24	21	16	37	1.93
879809--880273	52	9.2	52	83	8	570	28	22	14	34	1.93
879808--880273	98	4.7	98	91	1	680	28	22	14	34	1.93
879809--880265	150	3.0	151	85	9	598	28	22	14	34	1.93
883403--883606	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
883487--883605	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
883496--883586	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
884876--885041	37	4.5	37	96	0	296	25	20	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885005--885469	52	9.2	52	83	8	570	28	22	14	34	1.93
885004--885461	98	4.6	98	91	1	673	28	22	13	34	1.93
885005--885461	150	3.0	151	85	9	598	28	22	14	34	1.93
889565--889606	21	2.0	21	95	0	75	28	11	14	45	1.80
891545--891584	21	2.0	20	85	14	55	32	2	22	42	1.67
898522--898547	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
899667--899692	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
902032--903077	510	2.0	511	94	0	1860	26	24	18	29	1.98
906447--906477	14	2.2	14	100	0	62	64	0	0	35	0.94
914115--914154	19	2.1	19	90	0	62	27	5	2	65	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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