genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19967770--19967795	13	2.0	13	100	0	52	23	30	0	46	1.53
19968602--19968648	21	2.2	22	81	11	53	42	6	2	48	1.40
19975907--19975936	4	7.5	4	92	0	51	23	3	0	73	0.98
19975918--19976123	71	2.9	72	80	10	180	31	6	1	61	1.30
19976009--19976134	64	2.0	63	87	4	182	31	6	0	61	1.27
19991909--19992035	47	2.6	49	86	6	161	22	32	18	26	1.97
19991905--19992086	50	3.7	48	81	9	174	21	32	19	26	1.97
19996367--19996406	21	1.9	21	94	0	71	15	7	50	27	1.70
20000727--20000887	56	2.9	54	88	3	232	24	26	15	32	1.95
20002322--20002375	20	2.8	19	75	16	58	48	0	1	50	1.11
20003893--20003932	15	2.8	14	81	7	53	25	2	0	72	0.97
20005079--20005107	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
20010885--20010914	15	1.9	16	93	6	53	26	13	0	60	1.34
20012287--20012464	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
20012308--20012463	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
20020205--20020272	31	2.4	30	83	11	81	50	16	2	30	1.60
20021724--20021789	26	2.5	26	80	0	78	36	9	18	36	1.82
20021724--20021789	13	5.1	13	72	7	53	36	9	18	36	1.82
20027773--20028098	22	14.8	22	83	1	402	28	9	19	42	1.82
20027770--20028098	44	7.5	44	91	1	516	29	9	18	42	1.82
20029892--20030211	160	2.0	160	93	0	541	43	10	13	32	1.77
20030559--20030612	7	7.4	7	87	8	81	44	38	0	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20030559--20030612	22	2.5	22	93	0	99	44	38	0	16	1.48
20030559--20030612	15	3.7	15	90	2	83	44	38	0	16	1.48
20031019--20031196	96	1.9	95	85	1	248	33	17	12	35	1.89
20032184--20032225	13	3.1	14	83	10	52	73	4	0	21	1.01
20034322--20034522	62	3.2	59	74	18	165	53	4	2	39	1.37
20034458--20034506	23	2.3	21	79	10	55	59	0	2	38	1.09
20034381--20034525	68	2.1	72	80	7	165	54	4	2	38	1.34
20036341--20036370	12	2.5	12	100	0	60	76	0	6	16	0.99
20041220--20041274	5	11.0	5	100	0	110	60	0	0	40	0.97
20052444--20052496	26	2.0	26	96	0	97	56	22	3	16	1.56
20052668--20052825	48	3.1	49	81	12	162	41	15	11	31	1.83
20052702--20052825	48	2.6	48	92	0	203	45	16	10	27	1.80
20053152--20053258	44	2.6	41	84	10	130	34	25	7	32	1.84
20054358--20054431	33	2.3	32	81	9	89	39	0	2	58	1.13
20060280--20060315	18	2.1	16	90	10	54	33	5	0	61	1.19
20069770--20069798	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
20076426--20076545	62	1.9	62	86	3	170	20	37	3	39	1.69
20076551--20076633	25	3.3	25	88	3	123	10	40	22	25	1.86
20078155--20078562	59	6.9	59	91	2	602	44	5	3	46	1.44
20084041--20084177	66	2.1	66	83	2	168	43	16	24	16	1.86
20084466--20084663	85	2.3	85	90	4	301	29	26	17	26	1.98
20084465--20084663	43	4.7	43	85	1	247	29	26	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20086244--20086277	17	2.0	17	88	0	50	47	2	29	20	1.65
20090246--20090292	25	2.0	23	91	8	76	40	4	4	51	1.41
20091915--20091977	31	2.0	31	96	0	117	58	9	7	23	1.56
20096645--20096689	24	2.0	22	86	8	63	60	0	0	40	0.97
20096640--20096683	16	2.9	16	80	6	56	63	0	0	36	0.95
20097345--20097429	10	8.7	10	69	14	52	63	1	3	31	1.19
20097354--20097417	30	2.1	32	85	5	87	64	0	4	31	1.14
20097612--20097678	19	3.2	21	75	16	68	25	7	8	58	1.55
20097616--20097702	39	2.3	38	78	11	97	27	5	5	60	1.42
20097716--20097771	9	6.1	9	78	17	62	30	1	1	66	1.12
20097716--20097771	20	3.1	18	80	12	62	30	1	1	66	1.12
20099509--20099541	10	3.4	10	83	8	50	9	12	0	78	0.95
20104476--20104544	28	2.4	27	85	7	93	23	8	13	55	1.65
20104476--20104530	28	2.0	28	92	3	94	21	7	16	54	1.66
20104482--20104542	27	2.2	27	83	11	79	22	8	14	54	1.67
20105219--20105268	20	2.4	21	86	6	66	66	6	0	28	1.15
20105558--20105679	40	3.1	40	81	6	126	29	21	22	26	1.99
20105738--20105817	39	2.0	40	87	2	117	28	23	25	22	1.99
20106087--20106144	14	4.2	14	77	16	50	18	1	25	53	1.54
20106093--20106131	21	1.9	20	85	15	53	20	2	28	48	1.62
20106943--20107038	42	2.3	41	85	5	131	45	12	18	22	1.83
20108003--20108062	9	6.6	9	76	3	66	43	16	3	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20111642--20111696	28	2.0	28	92	0	92	29	23	23	23	1.99
20111801--20111868	26	2.6	26	80	0	82	44	23	17	14	1.86
20112269--20112341	19	3.8	19	92	0	128	36	10	16	35	1.84
20112549--20112593	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
20117852--20117884	14	2.3	15	89	5	50	24	12	33	30	1.91
20119216--20119791	88	6.6	88	90	1	854	28	28	23	19	1.98
20119265--20119758	44	11.3	44	62	8	182	28	26	24	20	1.99
20119216--20119791	175	3.3	175	89	1	877	28	28	23	19	1.98
20119216--20119780	263	2.1	263	94	0	970	28	27	23	19	1.99
20119879--20120521	44	14.8	44	68	13	262	30	20	22	26	1.98
20119925--20120205	84	3.3	84	71	10	262	29	20	22	27	1.98
20119879--20120205	173	1.9	173	88	0	492	30	20	21	27	1.98
20120008--20120521	217	2.4	217	82	3	665	30	20	22	25	1.98
20119920--20120295	173	2.2	172	82	4	454	29	20	22	26	1.99
20120008--20120518	45	11.7	45	71	13	257	30	20	23	25	1.99
20121068--20121121	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
20121068--20121144	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
20121329--20121373	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
20121596--20121628	3	10.7	3	93	6	57	33	0	0	66	0.92
20122966--20123116	27	5.6	27	87	3	223	19	19	19	40	1.92
20125725--20125837	42	2.6	42	78	9	104	31	23	23	22	1.98
20126986--20127048	24	2.6	24	89	0	99	38	34	11	15	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20130720--20130747	12	2.3	12	100	0	56	21	7	0	71	1.09
20130903--20130927	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
20133796--20133927	19	6.8	19	89	3	210	37	10	14	37	1.81
20133796--20133934	59	2.4	57	88	6	210	38	10	14	37	1.80
20134582--20134606	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
20134693--20134748	25	2.2	24	78	9	67	32	7	3	57	1.43
20135417--20135611	98	2.0	98	91	0	318	27	10	25	37	1.88
20141369--20141410	13	3.6	12	84	12	52	88	9	2	0	0.61
20142775--20143083	44	7.0	44	63	17	113	28	20	25	25	1.99
20142676--20143460	132	5.9	132	94	0	1363	28	20	25	24	1.99
20143183--20143368	44	4.2	44	63	10	110	27	20	26	25	1.99
20143452--20144034	44	13.5	42	72	9	302	28	19	23	28	1.98
20143452--20143657	84	2.4	87	78	11	201	27	18	24	29	1.98
20143448--20144053	217	2.8	217	92	0	996	28	19	23	28	1.98
20143530--20143857	128	2.5	127	77	12	292	27	20	24	27	1.99
20143587--20143904	173	1.8	173	81	7	396	27	19	24	27	1.99
20143590--20143816	84	2.6	87	76	10	223	28	20	24	26	1.99
20143531--20144043	44	11.8	43	73	12	322	28	19	23	28	1.98
20144219--20144329	19	5.8	19	87	8	172	37	9	15	36	1.81
20145081--20145141	25	2.3	27	77	11	72	34	6	3	55	1.42
20145807--20146001	98	2.0	98	93	0	336	27	10	25	36	1.89
20154554--20154596	21	2.0	21	86	0	59	13	13	25	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20154667--20154936	42	6.4	42	87	3	339	31	22	21	25	1.98
20155346--20155385	12	3.3	12	96	0	71	2	32	17	47	1.61
20155343--20155400	24	2.6	21	77	15	62	1	36	17	44	1.59
20167145--20167342	45	4.4	45	78	5	152	35	25	14	24	1.94
20167268--20167361	45	2.1	45	81	0	107	34	22	12	30	1.91
20169248--20169311	25	2.6	25	89	0	101	32	20	21	25	1.97
20170448--20170495	23	2.1	23	96	0	87	22	14	12	50	1.77
20172952--20173068	6	19.0	6	73	5	99	71	2	19	5	1.18
20172952--20173056	30	3.4	30	81	2	120	72	2	20	4	1.16
20179204--20179337	25	5.4	25	73	3	99	35	14	13	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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