genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  104  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33073871--33074093	119	1.9	120	84	6	301	25	27	21	25	2.00
33076559--33076616	25	2.3	25	78	0	62	20	31	24	24	1.98
33087398--33087422	11	2.3	11	100	0	50	44	24	0	32	1.54
33094143--33094319	51	3.5	50	84	5	223	29	26	15	28	1.96
33114004--33114045	19	2.2	20	86	4	59	7	28	2	61	1.35
33114992--33115025	14	2.4	14	86	13	52	17	11	0	70	1.16
33117112--33117303	51	3.8	50	80	8	210	31	25	13	30	1.93
33127906--33127949	20	2.2	20	83	0	52	43	18	13	25	1.86
33129096--33129125	10	3.0	10	95	0	51	50	0	6	43	1.28
33140933--33141016	22	3.8	23	81	9	86	16	0	46	36	1.48
33143020--33143059	21	1.9	21	89	0	62	42	7	12	37	1.71
33145292--33145575	40	7.1	37	84	8	237	26	21	26	25	1.99
33145292--33145556	80	3.3	80	88	4	376	25	21	26	26	1.99
33145293--33145589	80	3.7	79	85	7	345	26	21	26	25	1.99
33145345--33145589	120	2.1	118	84	6	316	26	20	26	26	1.99
33153336--33153630	80	3.7	79	84	7	332	26	21	26	25	2.00
33153335--33153599	40	6.7	40	85	6	342	25	22	26	25	2.00
33164647--33164755	50	2.2	50	83	1	139	24	14	18	42	1.88
33165173--33165225	24	2.2	24	89	0	79	11	18	20	49	1.78
33165181--33165235	24	2.2	25	93	3	94	9	18	23	49	1.76
33166859--33166911	23	2.3	23	81	9	56	45	0	5	49	1.26
33167618--33167672	19	2.8	20	78	13	62	65	1	1	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33167661--33167685	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
33167703--33167778	20	4.0	20	76	15	79	34	0	1	64	1.02
33167700--33167778	9	8.3	9	71	19	54	32	0	1	65	1.00
33170175--33170381	108	1.9	107	86	4	292	45	8	13	32	1.73
33174408--33174802	203	1.9	203	94	0	700	33	20	22	23	1.97
33176640--33176673	17	2.0	17	94	0	59	38	0	11	50	1.39
33189800--33189909	39	2.8	41	82	10	131	24	22	29	23	1.99
33203908--33203946	15	2.6	15	95	0	69	5	12	2	79	1.00
33203919--33203971	21	2.6	21	87	3	72	3	20	0	75	0.96
33203932--33203978	21	2.2	21	85	7	60	8	21	0	70	1.14
33204776--33204848	29	2.4	31	86	9	105	15	10	2	71	1.25
33204888--33204916	11	2.6	11	100	0	58	13	0	6	79	0.93
33204889--33204935	11	4.7	10	85	12	53	14	2	6	76	1.08
33209926--33209976	10	5.1	10	77	15	52	27	31	13	27	1.94
33209927--33209974	20	2.4	20	89	0	69	27	33	14	25	1.94
33210666--33210713	21	2.3	21	82	7	53	31	4	18	45	1.68
33215518--33215663	40	3.7	40	82	7	172	24	22	27	25	2.00
33215518--33215696	80	2.2	80	80	6	186	26	21	26	25	2.00
33223348--33223532	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
33223349--33223532	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
33223401--33223565	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
33228551--33228598	11	4.2	12	86	10	73	66	14	6	12	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33228637--33228678	14	2.9	15	89	7	68	64	2	7	26	1.32
33228640--33228687	12	3.6	13	83	8	53	70	2	6	20	1.19
33234356--33235363	503	2.0	505	97	0	1921	25	19	16	38	1.92
33245555--33245606	22	2.4	22	83	6	61	19	11	7	61	1.53
33246142--33246188	21	2.2	22	84	3	60	46	17	6	29	1.72
33251215--33251399	40	4.6	39	81	5	194	25	22	27	24	2.00
33251215--33251399	79	2.3	81	82	7	218	25	22	27	24	2.00
33251271--33251422	79	1.9	79	81	7	184	27	19	26	26	1.99
33256189--33256243	20	2.8	20	85	0	74	25	27	16	30	1.96
33256314--33256348	13	2.7	13	90	0	52	45	0	11	42	1.40
33256569--33256632	23	2.8	23	88	4	94	25	12	20	42	1.87
33264595--33264641	13	3.9	12	94	5	78	76	4	2	17	1.04
33273409--33273469	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
33273410--33273470	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
33275542--33275576	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
33276471--33276534	30	2.2	29	86	8	85	4	14	4	76	1.11
33276526--33276553	12	2.3	12	100	0	56	14	0	7	78	0.95
33277905--33277965	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
33277906--33277966	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
33285525--33285669	40	3.6	39	80	5	166	26	21	26	25	1.99
33285538--33285702	79	2.1	79	82	6	192	27	20	26	25	1.99
33293718--33293940	119	1.9	120	87	4	335	26	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33293719--33293942	40	5.6	40	81	9	244	25	22	26	25	2.00
33293718--33293975	119	2.2	119	83	5	317	26	21	25	25	2.00
33301130--33301158	14	2.1	14	100	0	58	72	6	6	13	1.26
33303415--33303468	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
33307803--33307855	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
33314964--33315645	47	14.6	47	94	0	1143	30	10	32	26	1.89
33315776--33315855	37	2.2	37	83	0	106	25	18	28	27	1.98
33321274--33321320	25	1.9	24	82	4	58	51	12	17	19	1.77
33325299--33325885	290	2.0	290	99	0	1156	34	14	20	31	1.92
33332301--33332338	20	1.9	20	89	10	60	23	18	31	26	1.97
33336404--33336591	45	4.2	45	92	0	295	37	15	20	26	1.93
33345163--33345224	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
33345163--33345225	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
33349047--33349084	11	3.4	11	88	3	58	86	2	7	2	0.74
33350111--33350201	6	14.8	6	69	7	58	70	2	19	7	1.23
33350116--33350156	18	2.3	18	91	0	64	70	4	17	7	1.28
33350162--33350199	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
33350163--33350213	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
33360544--33360886	40	8.6	40	90	2	476	24	20	27	27	1.99
33380001--33380185	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
33380002--33380185	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
33380054--33380218	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33400980--33401020	18	2.2	19	86	4	57	65	2	7	24	1.30
33407193--33407230	18	2.1	19	85	9	53	50	0	7	42	1.31
33414336--33414681	40	8.6	40	78	7	317	27	28	19	24	1.99
33414442--33414493	26	2.0	26	100	0	104	30	26	19	23	1.98
33421738--33422146	40	10.6	40	82	10	442	27	28	20	24	1.99
33421864--33421918	26	2.1	26	100	0	110	29	27	20	23	1.99
33421824--33421958	66	2.0	66	98	0	261	28	28	20	23	1.99
33421781--33422107	106	2.9	112	87	8	452	27	28	20	24	1.99
33424378--33424428	10	5.2	10	76	9	52	5	15	0	78	0.93
33424363--33424425	29	2.1	30	82	8	76	12	14	0	73	1.11
33424378--33424425	14	3.2	15	76	8	53	6	16	0	77	0.97
33424373--33424429	29	2.0	29	86	6	80	10	14	0	75	1.05
33427606--33427656	12	4.2	13	78	14	54	41	5	21	31	1.77
33429369--33429553	40	4.6	39	83	5	203	24	22	27	25	2.00
33429369--33429553	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
33429422--33429586	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
33434835--33435012	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
33434856--33435011	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
33442856--33443033	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
33442877--33443032	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
33451685--33451753	33	2.1	34	94	2	122	42	14	5	37	1.70
33453524--33453567	18	2.4	18	88	11	63	4	20	2	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33456010--33456035	9	2.9	9	100	0	52	11	11	11	65	1.48
33482498--33482563	34	1.9	34	90	0	105	31	24	18	25	1.97
33490627--33490869	121	2.0	121	96	0	450	28	13	16	42	1.85
33491503--33491588	26	3.3	26	83	0	100	37	22	19	20	1.95
33493923--33494045	28	4.4	28	84	2	140	29	21	24	24	1.99
33494383--33494615	27	8.6	27	85	4	292	18	18	20	42	1.89
33501433--33501519	28	3.4	28	68	21	80	29	21	24	24	1.99
33501619--33501670	26	2.1	24	82	10	61	38	19	23	19	1.93
33504124--33504235	43	2.6	43	87	2	145	31	25	16	26	1.97
33505145--33505347	32	6.4	32	89	0	291	20	18	20	40	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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