Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  49  of  222  ( 26535 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14632520--14632544
13
1.9
13
100
0
50
32
0
0
68
0.90
14635389--14635418
16
1.9
16
93
6
53
60
0
0
40
0.97
14635408--14635488
8
9.1
8
77
15
63
48
2
1
48
1.23
14636033--14636078
21
2.2
21
84
7
58
65
6
0
28
1.17
14636111--14636173
21
3.0
21
81
6
67
69
3
1
25
1.12
14637384--14637411
6
4.7
6
100
0
56
0
64
0
35
0.94
14643803--14643846
19
2.1
21
84
12
56
65
4
25
4
1.30
14645776--14645800
8
3.1
8
100
0
50
64
12
0
24
1.27
14647955--14648056
41
2.5
40
85
6
132
26
25
19
28
1.99
14649710--14649734
13
1.9
13
100
0
50
68
24
0
8
1.16
14654697--14654739
22
1.9
23
85
4
61
44
6
6
41
1.58
14656907--14657091
88
2.1
88
87
4
273
35
21
11
31
1.90
14657200--14657239
16
2.6
15
92
4
62
77
0
0
22
0.77
14657222--14657311
9
9.7
9
70
15
58
63
3
2
31
1.23
14657222--14657311
20
4.8
18
71
12
58
63
3
2
31
1.23
14657253--14657381
29
4.4
28
73
15
93
63
3
6
27
1.33
14657278--14657360
30
2.8
29
79
17
89
65
0
4
30
1.14
14657364--14657422
19
3.0
19
80
14
66
61
0
8
30
1.26
14657621--14657753
9
14.4
9
76
12
119
32
2
1
63
1.15
14657620--14657753
37
3.7
34
77
14
108
32
2
1
63
1.16
14664959--14665255
50
5.8
50
81
3
283
28
20
26
23
1.99
14669368--14669467
42
2.4
42
81
6
114
44
15
18
23
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14669743--14669778
17
2.1
17
100
0
72
27
41
5
25
1.77
14672808--14672842
11
3.2
11
88
11
54
0
57
0
42
0.99
14673310--14673380
3
23.3
3
74
8
63
30
1
5
61
1.27
14673322--14673383
23
2.8
22
87
4
81
32
1
8
58
1.37
14673346--14673394
23
2.1
23
84
0
62
30
4
10
55
1.52
14673408--14673455
24
2.0
24
84
12
62
29
4
0
66
1.10
14677267--14677316
11
4.8
10
85
7
64
86
2
8
4
0.78
14677266--14677326
10
5.8
10
80
7
50
81
6
6
4
0.96
14677766--14677814
6
7.8
6
86
13
64
81
0
14
4
0.83
14677758--14677813
20
2.9
21
85
15
77
82
0
12
5
0.83
14678824--14679481
44
15.1
43
72
9
444
27
16
26
29
1.97
14678821--14679445
132
4.8
132
84
4
820
28
16
25
29
1.97
14678878--14679445
255
2.2
261
85
4
758
27
16
25
29
1.97
14679424--14680920
134
11.1
134
95
0
2600
26
19
24
29
1.98
14679424--14680920
538
2.8
538
96
0
2694
26
19
24
29
1.98
14679526--14680928
46
31.2
46
64
13
186
25
19
24
30
1.98
14679424--14680996
672
2.3
668
93
1
2603
26
19
24
29
1.99
14681046--14681193
40
3.7
40
81
7
190
31
22
19
26
1.98
14682138--14682172
11
3.2
11
88
11
54
0
57
0
42
0.99
14682639--14682706
3
22.3
3
73
8
57
30
1
5
61
1.28
14682646--14682720
23
3.2
23
83
7
62
32
4
9
54
1.51
14682734--14682781
24
2.0
24
84
12
62
29
4
0
66
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14687787--14687853
34
2.0
34
100
0
134
35
16
11
35
1.86
14689952--14690006
28
2.0
28
85
0
74
12
21
20
45
1.84
14689926--14690081
71
2.2
71
93
1
269
12
23
16
47
1.80
14690024--14690082
28
2.1
28
87
0
82
11
23
20
44
1.85
14690796--14690827
17
1.9
17
93
6
57
56
6
6
31
1.49
14701070--14701111
20
2.1
20
82
8
50
11
33
0
54
1.37
14705196--14705238
11
3.8
11
82
11
52
62
11
0
25
1.29
14705272--14705318
21
2.1
22
84
7
60
55
10
12
21
1.67
14709588--14709700
44
2.5
45
88
1
165
38
10
24
25
1.88
14710947--14711152
102
2.0
102
97
0
385
30
13
22
33
1.92
14714065--14714097
17
1.9
18
88
11
52
45
0
12
42
1.41
14720963--14720993
3
10.3
3
100
0
62
35
0
0
64
0.94
14721301--14721380
40
2.0
40
100
0
160
32
10
2
55
1.47
14727172--14727209
14
2.5
15
87
8
51
68
0
15
15
1.22
14728450--14728717
86
3.1
86
89
1
419
26
22
25
26
2.00
14728923--14729315
44
9.1
44
67
13
188
29
17
24
28
1.97
14728875--14729328
173
2.6
173
88
2
662
29
17
24
28
1.97
14730790--14730846
3
19.0
3
96
0
96
33
3
0
63
1.12
14735440--14735481
18
2.3
18
95
4
75
50
4
0
45
1.23
14735786--14735817
2
16.0
2
93
0
55
53
0
0
46
1.00
14735962--14736066
41
2.6
41
75
6
97
30
31
20
17
1.96
14742195--14742308
52
2.2
53
83
3
140
22
9
27
40
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14742195--14742312
26
4.5
26
73
7
103
22
10
27
38
1.87
14742807--14743013
101
2.0
101
99
0
405
24
3
25
46
1.69
14742839--14743043
101
2.0
98
85
6
266
24
6
23
44
1.76
14756641--14756673
11
2.8
12
86
4
50
33
3
12
51
1.54
14762728--14762758
15
2.1
15
93
0
53
32
12
9
45
1.75
14769726--14769766
21
2.0
21
85
9
57
36
2
17
43
1.62
14769815--14769883
23
3.0
23
66
19
61
39
2
14
43
1.60
14769815--14769889
24
3.2
24
71
16
75
40
2
14
42
1.60
14782121--14782146
13
2.0
13
100
0
52
46
0
0
53
1.00
14785080--14785263
51
3.6
50
73
11
171
23
17
29
29
1.97
14785498--14785529
16
2.0
16
93
0
55
59
0
15
25
1.36
14790893--14790954
24
2.6
24
84
0
79
61
20
4
12
1.50
14790893--14790962
24
2.9
24
84
0
77
61
21
4
12
1.48
14792309--14792384
36
2.1
36
80
11
84
38
9
1
51
1.42
14792466--14792504
21
1.9
20
89
5
60
33
7
2
56
1.41
14797463--14798221
44
17.7
44
78
11
672
26
18
26
28
1.98
14797463--14798221
132
5.9
132
77
10
743
26
18
26
28
1.98
14797768--14797832
34
1.9
34
90
0
103
23
21
24
30
1.99
14798024--14798173
78
1.9
78
89
2
230
25
18
25
30
1.98
14797743--14798374
298
2.1
297
93
2
1054
28
19
24
27
1.99
14798322--14798481
88
1.8
88
81
4
198
31
16
21
29
1.96
14798320--14798558
44
5.5
44
74
7
154
29
19
22
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14798485--14798572
44
2.0
44
82
4
106
31
22
22
22
1.98
14799031--14799088
19
2.7
22
84
10
68
36
8
17
37
1.80
14799618--14799693
36
2.1
36
80
11
84
38
9
1
51
1.42
14801844--14801947
31
3.4
29
71
23
81
47
0
3
48
1.26
14802824--14802947
55
2.2
55
87
4
178
54
2
5
37
1.37
14813157--14813280
34
3.6
34
85
0
158
33
8
14
43
1.75
14815691--14815715
4
6.2
4
100
0
50
76
0
0
24
0.80
14817181--14817216
18
1.9
19
88
5
56
22
5
11
61
1.50
14817556--14817600
22
2.0
22
95
0
81
31
15
24
28
1.96
14817564--14817605
22
1.9
22
85
0
57
35
16
23
23
1.95
14818471--14818503
16
2.1
16
94
5
59
18
6
6
69
1.30
14820860--14820886
14
1.9
14
100
0
54
22
11
14
51
1.73
14822686--14822723
19
2.0
19
85
10
51
50
7
7
34
1.61
14826822--14826854
16
2.1
16
94
5
59
18
6
6
69
1.30
14828465--14828535
37
2.0
35
81
15
83
39
4
2
53
1.35
14829474--14829673
41
4.9
41
85
4
235
23
29
19
28
1.98
14830284--14830364
40
2.0
40
100
0
162
40
7
4
46
1.53
14831619--14831656
11
3.5
11
82
7
51
44
0
0
55
0.99
14834136--14834187
25
2.0
26
85
3
70
40
9
11
38
1.74
14837942--14838005
30
2.2
29
83
10
78
28
17
4
50
1.66
14846043--14846091
11
4.5
10
82
10
53
55
4
0
40
1.19
14846050--14846088
20
2.0
20
85
10
53
56
2
0
41
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14846110--14846140
15
2.1
14
94
5
53
54
3
0
41
1.16
14859986--14861067
44
24.5
45
78
4
1058
28
15
25
30
1.96
14859986--14861015
133
7.8
133
90
0
1557
28
16
25
29
1.97
14862792--14862830
20
2.1
19
85
9
53
25
2
5
66
1.25
14863216--14863261
17
2.6
18
86
6
58
13
8
6
71
1.29
14866517--14866567
23
2.2
23
85
0
66
41
5
1
50
1.37
14866500--14866546
14
3.1
15
84
9
51
42
2
2
53
1.25
14876673--14876718
18
2.6
18
96
0
83
26
15
34
23
1.94
14881255--14881444
97
2.0
96
83
3
238
26
17
9
46
1.78
14881917--14882649
44
17.1
44
69
9
422
30
21
21
26
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222