genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18712038--18712133	44	2.2	44	83	7	115	29	21	17	31	1.96
18717123--18717268	50	2.8	50	80	8	141	23	29	19	27	1.98
18731756--18731790	18	1.9	18	94	0	61	28	5	22	42	1.76
18735598--18735652	26	2.1	26	96	0	101	38	20	18	23	1.93
18735842--18736012	54	3.2	54	86	0	243	18	15	22	43	1.87
18735815--18736023	81	2.6	79	86	3	256	18	15	22	44	1.87
18735827--18736023	27	7.3	26	81	5	205	19	15	20	44	1.86
18753393--18753618	40	5.7	40	88	4	289	25	21	26	26	1.99
18753393--18753651	120	2.2	120	81	7	287	26	20	26	26	1.99
18759635--18759758	37	3.4	37	78	2	133	37	28	16	17	1.91
18764469--18764498	13	2.3	13	100	0	60	20	6	13	60	1.55
18765372--18765621	82	3.1	81	63	24	186	45	3	4	46	1.39
18765375--18765684	157	2.0	157	94	0	539	47	4	3	44	1.40
18765814--18765879	16	4.1	16	90	0	105	37	31	0	30	1.58
18768040--18768125	23	3.7	23	72	9	68	40	18	11	29	1.86
18768300--18768351	9	5.7	9	81	4	68	21	3	1	73	1.10
18769236--18769326	11	8.5	11	69	20	52	46	1	29	23	1.59
18780582--18780818	87	2.7	87	90	0	339	29	20	24	26	1.99
18781072--18781193	44	2.8	44	81	2	138	28	15	22	33	1.94
18787033--18787072	19	2.1	19	85	0	53	5	35	2	57	1.34
18787571--18787982	27	15.3	27	83	5	378	42	20	17	19	1.90
18787571--18787982	54	7.6	54	85	1	420	42	20	17	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18787580--18787982	81	5.0	80	83	1	446	41	21	17	19	1.90
18788136--18788203	26	2.6	26	80	2	73	17	20	25	36	1.94
18788161--18788231	26	2.7	26	84	0	79	14	19	25	40	1.89
18788871--18788912	20	2.1	20	90	0	66	45	9	16	28	1.79
18793619--18793653	18	1.9	18	88	11	54	34	14	8	42	1.76
18796265--18796854	298	2.0	298	91	2	952	29	18	26	24	1.98
18800115--18800182	29	2.3	29	87	0	100	36	11	27	23	1.90
18800168--18800390	30	7.5	30	75	10	172	40	13	24	21	1.90
18800259--18800420	60	2.7	59	77	7	155	41	12	24	21	1.87
18803904--18803936	17	1.9	17	93	0	57	57	3	12	27	1.49
18813561--18814152	296	2.0	296	91	1	972	35	13	21	29	1.92
18823538--18823629	26	3.4	26	68	16	78	41	11	4	42	1.61
18823518--18823604	26	3.0	30	65	19	76	41	14	4	39	1.67
18823518--18823629	56	2.0	56	94	0	197	41	14	4	40	1.66
18827964--18828082	41	2.9	40	77	7	112	34	26	18	20	1.96
18828898--18829050	32	4.8	32	78	3	139	37	20	20	21	1.95
18829108--18829158	27	1.9	27	88	11	79	31	25	25	17	1.97
18829221--18829303	24	3.5	23	73	11	69	51	24	3	20	1.63
18829292--18829362	27	2.7	27	91	2	108	38	18	18	25	1.93
18829366--18829657	27	10.9	26	83	4	230	23	20	20	35	1.95
18829352--18829553	81	2.5	80	85	4	271	24	22	19	33	1.97
18829352--18829560	54	3.9	53	88	5	287	24	21	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18829542--18829643	26	3.9	26	83	2	123	22	17	18	41	1.90
18829529--18829708	53	3.4	53	83	3	211	22	16	20	41	1.90
18829431--18829756	27	12.1	27	77	8	161	21	18	21	39	1.93
18836938--18836990	27	2.0	27	92	0	88	20	11	37	30	1.88
18836945--18837008	27	2.4	27	81	5	67	23	15	34	26	1.95
18841154--18841337	39	4.7	40	80	8	207	25	21	27	25	1.99
18841155--18841370	79	2.7	78	80	7	197	26	21	27	25	1.99
18856162--18856316	27	5.7	27	80	4	152	43	20	14	21	1.88
18856778--18856840	33	1.9	33	83	6	83	22	25	22	30	1.99
18859447--18859495	25	2.0	25	91	0	80	18	10	48	22	1.77
18860910--18861145	27	8.7	26	76	10	181	41	20	15	22	1.90
18860922--18861147	81	2.8	80	81	5	222	41	21	15	22	1.90
18860910--18861159	54	4.6	53	78	7	220	42	20	15	22	1.89
18862523--18862572	19	2.4	21	77	16	68	54	8	2	36	1.42
18862532--18862569	19	2.0	20	94	5	69	50	5	2	42	1.39
18868336--18868492	77	2.0	77	98	0	305	37	21	5	35	1.76
18868351--18868472	36	3.1	40	62	23	96	36	20	4	37	1.74
18883713--18883769	27	2.1	28	90	3	89	49	8	33	8	1.65
18889214--18889264	20	2.4	22	77	9	61	15	9	7	66	1.43
18908456--18908517	20	3.1	20	80	0	79	9	29	17	43	1.81
18909464--18909504	21	1.9	22	95	5	75	29	21	19	29	1.98
18910132--18910217	32	2.7	33	82	7	115	31	6	15	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18910212--18910394	48	3.9	48	83	7	223	30	18	21	30	1.96
18910212--18910419	92	2.3	90	85	6	269	31	17	21	30	1.96
18915723--18915900	28	6.4	28	90	2	243	32	29	13	25	1.94
18920663--18920692	7	4.4	7	91	8	53	26	0	0	73	0.84
18922986--18923023	9	4.3	9	90	6	51	39	0	0	60	0.97
18923633--18923682	25	2.0	25	100	0	100	20	12	8	60	1.57
18929336--18929386	6	8.5	6	100	0	102	15	0	66	17	1.25
18931157--18931185	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
18931782--18931825	18	2.6	17	82	10	54	77	2	6	13	1.07
18932494--18932538	16	3.0	15	82	17	58	31	0	0	68	0.89
18932494--18932538	14	3.0	16	84	12	60	31	0	0	68	0.89
18932879--18932908	3	10.0	3	92	0	51	66	0	3	30	1.07
18933754--18933781	8	3.5	8	100	0	56	57	0	0	42	0.99
18949058--18949243	40	4.7	40	86	7	227	24	21	27	26	1.99
18949111--18949243	39	3.3	39	93	3	212	24	20	27	27	1.99
18949111--18949276	79	2.1	80	85	5	221	26	19	27	26	1.99
18956326--18956511	40	4.7	40	88	5	252	24	21	27	26	1.99
18956379--18956544	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
18961085--18961154	20	3.5	20	84	0	95	21	22	4	51	1.65
18962595--18962634	18	2.2	18	86	8	55	30	27	2	40	1.70
18974484--18974555	5	14.4	5	100	0	144	40	0	0	59	0.97
18977390--18977583	51	3.8	50	78	8	196	29	27	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18982980--18983110	50	2.6	52	83	6	162	32	27	16	24	1.96
18984870--18984903	12	2.8	12	81	0	50	61	0	23	14	1.33
18986444--18986551	27	4.0	27	81	2	101	29	21	14	34	1.93
18988450--18988934	247	2.0	247	87	0	709	31	5	22	40	1.77
18993815--18993849	15	2.3	15	90	0	52	40	20	5	34	1.76
18997667--18997844	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18997688--18997843	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19004883--19005060	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19004904--19005059	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19009783--19010005	39	5.7	40	84	8	248	25	27	21	25	1.99
19009783--19010005	118	1.9	119	81	11	280	25	27	21	25	1.99
19018328--19018545	79	2.7	79	82	8	239	25	26	22	26	2.00
19018342--19018545	40	5.1	40	81	8	229	25	26	22	25	2.00
19026287--19026504	79	2.7	79	82	8	239	25	26	22	26	2.00
19026301--19026504	40	5.1	40	81	8	229	25	26	22	25	2.00
19039550--19039588	20	2.0	20	84	0	51	23	35	0	41	1.55
19042590--19042614	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
19043470--19043503	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
19050994--19051026	17	1.9	17	100	0	66	57	12	12	18	1.64
19071528--19071591	26	2.5	26	81	0	74	23	21	25	29	1.99
19074214--19074266	27	1.9	28	92	3	90	28	32	24	15	1.95
19074421--19074472	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19074180--19074547	103	3.6	102	90	3	569	30	29	20	19	1.97
19081338--19081390	27	1.9	28	92	3	90	28	32	24	15	1.95
19081304--19081672	103	3.6	103	89	2	553	31	28	20	19	1.97
19083894--19084131	50	4.6	50	84	5	289	22	29	22	26	1.99
19083893--19084130	100	2.3	103	85	6	322	22	29	22	26	1.99
19091515--19091606	25	3.7	25	74	0	85	26	21	23	28	1.99
19112025--19112066	22	1.9	22	85	0	57	19	33	19	28	1.96
19126129--19126529	41	9.5	42	75	5	310	22	17	23	36	1.95
19126124--19126484	84	4.3	85	85	3	466	23	16	23	36	1.94
19133190--19133214	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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