genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  64  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19536857--19536915	25	2.4	25	94	2	102	54	0	3	42	1.17
19539907--19539991	28	3.0	28	86	3	100	24	24	22	28	1.99
19539928--19540020	28	3.2	29	83	10	120	25	23	19	31	1.98
19539928--19540030	30	3.6	30	84	7	108	25	21	19	33	1.97
19547147--19547184	13	2.9	13	100	0	76	23	7	28	39	1.83
19547774--19547817	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
19551651--19551726	25	3.0	25	84	0	98	35	21	19	23	1.96
19555137--19555161	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
19556378--19556442	29	2.2	29	81	5	78	29	26	13	30	1.94
19556623--19557703	541	2.0	541	93	1	1853	28	22	14	34	1.93
19565661--19565704	11	3.7	11	80	16	52	65	2	0	31	1.05
19571620--19571646	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
19572080--19572177	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
19572108--19572190	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
19579871--19579896	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
19600736--19600998	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
19600775--19601033	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
19608481--19608506	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
19608953--19609027	28	2.6	29	87	2	98	28	13	25	33	1.93
19610415--19610586	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
19610417--19610639	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
19610415--19610639	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19610571--19610648	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19615741--19615801	27	2.3	27	81	13	81	13	42	14	29	1.84
19615742--19615808	27	2.5	27	83	13	77	16	40	14	28	1.88
19620266--19620306	14	2.9	14	88	0	64	21	29	24	24	1.99
19659127--19659154	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
19661837--19661909	19	3.9	19	70	13	55	49	0	5	45	1.25
19661979--19662025	23	2.0	23	87	0	67	38	8	6	46	1.60
19662400--19662441	18	2.3	18	77	22	52	71	4	0	23	1.05
19662694--19662733	16	2.5	16	83	0	53	67	2	2	27	1.16
19674357--19674471	24	4.8	24	77	2	97	26	23	20	30	1.98
19674562--19674675	42	2.7	42	90	0	165	38	15	12	33	1.85
19675690--19675737	23	2.0	24	84	11	64	60	0	25	14	1.34
19684197--19684590	140	3.0	130	81	8	420	29	22	20	27	1.98
19684339--19684590	127	2.0	126	86	0	351	30	23	20	25	1.98
19686185--19686273	43	2.0	44	95	2	162	42	4	17	34	1.70
19687874--19687903	14	2.1	14	100	0	60	23	26	13	36	1.92
19695026--19695084	25	2.3	27	75	16	72	5	23	5	66	1.32
19697969--19698007	19	2.0	20	85	5	53	69	0	0	30	0.89
19697977--19698021	22	2.2	20	84	11	56	57	2	0	40	1.11
19698454--19698502	20	2.5	20	86	6	64	55	10	6	28	1.57
19701205--19701406	85	2.4	86	82	5	234	46	13	10	29	1.77
19701533--19701576	16	2.7	17	79	6	56	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19701535--19701582	22	2.2	22	92	7	80	56	0	0	43	0.99
19711758--19711819	21	3.0	21	74	6	63	37	1	0	61	1.06
19711776--19711833	30	1.9	31	86	10	84	37	3	0	58	1.15
19715913--19716038	45	2.8	45	79	1	135	30	23	15	30	1.95
19719965--19720007	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
19720445--19720542	27	3.5	28	86	5	119	24	13	29	32	1.93
19720473--19720556	27	3.0	27	85	5	87	28	11	26	33	1.92
19742515--19742559	22	2.1	22	84	12	58	26	0	2	71	0.98
19742531--19742566	17	2.1	17	89	0	54	33	0	2	63	1.08
19742515--19742559	21	2.1	22	84	12	58	26	0	2	71	0.98
19743656--19743680	9	2.8	9	100	0	50	20	8	12	60	1.57
19769072--19769149	38	2.1	38	92	0	129	29	7	19	43	1.78
19784681--19784827	74	2.0	76	89	5	228	32	13	7	46	1.71
19786426--19786523	18	5.6	18	66	9	58	40	23	13	22	1.89
19786432--19786535	35	3.0	35	84	0	127	37	21	16	25	1.93
19798824--19798863	16	2.5	16	91	0	71	35	5	32	27	1.79
19798845--19798938	44	2.1	45	88	5	138	34	4	25	36	1.76
19798845--19798949	44	2.5	40	76	20	108	33	3	25	37	1.74
19799045--19799173	56	2.3	56	78	9	136	50	4	0	44	1.28
19799170--19799203	9	3.4	10	88	12	52	61	0	0	38	0.96
19800136--19800174	19	2.1	19	95	0	69	76	2	0	20	0.90
19803836--19803892	16	3.6	16	95	0	96	24	1	36	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19804138--19804172	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19804097--19804332	79	3.0	79	64	18	204	47	3	2	45	1.36
19804272--19804313	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
19804032--19804332	154	1.9	156	95	2	552	44	3	4	47	1.40
19804281--19804322	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
19804320--19804504	59	3.1	59	66	16	155	49	7	2	40	1.45
19804270--19804572	120	2.6	119	88	7	447	50	5	2	41	1.39
19804389--19804440	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
19804366--19804456	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
19804525--19804563	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
19804530--19804563	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
19804596--19804790	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
19806191--19806217	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
19818776--19818819	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
19824448--19824481	17	1.9	17	88	5	50	32	0	20	47	1.51
19824809--19824867	26	2.4	25	86	8	84	62	8	0	28	1.24
19830622--19830684	11	5.9	11	72	18	53	60	3	3	33	1.28
19830623--19830684	21	2.9	21	73	4	61	61	3	3	32	1.28
19834624--19834916	156	1.9	156	93	1	507	28	17	18	35	1.94
19836066--19836107	21	2.0	21	86	9	59	45	2	0	52	1.13
19852884--19852918	15	2.3	15	90	0	52	51	5	0	42	1.25
19858992--19859019	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19863643--19863751	50	2.1	52	83	9	136	23	17	22	35	1.95
19883006--19883123	21	5.5	21	72	9	85	38	17	18	24	1.92
19883678--19883747	35	2.0	35	100	0	140	37	14	11	37	1.82
19889679--19889927	128	1.9	128	80	3	286	25	20	22	30	1.98
19889822--19890142	44	7.4	43	68	15	142	29	20	19	30	1.97
19889897--19890018	44	2.8	44	80	13	151	24	25	20	29	1.99
19890663--19890883	88	2.5	88	81	4	257	21	24	26	28	1.99
19893960--19893994	17	2.1	17	94	0	61	37	20	20	22	1.95
19903928--19903985	17	3.5	17	76	19	52	48	1	22	27	1.60
19903933--19903995	28	2.2	29	81	13	78	49	3	22	25	1.65
19903923--19903987	17	4.0	15	74	21	51	47	1	23	27	1.60
19906645--19906670	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
19907893--19908061	83	2.0	83	100	0	338	49	26	5	18	1.71
19909283--19909308	8	3.2	8	100	0	52	34	0	23	42	1.54
19920098--19920199	39	2.6	40	83	6	111	23	38	22	15	1.93
19930595--19930625	16	1.9	16	93	0	53	35	0	25	38	1.56
19933707--19933764	22	2.6	22	83	0	62	48	8	18	24	1.76
19936845--19936900	22	2.5	23	80	8	62	55	12	10	21	1.67
19937517--19937639	63	2.0	63	83	4	160	26	29	21	22	1.99
19942112--19942143	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
19942304--19942474	43	4.0	43	82	7	188	33	28	16	22	1.95
19942304--19942459	84	1.9	84	86	5	226	31	28	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19948534--19948686	47	3.3	47	80	4	184	36	19	13	30	1.91
19948739--19948777	20	2.0	20	90	5	62	38	17	0	43	1.50
19952854--19952883	3	10.3	3	92	7	53	33	0	30	36	1.58
19954703--19954734	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
19955145--19955233	18	4.6	20	68	16	62	55	0	28	16	1.42
19955152--19955264	56	2.0	56	100	0	226	53	0	26	19	1.45
19964709--19964770	31	1.9	33	90	6	101	43	0	0	56	0.99
19964711--19964778	31	2.3	31	85	7	88	44	0	0	55	0.99
19964975--19965006	16	2.1	15	94	5	55	37	0	9	53	1.34
19965228--19965316	33	2.7	31	81	13	108	25	7	19	47	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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