genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  57  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17263448--17263486	21	1.9	20	89	5	60	79	0	20	0	0.73
17263618--17263675	31	1.9	30	89	3	89	46	12	18	22	1.82
17263618--17263675	30	1.9	30	89	6	91	46	12	18	22	1.82
17264539--17264574	5	7.0	5	87	6	54	75	2	0	22	0.94
17266300--17266350	26	2.0	26	88	0	75	43	31	19	5	1.75
17266405--17266473	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
17266405--17266473	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
17266454--17266544	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
17266692--17267278	120	4.9	120	98	0	1124	47	6	2	43	1.41
17266692--17267278	239	2.4	239	98	0	1120	47	6	2	43	1.41
17278931--17278963	5	6.6	5	89	10	50	18	0	0	81	0.68
17278931--17278963	9	3.3	10	87	12	50	18	0	0	81	0.68
17278930--17278962	14	2.3	15	94	5	59	21	0	0	78	0.75
17278936--17278982	17	2.9	16	84	9	53	21	0	8	70	1.14
17280910--17280968	31	1.9	31	89	0	91	38	11	11	37	1.79
17282977--17283018	16	2.8	15	89	10	68	66	11	0	21	1.23
17282988--17283034	19	2.3	21	89	10	71	63	14	0	21	1.30
17284283--17284393	49	2.2	50	85	4	145	9	53	2	35	1.47
17286044--17286245	110	1.8	111	92	1	343	31	24	13	30	1.94
17287397--17287496	7	14.3	7	80	18	95	72	0	4	24	1.02
17287396--17287507	30	4.1	29	82	14	125	73	0	4	22	1.01
17287403--17287507	34	3.2	33	83	12	128	73	0	3	22	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17287437--17287509	7	10.3	7	76	18	53	78	0	1	20	0.83
17292177--17292233	30	1.9	30	88	0	87	31	12	22	33	1.91
17293972--17294004	14	2.3	15	89	5	50	33	0	0	66	0.92
17297111--17297142	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
17302532--17303231	375	1.9	375	89	1	1107	25	12	23	38	1.89
17303597--17303645	22	2.3	20	79	10	53	18	12	24	44	1.84
17319288--17319335	25	1.9	25	95	0	87	33	25	18	22	1.97
17336089--17336245	49	3.1	51	83	9	212	39	25	2	32	1.69
17336127--17336198	25	2.9	25	66	24	62	38	27	1	31	1.65
17340585--17340620	18	2.0	18	89	10	56	61	0	11	27	1.30
17345330--17345546	61	3.6	61	84	1	265	26	28	15	29	1.96
17347941--17348026	35	2.5	35	82	0	109	41	20	25	11	1.86
17354006--17354127	63	1.9	63	91	0	199	50	22	7	19	1.73
17354992--17355093	43	2.3	43	84	1	141	32	18	23	25	1.97
17355819--17355871	26	2.0	26	100	0	106	35	18	11	33	1.87
17363728--17363766	5	7.8	5	100	0	78	38	20	0	41	1.53
17367008--17367047	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
17367031--17367070	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
17367016--17367082	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
17367010--17367086	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
17370338--17370369	16	2.0	16	93	0	55	53	28	0	18	1.45
17370322--17370387	30	2.2	29	84	12	82	51	28	0	19	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17370353--17370397	22	2.0	22	91	0	72	53	24	0	22	1.46
17371887--17371934	19	2.6	18	84	12	62	54	2	0	43	1.12
17379560--17379599	20	2.0	20	86	13	57	27	22	10	40	1.86
17387745--17387880	66	2.1	66	88	0	200	36	17	25	21	1.95
17387811--17388316	87	5.8	87	88	1	683	32	21	23	22	1.98
17387681--17387972	153	1.9	153	87	1	424	32	21	21	23	1.98
17387820--17388050	44	5.3	44	72	10	204	32	20	23	24	1.98
17388274--17388403	44	3.0	43	78	12	117	36	21	19	22	1.95
17392775--17392812	18	2.1	18	90	0	58	23	7	2	65	1.32
17397452--17397551	42	2.4	42	91	0	155	38	10	26	26	1.87
17401085--17401125	11	3.6	12	78	21	52	85	0	14	0	0.60
17401095--17401124	13	2.4	12	94	5	51	90	0	10	0	0.47
17401086--17401125	20	2.0	20	90	9	64	85	0	15	0	0.61
17401971--17402257	45	6.3	45	73	11	201	30	18	22	28	1.97
17402012--17402357	137	2.5	137	84	5	412	31	18	20	29	1.96
17402052--17402412	137	2.6	137	82	4	431	33	18	19	28	1.96
17402373--17402498	44	2.9	43	77	2	126	32	20	19	26	1.97
17406658--17406705	24	2.1	21	85	11	60	54	4	0	41	1.20
17406688--17406729	20	2.1	20	86	8	59	71	9	4	14	1.28
17409727--17409764	19	2.0	19	100	0	76	47	5	21	26	1.71
17410152--17410335	87	2.1	86	79	8	194	38	19	9	33	1.83
17410438--17410501	28	2.2	29	78	13	71	59	1	1	37	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17410446--17410499	27	1.9	29	82	14	69	55	1	1	40	1.21
17410437--17410481	20	2.2	20	84	11	56	60	0	2	37	1.09
17410785--17410848	9	6.9	9	76	18	60	25	3	1	70	1.11
17410785--17410848	19	3.4	19	81	12	78	25	3	1	70	1.11
17410786--17410848	10	6.8	9	78	12	65	25	3	1	69	1.12
17410778--17410856	19	4.1	20	76	14	58	25	5	1	68	1.17
17411466--17411499	3	11.0	3	87	6	50	64	2	2	29	1.22
17412627--17412664	18	2.2	18	86	9	53	57	0	26	15	1.38
17412622--17412707	43	2.0	43	93	0	145	53	1	23	22	1.53
17412627--17412691	16	4.4	16	67	25	52	55	0	24	20	1.43
17413976--17414072	49	2.0	49	89	0	149	41	6	26	25	1.79
17420122--17420181	30	2.0	31	86	3	86	43	0	36	20	1.52
17420365--17420401	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
17420574--17420629	29	1.9	29	85	7	78	21	5	0	73	1.03
17420605--17420687	21	4.2	20	75	11	73	27	4	1	66	1.19
17420609--17420723	41	2.8	39	80	12	108	30	5	3	60	1.35
17420699--17420777	26	3.0	26	90	3	113	39	2	1	56	1.21
17421182--17421225	22	2.0	23	86	13	65	38	2	2	56	1.24
17421985--17422022	19	2.0	19	85	10	51	55	0	0	44	0.99
17425362--17425403	18	2.2	20	83	8	52	61	4	0	33	1.17
17425359--17425406	19	2.4	21	73	13	57	60	6	0	33	1.22
17431570--17431904	22	15.2	21	77	11	289	42	18	9	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17431593--17431676	11	7.6	11	69	15	57	42	17	10	28	1.83
17431570--17431907	44	7.7	44	85	1	383	42	18	9	29	1.82
17432693--17432799	42	2.5	43	84	1	135	29	25	16	28	1.97
17438851--17438912	22	2.8	22	90	0	88	46	19	8	25	1.77
17438851--17439122	44	6.4	44	82	9	294	44	18	8	28	1.79
17438878--17438949	36	2.0	36	94	0	126	47	20	5	26	1.72
17439010--17439093	11	7.7	10	73	15	60	46	19	7	27	1.75
17438914--17439122	22	9.5	22	85	3	260	44	18	9	28	1.80
17439951--17440057	44	2.5	44	81	6	121	28	28	18	23	1.98
17439901--17440057	43	3.7	42	75	4	127	30	28	17	23	1.97
17447432--17447476	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
17450286--17450505	35	6.6	32	84	7	260	39	18	24	18	1.92
17450286--17450509	67	3.3	67	94	0	394	39	17	24	18	1.92
17450767--17450804	14	2.8	13	92	7	67	36	10	5	47	1.61
17461503--17461570	16	4.2	16	92	0	118	27	0	36	35	1.58
17461804--17462005	17	12.0	17	64	22	61	53	2	0	42	1.20
17461812--17462012	41	5.2	38	71	21	136	54	2	0	41	1.20
17461833--17461881	24	2.1	22	85	14	64	55	0	2	42	1.11
17461862--17461924	26	2.5	25	82	10	83	58	1	0	39	1.07
17461802--17461958	82	1.9	83	85	6	221	54	2	1	42	1.22
17464327--17464367	21	2.0	21	95	0	73	29	24	24	21	1.99
17466285--17466434	66	2.3	66	89	2	230	63	8	25	3	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17466288--17466373	38	2.3	38	84	8	104	68	6	22	2	1.25
17466397--17466441	23	2.0	23	86	0	63	57	8	31	2	1.41
17466292--17466455	66	2.6	63	85	8	210	60	8	26	4	1.45
17466359--17466455	33	3.1	32	66	14	85	56	8	29	5	1.50
17470420--17470468	23	2.1	23	81	7	55	36	12	10	40	1.77
17470799--17470860	26	2.4	24	82	15	79	45	1	3	50	1.27
17470803--17470854	26	1.9	27	92	7	88	44	0	3	51	1.19
17475065--17475098	17	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
17475151--17475205	20	2.7	19	81	13	56	63	1	1	32	1.15
17475178--17475203	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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