genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  7  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203079--2203128	18	2.7	18	84	6	64	64	2	2	32	1.16
2203179--2203214	18	2.0	18	94	0	63	69	0	2	27	1.02
2212287--2212325	15	2.6	15	87	0	51	23	7	30	38	1.83
2227811--2227857	19	2.5	20	86	6	62	34	0	2	63	1.06
2227811--2227857	10	4.9	10	87	7	62	34	0	2	63	1.06
2244195--2244221	11	2.5	11	100	0	54	33	0	7	59	1.25
2245730--2245761	5	6.4	5	92	0	55	43	0	15	40	1.47
2260899--2261027	69	1.9	69	85	0	177	40	14	17	27	1.89
2261041--2261110	34	2.0	35	86	8	99	44	21	10	24	1.82
2261790--2261966	40	4.3	41	80	7	182	32	29	15	23	1.95
2261790--2261966	81	2.2	80	82	7	205	32	29	15	23	1.95
2264388--2264513	61	2.1	61	81	3	146	45	10	3	41	1.54
2287298--2287333	17	2.1	17	89	0	54	50	0	16	33	1.46
2294800--2295074	136	2.0	136	99	0	541	28	14	22	34	1.94
2300569--2300625	30	1.9	30	89	3	89	17	33	35	14	1.90
2310632--2310668	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
2328864--2328898	6	5.8	6	100	0	70	31	17	0	51	1.45
2347986--2348030	23	2.0	23	86	4	65	37	2	0	60	1.09
2353130--2353199	30	2.2	32	80	14	83	70	2	0	27	1.02
2353175--2353210	19	1.9	18	88	5	54	52	5	0	41	1.24
2353864--2353917	26	2.1	26	89	0	81	29	29	9	31	1.88
2355989--2356027	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356132--2356160	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
2356247--2356322	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
2362859--2362897	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2363002--2363030	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
2363117--2363192	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
2365362--2365414	27	2.0	27	96	0	97	24	3	22	49	1.66
2366584--2366610	10	2.7	10	100	0	54	70	0	18	11	1.16
2368359--2368399	22	1.9	21	85	14	57	53	2	0	43	1.13
2372890--2372953	31	2.1	31	100	0	128	25	18	26	29	1.98
2373332--2373400	33	2.1	33	100	0	138	43	15	20	20	1.88
2373462--2373729	133	2.0	133	99	0	527	27	22	19	31	1.97
2383783--2383921	71	2.0	71	100	0	278	58	5	4	30	1.41
2406875--2406944	36	1.9	37	82	2	88	57	4	2	35	1.33
2406968--2407022	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
2417769--2417999	33	6.6	33	70	22	150	34	27	18	19	1.95
2417690--2417899	76	2.8	76	87	4	300	33	27	18	20	1.96
2417800--2418031	102	2.3	102	93	2	385	31	28	20	19	1.97
2421025--2421173	45	3.3	45	82	1	183	24	18	16	40	1.91
2421346--2421388	19	2.2	20	80	12	54	51	0	16	32	1.45
2440049--2440095	3	17.0	3	83	16	66	63	0	0	36	0.94
2440049--2440095	8	5.7	9	80	19	66	63	0	0	36	0.94
2440049--2440091	16	2.6	16	96	3	77	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2440049--2440091	11	4.0	10	91	8	59	62	0	0	37	0.95
2450764--2450994	33	6.6	33	70	22	150	34	27	18	19	1.95
2450685--2450894	76	2.8	76	87	4	300	33	27	18	20	1.96
2450795--2451026	102	2.3	102	93	2	385	31	28	20	19	1.97
2454024--2454172	45	3.3	45	82	1	183	24	18	16	40	1.91
2454344--2454386	19	2.2	20	80	12	54	51	0	16	32	1.45
2456711--2456796	25	3.4	26	74	17	83	23	20	19	36	1.95
2459781--2459826	13	3.7	13	71	11	51	0	36	0	63	0.95
2460039--2460089	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
2464078--2464605	263	2.0	262	98	0	1020	27	25	18	27	1.98
2473859--2473922	30	2.2	29	89	10	105	29	1	0	68	0.99
2473878--2473966	42	2.1	43	87	10	130	35	1	0	62	1.02
2475040--2475096	29	1.9	30	82	3	71	42	8	7	42	1.63
2475078--2475117	21	1.9	21	84	0	53	37	7	7	47	1.60
2475652--2476049	221	1.8	221	89	2	629	32	17	19	30	1.95
2475539--2476079	106	5.0	105	84	5	611	32	17	19	30	1.95
2483464--2483494	12	2.7	12	95	5	55	48	0	0	51	1.00
2483499--2483560	30	2.1	31	87	6	92	58	1	1	38	1.18
2483499--2483565	29	2.3	29	87	5	91	56	2	1	38	1.24
2485838--2486499	329	2.0	324	80	10	725	29	13	18	37	1.90
2494826--2494858	16	2.1	16	100	0	66	45	6	18	30	1.73
2507842--2507981	30	4.8	30	75	15	114	30	17	3	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2508421--2508470	11	4.6	11	78	14	50	76	0	22	2	0.89
2508447--2508486	13	3.0	13	86	13	55	82	0	15	2	0.77
2517380--2518026	77	8.5	75	82	5	773	27	18	21	33	1.96
2518185--2518326	29	4.8	30	75	9	130	29	16	4	49	1.66
2518185--2518318	59	2.3	59	79	8	148	30	14	4	50	1.63
2518479--2518526	13	3.6	13	75	5	51	66	18	10	4	1.37
2518819--2518863	15	3.0	15	83	0	54	77	0	20	2	0.87
2528857--2528894	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
2532076--2532174	50	2.0	50	91	0	162	36	24	4	35	1.74
2541458--2541557	50	2.0	50	92	3	166	36	23	4	37	1.73
2544026--2544062	14	2.6	14	91	0	56	43	0	10	45	1.39
2544314--2544454	75	1.9	75	80	5	169	34	5	17	42	1.73
2544553--2544645	41	2.3	41	80	0	105	26	16	24	32	1.96
2544780--2544980	63	2.9	68	79	12	216	30	9	15	43	1.80
2544810--2544915	31	3.4	31	68	17	83	30	9	16	43	1.80
2547002--2547140	73	2.0	67	82	12	167	37	11	10	41	1.75
2550816--2550873	26	2.2	27	84	6	75	29	1	1	67	1.11
2553968--2554041	9	8.6	9	78	16	61	41	0	0	58	0.98
2553967--2554043	5	15.6	5	72	22	65	41	0	0	58	0.98
2554234--2554281	22	2.2	22	82	14	55	70	8	20	0	1.12
2554249--2554299	18	2.8	18	76	5	50	64	7	27	0	1.21
2554628--2554671	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557558--2557636	5	15.6	5	77	18	67	39	0	3	56	1.17
2557586--2557634	19	2.5	19	90	9	73	42	0	0	57	0.99
2558968--2559099	25	5.5	24	87	6	180	15	21	22	39	1.92
2558968--2559099	49	2.8	48	86	7	180	15	21	22	39	1.92
2559909--2559942	17	2.0	17	88	0	50	35	11	17	35	1.87
2566236--2566287	22	2.4	20	79	17	59	71	9	9	9	1.32
2581604--2581696	18	5.2	18	85	0	132	27	22	16	33	1.95
2587474--2587504	15	2.0	16	93	6	55	38	25	25	9	1.86
2592636--2592689	28	1.9	28	84	0	72	33	27	22	16	1.95
2592805--2592857	26	2.0	26	88	0	79	32	20	28	18	1.97
2592901--2593055	32	4.8	32	79	0	139	37	18	20	23	1.94
2592901--2593058	64	2.5	64	79	0	181	37	18	20	23	1.94
2593070--2593140	27	2.7	25	83	12	81	35	19	22	22	1.96
2593220--2593286	24	2.8	24	80	8	73	44	22	8	23	1.81
2593433--2593638	27	7.7	27	73	6	150	26	18	17	36	1.94
2593433--2593638	54	3.8	54	73	9	188	26	18	17	36	1.94
2619576--2619641	28	2.4	27	77	7	78	33	24	21	21	1.97
2619796--2619860	22	3.0	22	76	13	62	47	16	16	18	1.83
2619852--2619990	32	4.4	32	75	0	145	41	18	17	22	1.90
2620313--2620518	27	7.6	27	77	4	173	27	20	16	35	1.94
2620266--2620449	81	2.3	81	83	3	219	27	20	17	34	1.95
2620265--2620518	81	3.1	81	80	6	214	26	20	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2622072--2622161	45	2.0	45	100	0	180	33	42	4	20	1.72
2630365--2630424	5	12.2	5	94	1	68	53	0	8	38	1.31
2630369--2630427	10	6.0	10	92	2	75	50	0	8	40	1.33
2630369--2630427	15	4.0	15	88	2	75	50	0	8	40	1.33
2632505--2632636	66	2.0	65	95	1	237	40	18	12	28	1.88
2635924--2636124	42	4.8	42	88	3	280	30	18	20	29	1.97
2637201--2637826	143	4.4	143	89	0	957	27	23	20	28	1.99
2637693--2637802	45	2.5	44	78	1	121	25	28	20	26	1.99
2641442--2641510	6	11.0	6	79	14	77	1	15	1	81	0.84
2641443--2641522	13	6.3	13	86	11	87	1	12	2	83	0.80

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