genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  213  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67321240--67321308	25	2.7	26	86	8	88	33	4	2	59	1.32
67323072--67323191	27	4.4	27	79	6	127	29	11	36	22	1.90
67323127--67323210	42	2.1	41	86	6	118	29	9	38	22	1.86
67323139--67323226	42	2.1	42	93	0	149	25	10	39	25	1.87
67323139--67323233	15	6.7	15	72	13	76	26	9	40	24	1.85
67323181--67323241	27	2.3	27	88	5	88	26	8	42	22	1.81
67326207--67326299	30	3.1	30	87	1	123	27	21	6	44	1.77
67326221--67326301	15	5.3	16	70	16	64	27	19	6	46	1.73
67330885--67330964	15	5.3	16	70	15	64	30	17	6	46	1.73
67330880--67330963	30	2.8	30	82	8	109	29	17	7	45	1.75
67331390--67331447	30	1.9	31	82	10	75	55	5	6	32	1.49
67333168--67333320	27	5.8	27	69	13	97	47	0	11	40	1.40
67333168--67333248	27	3.1	28	79	10	100	50	0	12	37	1.40
67333172--67333322	52	2.8	55	79	9	161	47	0	11	41	1.40
67334137--67334477	168	2.0	168	90	2	533	11	22	19	46	1.82
67342035--67342062	6	4.7	6	100	0	56	50	0	17	32	1.47
67343638--67343666	15	1.9	15	100	0	58	37	27	0	34	1.57
67346539--67346581	22	2.0	22	86	9	61	60	2	4	32	1.30
67346663--67346741	27	3.0	26	76	9	79	46	0	11	41	1.40
67347609--67348287	168	4.0	168	94	0	1133	10	23	19	45	1.82
67349083--67349110	10	2.8	10	100	0	56	50	0	10	39	1.37
67351473--67351531	27	2.2	27	96	0	109	35	10	27	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67351625--67351659	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
67351684--67351731	10	4.9	10	76	2	53	25	6	2	66	1.26
67353891--67354055	82	2.0	82	100	0	330	27	19	20	32	1.97
67354015--67354064	24	2.1	24	96	0	91	28	26	24	22	1.99
67360947--67360971	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
67361934--67362002	24	2.9	23	77	14	61	50	1	5	42	1.35
67363661--67363767	25	4.3	25	75	5	92	24	21	21	32	1.98
67371296--67371476	64	2.8	64	94	0	308	20	20	23	35	1.96
67372223--67372249	14	1.9	14	100	0	54	22	7	22	48	1.75
67373096--67373190	25	3.8	25	87	5	122	23	24	24	28	2.00
67375776--67375932	46	3.4	46	78	3	154	29	19	22	28	1.98
67376909--67377701	395	2.0	395	100	0	1586	37	19	8	34	1.83
67379425--67379487	25	2.6	24	80	5	72	22	31	15	30	1.95
67379474--67379531	25	2.3	25	85	5	73	18	25	20	34	1.96
67379596--67379645	27	1.9	27	88	8	77	24	26	16	34	1.95
67379584--67379651	27	2.6	25	79	9	75	22	26	17	33	1.96
67381190--67381301	43	2.6	43	82	1	118	43	16	24	15	1.86
67382297--67382334	6	6.2	6	87	6	58	47	15	18	18	1.83
67382299--67382334	18	1.9	19	94	5	65	44	16	19	19	1.87
67382318--67382635	45	7.2	45	84	5	382	40	20	18	20	1.92
67382318--67382642	84	3.8	84	82	7	364	40	20	18	20	1.92
67382321--67382631	129	2.4	133	86	4	409	40	20	18	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67382451--67382662	45	5.2	39	75	13	147	40	21	17	20	1.91
67382835--67382921	40	2.2	40	85	8	115	42	20	6	29	1.78
67390261--67390307	15	3.0	16	79	14	62	48	0	17	34	1.47
67394933--67395025	41	2.2	41	85	11	118	63	0	2	34	1.07
67395013--67395056	16	2.6	16	78	7	52	63	0	0	36	0.95
67397005--67397044	19	2.1	19	90	0	62	20	7	5	67	1.34
67399794--67399843	9	5.6	9	79	9	57	36	2	0	62	1.07
67399794--67399845	18	2.8	19	80	8	63	36	1	0	61	1.07
67399797--67399856	27	2.2	26	80	8	66	45	1	0	53	1.10
67402416--67402465	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
67407055--67407104	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
67409579--67409609	6	5.2	6	92	0	53	12	51	3	32	1.56
67413285--67413527	25	9.7	26	76	11	195	33	18	27	19	1.96
67413393--67413474	27	3.1	26	76	22	82	36	18	28	17	1.93
67436968--67437008	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
67445840--67445895	27	2.2	25	90	6	85	60	0	1	37	1.07
67456639--67456670	15	2.1	15	100	0	64	18	6	25	50	1.70
67460423--67460479	30	1.9	30	96	0	105	49	21	5	24	1.70
67461759--67461822	31	2.1	31	96	0	119	51	10	15	21	1.74
67468798--67468822	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
67468872--67468905	15	2.3	15	89	0	50	35	5	0	58	1.22
67475102--67475143	17	2.4	17	88	4	57	47	11	2	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67475885--67475911	13	2.1	13	100	0	54	29	7	22	40	1.81
67476089--67476185	33	2.8	35	72	20	89	50	1	3	45	1.24
67479892--67479916	9	2.8	9	100	0	50	12	12	36	40	1.79
67480504--67480574	19	3.6	19	75	9	54	50	5	4	39	1.45
67480650--67480702	16	3.2	16	81	7	61	49	5	7	37	1.55
67480666--67480708	19	2.4	17	84	7	50	46	6	11	34	1.67
67488115--67488152	11	3.5	11	82	3	51	63	0	0	36	0.95
67488095--67488152	22	2.8	21	76	16	59	56	0	0	43	0.99
67489247--67489360	61	1.9	60	83	5	149	52	5	6	35	1.49
67489381--67489409	11	2.5	12	88	11	51	48	0	0	51	1.00
67489385--67489410	11	2.4	11	100	0	52	50	0	0	50	1.00
67489608--67489645	19	2.0	19	89	0	58	81	7	2	7	0.96
67489800--67489947	10	15.2	10	71	24	72	70	0	29	0	0.88
67489800--67489915	4	29.0	4	74	20	77	70	0	29	0	0.87
67489808--67489952	44	3.4	43	87	9	185	69	0	30	0	0.89
67489875--67489977	28	3.4	30	76	10	86	69	0	30	0	0.88
67491624--67491667	18	2.4	18	88	7	63	36	0	2	61	1.09
67506879--67507448	100	5.7	99	88	2	782	30	22	24	22	1.99
67506889--67507347	50	9.2	50	68	2	321	29	23	26	21	1.99
67508790--67508831	3	13.7	3	85	14	59	38	0	0	61	0.96
67508782--67508830	21	2.3	22	80	16	59	34	0	2	63	1.06
67508782--67508831	24	2.1	24	88	7	75	36	0	2	62	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67509861--67510342	158	3.0	162	68	15	472	51	8	9	29	1.66
67515825--67515912	27	3.3	27	88	0	122	20	34	25	20	1.97
67518703--67518773	31	2.3	31	82	4	90	39	11	7	42	1.68
67519182--67519218	18	2.1	18	89	0	56	32	0	5	62	1.18
67527058--67527126	33	2.1	33	97	0	129	34	28	21	14	1.93
67534994--67535050	25	2.3	24	78	3	60	54	1	1	42	1.21
67542284--67542363	26	3.1	26	87	0	115	38	25	5	31	1.77
67545534--67545579	24	1.9	24	95	0	83	50	4	8	36	1.53
67546017--67546070	27	1.9	29	88	7	85	14	0	33	51	1.43
67546168--67546383	96	2.2	96	86	3	283	41	4	16	37	1.67
67550938--67551055	52	2.3	52	96	0	227	42	13	11	33	1.79
67552201--67552261	12	5.4	12	77	16	60	44	0	31	24	1.54
67552201--67552261	11	5.5	11	76	21	56	44	0	31	24	1.54
67552200--67552261	23	2.8	22	79	15	74	45	0	30	24	1.54
67553056--67553094	21	1.9	21	89	5	62	64	2	2	30	1.21
67553132--67553186	21	2.5	22	91	5	85	58	7	0	34	1.26
67553644--67553884	10	25.8	9	67	17	100	34	1	4	60	1.24
67553654--67553884	37	6.2	36	66	26	101	34	1	3	60	1.23
67553683--67553921	19	12.8	18	67	22	97	33	1	3	61	1.20
67553641--67553724	28	3.0	28	80	5	89	28	1	5	64	1.24
67553644--67553898	19	13.8	19	67	21	91	33	1	3	61	1.22
67553804--67553898	27	3.5	29	74	17	89	32	0	3	64	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67553777--67553862	29	3.1	25	77	17	64	31	1	4	62	1.23
67555017--67555054	19	2.0	19	94	0	67	55	0	7	36	1.29
67555016--67555066	21	2.3	24	81	18	67	56	0	5	37	1.23
67555475--67555558	3	28.0	3	95	0	141	63	0	3	33	1.12
67557121--67557235	44	2.6	44	86	6	160	28	22	15	33	1.95
67560849--67560883	13	2.6	14	86	9	54	34	0	5	60	1.21
67565876--67565920	17	2.7	17	82	3	56	66	4	0	28	1.11
67569784--67569837	27	2.0	26	85	10	72	57	14	12	14	1.66
67570297--67570358	29	2.1	29	87	3	88	45	33	1	19	1.60
67570297--67570374	30	2.6	29	85	4	93	43	35	2	17	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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