genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  18  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5804771--5804841	3	23.3	3	71	8	54	60	5	2	30	1.34
5806107--5806143	17	2.2	17	90	0	56	27	24	5	43	1.76
5806597--5806627	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
5807032--5807068	20	1.9	19	89	10	58	24	32	0	43	1.55
5807901--5807993	46	2.0	47	81	10	111	40	18	18	22	1.91
5808093--5808157	22	3.0	22	77	4	60	43	18	21	16	1.88
5808149--5808284	32	4.3	32	75	11	109	41	22	16	20	1.90
5808278--5808340	26	2.4	26	86	0	81	36	25	20	17	1.94
5808325--5808377	27	2.0	27	85	7	72	30	18	26	24	1.98
5808331--5808395	27	2.4	27	78	14	64	33	21	23	21	1.97
5808459--5808564	24	4.4	24	80	0	95	45	24	6	23	1.77
5808473--5808569	24	4.0	24	78	6	99	44	24	6	24	1.77
5808554--5808606	26	2.0	27	88	3	81	35	24	16	22	1.95
5808590--5808769	27	6.7	27	81	7	136	17	19	22	40	1.92
5808587--5808779	54	3.6	51	81	9	190	18	19	21	40	1.92
5808590--5808759	81	2.1	80	84	3	216	18	20	21	40	1.92
5808611--5808779	27	6.3	27	86	1	223	17	18	22	41	1.90
5809712--5809768	13	4.7	13	75	16	68	40	43	0	15	1.47
5809722--5809767	22	2.0	23	87	4	67	41	45	0	13	1.43
5809718--5809768	18	2.9	17	77	5	66	41	41	0	17	1.50
5809731--5809774	23	2.0	22	81	4	52	45	36	0	18	1.49
5810023--5810114	22	4.2	22	83	8	116	29	27	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5810030--5810114	44	1.9	45	88	7	129	29	28	0	42	1.56
5810086--5810144	30	2.0	30	93	0	100	30	35	0	33	1.58
5810116--5810157	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
5810190--5810248	28	2.2	26	80	14	66	38	1	1	57	1.19
5810201--5810255	27	2.0	28	92	3	94	38	0	1	60	1.08
5810203--5810262	27	2.1	28	87	6	86	38	0	1	60	1.07
5812529--5812743	23	8.7	24	78	16	185	47	25	0	26	1.52
5812543--5812742	73	2.7	73	86	6	271	47	25	0	27	1.52
5812614--5812732	50	2.3	52	90	5	190	50	22	0	26	1.49
5814778--5815056	124	2.2	124	84	3	373	32	23	14	29	1.94
5815557--5815631	37	2.0	37	92	0	105	37	5	14	42	1.69
5815647--5815679	9	3.7	9	100	0	66	24	0	18	57	1.40
5815638--5815678	18	2.3	18	87	8	57	26	2	19	51	1.59
5818628--5818659	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
5824753--5824782	14	2.1	15	93	6	53	26	6	0	66	1.16
5825009--5825077	26	2.7	25	80	12	77	39	4	2	53	1.36
5835273--5835464	102	1.9	101	84	3	262	13	15	31	39	1.86
5835381--5835688	90	3.4	90	82	4	354	12	15	27	43	1.83
5835381--5835681	135	2.2	134	82	4	354	12	15	27	43	1.84
5835382--5835687	45	6.8	45	80	6	289	12	15	27	43	1.83
5837809--5837863	27	2.0	27	100	0	110	38	3	29	29	1.74
5838218--5838255	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5839555--5839613	27	2.1	29	87	6	86	67	13	3	15	1.35
5840607--5840652	23	2.0	23	83	8	58	30	2	4	63	1.26
5845341--5845376	19	1.9	18	88	5	54	55	22	0	22	1.44
5851829--5851891	31	2.0	31	100	0	126	57	3	15	23	1.53
5862089--5862128	18	2.0	21	86	13	59	35	7	0	57	1.27
5868640--5868694	28	2.0	27	89	10	85	58	10	3	27	1.49
5872416--5872469	28	1.9	28	92	7	92	42	7	3	46	1.49
5879077--5879114	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
5879093--5879183	45	2.0	44	87	2	128	31	5	28	34	1.80
5879328--5879369	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
5879337--5879378	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
5883123--5883164	11	3.7	12	90	9	61	23	30	0	45	1.53
5884970--5885012	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
5885253--5885300	21	2.3	21	82	7	62	37	39	16	6	1.74
5885267--5885308	21	2.0	21	85	0	57	33	45	19	2	1.63
5888846--5888876	15	2.0	16	93	6	55	83	0	3	12	0.75
5902635--5903061	237	1.8	236	86	4	619	45	13	14	26	1.81
5915523--5915629	55	1.9	55	96	0	196	50	19	13	16	1.78
5922323--5922407	41	2.1	41	95	0	152	45	2	7	44	1.43
5926034--5926080	8	6.2	8	85	9	55	55	0	0	44	0.99
5926037--5926077	13	2.9	13	86	13	55	58	0	0	41	0.98
5926663--5926687	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5928551--5928596	21	2.2	21	88	0	65	8	30	36	23	1.85
5929249--5929290	21	2.0	20	86	4	57	14	11	23	50	1.76
5930547--5930606	22	2.7	23	84	5	70	61	3	3	31	1.28
5940998--5941029	15	2.3	15	89	10	50	62	21	0	15	1.32
5946105--5946142	15	2.5	15	91	0	58	28	10	34	26	1.90
5949808--5949838	5	6.0	5	92	7	53	77	19	0	3	0.90
5949808--5949838	16	2.0	15	93	6	53	77	19	0	3	0.90
5950696--5950822	37	3.2	40	74	13	120	33	23	17	25	1.96
5950728--5950833	41	2.7	40	81	7	130	33	25	16	25	1.96
5950715--5950829	37	2.9	40	78	8	146	33	23	16	26	1.95
5953701--5953760	25	2.4	25	85	0	84	16	13	15	55	1.70
5958706--5958767	26	2.5	24	76	7	61	32	19	20	27	1.97
5964403--5964471	30	2.3	30	76	2	84	31	21	4	42	1.73
5968506--5968578	25	2.8	25	75	21	71	41	0	1	57	1.07
5968741--5968791	16	3.3	15	75	20	52	54	1	1	41	1.22
5974014--5974056	21	2.0	23	81	9	54	44	9	13	32	1.76
5976900--5977110	34	6.1	34	83	2	206	43	15	21	19	1.88
5976900--5977110	103	2.0	103	90	0	332	43	15	21	19	1.88
5976993--5977121	69	1.9	68	81	1	159	43	16	21	18	1.88
5977348--5977385	14	2.8	13	88	7	58	34	10	7	47	1.67
5983080--5983127	11	4.5	11	81	2	62	62	10	0	27	1.27
5983079--5983120	22	1.9	22	95	0	75	61	11	0	26	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5983591--5983639	25	2.0	25	84	8	64	44	12	10	32	1.75
5984471--5984507	18	2.1	18	89	0	56	43	0	0	56	0.99
5984821--5984875	24	2.3	23	87	12	76	36	1	3	58	1.26
5984821--5984890	24	2.9	24	81	10	63	37	1	2	58	1.22
5990356--5990411	14	3.8	14	81	11	67	37	23	5	33	1.78
5999505--5999541	19	1.9	19	94	0	65	75	13	0	10	1.04
6001349--6001390	21	2.0	21	100	0	84	33	4	4	57	1.41
6003619--6003658	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
6003661--6003776	59	2.0	59	91	1	189	41	6	7	44	1.58
6005067--6005123	27	2.1	28	84	9	75	57	3	0	38	1.16
6006185--6006213	13	2.1	14	93	6	51	37	0	6	55	1.27
6012201--6012248	19	2.6	18	74	9	51	41	0	0	58	0.98
6012212--6012245	9	3.4	10	88	12	52	47	0	0	52	1.00
6013217--6013272	29	1.9	29	88	0	85	33	14	7	44	1.72
6013942--6013988	16	3.2	16	77	20	57	61	2	0	36	1.08
6014942--6015001	24	2.7	21	80	14	75	13	6	55	25	1.62
6014952--6015037	24	3.5	24	88	4	109	15	6	52	25	1.67
6014960--6014989	15	2.0	15	93	0	51	10	6	56	26	1.57
6014963--6015374	27	15.1	27	67	11	126	23	8	44	24	1.80
6015170--6015220	6	8.5	6	88	0	75	29	11	37	21	1.89
6015164--6015265	18	5.8	18	74	13	79	24	10	42	22	1.85
6015170--6015265	12	8.2	12	71	11	74	25	11	41	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6015212--6015307	33	2.9	33	82	0	111	19	10	46	22	1.80
6015200--6015367	21	8.0	21	71	7	99	21	9	45	23	1.81
6015194--6015307	39	2.7	43	80	8	128	21	11	44	21	1.84
6015296--6015349	15	3.8	15	71	14	60	22	5	44	27	1.75
6015245--6015321	39	2.0	39	81	0	91	24	10	42	22	1.84
6015160--6015379	54	4.1	54	74	11	200	22	9	43	24	1.82
6015503--6015537	18	1.9	18	88	0	52	28	5	42	22	1.76
6021360--6021420	20	3.0	20	70	15	54	68	3	1	26	1.14
6022772--6022816	23	2.0	23	90	0	72	55	26	0	17	1.42
6022774--6022816	12	3.7	12	84	6	52	53	27	0	18	1.45

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