genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  60  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18076667--18077174	140	3.6	140	82	1	606	26	17	21	33	1.96
18080096--18080288	35	5.4	34	77	14	176	19	20	17	42	1.89
18080106--18080378	37	7.5	35	76	12	228	21	16	17	43	1.88
18080093--18080378	73	3.9	72	78	10	262	22	18	17	42	1.89
18080283--18080396	38	3.0	37	79	12	126	26	14	14	44	1.83
18085243--18085297	9	5.9	9	89	4	65	21	34	3	40	1.71
18085243--18085289	10	4.9	10	92	2	62	23	34	2	40	1.67
18085253--18085297	10	4.8	9	86	5	54	24	35	2	37	1.68
18085483--18085521	21	1.9	20	94	5	69	30	0	0	69	0.89
18089278--18089455	27	6.6	27	85	3	214	27	15	27	29	1.96
18089275--18089455	82	2.2	81	85	2	238	27	15	27	29	1.96
18091048--18091250	40	5.1	39	81	10	207	25	23	27	23	2.00
18091047--18091231	79	2.3	81	82	9	220	24	23	27	24	2.00
18091099--18091264	79	2.1	79	80	8	187	26	22	26	24	2.00
18099237--18099440	40	5.1	39	81	9	184	25	23	26	24	2.00
18099237--18099421	79	2.3	81	82	9	220	25	23	27	24	2.00
18117158--18117200	20	2.2	20	100	0	86	25	4	13	55	1.58
18122263--18122294	15	2.1	15	94	0	55	50	12	6	31	1.65
18128457--18128544	45	2.0	45	81	0	104	45	11	19	23	1.83
18131859--18131930	30	2.3	31	76	9	76	77	2	4	15	1.03
18138880--18139004	43	2.9	43	92	0	196	32	24	17	26	1.97
18139119--18139201	31	2.7	30	79	3	94	42	18	9	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18145806--18145840	17	2.1	17	100	0	70	34	22	17	25	1.96
18148464--18148498	19	1.9	17	88	11	52	40	2	5	51	1.40
18150438--18150486	24	2.0	24	84	7	64	42	2	6	48	1.39
18150454--18150494	20	2.1	19	86	4	55	41	0	9	48	1.36
18154830--18154897	35	1.9	35	82	5	84	27	30	13	27	1.94
18156132--18156179	25	1.9	25	86	0	69	37	4	25	33	1.75
18157236--18157445	102	2.1	102	95	0	375	35	23	5	36	1.77
18160946--18161009	30	2.1	30	100	0	128	28	6	31	34	1.82
18163014--18163095	30	2.7	30	100	0	164	28	6	14	51	1.66
18167004--18167072	25	2.8	25	75	4	77	30	23	23	23	1.99
18168273--18168385	60	1.9	60	94	3	201	21	21	34	23	1.97
18170826--18170870	20	2.2	20	88	7	65	22	24	26	26	2.00
18177040--18177097	22	2.6	22	91	0	89	39	15	25	18	1.91
18177022--18177104	22	3.8	22	80	0	76	38	16	27	16	1.91
18186349--18186390	21	2.0	22	90	4	68	26	4	9	59	1.48
18194137--18194224	30	2.9	30	83	3	106	23	30	28	17	1.97
18201956--18202005	19	3.0	17	78	18	52	78	2	16	4	1.00
18221141--18221187	24	1.9	25	86	4	69	44	0	2	53	1.12
18221757--18221809	9	5.9	9	82	6	63	73	3	15	7	1.20
18221757--18221809	18	2.9	18	88	0	79	73	3	15	7	1.20
18223069--18223115	22	2.0	23	84	8	60	0	12	25	61	1.31
18233564--18233597	17	2.0	17	88	0	50	55	2	14	26	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18238548--18238576	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
18245539--18245901	47	7.6	47	93	1	564	31	9	30	28	1.88
18246020--18246098	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
18247975--18248048	29	2.6	29	82	4	87	27	14	31	27	1.95
18248357--18248539	40	4.6	40	83	8	203	24	22	27	25	2.00
18251983--18252251	47	5.6	47	91	1	403	31	9	30	27	1.89
18252370--18252448	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
18257424--18257511	46	1.9	46	93	4	151	31	15	9	43	1.79
18267616--18267650	13	2.7	13	95	0	61	42	14	5	37	1.69
18268525--18268827	50	6.0	50	78	10	269	28	21	28	22	1.99
18268531--18268718	103	1.8	103	89	2	297	26	20	30	22	1.98
18272620--18272674	24	2.3	24	96	0	101	25	29	5	40	1.78
18279055--18279102	18	2.7	17	81	9	60	47	4	10	37	1.57
18286975--18287203	40	5.8	39	87	6	300	24	28	22	24	1.99
18286975--18287203	82	2.9	79	88	6	322	24	28	22	24	1.99
18295105--18295531	47	9.1	47	91	0	665	32	9	29	28	1.88
18295647--18295838	47	4.1	47	88	0	276	31	9	31	27	1.89
18313164--18313475	44	6.7	45	70	17	224	31	18	22	27	1.97
18313194--18313298	54	1.9	54	83	11	135	30	18	22	28	1.97
18313170--18313525	140	2.5	142	90	1	538	32	17	21	28	1.96
18319826--18319880	26	2.1	26	86	0	74	23	18	20	38	1.93
18321350--18321757	54	7.6	54	82	2	392	44	17	13	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18321357--18321716	27	13.3	27	82	0	342	44	17	13	24	1.85
18321357--18321757	81	5.0	78	77	8	331	43	17	13	25	1.85
18321350--18321757	27	15.1	27	76	10	163	44	17	13	25	1.85
18328329--18328416	27	3.3	26	88	4	115	45	19	11	23	1.83
18330510--18330535	12	2.2	12	100	0	52	34	7	7	50	1.60
18332655--18332679	10	2.5	10	100	0	50	0	20	0	80	0.72
18338633--18338679	10	4.6	10	89	5	76	51	12	0	36	1.40
18338630--18338679	21	2.4	21	86	3	75	50	14	0	36	1.43
18348679--18349659	27	36.4	26	78	10	835	43	19	17	20	1.89
18348648--18349659	81	12.5	80	79	8	930	42	19	17	20	1.89
18348921--18349011	28	3.3	27	76	11	87	48	20	13	17	1.81
18350045--18350217	28	6.2	28	86	5	226	24	23	22	29	1.99
18350045--18350217	84	2.1	85	88	2	260	24	23	22	29	1.99
18350883--18350927	20	2.1	21	84	8	56	33	8	20	37	1.83
18353411--18353511	47	2.2	45	77	6	103	33	18	14	32	1.92
18355072--18355114	23	1.9	23	85	4	61	34	11	13	39	1.82
18355827--18355894	36	1.9	34	85	5	91	32	17	19	30	1.95
18359039--18359068	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
18381920--18382146	43	5.4	42	77	9	212	35	25	15	22	1.94
18381920--18382147	85	2.7	85	88	3	318	35	25	15	22	1.94
18399109--18399156	20	2.4	20	78	0	51	8	29	18	43	1.79
18404211--18404241	14	2.1	15	94	5	55	25	3	12	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18404198--18404243	13	3.4	14	77	19	53	26	8	13	52	1.69
18407366--18407442	38	2.0	38	97	0	145	25	18	9	46	1.78
18408594--18408618	13	1.9	13	100	0	50	28	0	24	48	1.52
18410283--18410346	28	2.3	28	75	5	67	42	14	17	26	1.87
18410511--18410548	17	2.2	18	85	4	51	21	2	10	65	1.35
18410532--18410571	21	1.9	21	89	0	62	27	0	12	60	1.33
18416864--18416924	25	2.4	25	88	0	95	31	24	18	26	1.97
18417329--18417458	65	2.0	65	95	0	233	43	12	6	38	1.67
18422053--18422383	29	11.4	29	79	8	208	36	12	27	22	1.91
18422054--18422383	58	5.7	58	80	8	237	36	13	27	23	1.91
18422115--18422325	87	2.4	85	77	4	233	37	12	27	22	1.91
18422285--18422398	59	1.9	59	83	0	147	41	15	24	18	1.89
18439664--18440172	49	10.6	49	92	2	761	33	7	29	29	1.85
18439863--18439943	27	3.2	27	60	22	66	37	7	28	27	1.84
18439664--18440172	145	3.5	144	89	3	758	33	7	29	29	1.85
18447724--18447901	27	6.6	27	82	7	173	28	28	15	26	1.96
18448381--18448406	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
18449507--18449531	11	2.3	11	100	0	50	28	32	8	32	1.86
18455894--18456071	27	6.6	27	82	7	173	28	28	15	26	1.96
18456551--18456577	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
18457678--18457702	11	2.3	11	100	0	50	28	32	8	32	1.86
18459733--18459776	20	2.3	19	92	4	70	68	0	2	29	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18460817--18460849	7	4.7	7	92	0	57	0	18	12	69	1.18
18467192--18467236	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
18471069--18471100	17	1.9	16	93	6	55	25	12	6	56	1.59
18472924--18472955	15	2.1	15	94	0	55	56	21	9	12	1.64
18473073--18473110	20	1.9	20	84	10	51	52	23	0	23	1.47
18477525--18477585	28	2.2	28	85	2	79	32	21	21	24	1.98
18477693--18477773	26	3.1	26	89	0	126	34	23	22	19	1.96
18477939--18478049	27	4.1	27	89	0	159	18	18	23	40	1.91
18478906--18478947	19	2.3	18	80	15	50	73	0	23	2	0.94
18483149--18483190	20	2.0	20	82	13	50	50	23	2	23	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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