genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  31  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9289470--9289494	4	6.2	4	100	0	50	52	0	24	24	1.48
9291272--9291675	35	11.3	35	69	11	223	44	11	12	31	1.78
9291272--9291666	53	7.4	51	68	14	208	44	11	12	31	1.78
9291272--9291675	17	22.7	18	70	13	221	44	11	12	31	1.78
9291460--9291687	36	6.4	36	71	8	103	45	10	13	29	1.78
9291703--9291744	18	2.4	17	84	11	50	40	7	14	38	1.73
9291770--9291815	19	2.5	19	82	10	51	45	6	13	34	1.69
9291789--9291852	18	3.7	17	76	16	60	46	12	12	28	1.78
9291829--9291928	38	2.6	40	78	13	111	58	9	6	27	1.52
9291885--9291926	22	1.9	22	85	0	57	61	11	2	23	1.42
9291906--9291996	18	5.2	17	77	6	92	49	13	10	26	1.75
9291906--9291992	35	2.5	35	81	3	104	48	13	10	27	1.75
9291907--9292003	17	5.6	17	76	9	88	49	13	11	25	1.75
9291959--9292010	18	2.9	19	80	11	56	46	11	11	30	1.76
9292626--9292676	7	7.3	7	82	8	59	0	19	0	80	0.71
9292627--9292666	15	2.6	15	96	4	71	0	15	0	85	0.61
9292947--9292977	3	10.0	3	93	6	53	0	32	0	67	0.91
9293331--9293466	29	4.6	29	84	2	173	42	3	22	31	1.71
9293331--9293466	59	2.3	59	88	0	209	42	3	22	31	1.71
9293470--9293502	16	2.1	16	94	0	57	15	0	3	81	0.80
9297033--9297074	18	2.3	19	83	4	50	4	23	7	64	1.38
9297623--9297670	10	5.1	10	76	18	50	79	0	10	10	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9313843--9313906	21	3.0	21	88	0	101	10	20	18	50	1.77
9314757--9314925	30	5.6	30	89	0	248	24	30	28	16	1.96
9314757--9314865	15	7.1	17	68	23	89	23	30	29	16	1.96
9314767--9314872	13	7.2	13	67	22	59	24	33	29	13	1.93
9315524--9315565	21	2.0	21	85	0	57	21	23	28	26	1.99
9315950--9315980	15	2.1	15	100	0	62	54	6	12	25	1.62
9317733--9317801	31	2.2	31	100	0	138	46	10	27	15	1.78
9317934--9317966	17	2.0	17	88	5	50	69	3	15	12	1.30
9319005--9319053	18	2.6	20	75	9	50	30	2	10	57	1.43
9324036--9324296	129	2.0	129	89	0	396	33	20	12	33	1.90
9331647--9331685	19	2.1	19	85	0	51	20	7	2	69	1.26
9333916--9333963	23	2.1	23	84	3	62	29	16	16	37	1.91
9335340--9335429	44	2.0	44	93	4	155	31	27	8	32	1.87
9336729--9336823	48	2.0	48	95	0	172	30	27	14	27	1.95
9340672--9340718	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
9354257--9354287	13	2.4	13	94	0	53	35	3	29	32	1.73
9361930--9361978	21	2.3	22	86	10	66	20	2	4	73	1.10
9373786--9373820	9	3.9	9	84	0	52	20	28	11	40	1.87
9383313--9383349	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
9387979--9388023	17	2.6	17	89	0	54	24	17	31	26	1.97
9387996--9388079	34	2.5	34	88	0	132	22	14	30	32	1.94
9387996--9388075	17	4.8	16	76	15	72	23	15	30	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9387977--9388074	51	1.9	51	83	4	126	24	14	31	29	1.94
9401636--9401887	124	2.0	124	96	0	468	35	17	13	33	1.88
9414711--9414844	65	2.1	65	92	0	223	14	20	23	40	1.90
9426229--9426297	31	2.2	31	87	5	95	37	10	15	36	1.82
9431095--9431135	6	6.5	6	83	10	55	26	34	2	36	1.70
9431098--9431135	13	2.9	13	92	0	67	28	31	2	36	1.71
9431095--9431135	19	2.2	19	86	8	57	26	34	2	36	1.70
9435757--9435823	22	3.0	22	78	8	64	43	1	0	55	1.09
9435786--9435826	16	2.6	16	78	21	50	34	2	0	63	1.08
9435798--9435840	17	2.6	16	82	10	50	39	0	0	60	0.97
9435889--9435983	30	3.2	30	69	16	97	53	7	5	33	1.51
9435867--9435986	60	2.0	60	96	0	222	50	8	5	35	1.54
9437102--9437132	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
9437521--9437579	30	1.9	31	82	3	75	20	30	1	47	1.60
9438231--9438272	5	8.4	5	100	0	84	21	19	19	40	1.92
9445783--9445828	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
9447329--9447390	26	2.3	27	91	2	108	40	9	0	50	1.35
9447429--9447487	27	2.2	27	84	0	73	30	27	28	13	1.94
9447999--9448056	19	3.1	19	80	5	82	39	12	0	48	1.40
9448134--9448224	18	4.9	19	81	5	114	39	13	0	47	1.43
9448134--9448224	37	2.5	37	96	0	173	39	13	0	47	1.43
9447983--9448256	136	2.0	135	86	4	381	43	8	4	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9448228--9448323	37	2.6	37	94	0	174	46	0	12	40	1.42
9448228--9448315	18	4.8	18	81	4	104	47	0	12	39	1.41
9448581--9448618	20	1.9	20	89	10	60	39	5	7	47	1.55
9448938--9449000	26	2.4	27	97	2	119	47	0	11	41	1.39
9449437--9449475	20	2.0	20	90	5	62	56	2	2	38	1.27
9449652--9449698	20	2.3	22	78	14	55	61	0	2	36	1.08
9451474--9451547	24	3.4	24	64	24	72	48	21	10	18	1.78
9451463--9451547	41	2.1	41	100	0	170	49	23	10	16	1.77
9452964--9452998	3	11.7	3	93	0	61	31	2	0	65	1.07
9463976--9464043	21	3.3	20	74	14	50	42	2	1	52	1.25
9464682--9464711	12	2.5	12	88	0	51	0	23	0	76	0.78
9464785--9464817	5	6.8	5	89	3	50	45	0	0	54	0.99
9467934--9467968	16	2.2	16	100	0	70	31	5	22	40	1.78
9468766--9468817	14	3.6	14	74	5	50	44	0	5	50	1.26
9469149--9469173	13	1.9	13	100	0	50	40	0	12	48	1.40
9472908--9472967	26	2.3	26	94	0	102	16	15	11	56	1.67
9476213--9476317	31	3.4	31	71	10	90	38	1	5	54	1.35
9478587--9478679	6	15.5	6	93	0	60	61	0	6	32	1.21
9478604--9478676	3	24.3	3	100	0	146	67	0	0	32	0.91
9479433--9479470	18	2.2	18	85	4	51	13	5	10	71	1.30
9480394--9480786	130	3.0	129	88	2	567	26	23	19	30	1.98
9480773--9481249	88	5.4	88	89	1	731	21	24	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9480773--9481243	44	10.7	43	66	8	223	21	24	26	26	1.99
9487875--9487953	3	26.3	3	92	0	131	65	2	1	30	1.13
9503253--9503660	132	3.1	132	92	0	672	34	20	20	24	1.96
9503915--9504010	40	2.3	40	83	7	120	31	23	25	19	1.98
9503851--9504225	44	8.7	44	70	16	180	30	22	24	22	1.99
9503764--9504226	256	1.8	257	83	4	630	29	21	23	24	1.99
9504193--9504314	44	2.8	43	75	9	113	27	18	24	30	1.98
9504983--9505018	18	2.0	18	100	0	72	22	0	0	77	0.76
9504983--9505017	13	2.7	13	87	12	54	22	0	0	77	0.78
9523643--9523673	15	2.1	15	100	0	62	41	32	6	19	1.77
9525049--9525105	20	2.9	19	85	10	80	29	0	3	66	1.08
9534172--9534202	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
9534471--9534531	30	2.0	32	87	6	90	21	37	0	40	1.53
9535396--9536560	146	8.0	146	83	3	1337	37	14	20	28	1.91
9541812--9541970	76	2.1	75	80	10	182	32	20	10	37	1.86
9542115--9542234	10	12.7	10	67	18	53	66	0	3	29	1.13
9542116--9542146	16	1.9	16	100	0	62	77	0	0	22	0.77
9542129--9542204	29	2.6	29	75	8	82	65	1	1	31	1.09
9542523--9542631	19	5.7	19	70	21	77	34	1	0	63	1.05
9542515--9542633	38	3.1	37	76	15	118	36	1	0	62	1.06
9542454--9542643	28	6.7	27	67	17	95	32	3	1	62	1.22
9542454--9542643	9	20.2	9	71	18	95	32	3	1	62	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9543017--9543076	26	2.4	24	83	8	75	41	3	3	51	1.35
9544627--9544667	21	2.0	21	90	9	68	34	0	2	63	1.08
9544634--9544676	21	2.0	21	86	9	59	34	4	2	58	1.32
9556790--9556857	22	3.1	22	75	6	68	26	2	29	41	1.70
9565982--9566053	2	36.0	2	97	0	135	1	0	48	50	1.09
9568967--9569012	22	2.1	22	100	0	92	52	26	0	21	1.47
9572353--9572410	9	6.4	9	75	15	57	41	17	8	32	1.80
9572353--9572410	27	2.1	27	83	0	71	41	17	8	32	1.80
9572353--9572410	18	3.2	18	85	9	66	41	17	8	32	1.80
9572532--9572575	18	2.4	18	88	7	63	13	2	43	40	1.57

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