genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8780117--8780141	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
8781958--8781993	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
8781974--8782064	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
8782209--8782263	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
8782215--8782263	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
8782116--8782599	156	3.1	156	98	0	923	43	3	6	46	1.47
8782365--8782419	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
8782149--8782717	156	3.8	146	91	5	737	44	3	5	46	1.43
8782371--8782419	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
8782467--8782679	67	3.1	67	64	16	159	46	3	3	46	1.37
8782541--8782575	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8782479--8782757	137	2.0	135	81	6	321	46	5	3	44	1.43
8782807--8782855	23	2.1	24	84	3	64	51	2	2	44	1.24
8793686--8793747	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
8796782--8796836	3	18.3	3	85	7	76	61	3	1	32	1.24
8800650--8800682	8	4.2	8	96	3	59	24	0	0	75	0.80
8803561--8803592	7	4.6	7	100	0	64	0	28	12	59	1.34
8803561--8803599	14	2.8	14	92	0	51	0	28	12	58	1.34
8804445--8804477	15	2.3	15	89	5	50	72	0	3	24	0.98
8804875--8804919	23	1.9	23	86	4	63	73	0	2	24	0.95
8808436--8808666	96	2.4	96	84	3	304	38	3	19	38	1.69
8808699--8808988	125	2.3	126	94	0	501	32	20	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8812379--8812421	18	2.4	18	84	0	50	44	9	25	20	1.81
8814253--8814301	22	2.2	21	82	10	62	48	0	28	22	1.50
8814253--8814301	11	4.5	10	78	16	53	48	0	28	22	1.50
8816809--8816841	10	3.4	10	87	4	50	54	0	45	0	0.99
8828086--8828119	12	2.8	12	90	0	59	23	41	0	35	1.55
8839757--8839797	22	1.9	22	85	5	57	21	24	24	29	1.99
8846589--8846703	42	2.7	42	75	15	121	30	26	19	24	1.98
8848190--8848351	43	3.8	43	76	8	134	30	24	15	29	1.95
8865275--8865315	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
8865353--8865389	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
8865587--8865626	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
8865610--8865649	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
8865595--8865661	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
8865589--8865665	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
8869237--8869314	4	18.2	4	87	10	102	73	0	26	0	0.84
8869548--8869699	50	3.0	49	68	17	141	24	0	15	59	1.40
8869444--8869914	203	2.3	204	83	5	554	28	0	14	56	1.44
8869444--8869914	100	4.6	103	84	5	524	28	0	14	56	1.44
8870134--8870208	21	3.5	20	71	10	51	30	4	5	60	1.38
8871967--8872006	6	6.7	6	82	0	53	32	27	35	5	1.79
8872373--8872540	48	3.5	48	77	12	159	45	8	10	35	1.69
8876156--8876364	111	1.9	114	93	3	370	59	13	0	26	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8887312--8887352	2	20.5	2	100	0	82	51	48	0	0	1.00
8887645--8887681	3	12.3	3	94	0	65	32	32	0	35	1.58
8892028--8892082	29	2.0	27	82	13	67	60	10	14	14	1.60
8895551--8895606	30	1.9	28	82	13	69	60	10	14	14	1.58
8899985--8900033	24	2.0	24	100	0	98	40	8	14	36	1.75
8902993--8903030	13	2.9	13	84	7	51	81	0	0	18	0.69
8902992--8903029	7	5.6	7	90	3	51	84	0	0	15	0.63
8919041--8919070	13	2.3	13	100	0	60	40	13	6	40	1.71
8920937--8920979	21	2.0	23	81	9	54	44	9	11	34	1.73
8921016--8921054	19	2.0	20	90	10	62	69	10	7	12	1.37
8923857--8924001	34	4.3	34	88	0	200	40	13	23	22	1.89
8924254--8924291	14	2.8	13	92	7	67	36	10	5	47	1.61
8926215--8926258	17	2.6	17	85	0	61	29	20	15	34	1.94
8928959--8928993	18	1.9	18	88	0	52	42	5	40	11	1.65
8933869--8933913	16	2.6	17	82	6	56	42	0	28	28	1.56
8934629--8934656	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
8938626--8938709	29	2.7	31	80	7	91	29	14	10	45	1.78
8939820--8940228	203	2.0	203	94	0	719	32	9	22	34	1.87
8942656--8942883	41	5.6	41	90	1	368	28	20	28	22	1.98
8942656--8942884	81	2.8	81	91	1	377	28	20	28	22	1.98
8942656--8942879	122	1.8	122	94	0	394	28	20	28	22	1.99
8943058--8943126	34	2.0	35	83	11	88	31	10	23	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8946326--8946361	4	9.0	4	88	11	56	75	0	0	25	0.81
8947709--8947761	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
8947756--8947807	27	1.9	27	88	0	77	7	26	1	63	1.32
8950140--8950175	4	9.0	4	88	11	56	75	0	0	25	0.81
8957001--8957077	30	2.6	30	89	0	118	42	18	11	27	1.84
8970450--8970490	6	6.8	6	91	8	66	0	2	29	68	1.03
8970457--8970490	17	2.0	17	100	0	68	0	0	29	70	0.87
8975991--8976068	39	2.0	39	84	0	102	46	20	3	29	1.68
8980162--8980221	21	2.8	22	80	5	61	45	18	8	28	1.78
8993980--8994101	60	2.0	60	95	0	217	27	9	16	45	1.79
9002744--9002783	19	2.0	20	85	9	55	35	0	20	45	1.51
9003927--9003971	3	15.0	3	100	0	90	0	33	0	66	0.92
9007273--9007326	28	1.9	28	88	0	81	9	29	5	55	1.54
9011584--9011686	28	3.5	28	72	10	89	32	6	16	44	1.74
9024745--9024801	30	1.9	30	89	7	89	57	3	3	35	1.33
9024965--9025008	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
9026220--9026399	100	1.8	100	82	2	236	28	23	21	27	1.99
9026650--9026815	44	3.8	44	81	4	210	28	27	16	27	1.97
9026639--9026815	88	2.0	88	86	2	248	28	27	16	27	1.97
9026826--9027304	88	5.4	88	89	0	670	19	22	28	29	1.98
9027029--9027255	44	5.2	44	64	9	122	21	23	26	28	1.99
9026826--9027304	176	2.7	176	90	0	751	19	22	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9026829--9027304	264	1.8	264	91	0	783	19	22	28	29	1.98
9029435--9029504	26	2.7	25	82	4	68	57	5	14	22	1.59
9033123--9033182	28	2.1	27	81	6	66	60	5	3	31	1.35
9033123--9033200	30	2.8	28	80	9	70	58	3	3	33	1.34
9033361--9033404	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
9033530--9033565	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
9033887--9033984	22	4.6	22	72	21	66	40	16	6	36	1.73
9033923--9033993	19	3.6	19	88	7	115	38	15	9	36	1.81
9033900--9033993	19	4.6	20	83	11	111	39	15	8	36	1.79
9036018--9036096	32	2.4	34	74	21	89	36	0	13	49	1.43
9036026--9036097	30	2.5	29	86	6	94	34	0	15	50	1.44
9036018--9036129	34	3.4	33	79	12	97	33	0	16	49	1.52
9036084--9036188	30	3.6	28	78	8	93	34	4	14	46	1.65
9038358--9038436	5	16.4	5	72	12	67	2	21	2	73	1.07
9038344--9038390	18	2.5	20	79	13	62	8	17	0	74	1.05
9038346--9038437	28	3.6	24	76	15	71	4	20	2	72	1.12
9038346--9038385	21	2.0	19	85	9	53	10	15	0	75	1.05
9042298--9042475	27	6.6	27	81	3	169	28	29	15	26	1.96
9042319--9042474	82	1.9	81	85	3	215	28	29	16	26	1.96
9050378--9050500	41	3.0	40	80	5	140	23	18	6	51	1.69
9050809--9050945	68	2.0	68	97	0	256	30	24	16	29	1.96
9054235--9054298	13	4.9	13	92	0	110	39	26	10	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9054235--9054298	26	2.5	26	100	0	128	39	26	10	23	1.88
9072541--9072577	18	2.0	19	94	5	67	48	5	21	24	1.71
9073785--9073915	41	3.2	41	84	0	172	22	19	6	51	1.70
9079508--9079571	29	2.3	28	86	10	87	51	15	3	29	1.59
9085419--9085454	18	2.0	18	94	0	63	22	19	11	47	1.80
9086541--9086602	32	1.9	32	96	0	115	45	11	9	33	1.73
9089452--9089483	4	8.0	4	92	0	55	0	28	25	46	1.53
9096261--9096329	22	3.1	22	82	12	88	43	17	21	17	1.88
9099480--9099563	15	5.5	15	68	12	55	46	7	17	28	1.75
9099476--9099566	30	3.0	31	90	4	132	46	6	19	27	1.75

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