genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  56  of  222  ( 26535 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16940354--16940420	6	11.7	6	84	6	59	11	5	8	73	1.25
16940366--16940423	27	2.1	27	83	0	71	10	3	10	75	1.15
16940348--16940436	39	2.3	37	86	5	115	8	5	7	77	1.12
16940373--16940430	27	2.1	28	90	3	91	8	1	10	79	1.01
16940366--16940441	33	2.3	33	90	4	118	9	2	9	78	1.04
16940350--16940447	39	2.5	40	80	8	112	10	4	7	78	1.07
16944718--16944758	17	2.3	18	84	12	50	43	0	12	43	1.41
16944716--16944759	18	2.3	18	84	11	52	40	0	15	43	1.47
16945707--16945736	13	2.3	13	94	0	51	0	10	23	66	1.21
16946771--16946858	39	2.2	40	78	9	101	37	22	5	34	1.78
16947273--16947394	39	3.1	39	81	0	136	39	22	5	32	1.78
16950798--16950893	39	2.5	39	83	6	117	19	26	29	25	1.99
16950953--16950978	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
16957329--16957392	30	2.2	29	83	8	76	57	3	0	39	1.14
16959179--16959245	27	2.5	26	76	9	64	53	10	1	34	1.44
16965796--16965836	20	2.0	20	85	0	55	53	7	9	29	1.60
16970532--16970606	37	2.0	37	100	0	150	41	16	16	26	1.88
16971543--16971628	30	2.8	32	89	7	140	47	11	9	31	1.71
16973974--16974041	11	6.5	11	73	20	56	36	1	27	33	1.66
16973975--16974036	31	2.0	30	81	9	72	35	1	27	35	1.67
16974642--16974713	19	3.6	20	81	12	78	62	19	1	16	1.40
16974819--16974861	20	2.2	20	83	4	52	39	4	9	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16975576--16975634	30	1.9	30	83	10	75	32	8	0	59	1.28
16975567--16975633	14	4.5	15	71	20	52	34	7	0	58	1.26
16975654--16975708	16	3.4	16	71	14	58	47	0	3	49	1.19
16989380--16989643	27	9.8	27	77	6	205	24	25	7	42	1.81
16989415--16989574	79	2.0	82	86	3	227	26	23	8	42	1.81
16999271--16999304	15	2.3	15	89	0	50	17	17	29	35	1.93
16999938--17000003	33	2.0	33	93	0	114	31	13	22	31	1.93
17001993--17002170	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
17001994--17002149	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
17001990--17002170	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	30	1.95
17002101--17002181	27	3.0	27	85	0	63	27	14	27	30	1.95
17008095--17008131	16	2.3	16	85	0	56	75	0	21	2	0.92
17011553--17011593	20	2.0	22	85	9	59	21	4	9	63	1.44
17012677--17012708	15	2.2	14	94	5	55	21	0	3	75	0.95
17015469--17015495	7	3.9	7	100	0	54	29	0	44	25	1.54
17019736--17020010	29	9.5	28	74	9	203	36	19	16	26	1.93
17019753--17020001	87	2.9	85	82	2	255	36	19	17	26	1.94
17019746--17020009	58	4.5	57	78	3	231	36	19	16	27	1.93
17023888--17023957	29	2.4	29	80	4	70	35	18	14	31	1.91
17023914--17023984	29	2.4	29	85	0	88	32	15	15	36	1.89
17025301--17025332	16	2.0	16	100	0	64	31	18	25	25	1.98
17034794--17034905	43	2.6	43	91	0	170	40	4	20	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17045149--17045192	23	1.9	23	85	0	61	40	9	0	50	1.34
17048282--17048455	35	5.0	35	68	7	95	25	6	34	33	1.81
17055006--17055067	17	3.5	16	72	18	52	72	3	1	22	1.08
17054995--17055067	27	2.7	27	77	10	69	71	2	2	23	1.12
17065400--17065597	51	3.9	50	78	5	193	26	16	26	30	1.97
17073607--17073790	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
17073607--17073787	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
17078517--17078545	15	1.9	15	100	0	58	41	27	10	20	1.85
17079288--17079363	38	2.0	38	100	0	152	39	5	15	39	1.70
17096360--17096409	26	1.9	26	84	8	66	56	0	0	44	0.99
17096363--17096403	18	2.2	19	91	4	66	53	0	0	46	1.00
17098260--17098337	33	2.4	33	88	0	111	16	25	37	20	1.93
17098532--17098589	28	2.1	28	90	0	89	31	8	15	44	1.76
17100103--17100356	46	5.6	46	90	4	392	28	20	14	35	1.93
17100101--17100356	92	2.8	92	94	1	437	28	20	14	35	1.93
17101049--17101103	26	2.1	26	100	0	110	56	7	10	25	1.59
17112205--17112278	37	2.0	37	97	0	139	41	8	22	27	1.82
17112499--17112531	13	2.5	13	95	5	57	18	6	9	66	1.40
17119925--17121104	591	2.0	591	99	0	2351	39	15	17	27	1.90
17123935--17123985	18	2.7	18	85	14	59	21	3	0	74	0.98
17123939--17123985	21	2.2	21	85	14	62	21	4	0	74	0.99
17123957--17123987	12	2.6	12	94	0	53	25	3	0	70	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17128259--17128346	22	4.3	21	76	16	87	40	1	0	57	1.06
17128259--17128317	11	5.5	11	84	6	77	42	0	0	57	0.98
17128259--17128317	22	2.8	22	92	5	95	42	0	0	57	0.98
17128307--17128345	15	2.6	15	84	11	53	41	2	0	56	1.13
17128353--17128390	15	2.5	15	95	0	67	73	5	0	21	1.02
17128835--17128863	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
17128851--17128909	19	3.1	19	90	4	91	38	1	8	50	1.43
17128959--17128999	21	2.0	21	85	0	55	36	12	9	41	1.76
17130250--17130280	9	3.4	9	95	0	53	38	9	16	35	1.81
17140819--17141986	387	3.0	389	97	1	2229	32	18	12	36	1.88
17142003--17142061	24	2.4	24	85	2	82	37	0	0	62	0.95
17144864--17144889	12	2.2	12	100	0	52	26	15	26	30	1.96
17159145--17159209	34	1.9	34	96	0	121	50	4	20	24	1.66
17168232--17168260	13	2.2	13	100	0	58	48	6	0	44	1.29
17168158--17168300	56	2.6	56	86	0	205	44	15	7	32	1.75
17171805--17171962	57	2.8	56	92	1	262	43	16	8	31	1.78
17179104--17179187	29	2.9	29	81	0	96	40	19	13	27	1.88
17184614--17184681	32	2.1	32	86	0	91	41	5	7	45	1.56
17186753--17187087	87	3.8	86	79	2	373	22	25	13	38	1.90
17186753--17187065	29	10.8	29	80	4	326	21	25	13	38	1.91
17188463--17188618	73	2.1	74	90	1	242	41	10	25	21	1.86
17191155--17191336	97	1.9	97	91	2	303	34	22	9	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17196060--17196092	17	2.1	17	88	11	52	54	9	0	36	1.32
17197104--17197151	21	2.3	20	82	6	60	6	4	20	68	1.28
17197110--17197151	21	2.0	21	90	0	66	4	2	21	71	1.16
17197333--17197374	21	2.0	21	100	0	84	38	19	0	42	1.51
17198183--17198263	20	4.0	20	72	15	67	32	18	34	14	1.91
17203146--17203649	126	4.0	126	94	0	891	36	16	17	29	1.92
17213798--17213868	35	2.0	35	94	0	124	32	29	7	30	1.84
17218837--17218887	26	2.0	26	88	0	75	27	17	19	35	1.94
17218948--17219011	29	2.2	29	86	2	94	28	12	23	35	1.91
17220901--17220940	6	6.7	6	91	0	62	55	0	25	20	1.44
17228610--17228670	26	2.3	26	82	0	77	44	14	11	29	1.81
17239022--17239089	11	6.6	10	70	18	50	35	4	2	57	1.34
17239180--17239221	16	2.8	15	82	7	50	19	0	7	73	1.05
17240542--17240576	16	2.2	16	89	0	52	22	14	20	42	1.88
17243081--17243107	12	2.2	12	100	0	54	14	7	7	70	1.32
17243798--17243844	8	6.2	8	77	22	57	76	10	0	12	1.02
17243791--17243845	29	1.9	28	96	3	101	76	10	0	12	1.02
17243784--17243845	14	4.4	14	88	8	90	74	11	0	14	1.08
17245148--17245638	88	5.6	88	91	1	709	28	20	26	24	1.99
17245835--17246019	100	1.9	100	89	0	289	29	19	25	25	1.98
17246823--17246869	22	2.1	22	81	18	53	4	19	2	74	1.09
17247208--17247270	27	2.3	27	78	5	65	7	12	9	69	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17247294--17247328	16	2.1	17	89	5	54	5	0	5	88	0.63
17247291--17247328	14	2.8	14	92	4	51	7	0	7	84	0.79
17247291--17247320	14	2.1	14	100	0	60	10	0	6	83	0.81
17247461--17247496	18	1.9	19	88	5	56	27	0	5	66	1.13
17257578--17257615	10	3.9	10	82	6	51	13	0	2	84	0.73
17257578--17257628	25	2.0	26	84	3	68	15	1	1	80	0.89
17261568--17261604	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
17261819--17261878	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
17261957--17261991	16	2.2	16	90	10	54	25	28	0	45	1.54
17262626--17262650	5	5.0	5	100	0	50	20	20	20	40	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222