genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25572384--25572415	15	2.0	17	88	11	50	53	6	0	40	1.26
25578093--25578144	19	2.7	20	81	6	70	48	15	3	32	1.63
25578093--25578214	20	6.2	20	76	7	115	47	14	4	33	1.63
25578118--25578214	39	2.5	40	77	5	108	48	14	4	32	1.63
25579414--25579473	27	2.2	27	96	0	111	23	26	21	28	1.99
25580422--25580457	19	1.9	18	88	5	54	58	8	0	33	1.28
25584014--25584076	25	2.5	25	82	5	83	19	23	20	36	1.95
25591810--25591874	25	2.6	24	74	13	60	15	30	23	30	1.95
25595171--25595292	60	2.0	60	100	0	244	34	22	11	31	1.90
25596081--25596113	14	2.3	15	90	10	52	0	42	0	57	0.98
25611544--25611595	21	2.4	22	81	15	63	38	0	3	57	1.17
25616478--25616519	21	2.0	21	95	0	75	21	33	4	40	1.74
25619014--25619061	17	2.7	19	87	9	66	54	8	10	27	1.63
25618974--25619120	61	2.4	60	84	6	172	47	9	16	26	1.77
25619180--25619219	19	2.2	19	90	4	64	42	7	5	45	1.54
25619660--25619704	21	2.1	21	91	0	72	35	4	11	48	1.59
25619922--25619958	19	1.9	19	88	0	56	70	2	2	24	1.14
25620148--25620190	12	3.7	12	84	12	54	4	9	2	83	0.87
25620170--25620223	27	2.0	26	85	3	72	0	25	0	74	0.83
25620176--25620242	20	3.5	20	76	15	63	1	28	0	70	0.96
25620396--25620449	22	2.6	21	82	5	56	9	11	11	68	1.40
25620706--25620775	30	2.3	30	82	0	86	45	2	18	32	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25620735--25620826	30	3.0	31	72	15	84	43	3	20	32	1.68
25627346--25627415	30	2.4	28	88	4	95	41	15	17	25	1.89
25631709--25631761	26	2.1	25	82	10	63	43	1	22	32	1.64
25632774--25632935	41	4.0	41	90	1	236	29	20	27	22	1.99
25632771--25632970	41	4.9	41	86	1	231	30	20	26	23	1.98
25639863--25639887	13	1.9	13	100	0	50	16	16	0	68	1.22
25650825--25650885	29	2.1	30	81	3	70	37	14	8	39	1.76
25651334--25651365	14	2.3	14	94	0	55	84	0	12	3	0.74
25668966--25668998	12	2.8	12	90	0	57	45	6	18	30	1.73
25671211--25671247	19	1.9	19	100	0	74	48	0	24	27	1.51
25673500--25673529	6	5.0	6	91	0	51	36	13	33	16	1.88
25683883--25683922	20	2.0	20	95	0	71	27	10	10	52	1.66
25702893--25702948	28	1.9	30	82	7	71	32	1	21	44	1.63
25703448--25703546	37	2.6	37	83	1	117	16	13	30	40	1.86
25703498--25703679	75	2.4	76	79	4	181	14	16	30	37	1.89
25703612--25703698	38	2.3	38	83	0	120	18	20	28	32	1.96
25703700--25703806	41	2.6	41	77	0	106	15	17	28	38	1.91
25710898--25710981	41	2.0	41	88	0	123	20	25	22	32	1.98
25710909--25711020	41	2.7	41	83	0	125	20	23	22	33	1.97
25716810--25716904	41	2.3	41	81	0	109	22	22	22	33	1.97
25716831--25716930	37	2.5	40	80	6	107	23	18	23	36	1.95
25721729--25721785	21	2.7	21	81	5	62	24	24	38	12	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25725583--25725636	24	2.2	24	80	6	65	12	14	0	72	1.13
25725921--25725966	20	2.2	21	85	11	60	19	2	4	73	1.10
25726251--25726341	29	3.3	29	65	22	77	29	10	8	50	1.68
25726231--25726340	54	2.0	54	98	0	211	29	10	10	49	1.72
25740617--25740742	43	3.0	42	79	4	110	27	26	16	29	1.97
25753722--25753774	24	2.2	24	83	6	63	37	13	0	49	1.42
25758503--25758608	40	2.6	41	86	5	137	72	7	11	8	1.27
25758560--25758593	13	2.8	12	86	8	50	76	8	2	11	1.12
25760809--25761091	44	6.2	44	73	13	205	33	17	20	27	1.95
25761216--25761941	100	7.2	100	80	5	766	34	23	19	23	1.97
25761213--25761973	201	3.8	201	83	4	881	33	23	18	23	1.97
25761271--25761957	50	13.7	48	69	12	276	34	23	18	23	1.96
25765762--25765880	43	2.8	43	83	5	125	27	21	20	30	1.98
25766319--25766387	21	3.3	21	87	0	93	1	42	21	34	1.62
25768739--25768989	9	29.8	9	72	12	158	31	3	19	46	1.67
25768728--25769036	25	12.2	25	76	6	216	31	3	18	47	1.64
25768850--25768947	16	6.0	16	79	11	101	31	2	18	47	1.60
25768850--25768964	41	2.8	40	89	5	160	31	1	18	48	1.58
25769078--25769132	24	2.2	26	83	6	69	21	1	18	58	1.49
25768924--25769094	93	1.8	93	83	7	231	28	2	15	52	1.57
25769306--25769338	15	2.2	15	94	0	57	54	3	3	39	1.31
25770515--25770594	40	2.0	40	85	4	108	35	5	43	16	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25770548--25770599	24	2.2	24	86	6	70	36	3	40	19	1.70
25771758--25772558	259	3.0	266	91	2	1339	28	18	19	32	1.96
25772532--25772772	113	2.1	113	81	5	270	29	21	21	27	1.98
25772607--25772902	113	2.6	113	80	4	319	30	18	22	28	1.97
25779671--25779750	38	2.1	38	86	4	108	36	20	17	26	1.94
25785389--25785566	27	6.6	27	81	3	169	29	28	15	26	1.96
25786046--25786071	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
25792920--25793043	66	1.9	66	88	3	187	28	20	25	25	1.99
25793180--25793251	36	2.0	36	97	0	135	26	19	20	33	1.97
25795858--25795895	16	2.5	15	87	12	51	39	0	2	57	1.12
25795906--25796022	60	1.9	61	85	1	164	39	4	14	41	1.65
25797251--25797289	18	2.2	18	86	13	55	28	0	0	71	0.86
25797480--25797525	21	2.2	20	85	11	58	39	4	4	52	1.41
25797896--25797923	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
25820447--25820496	21	2.4	21	80	6	57	32	14	28	26	1.94
25823686--25823711	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
25824525--25824588	21	3.1	21	65	13	60	37	17	25	20	1.93
25824525--25824682	40	3.9	40	91	0	244	32	15	30	21	1.95
25824549--25824654	21	5.2	21	65	13	69	30	16	33	20	1.94
25824525--25824668	21	7.1	20	63	19	57	33	15	29	21	1.95
25832951--25833005	26	2.1	26	96	0	101	30	23	12	32	1.92
25837452--25837506	22	2.5	22	100	0	110	27	25	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25847204--25847340	38	3.6	38	84	2	123	39	25	17	17	1.91
25867372--25867439	30	2.2	31	84	2	84	47	7	19	26	1.75
25869557--25869581	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
25869869--25869915	22	2.1	22	88	0	67	48	27	8	14	1.73
25870083--25870156	37	2.0	38	84	7	98	33	10	22	32	1.89
25873069--25873116	25	1.9	25	83	8	62	25	22	20	31	1.98
25873022--25873131	50	2.2	49	82	4	132	23	21	21	32	1.98
25873069--25873136	25	2.7	25	74	17	61	26	22	20	30	1.98
25886256--25886333	34	2.3	32	80	18	88	60	0	0	39	0.97
25886324--25886351	9	3.1	9	100	0	56	35	0	0	64	0.94
25887066--25887115	25	2.0	25	88	0	73	4	36	6	54	1.44
25887066--25887125	25	2.5	24	79	12	70	3	36	5	55	1.38
25887335--25887362	8	3.5	8	100	0	56	25	0	39	35	1.56
25890031--25890087	30	1.9	30	92	0	96	42	8	15	33	1.78
25891482--25891539	29	2.0	30	83	10	75	32	12	12	43	1.79
25900946--25900978	14	2.3	15	89	5	50	30	0	0	69	0.88
25901930--25901975	22	2.1	22	100	0	92	13	13	17	56	1.67
25901999--25902054	26	2.2	26	90	0	85	23	8	7	60	1.51
25904096--25904166	34	2.1	34	100	0	142	42	14	12	30	1.82
25905412--25905440	14	2.0	15	93	6	51	75	0	0	24	0.80
25905812--25906545	376	1.9	379	82	6	898	37	10	7	44	1.66
25908507--25908545	20	2.0	20	90	5	62	30	23	2	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25913542--25913615	13	5.8	13	73	13	73	77	8	2	12	1.09
25913530--25913615	26	3.4	25	81	9	95	79	6	2	11	1.02
25913628--25913670	13	3.4	13	81	15	54	79	0	18	2	0.85
25913797--25913832	16	2.2	16	100	0	72	16	13	25	44	1.85
25915917--25916321	44	9.2	44	91	0	641	27	20	24	27	1.99
25916770--25916811	17	2.5	17	76	3	50	45	35	4	14	1.66
25917834--25917869	16	2.2	16	90	0	54	22	2	5	69	1.22
25917966--25918013	3	15.3	3	81	12	53	31	4	2	62	1.26
25926031--25926072	20	2.1	21	86	8	61	35	9	4	50	1.56
25937135--25937526	40	9.8	40	95	0	694	21	27	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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