genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  59  of  222  ( 26535 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17712197--17712382	51	3.7	49	81	5	221	23	18	28	29	1.98
17712306--17712386	26	3.2	26	65	28	73	23	14	28	33	1.94
17712202--17712392	102	1.9	100	91	3	285	24	18	28	28	1.98
17712388--17712494	46	2.4	43	83	10	119	26	16	21	35	1.95
17717768--17717908	39	3.6	39	86	1	185	30	3	21	44	1.69
17717853--17717894	22	1.9	22	85	9	59	28	0	23	47	1.52
17718550--17720485	464	4.2	463	89	1	2652	27	20	28	23	1.99
17721797--17721996	48	4.2	48	81	2	222	27	21	29	22	1.99
17724632--17724677	21	2.1	22	92	4	76	45	0	0	54	0.99
17727887--17727969	23	3.8	22	78	13	82	25	3	1	69	1.11
17727913--17728016	3	34.7	3	69	14	54	23	6	1	68	1.24
17727893--17727930	16	2.3	17	86	4	51	31	0	0	68	0.90
17741387--17741458	28	2.6	28	93	2	128	25	0	12	62	1.30
17742330--17742377	22	2.2	22	100	0	96	18	33	8	39	1.81
17742695--17742793	44	2.2	44	94	0	171	5	31	2	61	1.29
17742695--17742805	44	2.5	44	89	2	143	5	31	1	61	1.29
17743510--17743549	19	2.1	19	100	0	80	42	15	5	37	1.68
17745538--17745590	25	2.2	24	83	10	63	35	15	26	22	1.93
17753205--17753255	6	8.3	6	78	4	57	74	5	3	15	1.16
17753200--17753247	19	2.6	18	87	9	62	75	6	6	12	1.19
17755118--17755210	26	3.6	26	85	0	96	22	29	24	23	1.99
17763868--17763934	27	2.4	28	80	11	84	25	23	0	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17763867--17763934	20	3.7	19	70	14	54	25	23	0	51	1.48
17786859--17786983	28	4.6	27	92	2	187	30	28	13	27	1.94
17786859--17787008	56	2.7	55	86	3	194	31	29	13	26	1.94
17794639--17794815	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
17794639--17794790	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
17803345--17803379	18	2.0	17	88	5	52	34	17	0	48	1.47
17814005--17814119	25	4.6	25	80	1	115	21	23	20	33	1.97
17817524--17817558	18	1.9	18	94	0	61	48	8	14	28	1.73
17822187--17822255	34	2.0	34	100	0	138	26	8	26	39	1.85
17823813--17823864	23	2.3	23	93	0	86	7	19	28	44	1.78
17830809--17830850	8	5.2	8	100	0	84	11	0	52	35	1.38
17838602--17838644	22	2.0	22	86	4	61	32	0	23	44	1.54
17852649--17852741	35	2.6	35	87	1	123	17	13	30	38	1.89
17857600--17857929	102	3.2	100	88	2	471	33	28	19	19	1.96
17865188--17865416	102	2.2	102	85	3	318	31	27	19	21	1.97
17873865--17873920	23	2.4	23	81	0	58	23	16	12	48	1.80
17877709--17877895	50	3.7	50	89	0	257	22	31	19	25	1.98
17877758--17877942	50	3.6	50	88	3	217	24	31	19	24	1.98
17884415--17884489	26	2.9	26	80	2	89	40	12	18	29	1.87
17888476--17888554	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
17888717--17889242	47	11.1	47	94	0	836	28	30	10	30	1.90
17891078--17891119	21	2.0	21	100	0	84	52	14	23	9	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17894020--17894070	26	2.0	26	84	0	66	54	11	5	27	1.59
17894425--17894456	16	1.9	17	93	6	57	40	0	6	53	1.26
17896101--17896142	21	2.0	21	85	0	57	52	0	2	45	1.13
17900540--17900568	13	2.2	13	100	0	58	24	24	6	44	1.77
17901824--17901861	13	2.9	13	92	0	67	21	31	39	7	1.82
17902415--17902637	90	2.5	90	84	1	277	29	26	13	31	1.93
17905478--17905505	6	4.7	6	100	0	56	35	0	0	64	0.94
17910877--17910910	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
17918477--17918680	25	8.1	25	72	11	112	35	18	16	30	1.92
17918525--17918674	51	3.0	49	76	8	142	37	17	14	30	1.90
17920207--17920257	9	6.6	8	81	18	56	25	0	5	68	1.12
17920206--17920263	22	2.6	23	86	13	86	25	0	5	68	1.10
17920292--17920347	25	2.2	26	87	9	80	35	1	3	58	1.26
17920797--17920823	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
17921385--17921435	19	2.7	19	80	14	70	37	1	0	60	1.08
17923539--17923598	26	2.2	28	80	8	72	56	11	3	28	1.51
17923548--17923597	12	3.9	12	79	20	57	58	10	2	30	1.42
17923928--17924015	39	2.3	35	77	19	95	60	13	2	23	1.45
17924159--17924248	31	2.8	32	76	11	85	38	26	0	34	1.57
17924605--17925763	388	3.0	388	92	3	1952	31	16	13	38	1.88
17934301--17934360	4	15.0	4	96	0	102	46	25	3	25	1.68
17939428--17939461	15	2.3	15	89	0	50	61	20	17	0	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17939476--17939514	20	2.0	20	84	0	51	43	20	33	2	1.65
17942561--17942707	53	2.8	50	81	8	125	27	36	21	15	1.93
17942591--17942707	53	2.2	53	89	0	180	26	37	21	14	1.92
17949394--17949469	37	2.1	37	100	0	152	18	22	15	43	1.88
17950120--17950146	7	3.9	7	100	0	54	85	14	0	0	0.61
17952692--17952953	131	2.0	131	100	0	524	41	20	15	22	1.90
17956401--17956439	18	2.2	18	95	0	69	71	15	7	5	1.26
17962047--17962431	51	7.6	51	82	6	351	28	15	25	30	1.95
17962043--17962431	102	3.8	102	86	4	452	28	15	25	30	1.96
17962047--17962427	153	2.5	149	81	7	412	28	15	25	30	1.96
17964734--17964867	68	2.0	69	86	1	189	50	5	4	39	1.47
17971566--17971620	24	2.3	24	79	14	60	60	3	1	34	1.25
17973280--17973348	3	23.0	3	100	0	138	66	0	33	0	0.92
17974062--17974094	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
17974852--17974920	31	2.3	31	85	7	88	26	8	20	44	1.80
17983709--17983763	24	2.3	24	81	9	60	58	21	7	12	1.59
17984307--17984346	6	6.7	6	100	0	80	52	0	0	47	1.00
17997039--17997073	17	2.1	17	100	0	70	20	34	22	22	1.97
17998065--17998149	27	3.2	27	66	12	77	36	16	18	28	1.93
17998055--17998187	52	2.6	52	85	4	178	35	18	21	24	1.96
17998230--17998333	24	4.3	24	75	4	75	33	16	28	21	1.95
18005702--18005786	24	3.5	24	76	7	82	36	22	24	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18007038--18007098	15	3.9	16	81	14	67	75	4	1	18	1.06
18007064--18007109	19	2.4	19	85	10	58	78	4	2	15	1.01
18008703--18008737	18	1.9	18	88	0	52	20	22	28	28	1.98
18009260--18010095	44	19.5	44	72	11	573	30	24	16	28	1.97
18009729--18009797	34	2.0	35	85	2	95	34	20	20	24	1.96
18009763--18010095	89	3.8	90	80	4	363	30	25	16	28	1.97
18009756--18010095	133	2.6	133	93	0	590	29	25	16	28	1.97
18010716--18010769	25	2.1	25	90	10	83	64	11	11	12	1.49
18024208--18024292	24	3.5	24	76	7	82	36	22	24	16	1.94
18025529--18025592	16	3.9	17	81	8	55	76	4	1	17	1.03
18025553--18025599	20	2.3	20	85	7	60	78	4	2	14	0.99
18025539--18025592	12	4.4	12	80	2	54	75	5	1	16	1.07
18025845--18025893	21	2.3	21	82	6	55	65	4	2	28	1.22
18033896--18033963	25	2.8	25	86	2	93	23	23	22	30	1.99
18056890--18056988	45	2.2	45	82	12	116	30	18	26	25	1.98
18056889--18057379	44	11.3	44	72	15	159	29	17	23	28	1.97
18056964--18057543	44	13.5	43	71	13	322	29	18	22	30	1.97
18056964--18057513	84	6.4	84	72	14	347	29	18	22	29	1.97
18056964--18057250	128	2.3	127	90	2	452	28	17	22	31	1.97
18056889--18057427	89	6.2	88	72	12	225	30	17	23	28	1.97
18057223--18057582	128	2.8	128	82	5	332	28	19	22	29	1.98
18057307--18057586	128	2.2	128	86	0	398	28	19	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18056889--18057590	343	2.0	344	91	1	1129	29	18	23	29	1.97
18059294--18059363	26	2.7	24	77	22	63	34	2	5	57	1.37
18061106--18061146	21	2.0	21	90	4	66	58	12	0	29	1.34
18061106--18061146	11	3.9	11	78	9	50	58	12	0	29	1.34
18067247--18067275	12	2.4	12	100	0	58	20	17	6	55	1.65
18067525--18067763	100	2.3	104	82	5	272	23	29	20	25	1.99
18067474--18067763	50	5.7	50	79	6	237	24	27	20	27	1.99
18072715--18072760	24	1.9	24	100	0	92	19	26	19	34	1.96
18075099--18075377	50	5.5	49	84	4	211	22	28	21	27	1.99
18075135--18075377	50	4.7	50	86	3	297	22	29	22	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222