genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  221  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70174650--70174699	22	2.3	23	79	10	59	58	2	2	38	1.21
70181834--70181900	30	2.2	30	84	5	82	52	8	14	23	1.70
70182061--70182106	22	2.0	23	83	4	58	26	4	10	58	1.50
70183556--70183615	31	1.9	31	93	0	102	46	6	11	35	1.67
70189890--70189983	4	23.5	4	95	0	125	21	7	25	45	1.77
70194075--70194118	15	3.1	15	87	9	58	25	45	0	29	1.54
70205803--70205859	23	2.5	22	80	11	69	22	3	3	70	1.18
70205800--70205864	30	2.2	30	86	5	87	29	3	3	64	1.23
70208068--70208098	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
70208314--70208345	11	2.8	12	86	13	50	65	0	0	34	0.93
70209738--70209782	22	2.0	22	82	4	54	51	8	2	37	1.46
70227843--70227879	14	2.6	15	83	12	51	45	2	5	45	1.40
70232414--70232442	11	2.7	11	94	5	51	41	0	0	58	0.98
70237009--70237044	19	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
70237009--70237049	19	2.3	18	84	12	50	60	2	0	36	1.10
70239775--70239804	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
70245028--70245098	35	2.0	36	83	5	90	64	5	2	26	1.29
70245458--70245527	31	2.3	31	82	0	77	62	4	1	31	1.23
70245489--70245536	23	2.1	23	84	7	62	58	2	4	35	1.29
70267894--70267958	34	1.9	34	100	0	130	63	4	4	27	1.34
70286042--70286066	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
70297775--70297804	2	15.0	2	92	0	51	0	46	3	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70299838--70299957	33	3.7	32	79	2	123	50	8	35	5	1.54
70299838--70299977	66	2.1	66	81	7	160	52	9	32	5	1.55
70299838--70299977	33	4.2	33	76	1	93	52	9	32	5	1.55
70313838--70313884	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
70319038--70319074	17	2.1	18	85	14	51	59	0	0	40	0.97
70320882--70321179	151	2.0	147	97	2	560	24	21	20	33	1.97
70323159--70323222	31	2.1	31	96	0	119	42	10	6	40	1.65
70323316--70323354	19	2.1	19	100	0	78	48	5	5	41	1.47
70328666--70328696	6	5.2	6	96	0	53	45	51	0	3	1.17
70334152--70334247	31	3.1	30	71	14	88	27	10	10	52	1.68
70341297--70341341	23	2.0	23	86	4	65	35	0	0	64	0.94
70343925--70343949	13	1.9	13	100	0	50	24	12	16	48	1.79
70356167--70356207	20	2.0	21	86	13	59	58	0	31	9	1.31
70362570--70362741	42	4.1	42	76	10	165	13	23	18	45	1.84
70363335--70363425	40	2.3	40	81	7	96	26	20	24	28	1.99
70363501--70363607	40	2.7	39	88	2	151	24	20	25	29	1.99
70363854--70363893	14	2.7	15	88	7	64	15	0	45	40	1.46
70363847--70363891	21	2.1	21	87	4	63	15	0	44	40	1.47
70363862--70363891	7	4.3	7	91	0	51	13	0	50	36	1.42
70364648--70364691	22	1.9	24	86	9	65	56	9	11	22	1.62
70370188--70370251	33	1.9	33	100	0	128	43	10	17	28	1.82
70373131--70373160	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70380231--70380331	42	2.4	42	77	12	116	14	28	15	40	1.87
70384194--70384222	7	4.1	7	100	0	58	31	13	0	55	1.39
70392542--70392634	18	5.2	18	86	0	132	31	13	24	30	1.94
70392540--70392634	36	2.6	36	90	6	156	30	14	24	30	1.95
70397416--70397457	19	2.2	19	83	8	50	50	2	9	38	1.48
70397942--70398005	33	1.9	33	100	0	128	43	10	17	28	1.82
70402565--70402672	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
70402559--70402682	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
70405167--70405208	19	2.2	19	83	8	50	50	2	9	38	1.48
70407828--70407857	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
70413877--70413902	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
70414306--70414371	32	2.1	32	94	0	114	34	31	6	27	1.81
70414576--70414612	14	2.5	15	80	20	51	62	0	0	37	0.96
70414573--70414637	22	3.0	22	79	6	78	53	1	0	44	1.09
70418283--70418332	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
70422919--70422968	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
70424806--70424832	14	1.9	14	100	0	54	44	14	14	25	1.84
70431762--70431800	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
70444863--70444887	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
70446920--70447004	43	2.0	43	83	6	109	61	8	11	18	1.55
70459751--70459871	39	3.1	39	92	4	190	54	23	4	17	1.62
70460667--70460705	20	1.9	21	89	5	62	43	10	10	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70469273--70469297	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
70474123--70474242	61	2.0	62	86	1	170	36	30	12	20	1.89
70478627--70478733	4	27.0	4	89	5	155	47	28	0	23	1.58
70478620--70478739	16	7.6	16	83	13	112	48	29	0	21	1.56
70480038--70480084	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
70482707--70482740	6	5.7	6	96	0	59	55	11	0	32	1.36
70490413--70490446	14	2.5	13	90	4	50	79	0	0	20	0.73
70492345--70492402	16	3.7	15	73	11	53	13	17	3	65	1.40
70501641--70501684	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
70515119--70515312	94	2.0	96	86	3	268	29	12	10	46	1.76
70517119--70517157	15	2.6	14	88	12	51	25	0	0	74	0.82
70529918--70529944	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
70538185--70538211	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
70550069--70550353	143	2.0	143	100	0	570	37	14	10	38	1.80
70556022--70556113	32	2.9	32	91	0	148	33	8	13	44	1.74
70560249--70560277	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
70565538--70565578	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
70569531--70569736	104	2.0	104	88	1	306	41	12	12	33	1.79
70575476--70575517	19	2.1	21	82	8	52	61	7	9	21	1.50
70586934--70586982	6	8.0	6	97	2	89	18	0	48	32	1.48
70602353--70602390	18	2.2	18	90	9	62	31	0	2	65	1.06
70606391--70606428	18	2.2	18	90	9	62	31	0	2	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70608458--70608516	31	1.9	31	82	0	73	44	13	6	35	1.71
70610834--70610927	48	2.0	48	85	8	129	39	27	13	19	1.89
70612283--70612438	37	4.0	37	84	12	197	26	21	15	37	1.93
70612356--70612721	46	7.6	46	86	7	444	29	21	14	34	1.93
70612356--70612706	195	1.8	195	91	0	585	29	21	14	34	1.93
70612356--70612721	98	3.7	97	85	8	490	29	21	14	34	1.93
70616402--70616495	48	2.0	48	83	12	122	40	27	11	20	1.87
70618571--70618616	21	2.2	21	84	7	58	39	0	2	58	1.10
70621216--70621247	16	2.1	16	94	5	57	62	0	0	37	0.95
70621240--70621297	19	3.0	20	80	14	68	56	0	3	39	1.16
70621594--70621644	9	5.4	9	76	23	52	29	3	0	66	1.09
70621613--70621655	20	2.2	20	83	8	52	32	2	0	65	1.06
70621668--70621733	28	2.5	25	76	21	64	45	3	0	51	1.16
70621674--70621733	18	3.4	17	75	8	57	43	3	0	53	1.17
70625861--70625911	23	2.2	23	96	0	93	60	5	7	25	1.47
70636024--70636646	88	7.2	87	83	4	699	25	25	21	28	1.99
70636195--70636418	44	5.1	43	62	16	109	25	26	20	26	1.99
70636499--70636632	42	3.2	42	66	14	112	25	23	23	26	2.00
70641342--70641390	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
70646179--70646208	4	7.5	4	100	0	60	26	0	23	50	1.50
70659497--70659583	14	6.0	15	66	20	51	59	1	2	36	1.17
70667525--70667556	12	2.4	14	90	10	50	65	0	3	31	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70671326--70671359	6	5.7	6	100	0	68	17	50	14	17	1.79
70677604--70677649	23	2.0	23	100	0	92	26	21	8	43	1.81
70686495--70686530	11	3.3	11	92	0	54	22	30	0	47	1.52
70688180--70688373	50	3.9	50	86	3	273	22	30	21	26	1.98
70689466--70689492	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
70690942--70691049	30	3.6	30	82	2	119	35	44	10	10	1.72
70691085--70691124	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
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70691531--70692024	229	2.1	232	93	1	852	40	3	7	48	1.47
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