genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  86  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26683240--26683293	25	2.1	26	86	10	76	62	0	3	33	1.12
26687690--26687786	25	3.9	25	81	5	115	37	21	21	19	1.95
26694214--26694275	25	2.5	25	81	5	63	37	16	22	24	1.94
26694235--26694283	25	2.0	25	91	0	80	30	16	26	26	1.97
26697441--26697480	10	3.8	10	81	12	53	60	2	2	35	1.24
26709618--26709644	14	1.9	14	100	0	54	22	25	14	37	1.93
26716005--26716029	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
26724105--26724137	16	2.1	16	88	11	50	15	0	15	69	1.19
26729614--26729687	24	3.1	23	72	18	62	36	17	5	40	1.73
26729799--26729913	30	3.9	30	83	2	142	27	24	13	34	1.92
26733289--26733353	22	3.0	21	69	13	51	43	13	20	23	1.87
26733365--26733605	32	7.5	32	79	3	220	39	21	18	19	1.93
26733372--26733605	64	3.7	64	79	7	253	40	22	17	19	1.92
26733365--26733605	96	2.5	97	79	7	269	39	21	18	19	1.93
26733783--26733864	24	3.5	24	86	1	103	45	26	8	19	1.79
26733905--26734516	27	22.7	27	81	3	531	23	20	19	36	1.95
26736155--26736395	50	4.8	50	83	5	256	28	21	26	23	1.99
26743785--26743832	24	2.0	25	87	4	71	27	37	0	35	1.57
26745388--26745442	28	2.0	29	82	7	69	45	7	0	47	1.30
26756990--26757203	76	2.8	75	85	4	306	45	7	14	32	1.73
26757265--26757409	75	1.9	75	87	0	209	31	13	8	46	1.73
26757487--26757554	16	4.2	16	94	0	118	26	0	33	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26757770--26757811	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
26757779--26757820	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
26757805--26757992	61	3.1	61	70	14	190	48	6	1	43	1.38
26757889--26757940	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
26757773--26758076	120	2.5	120	94	1	511	50	4	2	42	1.35
26762810--26762879	22	3.2	22	77	4	70	45	18	18	17	1.85
26762871--26763070	32	6.3	31	78	8	190	37	20	20	22	1.94
26762886--26763070	64	2.9	64	81	3	221	36	20	20	22	1.95
26762871--26763070	96	2.1	94	85	6	260	37	20	20	22	1.94
26763079--26763128	26	1.9	26	91	0	82	38	28	20	14	1.91
26763116--26763175	27	2.2	27	88	11	88	35	25	21	18	1.96
26763352--26763682	27	12.3	27	85	0	419	25	23	18	31	1.98
26763375--26763762	54	7.2	54	77	10	215	25	22	18	33	1.97
26763684--26763770	27	3.2	27	93	0	138	20	17	21	40	1.92
26766543--26766766	100	2.2	100	96	0	412	25	20	19	35	1.96
26771101--26771170	33	2.1	33	94	0	122	28	4	38	28	1.76
26782444--26782484	21	2.0	21	90	0	64	34	4	36	24	1.77
26789740--26789790	21	2.4	21	87	12	70	23	35	3	37	1.74
26789746--26789798	21	2.8	18	76	20	54	24	35	3	35	1.74
26797763--26798125	27	13.4	27	80	4	347	40	19	16	23	1.91
26798322--26798418	26	3.7	26	70	2	70	18	24	19	37	1.94
26798524--26798611	30	2.9	30	86	0	122	21	28	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26798845--26798875	15	2.1	15	100	0	62	19	0	12	67	1.22
26821877--26821918	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
26822810--26822839	5	6.2	5	92	7	53	80	0	20	0	0.72
26849137--26849184	20	2.3	20	96	3	87	47	8	20	22	1.77
26850414--26850537	50	2.5	50	81	0	140	28	22	28	20	1.99
26857173--26857365	50	3.7	50	79	4	179	27	19	29	24	1.98
26875323--26875386	27	2.4	28	89	5	96	23	7	28	40	1.82
26885012--26885079	25	2.6	25	77	11	66	67	0	26	5	1.13
26897466--26897494	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
26902704--26902771	34	2.0	35	82	5	86	27	23	25	23	2.00
26903480--26903531	26	2.0	26	88	0	77	34	13	15	36	1.87
26903483--26903539	26	2.2	26	83	0	69	38	10	17	33	1.84
26910435--26910502	34	2.0	34	82	5	84	35	23	20	20	1.96
26927353--26927434	27	3.0	27	80	0	92	37	18	19	24	1.94
26927815--26927922	28	3.9	28	78	4	119	24	24	25	26	2.00
26929333--26929547	27	8.0	27	76	7	177	41	18	17	22	1.90
26929376--26929546	54	3.2	54	82	3	202	40	18	18	21	1.91
26929379--26929546	81	2.1	81	87	2	239	41	19	18	21	1.91
26929943--26930044	28	3.6	28	88	2	116	25	19	25	29	1.99
26930719--26931093	27	14.0	27	78	8	363	43	19	17	19	1.89
26931458--26931534	28	2.8	28	90	4	111	24	24	22	28	1.99
26932325--26932351	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26936133--26936187	21	2.6	21	94	0	101	43	5	12	38	1.66
26936116--26936174	13	4.8	13	73	23	56	44	5	13	37	1.66
26936423--26936658	35	6.8	35	88	1	341	18	23	17	39	1.92
26936424--26936658	104	2.3	103	90	1	353	18	23	17	39	1.92
26936423--26936658	69	3.4	69	92	0	373	18	23	17	39	1.92
26939221--26939265	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
26959996--26960027	15	2.1	15	94	0	55	15	18	12	53	1.73
26965136--26965200	33	1.9	34	81	9	80	27	23	24	24	2.00
26965177--26965257	28	2.9	28	78	10	94	34	19	22	23	1.96
26965574--26965758	27	6.8	27	78	9	146	20	21	20	38	1.94
26965588--26965758	55	3.2	53	77	12	159	19	22	19	38	1.93
26965605--26965758	82	1.9	82	86	5	222	18	22	20	38	1.94
26971511--26971609	28	3.6	27	84	11	112	28	28	12	31	1.92
26979456--26979551	28	3.4	27	84	11	106	29	28	11	31	1.92
26983785--26983877	28	3.3	28	81	3	116	32	23	21	22	1.98
26989084--26989307	79	2.8	78	83	9	274	25	27	22	25	2.00
26989084--26989307	40	5.7	40	86	8	275	25	27	22	25	2.00
26995261--26995313	25	2.1	25	82	6	63	37	22	0	39	1.54
27002007--27002091	42	2.0	43	88	2	127	25	20	2	51	1.59
27002082--27002343	130	2.0	130	99	0	515	35	24	13	27	1.93
27003355--27003389	4	8.8	4	87	12	54	0	20	0	80	0.72
27003350--27003389	15	2.7	15	85	11	55	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27008025--27008465	51	8.7	50	76	7	304	27	16	26	29	1.97
27008025--27008469	102	4.4	101	82	6	474	27	16	26	29	1.97
27008126--27008470	153	2.3	150	78	7	367	28	15	26	28	1.96
27012287--27012319	10	3.4	10	91	4	50	39	18	6	36	1.75
27021126--27021186	31	2.0	31	100	0	122	29	13	27	29	1.94
27036025--27036068	22	2.0	22	81	0	52	59	0	0	40	0.98
27056052--27056382	50	6.6	50	81	2	344	21	27	21	29	1.98
27056091--27056374	150	1.9	150	84	1	381	21	28	20	28	1.98
27060339--27060424	41	2.1	41	86	0	118	18	20	27	32	1.96
27067410--27067442	17	1.9	17	93	0	57	21	9	12	57	1.62
27072641--27072676	11	3.0	13	80	19	51	30	0	0	69	0.89
27080506--27080581	35	2.2	35	92	0	125	27	14	17	40	1.88
27085376--27085498	43	2.9	43	75	12	119	35	24	17	22	1.95
27085376--27085498	44	2.9	44	75	17	123	35	24	17	22	1.95
27085501--27085613	41	2.7	42	83	6	142	26	25	16	30	1.97
27093013--27093125	41	2.7	42	78	9	124	28	23	15	32	1.95
27100293--27101102	148	5.4	150	87	5	1167	31	9	6	52	1.58
27101942--27101979	18	2.1	19	85	5	51	18	2	5	73	1.14
27115963--27116013	17	3.2	16	86	8	77	11	0	15	72	1.12
27117895--27117942	21	2.3	21	85	7	62	29	18	10	41	1.84
27122485--27123056	100	5.7	100	89	1	824	22	20	24	31	1.98
27122485--27123056	199	2.9	200	90	0	885	22	20	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27122496--27123059	50	11.3	50	74	1	450	22	20	24	32	1.98
27123260--27123354	44	2.2	44	88	3	138	30	24	18	26	1.98
27123365--27123975	44	13.9	44	64	8	152	28	24	17	28	1.98
27123301--27123976	132	5.1	131	86	3	894	28	24	18	28	1.98
27123783--27123992	44	4.8	44	71	5	165	27	25	18	29	1.98
27123972--27124290	45	7.2	45	75	3	286	26	25	18	29	1.98
27124007--27124261	44	5.7	45	75	8	130	27	24	17	30	1.97
27123972--27124290	89	3.6	89	75	2	336	26	25	18	29	1.98
27125579--27125627	7	7.0	7	80	15	57	14	14	0	71	1.15
27125579--27125618	13	3.0	13	88	3	53	12	15	0	72	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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