genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29773737--29773769	16	2.1	16	100	0	66	39	6	36	18	1.75
29782726--29782752	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
29793071--29793261	50	3.7	50	81	4	184	24	28	20	25	1.99
29793126--29793261	56	2.6	50	88	6	182	22	29	22	25	1.99
29798916--29799151	50	4.7	50	81	0	213	24	27	21	27	1.99
29798965--29799145	100	1.8	100	85	0	254	23	29	20	26	1.99
29799926--29800006	35	2.3	35	89	0	126	24	24	18	32	1.97
29799948--29800072	35	3.6	35	77	4	108	26	20	20	32	1.98
29802336--29802393	26	2.2	26	87	6	82	56	6	8	27	1.55
29816308--29816339	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
29816529--29816713	51	3.7	50	82	7	232	29	26	18	24	1.98
29816528--29816711	101	1.8	101	91	5	309	30	25	19	25	1.98
29820347--29820380	12	3.0	11	91	4	50	38	17	2	41	1.65
29824978--29825036	20	2.9	21	82	5	75	49	3	1	45	1.28
29825468--29825492	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
29828264--29828295	7	4.7	7	96	3	57	71	0	12	15	1.14
29828649--29828711	31	2.0	31	90	0	99	30	14	34	20	1.92
29829562--29829632	28	2.6	27	72	16	74	30	25	18	25	1.98
29829681--29829765	28	3.0	29	77	16	95	23	23	17	35	1.95
29829684--29829774	29	3.2	28	74	14	78	23	24	16	36	1.94
29832072--29832522	47	9.6	47	92	1	724	29	29	8	32	1.87
29832072--29832522	237	1.9	235	94	1	787	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29838240--29838309	21	3.3	20	92	7	113	25	37	15	21	1.93
29845758--29845828	37	1.9	37	83	11	92	38	4	4	53	1.40
29845899--29845945	16	3.1	16	77	22	57	48	4	0	46	1.21
29845903--29845948	24	1.9	24	86	8	67	50	2	0	47	1.13
29846273--29846308	16	2.2	16	90	0	54	41	2	30	25	1.69
29846290--29846381	44	2.1	44	86	8	125	32	4	28	34	1.77
29846557--29846997	102	4.2	102	83	11	580	51	4	1	42	1.30
29846519--29846793	119	2.3	120	95	0	498	52	3	1	42	1.28
29846751--29846895	26	5.6	26	69	24	85	52	3	0	43	1.23
29846739--29846912	26	6.7	26	70	23	84	51	3	0	44	1.22
29846880--29847301	119	3.5	120	95	1	742	51	4	1	42	1.29
29847048--29847124	12	6.2	12	69	14	50	59	2	0	37	1.11
29847184--29847230	12	3.8	12	78	10	58	55	0	0	44	0.99
29855402--29855447	20	2.3	20	84	0	65	30	34	13	21	1.91
29858055--29858160	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
29859826--29859872	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
29862189--29862235	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
29863863--29864031	88	1.9	88	87	1	250	39	20	6	33	1.78
29864059--29864112	19	2.8	19	83	5	65	53	3	5	37	1.42
29864036--29864197	57	2.8	57	78	6	159	58	3	5	32	1.37
29864411--29864444	17	2.0	17	88	11	52	44	0	2	52	1.16
29865386--29865423	9	4.2	9	89	0	58	44	13	10	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29877653--29877695	13	3.3	13	80	0	50	34	0	2	62	1.08
29878880--29878945	13	5.0	12	72	18	51	45	1	10	42	1.48
29878880--29878959	41	2.0	41	97	0	151	47	2	8	41	1.48
29880149--29880182	7	4.9	7	89	10	52	91	0	8	0	0.43
29880149--29880183	8	4.6	8	89	10	56	91	0	8	0	0.42
29880149--29880185	15	2.5	15	90	0	65	91	0	8	0	0.41
29884155--29884206	20	2.6	20	87	0	86	19	26	1	51	1.57
29901300--29901522	79	2.8	79	84	9	269	24	27	22	25	2.00
29901300--29901522	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
29909277--29909499	79	2.8	79	81	9	249	25	27	21	26	1.99
29909277--29909499	39	5.7	40	83	10	241	25	27	21	26	1.99
29913446--29913732	93	3.1	91	87	3	405	44	5	12	37	1.66
29913874--29913914	21	2.0	21	100	0	82	29	21	14	34	1.93
29915323--29915544	6	37.0	6	100	0	444	50	16	0	33	1.46
29922349--29922414	32	2.1	32	97	0	123	34	12	16	36	1.86
29947596--29947630	4	8.8	4	93	0	52	77	5	0	17	0.96
29947925--29947953	8	3.8	8	90	9	51	86	0	0	13	0.58
29949725--29951296	51	31.9	51	75	9	1158	29	23	17	30	1.97
29949447--29950224	194	4.0	194	79	5	796	28	22	18	29	1.98
29950148--29951296	97	11.7	97	76	10	674	29	23	16	30	1.97
29949725--29951296	148	10.6	147	73	10	939	29	23	17	30	1.97
29951624--29951700	24	3.2	24	96	0	136	32	25	9	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29952618--29952746	46	2.8	46	87	1	186	13	23	21	41	1.88
29953169--29953296	1	128.0	1	65	0	58	5	1	10	82	0.88
29953179--29953296	14	7.5	15	77	15	80	5	0	10	83	0.86
29953169--29953298	11	12.7	10	74	12	97	5	1	10	82	0.90
29953221--29953260	9	4.3	9	96	3	71	0	0	20	80	0.72
29953191--29953287	41	2.5	38	80	12	108	6	0	11	82	0.83
29953256--29953295	7	5.7	7	93	0	71	10	0	2	87	0.63
29953168--29953296	28	4.5	28	76	13	95	5	1	10	82	0.90
29958774--29958803	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
29958865--29958902	19	2.1	19	90	5	60	63	2	5	28	1.30
29958909--29958937	8	3.6	8	100	0	58	86	0	0	13	0.58
29964647--29964698	16	3.3	16	71	15	54	9	23	3	63	1.41
29966079--29966139	28	2.2	28	96	0	113	39	22	22	14	1.91
29966634--29966686	27	2.0	27	88	0	79	24	11	26	37	1.89
29966574--29966757	54	3.4	53	71	10	124	30	13	21	34	1.92
29971892--29971959	25	2.7	26	81	6	86	25	25	23	26	2.00
29981174--29981209	18	2.0	18	100	0	72	38	11	5	44	1.63
29981685--29981864	42	4.3	42	78	11	190	35	25	16	23	1.95
29981677--29981840	85	1.9	84	87	6	242	34	25	17	23	1.96
29981845--29981897	26	2.0	26	92	7	90	26	32	20	20	1.98
29982234--29982295	30	2.1	30	84	0	79	33	22	8	35	1.84
29986334--29986403	33	2.1	34	84	10	92	31	21	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29986373--29986431	28	2.1	28	90	0	91	28	22	23	25	1.99
29986366--29986423	28	2.1	27	90	3	89	29	22	24	24	1.99
29986539--29986605	26	2.6	26	80	4	82	32	28	23	14	1.95
29986776--29987321	27	20.3	27	79	3	422	16	16	19	47	1.83
29994281--29994339	28	2.1	28	90	0	91	30	22	23	23	1.99
29994625--29994929	54	5.7	53	80	5	285	17	15	20	46	1.84
29994626--29994929	81	3.8	80	80	8	316	17	15	20	46	1.84
29994628--29994929	27	11.2	27	76	9	242	17	15	20	46	1.84
29999222--29999284	28	2.2	29	80	8	76	34	25	22	17	1.95
30000762--30001035	145	1.9	145	95	0	494	31	24	14	29	1.95
30001018--30001085	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
30000875--30001232	174	2.1	174	98	0	689	31	25	14	29	1.94
30001187--30001265	29	2.7	30	78	13	101	30	30	12	26	1.93
30009350--30009623	145	1.9	145	95	0	494	31	23	14	29	1.95
30009463--30009822	174	2.1	174	97	0	684	31	24	14	30	1.95
30009775--30009853	29	2.7	30	80	13	101	30	29	13	26	1.94
30011470--30011521	26	2.0	26	84	0	68	34	19	25	21	1.96
30011528--30011579	22	2.4	22	80	0	59	44	19	19	17	1.87
30011591--30011866	32	8.6	32	80	4	238	36	23	20	19	1.95
30011600--30011866	96	2.8	96	82	6	301	37	23	20	18	1.94
30012144--30012557	27	15.4	27	83	2	413	25	21	17	35	1.95
30021537--30021566	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30025829--30025863	17	2.0	18	88	5	54	60	2	5	31	1.35
30031471--30031662	40	4.8	40	82	3	210	32	27	22	17	1.96
30031470--30031661	80	2.4	79	84	3	235	32	27	22	17	1.96
30042127--30042436	40	7.8	40	86	0	408	36	29	18	15	1.91
30051992--30052169	27	6.6	27	80	8	164	29	28	15	26	1.96
30069700--30069786	43	2.0	43	88	0	129	26	19	1	52	1.53
30070252--30070276	8	3.1	8	100	0	50	36	40	12	12	1.79
30071005--30071039	12	3.0	12	87	4	54	28	8	0	62	1.24
30077671--30077718	23	2.1	23	92	0	78	25	4	16	54	1.60
30077823--30077973	46	3.2	46	67	18	123	47	4	8	39	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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