genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67914175--67914212	18	2.1	18	90	0	58	15	44	5	34	1.69
67914178--67914219	18	2.3	18	83	0	57	21	47	2	28	1.63
67915438--67915492	28	2.0	28	96	0	101	54	0	7	38	1.28
67915440--67915504	28	2.4	28	89	2	96	49	1	10	38	1.47
67923564--67923644	31	2.6	30	81	9	92	41	6	11	40	1.65
67927319--67927357	20	1.9	19	90	10	60	69	0	2	28	1.02
67930444--67930468	3	8.3	3	100	0	50	32	68	0	0	0.90
67933858--67933910	9	5.7	9	76	8	52	69	0	0	30	0.88
67933845--67933911	30	2.2	30	92	5	109	65	0	0	34	0.93
67933877--67933921	17	2.6	17	78	0	54	62	0	0	37	0.96
67936052--67936094	16	2.6	17	85	7	54	79	0	0	20	0.74
67936903--67936972	10	6.7	11	67	16	51	32	1	0	65	1.01
67936903--67936972	26	2.7	27	78	13	74	32	1	0	65	1.01
67936911--67936955	16	2.8	16	83	12	65	33	0	0	66	0.92
67939824--67939852	6	4.8	6	100	0	58	51	0	34	13	1.42
67948109--67948171	27	2.3	28	83	2	74	23	6	17	52	1.67
67948806--67948832	6	4.5	6	100	0	54	29	33	18	18	1.95
67953803--67953862	31	2.0	31	83	3	77	38	8	11	41	1.72
67956134--67956182	23	2.0	24	88	7	73	42	0	0	57	0.99
67961591--67961635	18	2.5	20	79	20	62	55	0	0	44	0.99
67968368--67968432	31	2.1	31	88	0	94	35	6	18	40	1.76
67984213--67984321	51	2.1	51	85	6	141	35	6	20	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67985458--67985496	16	2.4	16	87	8	53	23	12	0	64	1.28
67987585--67988632	210	4.9	215	88	4	1499	34	17	15	33	1.91
67987585--67988632	431	2.4	426	89	3	1613	34	17	15	33	1.91
67989168--67989243	37	2.1	37	92	5	127	31	10	10	47	1.72
67992049--67992118	28	2.4	29	83	9	90	44	10	15	30	1.79
67993680--67993872	94	2.1	89	87	4	269	40	13	16	29	1.86
67997792--67997828	18	2.1	17	90	5	56	56	0	0	43	0.99
67997920--67997961	13	2.9	14	80	13	50	57	0	2	40	1.12
68006417--68006456	21	2.0	20	95	5	71	37	0	10	52	1.35
68009111--68009160	20	2.4	21	86	3	75	16	0	36	48	1.46
68011385--68011517	30	4.4	30	88	1	169	15	56	6	22	1.61
68011403--68011550	15	9.9	15	73	0	107	14	56	7	20	1.62
68011387--68011520	45	3.0	45	72	10	121	14	55	6	23	1.62
68011465--68011565	30	3.4	30	81	0	103	17	59	7	14	1.59
68011403--68011562	45	3.6	45	78	0	122	15	57	6	20	1.61
68019807--68019845	21	1.9	21	89	5	62	53	17	0	28	1.44
68023507--68023532	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
68026477--68026509	16	2.1	16	94	0	57	48	3	12	36	1.56
68026666--68026703	15	2.4	17	82	13	53	57	0	7	34	1.28
68027011--68027050	19	2.1	19	86	9	55	67	7	7	17	1.38
68027014--68027058	18	2.4	19	81	3	56	66	8	8	15	1.43
68028828--68028872	18	2.3	20	77	18	58	2	37	11	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68028836--68028871	18	1.9	19	94	5	65	0	44	11	44	1.39
68028908--68028975	33	2.1	33	91	0	109	8	27	14	48	1.74
68031578--68031620	16	2.8	16	80	16	54	41	0	0	58	0.98
68031583--68031829	91	2.7	91	97	0	458	46	2	2	47	1.31
68031583--68031804	47	4.9	46	68	21	157	46	2	2	48	1.28
68031845--68032014	59	2.8	61	69	11	152	43	2	2	51	1.29
68031945--68031974	16	1.9	15	93	6	51	40	0	10	50	1.36
68031979--68032020	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
68031970--68032011	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
68032145--68032245	39	2.6	39	87	7	134	33	27	5	32	1.81
68032716--68032765	24	2.1	23	88	3	73	70	0	4	26	1.05
68032724--68032774	23	2.2	24	85	3	68	72	1	1	23	1.05
68033111--68033153	11	3.9	11	84	0	50	72	6	9	11	1.29
68033101--68033147	22	2.1	22	88	0	67	72	8	8	10	1.29
68044066--68044151	30	2.8	31	79	11	97	38	2	16	43	1.61
68049932--68049977	16	3.0	15	80	20	51	30	2	0	67	1.03
68058544--68058568	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
68059395--68059464	37	1.9	36	83	13	90	28	7	1	62	1.30
68059451--68059529	10	8.6	9	74	20	58	26	3	1	68	1.14
68059397--68059482	37	2.3	39	76	10	88	27	8	1	62	1.30
68059430--68059499	29	2.5	28	86	6	88	27	7	1	64	1.28
68059391--68059581	9	21.0	9	69	20	96	29	5	0	64	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68070400--68070451	26	2.0	25	81	3	59	32	1	5	59	1.32
68071155--68071179	13	1.9	13	100	0	50	32	0	32	36	1.58
68073010--68073049	21	1.9	21	85	10	55	47	5	0	47	1.24
68073533--68073566	16	2.1	16	89	10	52	50	0	47	2	1.16
68082093--68082119	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
68082957--68083400	221	2.0	220	95	0	789	29	14	18	37	1.91
68083518--68083567	6	8.3	6	100	0	100	50	0	16	34	1.45
68083890--68083929	20	2.0	20	85	0	53	32	12	12	42	1.80
68083877--68083942	35	1.9	34	90	3	105	31	10	15	42	1.81
68085080--68085124	18	2.5	18	100	0	90	42	0	57	0	0.98
68086033--68086080	21	2.4	19	86	6	60	64	4	0	31	1.12
68093534--68093970	52	9.6	45	79	16	367	35	14	21	28	1.93
68093540--68093879	52	6.9	51	84	11	437	34	14	21	29	1.93
68093599--68093896	45	6.3	46	85	11	386	35	14	21	28	1.92
68093534--68093879	142	2.4	143	92	5	572	34	14	21	29	1.93
68093860--68093968	37	3.0	37	91	2	177	36	16	22	24	1.94
68095223--68095415	49	3.9	49	95	0	323	23	15	30	31	1.95
68098589--68098844	46	5.4	45	87	7	298	35	14	21	28	1.92
68098596--68098844	98	2.6	92	88	7	381	35	14	21	28	1.92
68098530--68098844	144	2.2	144	93	0	531	34	13	21	29	1.93
68098808--68098953	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
68101755--68101793	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68102019--68102116	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
68102021--68102109	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
68121342--68121397	22	2.5	22	82	11	60	42	3	1	51	1.29
68124912--68124957	20	2.2	21	84	7	58	45	0	0	54	0.99
68125111--68125136	12	2.2	12	100	0	52	50	0	7	42	1.31
68126362--68126406	20	2.2	20	84	4	54	26	2	2	68	1.12
68126371--68126411	20	2.0	22	90	9	68	21	2	2	73	1.07
68126371--68126413	9	4.4	9	83	13	50	20	2	2	74	1.04
68126530--68126597	18	3.6	19	77	15	70	29	2	0	67	1.05
68126554--68126590	17	2.1	17	95	5	65	27	2	0	70	1.01
68126532--68126587	29	2.0	29	89	3	87	30	3	0	66	1.09
68136720--68136749	15	1.9	16	93	6	53	60	16	6	16	1.56
68148319--68148343	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
68150268--68150771	80	6.3	80	92	1	834	37	33	3	25	1.73
68150268--68150771	240	2.1	239	96	1	920	37	33	3	25	1.73
68150739--68150801	33	1.9	33	90	0	99	41	22	4	31	1.74
68150668--68150884	112	1.9	113	85	2	303	38	29	5	26	1.79
68150793--68150940	80	1.9	80	84	2	199	36	32	6	24	1.82
68150580--68150938	192	1.9	193	87	1	533	36	32	5	25	1.79
68154249--68154286	18	2.1	19	90	5	60	28	23	5	42	1.76
68165746--68166030	142	2.0	142	97	0	543	31	20	20	28	1.97
68181462--68181500	12	3.2	12	92	0	60	51	23	5	20	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68203416--68203451	18	2.0	18	100	0	72	27	27	11	33	1.91
68203418--68203457	18	2.2	18	90	0	62	25	32	5	37	1.77
68209550--68209676	63	2.0	63	100	0	254	34	14	14	37	1.86
68210313--68210371	31	1.9	31	92	0	100	37	6	5	50	1.51
68215549--68215586	12	3.2	12	92	0	58	7	68	7	15	1.37
68215552--68215586	18	1.9	18	88	0	52	5	68	8	17	1.35
68215504--68215647	60	2.4	60	86	0	207	15	56	6	20	1.62
68215609--68215655	24	2.0	24	100	0	94	10	68	8	12	1.40
68218130--68218197	27	2.5	27	90	0	100	45	19	16	19	1.85
68221553--68221609	11	5.1	11	77	12	53	64	3	0	31	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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