genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21177515--21177589	30	2.5	29	75	12	71	53	18	22	5	1.65
21177497--21177610	25	4.4	25	69	12	68	54	17	21	6	1.65
21184039--21184100	20	3.1	19	78	15	63	14	20	1	62	1.39
21184039--21184077	19	2.0	19	90	5	60	12	23	0	64	1.28
21184532--21184668	47	2.9	47	94	0	238	37	11	15	35	1.84
21184952--21184987	18	2.0	18	94	0	63	30	11	13	44	1.79
21185105--21185144	18	2.2	18	95	0	71	32	7	0	60	1.25
21189388--21189519	42	3.1	42	74	6	131	37	25	14	23	1.92
21190935--21190979	22	2.0	22	83	8	56	24	46	4	24	1.71
21191108--21191158	20	2.5	21	73	20	54	37	15	11	35	1.84
21201691--21201766	39	1.9	39	89	0	116	32	7	11	47	1.69
21201791--21201905	52	2.2	52	87	3	162	33	14	13	38	1.85
21201786--21201905	50	2.4	50	85	2	159	33	15	12	39	1.84
21205247--21205427	39	4.6	39	81	8	197	24	28	22	24	1.99
21205249--21205428	78	2.3	79	85	4	231	25	28	22	24	1.99
21212963--21213147	79	2.3	81	81	8	218	25	27	22	24	2.00
21212944--21213147	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
21234453--21234544	43	2.1	43	86	4	123	19	31	28	20	1.97
21235986--21236118	48	2.8	48	79	6	137	28	18	29	24	1.98
21237523--21237606	1	84.0	1	100	0	168	100	0	0	0	0.00
21238935--21239208	40	6.8	40	93	0	458	23	29	22	25	1.99
21241952--21242057	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21243088--21243122	14	2.5	14	100	0	70	11	0	5	82	0.82
21243087--21243129	13	3.3	13	80	0	50	18	2	4	74	1.10
21244618--21244676	30	1.9	31	82	3	75	37	16	28	16	1.92
21244639--21244686	20	2.4	20	67	0	51	33	16	29	20	1.95
21248178--21248239	31	2.0	31	100	0	124	16	9	29	45	1.79
21248612--21248668	20	2.7	20	79	17	62	63	1	1	33	1.15
21249754--21249845	32	2.9	32	93	1	150	26	15	16	42	1.87
21249750--21249845	31	3.0	32	92	1	158	25	15	15	43	1.86
21257302--21257341	20	1.9	22	90	10	66	40	5	12	42	1.64
21258867--21258955	40	2.4	37	87	9	110	35	15	3	44	1.63
21258880--21258959	40	2.0	40	100	0	160	40	12	2	45	1.56
21260851--21260925	29	2.5	31	73	4	73	50	12	9	28	1.70
21261206--21261255	24	2.1	23	82	14	57	50	0	2	48	1.12
21264263--21264322	30	2.0	31	86	3	86	26	11	25	36	1.90
21267173--21267214	21	2.0	21	100	0	84	23	14	14	47	1.80
21277273--21277303	16	1.9	16	100	0	62	58	6	16	19	1.59
21283995--21284040	21	2.2	21	100	0	92	43	26	0	30	1.55
21301649--21301689	12	3.5	12	83	6	57	14	9	17	58	1.62
21303034--21303083	23	2.2	23	85	0	64	44	12	18	26	1.84
21307801--21307847	21	2.3	21	89	7	71	46	6	2	44	1.40
21309877--21309906	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
21318282--21318320	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21319940--21319994	25	2.2	25	83	6	67	27	21	14	36	1.93
21326174--21326206	18	1.9	17	88	11	50	30	18	12	39	1.87
21326709--21326774	28	2.4	29	75	12	68	31	22	24	21	1.98
21326948--21327140	32	6.0	32	79	2	127	39	16	20	23	1.92
21326986--21327203	96	2.3	96	85	1	276	38	19	18	22	1.93
21326986--21327203	32	6.8	32	81	0	238	38	19	18	22	1.93
21327349--21327430	24	3.5	23	81	5	92	46	21	7	24	1.77
21327451--21327588	27	5.3	26	86	4	163	24	22	20	32	1.98
21327451--21327588	26	5.3	26	85	4	154	24	22	20	32	1.98
21327451--21327591	54	2.7	53	87	5	189	24	22	19	32	1.97
21331394--21331424	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
21333255--21333411	56	2.8	56	90	0	242	43	17	7	31	1.77
21334791--21334829	14	2.7	15	84	11	55	33	2	30	33	1.72
21352437--21352466	14	2.2	13	94	5	51	63	6	0	30	1.20
21356232--21356262	9	3.4	9	90	0	53	25	9	16	48	1.76
21356232--21356268	18	2.1	18	94	0	65	27	8	16	48	1.74
21356709--21356748	21	1.9	21	89	0	62	5	12	17	65	1.44
21360337--21360397	32	1.9	32	96	0	113	27	16	16	39	1.90
21360445--21360471	11	2.5	11	100	0	54	29	0	25	44	1.54
21362292--21362316	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
21366734--21366811	41	1.9	41	89	0	120	19	20	29	30	1.97
21368259--21368496	131	1.8	131	87	1	361	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21372684--21372732	26	1.9	26	91	4	82	42	16	14	26	1.86
21372684--21372744	26	2.3	26	86	5	79	42	16	11	29	1.83
21376781--21376861	20	4.0	20	77	9	83	9	23	20	45	1.81
21386132--21386191	25	2.4	25	97	0	111	23	8	20	48	1.76
21406567--21406783	98	2.2	98	78	3	222	24	25	18	31	1.98
21416195--21416230	18	2.0	18	89	10	56	61	11	8	19	1.54
21418595--21418620	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
21418916--21418956	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
21428206--21428270	23	3.0	23	82	8	73	41	24	18	15	1.89
21429448--21429490	21	2.0	21	91	8	70	0	11	11	76	1.02
21434556--21434599	21	2.2	20	88	12	63	36	0	9	54	1.32
21435016--21435060	21	2.2	20	84	4	54	51	4	0	44	1.21
21436881--21436938	16	3.4	16	71	17	53	37	0	18	43	1.51
21436939--21436982	22	2.0	22	86	8	63	38	11	0	50	1.39
21436949--21436989	22	1.9	21	85	5	55	43	9	0	46	1.36
21437343--21437413	27	2.6	27	93	2	115	40	8	0	50	1.33
21437604--21437640	11	3.5	11	88	7	58	70	0	29	0	0.88
21437667--21437705	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
21437779--21437822	3	14.7	3	100	0	88	0	0	31	68	0.90
21438067--21438097	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
21443728--21443779	21	2.4	22	93	3	88	9	38	0	51	1.35
21444543--21444692	4	37.0	4	72	16	105	0	32	0	67	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21444515--21444611	48	2.1	48	83	9	121	0	28	0	71	0.87
21444515--21444691	44	4.1	43	76	16	163	0	31	0	67	0.95
21444483--21444692	82	2.6	79	85	8	255	0	31	0	67	0.94
21444509--21444695	70	2.6	70	80	13	179	0	33	0	66	0.96
21444815--21444882	25	2.6	26	95	4	120	48	0	10	41	1.37
21449438--21449611	41	4.2	41	83	3	217	22	22	23	31	1.99
21449434--21449611	83	2.2	81	82	5	225	24	22	23	30	1.99
21449899--21449932	15	2.2	16	94	5	61	20	0	32	47	1.51
21449991--21450069	33	2.4	32	85	8	106	16	1	45	36	1.56
21450025--21450075	18	2.6	19	81	15	59	21	0	43	35	1.53
21450053--21450127	29	2.6	28	76	14	73	25	2	40	32	1.70
21450392--21450445	23	2.4	22	84	3	63	20	1	46	31	1.61
21450784--21450822	19	2.1	18	90	4	60	79	2	2	15	0.95
21450748--21450901	83	1.9	83	97	2	292	58	4	9	27	1.48
21451232--21451275	22	2.0	23	86	13	65	72	0	9	18	1.10
21453581--21453614	12	2.8	12	86	0	50	47	14	8	29	1.75
21453654--21453763	16	7.1	16	65	15	70	43	22	3	30	1.70
21453657--21453731	29	2.6	29	97	0	141	46	22	2	28	1.65
21453917--21453961	12	3.8	12	84	0	63	53	15	2	28	1.54
21453910--21453961	24	2.2	24	89	6	79	53	17	1	26	1.54
21454010--21454129	9	14.2	9	76	13	112	47	17	0	34	1.54
21454010--21454129	25	4.8	25	86	0	168	47	17	0	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21453983--21454129	50	2.9	49	78	7	152	50	17	1	31	1.54
21454010--21454129	16	7.1	17	73	16	99	47	17	0	34	1.54
21459606--21459741	66	2.1	66	87	0	191	41	16	27	15	1.88
21460056--21460347	43	6.8	43	87	1	381	30	18	24	27	1.98
21460040--21460357	85	3.7	86	87	2	435	29	17	23	29	1.97
21462399--21462428	13	2.3	13	94	0	51	60	3	6	30	1.39
21463875--21463944	26	2.7	27	80	8	74	48	2	1	47	1.25
21476181--21476225	20	2.3	19	85	7	63	75	2	0	22	0.91
21479426--21479489	27	2.4	27	84	5	76	23	20	17	39	1.92
21481330--21481398	33	2.1	33	91	0	111	27	13	23	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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