genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  28  of  222  ( 26535 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8402341--8402387	21	2.2	22	81	14	62	55	4	0	40	1.19
8402961--8402993	15	2.3	15	89	5	50	54	3	0	42	1.15
8405698--8405730	11	3.1	11	86	8	50	69	0	0	30	0.88
8417550--8417595	17	2.6	17	79	3	56	30	0	2	67	1.03
8419146--8419170	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
8419158--8419202	21	2.2	21	92	4	74	33	2	0	64	1.06
8419222--8419263	9	4.7	9	80	11	50	35	0	2	61	1.09
8419188--8419262	10	7.4	10	72	21	50	40	1	1	57	1.16
8420235--8420261	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
8426719--8426745	13	2.1	13	100	0	54	92	0	7	0	0.38
8427778--8428312	221	2.4	222	83	6	637	33	13	20	33	1.91
8434475--8434519	23	2.0	23	91	8	74	31	8	20	40	1.83
8436006--8436763	220	3.5	217	79	13	698	32	20	13	34	1.91
8436022--8436946	215	4.3	209	77	11	631	32	20	13	33	1.92
8437541--8437578	6	6.7	6	85	8	53	0	15	0	84	0.63
8438558--8438676	39	3.0	40	85	2	159	47	21	7	24	1.76
8456970--8457032	31	2.0	31	84	6	83	42	6	12	38	1.68
8459262--8459286	6	4.2	6	100	0	50	48	0	36	16	1.46
8460922--8460959	20	2.0	20	89	5	60	36	7	7	47	1.62
8467545--8467584	20	2.0	20	85	0	53	37	5	7	50	1.53
8467847--8467877	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
8473380--8473783	152	2.7	149	83	6	501	35	18	8	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8476226--8476258	15	2.3	15	89	5	50	45	0	0	54	0.99
8479548--8479588	21	2.0	21	90	0	64	24	24	19	31	1.98
8482874--8482933	30	2.0	30	96	0	111	25	3	15	56	1.54
8495062--8495095	17	2.0	17	100	0	68	47	29	5	17	1.71
8497936--8497987	26	2.0	26	96	0	95	15	13	46	25	1.82
8528465--8528514	25	2.0	25	96	0	91	50	16	12	22	1.77
8529101--8529145	23	2.0	23	86	8	65	35	8	15	40	1.79
8531971--8532234	87	3.0	87	93	0	456	26	17	13	43	1.85
8533552--8533596	20	2.3	19	82	14	56	28	11	4	55	1.54
8539267--8539308	20	2.1	20	95	0	75	45	35	4	14	1.66
8544437--8544630	43	4.5	43	88	0	280	30	25	18	25	1.97
8544751--8544857	31	3.5	30	88	5	144	44	15	8	30	1.76
8545831--8545858	11	2.5	11	100	0	56	32	10	0	57	1.33
8546882--8546908	14	1.9	14	100	0	54	3	29	7	59	1.42
8552067--8552139	29	2.8	24	82	16	67	56	1	1	41	1.16
8552100--8552154	25	2.1	26	83	6	67	61	0	1	36	1.06
8552673--8552725	26	2.0	26	85	0	70	47	3	1	47	1.31
8553369--8553437	20	3.3	20	69	11	57	47	2	10	39	1.52
8553332--8553463	43	3.0	44	87	5	189	50	4	9	36	1.55
8556430--8556490	30	2.0	30	96	0	113	32	11	9	45	1.73
8558004--8558092	25	3.6	25	77	6	99	29	16	29	24	1.97
8558086--8558193	25	4.3	25	81	4	94	35	19	26	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8558107--8558201	25	3.8	25	82	0	118	33	20	28	17	1.95
8580155--8580196	4	10.5	4	100	0	84	50	0	23	26	1.50
8611234--8611269	6	6.0	6	96	0	63	0	33	2	63	1.08
8619389--8619425	18	2.1	18	100	0	74	32	21	10	35	1.88
8630993--8631043	25	2.1	25	85	10	70	76	1	9	11	1.10
8633350--8633456	41	2.6	41	85	2	117	39	14	27	19	1.90
8634953--8635027	39	1.9	39	100	0	150	16	10	18	54	1.70
8635229--8635293	29	2.2	31	83	5	80	30	1	0	67	1.00
8637929--8637996	35	1.9	35	82	11	86	38	2	2	55	1.30
8638307--8638359	14	3.9	14	85	5	63	58	0	9	32	1.30
8638410--8638543	9	15.3	9	78	9	109	44	19	1	34	1.60
8638408--8638579	52	3.3	52	94	0	299	45	18	1	34	1.57
8640415--8640463	9	5.4	9	90	0	62	36	24	10	28	1.88
8640462--8640536	37	2.0	37	89	0	114	44	14	5	36	1.68
8640665--8640773	39	2.8	39	92	1	184	18	2	26	52	1.59
8644864--8645006	66	2.2	65	83	6	171	44	19	23	12	1.84
8645311--8645526	43	5.0	43	80	2	236	21	16	29	32	1.95
8645311--8645525	86	2.5	86	83	1	261	21	16	29	32	1.96
8645313--8645581	129	2.1	129	81	2	308	23	15	27	33	1.95
8645321--8645583	43	6.1	43	80	0	186	23	15	26	34	1.94
8649041--8649097	25	2.3	25	96	0	105	31	7	5	56	1.49
8649041--8649108	25	2.8	24	88	4	75	33	7	5	52	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8649593--8649629	19	1.9	19	94	0	65	40	2	0	56	1.13
8660064--8660099	16	2.2	16	95	0	63	61	8	5	25	1.46
8662607--8662686	38	2.1	38	86	4	108	52	3	1	42	1.27
8662972--8663058	9	9.7	9	72	16	56	37	3	1	57	1.23
8662999--8663058	27	2.1	27	84	6	75	38	5	1	55	1.32
8673413--8673447	16	2.2	16	89	0	52	17	17	22	42	1.88
8676508--8676855	52	6.9	52	83	9	434	35	14	21	29	1.93
8676560--8676866	98	3.1	98	91	0	499	35	14	21	28	1.92
8676494--8676855	150	2.4	144	91	5	562	34	14	21	29	1.93
8676830--8677049	37	6.0	37	95	1	381	37	16	21	24	1.93
8679169--8679202	6	5.7	6	92	0	59	67	2	0	29	1.05
8679201--8679253	20	2.5	23	85	11	69	71	7	3	16	1.24
8680261--8680285	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8681545--8681914	46	7.6	47	83	9	347	28	15	25	30	1.96
8681528--8681950	97	4.3	95	80	9	385	27	15	26	29	1.96
8681528--8681950	51	8.6	51	80	11	413	27	15	26	29	1.96
8681958--8682087	51	2.5	51	78	0	134	30	16	23	28	1.97
8681835--8682325	123	3.9	123	79	5	509	30	16	24	28	1.97
8682020--8682167	80	1.9	80	86	0	215	29	18	23	28	1.98
8681842--8682344	254	2.0	254	87	0	729	29	17	25	27	1.97
8682210--8682683	169	2.8	169	86	3	668	29	17	26	26	1.98
8682850--8683022	89	1.9	89	85	2	240	32	23	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8685234--8685272	19	2.1	19	85	9	53	58	5	0	35	1.20
8693810--8693903	48	2.0	48	83	8	120	39	26	14	19	1.90
8694407--8694448	18	2.2	20	87	8	61	42	0	2	54	1.13
8694406--8694445	17	2.3	18	82	4	55	40	0	5	55	1.22
8706526--8706583	29	2.1	29	83	6	75	50	0	3	46	1.18
8706612--8706650	17	2.2	18	90	4	62	48	0	0	51	1.00
8707704--8707748	21	2.2	21	88	4	65	8	8	20	62	1.51
8707704--8707743	21	1.9	21	94	0	71	10	7	22	60	1.54
8708967--8709004	10	3.9	10	82	3	51	71	5	0	23	1.07
8708965--8709011	20	2.3	20	82	10	60	68	4	0	27	1.08
8714878--8714936	31	1.9	31	82	0	73	35	16	20	27	1.94
8715931--8715971	18	2.5	17	88	11	59	70	0	4	24	1.06
8720553--8720581	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
8733561--8733619	32	1.9	32	86	6	86	30	23	10	35	1.88
8734039--8734068	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
8734666--8734826	63	2.5	62	85	6	225	24	23	22	29	1.99
8734987--8735017	6	5.2	6	100	0	62	16	35	32	16	1.91
8735280--8735393	33	3.6	31	84	3	95	26	50	7	14	1.70
8735308--8735396	33	2.7	33	92	0	142	22	53	8	14	1.68
8737696--8738127	216	2.0	217	95	1	787	41	18	13	26	1.88
8740549--8741722	390	3.0	392	97	0	2212	46	18	13	21	1.83
8743637--8743675	18	2.2	18	85	0	51	48	12	15	23	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8743769--8743808	18	2.2	18	90	0	62	37	22	12	27	1.90
8746556--8746598	15	2.9	15	76	13	52	23	30	16	30	1.96
8746548--8746685	30	4.7	30	77	6	111	26	29	18	26	1.98
8746587--8746679	15	6.4	14	73	13	71	27	30	18	23	1.98
8746571--8746681	44	2.5	44	86	4	143	27	30	18	23	1.98
8765449--8765482	17	1.9	17	88	5	50	17	41	0	41	1.50
8766908--8766941	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
8767570--8767666	29	3.3	29	75	1	86	39	18	15	26	1.91
8771340--8771627	144	2.0	144	100	0	576	32	11	15	40	1.83
8780013--8780131	57	2.1	56	83	7	150	44	6	19	29	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222