genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24041299--24041360	27	2.3	27	91	0	106	41	11	12	33	1.79
24042241--24042292	21	2.4	21	75	12	52	40	1	1	55	1.22
24042176--24042594	148	2.9	144	82	2	496	42	9	5	42	1.60
24042870--24043015	20	7.4	20	65	16	63	13	32	20	33	1.92
24042857--24043058	39	5.2	39	82	5	248	13	30	19	36	1.91
24060235--24060277	21	2.0	21	86	0	59	23	23	37	16	1.94
24061448--24061492	15	3.0	15	93	0	72	40	15	8	35	1.79
24062057--24062098	21	2.0	21	90	4	68	38	11	9	40	1.75
24076686--24076813	31	4.2	30	69	15	91	50	10	5	32	1.60
24076749--24076813	29	2.2	31	86	5	89	47	10	6	35	1.63
24081281--24081313	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
24081634--24081673	14	2.9	14	84	0	62	45	5	0	50	1.23
24081778--24081834	20	2.9	20	81	2	71	35	7	0	57	1.26
24081778--24081834	19	2.9	20	82	7	64	35	7	0	57	1.26
24082487--24082564	38	2.1	38	100	0	156	44	0	5	50	1.24
24082678--24082718	21	2.0	21	90	0	64	31	14	0	53	1.41
24084716--24084794	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24084913--24085182	47	5.7	47	92	0	416	28	30	9	31	1.88
24090646--24090834	29	6.5	29	80	3	148	25	13	23	36	1.92
24090646--24090834	58	3.2	59	77	3	177	25	13	23	36	1.92
24109306--24109668	184	2.0	184	90	2	577	28	28	18	24	1.98
24111803--24111853	18	2.9	17	75	18	50	37	13	0	49	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24120343--24120432	40	2.2	40	80	7	103	31	6	18	43	1.76
24120623--24120732	45	2.7	39	76	15	121	20	18	20	40	1.91
24120636--24120736	45	2.2	45	91	0	157	20	17	19	41	1.90
24128055--24128152	27	3.5	28	87	2	126	31	27	14	26	1.95
24133766--24133834	20	3.5	19	78	7	66	47	13	7	31	1.69
24137276--24137900	317	2.0	318	97	0	1173	33	26	15	25	1.95
24146846--24147088	131	1.9	131	82	3	310	28	19	4	46	1.70
24156191--24156236	23	2.0	23	100	0	92	34	17	13	34	1.88
24156460--24156502	22	1.9	23	85	4	61	44	30	2	23	1.66
24158383--24158424	17	2.5	17	96	0	75	14	14	38	33	1.86
24166029--24166084	27	2.1	27	90	6	87	28	21	12	37	1.90
24173728--24174231	165	3.1	161	88	6	717	41	18	9	30	1.83
24176992--24177296	154	2.0	154	91	1	495	37	17	7	38	1.77
24179064--24179093	16	1.9	16	93	6	53	20	13	0	66	1.24
24185361--24185394	5	6.4	5	90	10	50	58	0	41	0	0.98
24189257--24189282	13	2.0	13	100	0	52	69	7	7	15	1.35
24189605--24189636	12	2.7	12	95	0	55	18	18	6	56	1.62
24189775--24189834	25	2.5	26	75	22	67	56	3	35	5	1.37
24191368--24191392	13	1.9	13	100	0	50	64	28	8	0	1.22
24192113--24192173	26	2.3	26	82	0	77	34	14	9	40	1.79
24207126--24207185	30	2.0	30	93	0	102	46	25	18	10	1.79
24209581--24209637	28	2.0	28	100	0	114	24	24	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24212654--24212715	23	2.7	23	79	0	70	20	29	16	33	1.94
24229217--24229259	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
24229301--24229513	43	5.0	43	89	4	315	31	30	17	20	1.96
24229301--24229529	85	2.7	86	85	2	327	32	31	17	19	1.95
24229703--24229762	18	3.4	18	64	13	52	40	10	6	43	1.64
24234259--24234357	40	2.5	39	83	8	128	28	20	18	33	1.96
24234391--24234553	40	4.1	39	84	3	175	25	20	22	31	1.98
24234384--24234556	80	2.2	80	83	6	208	25	20	22	31	1.98
24234831--24234922	41	2.2	41	88	3	132	28	23	20	27	1.99
24235534--24235575	21	2.0	21	100	0	84	47	14	9	28	1.75
24242472--24242563	41	2.2	41	84	0	112	30	25	19	25	1.98
24243175--24243216	21	2.0	21	100	0	84	47	14	9	28	1.75
24250077--24250119	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
24253792--24253834	22	2.0	22	90	0	68	46	16	2	34	1.60
24265581--24265641	26	2.3	26	82	0	77	40	9	14	34	1.79
24266363--24266387	13	1.9	13	100	0	50	0	8	28	64	1.22
24268119--24268150	12	2.7	12	95	0	55	56	6	18	18	1.62
24268473--24268498	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
24271884--24271934	21	2.4	21	90	0	75	33	37	5	23	1.79
24274729--24274767	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
24274772--24274919	75	2.0	75	100	0	296	37	8	21	33	1.83
24275068--24275143	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24277026--24277070	22	2.0	22	100	0	90	35	22	4	37	1.74
24279592--24279782	51	3.8	51	78	8	210	32	26	16	24	1.96
24279592--24279672	12	6.3	13	68	30	50	35	29	12	22	1.91
24279589--24279812	101	2.2	102	79	4	238	31	26	16	25	1.96
24292134--24292192	24	2.5	24	88	0	91	32	16	20	30	1.95
24292008--24292271	130	2.0	129	84	2	350	29	15	18	36	1.92
24294903--24294952	17	3.0	17	77	13	50	2	16	6	76	1.08
24299401--24299451	24	2.1	24	88	0	75	29	11	21	37	1.89
24299534--24299597	16	4.0	16	81	0	74	28	17	21	32	1.96
24301711--24301804	45	2.1	45	100	0	188	31	30	2	35	1.70
24303676--24303757	31	2.7	29	84	5	92	56	6	0	37	1.24
24305992--24306034	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
24306452--24306620	49	3.5	49	94	0	295	43	2	7	46	1.47
24308883--24308911	14	2.1	14	100	0	58	13	13	51	20	1.75
24309806--24310215	124	3.3	125	89	3	614	30	20	17	31	1.96
24314104--24314175	31	2.3	32	86	9	96	51	11	11	26	1.71
24317419--24317499	35	2.3	35	82	2	92	22	17	30	29	1.96
24318520--24318627	35	3.2	35	60	19	84	35	26	12	25	1.91
24318507--24318640	66	2.0	66	98	0	259	38	27	11	22	1.88
24319145--24319203	29	2.0	29	100	0	118	44	10	6	38	1.65
24327011--24327073	33	1.9	33	96	0	117	42	17	26	12	1.85
24329477--24329533	28	2.0	28	100	0	114	24	24	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24330101--24330186	44	2.0	43	93	2	145	26	24	18	30	1.98
24332590--24332651	23	2.7	23	79	0	70	20	29	16	33	1.94
24343389--24343465	21	3.5	21	70	20	68	53	12	1	32	1.47
24343372--24343459	44	2.0	44	95	0	158	50	13	2	34	1.55
24343395--24343465	22	3.2	22	69	26	69	53	12	0	33	1.39
24372771--24372829	24	2.5	24	88	0	91	30	20	16	32	1.95
24372693--24372955	130	2.0	129	85	2	348	36	18	14	30	1.91
24378938--24379000	29	2.2	29	82	0	72	38	11	14	36	1.81
24385108--24385296	51	3.7	50	77	6	186	24	16	26	32	1.96
24387815--24387859	22	2.0	22	100	0	90	37	4	22	35	1.74
24390303--24390356	21	2.6	21	87	0	81	25	5	37	31	1.79
24393731--24393756	13	2.0	13	100	0	52	69	7	7	15	1.35
24394079--24394110	12	2.7	12	95	0	55	18	18	6	56	1.62
24394249--24394308	25	2.5	26	75	22	67	56	3	35	5	1.37
24395844--24395868	13	1.9	13	100	0	50	64	28	8	0	1.22
24396590--24396650	26	2.3	26	82	0	77	34	14	9	40	1.79
24402751--24402789	20	2.0	20	84	0	51	28	15	0	56	1.40
24407950--24408009	31	1.9	32	86	6	88	50	3	1	45	1.28
24409101--24409141	18	2.3	18	86	0	55	29	14	7	48	1.71
24412653--24412695	22	2.0	22	90	0	68	34	2	16	46	1.60
24416384--24416426	22	2.0	22	90	0	68	34	2	16	46	1.60
24424912--24424953	21	2.0	21	100	0	84	28	9	14	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24425563--24425654	41	2.2	41	86	0	121	25	20	25	29	1.99
24432551--24432592	21	2.0	21	100	0	84	28	9	14	47	1.75
24433204--24433295	41	2.2	41	88	3	132	27	20	23	28	1.99
24433570--24433866	40	7.1	41	70	16	184	31	21	21	25	1.98
24433570--24433742	80	2.2	80	83	6	208	31	22	20	25	1.98
24433786--24433867	39	2.1	38	86	6	112	34	19	20	25	1.96
24438363--24438422	18	3.4	18	64	13	52	43	6	10	40	1.64
24438613--24438706	43	2.2	43	90	0	143	21	15	30	31	1.95
24454769--24454830	23	2.7	23	79	0	70	33	16	29	20	1.94
24457843--24457899	28	2.0	28	100	0	114	33	17	24	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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