genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27840146--27840180	10	3.6	10	92	3	54	62	5	0	31	1.18
27847252--27847283	16	1.9	17	93	6	57	9	15	0	75	1.05
27850679--27850978	24	12.8	24	69	14	153	55	4	5	34	1.45
27850710--27850964	69	3.7	69	74	9	189	55	5	5	34	1.45
27850794--27850900	46	2.3	47	83	10	125	54	3	6	35	1.44
27850767--27850948	70	2.6	69	75	7	170	56	5	6	32	1.47
27851737--27851806	19	3.6	19	82	1	95	12	34	4	48	1.61
27854044--27854083	21	1.9	21	89	0	62	37	27	20	15	1.92
27854892--27855034	38	3.7	38	83	2	155	31	25	23	18	1.98
27854968--27855111	39	3.7	38	86	0	171	30	27	22	19	1.98
27854893--27855105	78	2.8	77	81	7	211	31	26	23	19	1.98
27856137--27856187	21	2.4	21	93	0	84	1	47	17	33	1.59
27856072--27856231	87	1.8	87	87	0	230	14	29	17	38	1.89
27861742--27861781	16	2.5	16	88	8	55	30	0	17	52	1.45
27861738--27861854	41	2.9	41	80	5	137	30	2	19	47	1.63
27861761--27861831	25	2.8	25	78	16	76	32	2	21	43	1.67
27861798--27861863	25	2.6	25	90	4	98	27	3	19	50	1.63
27861786--27861876	16	5.6	16	76	14	71	29	2	21	46	1.64
27861798--27861876	25	3.2	25	87	0	86	29	2	20	48	1.63
27861676--27861872	66	3.0	66	83	3	218	31	4	19	44	1.69
27861866--27861916	20	2.5	20	87	0	75	33	3	11	50	1.57
27863080--27863134	30	1.9	29	85	10	78	56	10	3	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27864922--27864975	7	7.7	7	93	6	92	31	55	0	12	1.38
27864920--27864982	14	4.4	14	86	8	74	33	50	0	15	1.45
27865147--27865209	7	8.9	7	79	10	56	26	52	3	17	1.60
27865147--27865209	15	4.4	14	76	9	56	26	52	3	17	1.60
27865170--27865208	7	5.4	7	87	6	60	25	51	0	23	1.49
27865218--27865257	22	1.9	21	85	10	55	37	40	0	22	1.54
27865863--27866157	114	2.6	114	77	8	253	33	22	16	27	1.96
27871986--27872034	22	2.2	23	96	3	91	26	10	14	48	1.75
27875830--27875865	19	1.9	19	88	5	56	58	5	5	30	1.44
27875929--27875989	27	2.1	30	85	8	83	60	0	4	34	1.18
27881379--27881460	41	2.0	41	95	0	146	50	12	7	30	1.67
27884904--27884983	40	2.0	40	100	0	160	45	12	2	40	1.56
27884915--27884984	21	3.4	21	71	15	74	42	11	2	42	1.55
27886195--27886311	45	2.6	45	87	5	173	17	15	24	42	1.87
27888119--27888163	21	2.1	21	83	4	54	11	17	31	40	1.85
27889813--27889880	25	2.7	25	86	0	100	32	16	26	25	1.96
27903422--27903450	14	2.1	14	100	0	58	44	6	13	34	1.71
27904949--27904981	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
27906600--27906703	39	2.7	40	84	4	149	17	30	18	33	1.94
27906596--27906695	20	5.1	20	67	12	64	17	31	20	32	1.95
27907583--27907725	73	2.0	73	98	0	277	30	11	20	38	1.87
27912485--27912531	16	2.9	16	71	22	53	46	0	8	44	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27916878--27917101	39	5.6	39	84	6	240	25	22	27	25	2.00
27916878--27917101	40	5.7	40	84	7	255	25	22	27	25	2.00
27916931--27917134	79	2.6	78	81	11	229	26	21	26	25	1.99
27938195--27938371	39	4.5	40	83	2	207	28	20	26	24	1.99
27938195--27938398	79	2.6	78	83	6	218	28	20	25	25	1.99
27951068--27951611	262	2.1	263	84	2	700	29	14	20	35	1.92
27952347--27952460	42	2.7	42	78	2	122	28	16	24	29	1.97
27953006--27953281	48	5.7	48	83	2	329	25	14	16	43	1.86
27953075--27953203	23	5.2	25	64	16	72	25	13	15	45	1.82
27953002--27953298	96	3.1	97	86	2	375	25	14	16	43	1.86
27960188--27960226	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
27962642--27962751	42	2.6	43	76	1	123	31	16	18	33	1.93
27963321--27963407	25	3.5	25	73	7	79	26	14	14	43	1.85
27963349--27963428	23	3.4	23	70	13	72	28	15	16	40	1.88
27963308--27963534	48	4.7	48	83	5	285	25	13	15	45	1.82
27963308--27963534	99	2.3	99	84	3	300	25	13	15	45	1.82
27970677--27970715	19	2.1	19	85	9	53	30	2	5	61	1.31
27971685--27971715	16	1.9	16	93	0	53	77	6	6	9	1.12
27976999--27977063	31	2.1	31	88	5	96	30	18	27	23	1.97
27979133--27979210	24	3.2	24	76	3	68	32	24	25	17	1.97
27979251--27979310	26	2.3	26	88	0	93	38	21	21	18	1.94
27982333--27982400	34	2.0	34	97	0	127	39	14	10	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27989002--27989036	17	2.0	18	88	5	54	31	5	0	62	1.18
27992786--27992822	20	1.9	18	89	10	56	37	5	8	48	1.56
27994556--27994597	3	14.0	3	94	0	75	30	0	2	66	1.04
27995025--27995071	16	2.8	17	70	9	51	31	2	2	63	1.18
27999890--27999967	28	2.9	26	82	14	104	44	6	20	28	1.76
28004507--28004626	62	1.9	62	84	3	152	26	27	22	23	1.99
28009741--28009799	27	2.2	27	82	8	68	49	5	6	38	1.52
28010383--28010439	20	2.9	19	75	14	62	36	21	29	12	1.90
28010385--28010448	19	3.3	19	78	10	67	35	21	31	10	1.88
28010452--28010512	19	3.2	19	77	13	70	40	21	21	16	1.91
28010444--28010508	20	3.3	19	77	14	69	40	20	23	16	1.92
28010425--28010511	39	2.2	39	85	4	113	37	21	25	14	1.92
28024632--28024673	19	2.2	20	91	4	68	38	28	26	7	1.82
28026660--28026710	10	5.4	10	77	13	54	31	1	0	66	1.03
28026669--28026711	19	2.3	19	88	4	61	27	2	0	69	1.00
28031696--28031727	17	1.9	17	93	6	57	34	6	21	37	1.79
28035327--28035458	67	2.0	65	91	2	210	45	17	6	30	1.74
28041223--28041331	41	2.7	41	86	0	137	27	20	22	29	1.98
28041698--28041772	25	3.2	24	76	18	86	30	8	16	45	1.75
28041683--28041772	45	2.0	45	95	0	162	33	6	15	44	1.73
28042959--28042997	20	2.0	19	90	5	60	48	0	35	15	1.45
28044239--28044582	51	6.8	50	79	4	309	29	25	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28044246--28044582	102	3.3	102	85	3	398	29	25	14	29	1.95
28044239--28044589	153	2.3	150	79	8	390	29	25	14	30	1.95
28047508--28047556	22	2.2	22	88	0	71	36	18	26	18	1.94
28051569--28051671	17	5.9	18	68	14	54	37	29	17	15	1.91
28057650--28057704	19	3.0	17	81	10	56	43	14	0	41	1.45
28059399--28059480	17	4.8	17	73	7	60	32	28	18	20	1.96
28059470--28059601	17	7.5	17	70	8	77	34	30	19	15	1.93
28059470--28059554	18	4.7	18	73	13	59	34	29	21	15	1.94
28059507--28059601	34	2.7	34	79	9	86	37	29	16	15	1.90
28059752--28059789	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
28069219--28069256	13	2.9	13	96	0	67	26	7	26	39	1.83
28069484--28069541	19	2.9	19	80	10	55	53	0	3	43	1.17
28069768--28069794	8	3.4	8	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28070059--28070183	30	4.2	30	84	1	144	36	18	3	41	1.67
28070059--28070183	60	2.1	59	84	1	160	36	18	3	41	1.67
28070388--28070447	24	2.5	24	88	0	93	63	5	23	8	1.42
28070889--28070931	15	2.9	14	83	10	50	79	0	18	2	0.85
28072350--28072454	11	9.7	11	70	14	58	37	3	0	59	1.16
28072342--28072421	42	1.9	42	97	0	151	31	3	0	65	1.11
28072383--28072450	32	2.1	32	97	0	127	35	4	0	60	1.17
28072348--28072454	42	2.5	42	84	6	135	38	3	0	57	1.16
28073658--28073852	50	3.9	49	75	4	167	23	26	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28073665--28073852	100	1.9	99	80	1	223	22	26	20	29	1.99
28075056--28075297	50	4.9	50	82	3	240	27	21	28	22	1.99
28079387--28079519	72	1.9	72	90	4	216	55	12	4	27	1.55
28079962--28080009	18	2.7	18	93	0	78	39	10	12	37	1.77
28083509--28083542	16	2.2	15	94	5	59	23	2	23	50	1.63
28085371--28085412	19	2.3	19	87	4	59	50	0	26	23	1.50
28096390--28096418	14	2.0	15	93	6	51	58	0	13	27	1.36
28098699--28098756	24	2.4	24	80	8	64	41	17	17	24	1.90
28105234--28105374	23	6.2	23	84	1	185	24	21	23	29	1.99
28105235--28105370	46	3.0	46	91	1	220	23	22	24	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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