genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  130  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42015098--42015130	15	2.2	15	94	0	57	63	3	9	24	1.38
42020893--42021017	49	2.6	49	84	0	151	40	23	13	22	1.89
42022832--42022893	26	2.4	26	83	0	79	37	11	11	40	1.77
42026582--42026653	36	2.0	36	91	0	117	30	18	11	40	1.85
42026582--42026640	18	3.2	19	66	9	50	35	18	8	37	1.81
42030099--42030210	26	4.3	26	84	0	152	42	8	23	25	1.81
42030219--42030270	27	1.9	27	88	7	79	30	30	19	19	1.96
42030218--42030276	27	2.2	27	81	6	75	27	28	23	20	1.99
42030702--42030740	20	1.9	21	85	15	55	64	2	2	30	1.21
42035092--42035116	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
42039925--42039964	19	2.1	19	95	0	71	22	22	7	47	1.76
42040853--42040971	27	4.4	27	83	0	139	43	21	14	20	1.87
42040853--42040971	54	2.2	54	84	0	157	43	21	14	20	1.87
42044320--42044364	24	1.9	24	82	13	58	17	8	31	42	1.80
42048560--42048613	26	2.1	26	86	6	74	22	25	18	33	1.97
42048716--42048781	28	2.4	27	87	2	96	24	22	22	30	1.99
42048714--42048803	28	2.9	31	77	15	89	25	23	23	27	2.00
42053163--42053234	25	2.9	24	70	13	65	30	20	20	27	1.98
42063539--42063951	153	2.8	143	81	5	335	47	16	7	29	1.72
42072648--42072673	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
42072627--42072771	50	3.0	48	75	20	151	37	2	0	60	1.08
42072692--42072768	11	7.4	11	77	18	76	38	1	0	59	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42072750--42072797	21	2.2	20	82	13	60	35	0	4	60	1.16
42072989--42073039	22	2.3	22	75	18	52	49	0	3	47	1.20
42077928--42077962	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
42077821--42078104	120	2.4	120	90	2	446	44	1	4	48	1.34
42078048--42078082	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
42078048--42078102	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
42078318--42078385	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
42081519--42081573	23	2.4	23	79	11	60	32	5	0	61	1.19
42085511--42085554	19	2.5	17	85	10	61	31	9	2	56	1.43
42088182--42088220	18	2.2	18	86	9	53	64	2	0	33	1.08
42088224--42088273	24	2.1	23	85	3	64	54	6	0	40	1.25
42088910--42088965	27	2.1	27	83	6	69	33	3	0	62	1.12
42089932--42089990	28	2.2	26	81	6	64	55	1	10	32	1.43
42090461--42090500	21	1.9	21	84	0	53	57	7	17	17	1.62
42092064--42092938	132	6.6	132	93	0	1464	27	23	19	29	1.98
42095115--42095155	20	2.0	20	90	9	66	68	4	12	14	1.36
42099026--42099084	28	2.2	26	81	6	64	55	1	10	32	1.43
42100233--42101554	577	2.3	580	82	3	1584	31	16	21	30	1.95
42104163--42104198	13	2.4	16	86	13	51	72	0	27	0	0.85
42109403--42109456	25	2.2	25	82	0	63	37	14	9	38	1.79
42113112--42113180	35	1.9	36	91	2	113	33	21	14	30	1.93
42113112--42113190	36	2.2	35	86	6	106	31	24	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42117469--42117496	11	2.5	11	100	0	56	14	0	14	71	1.15
42117970--42118009	18	2.2	18	86	0	53	30	7	2	60	1.38
42118468--42118497	15	1.9	16	93	6	53	20	0	6	73	1.05
42124425--42124639	88	2.4	88	90	1	342	27	27	23	20	1.99
42124650--42124771	44	2.8	44	88	7	169	25	18	27	27	1.98
42125084--42125197	44	2.6	44	81	2	131	31	18	20	29	1.96
42126759--42126803	18	2.5	18	81	0	54	33	4	4	57	1.38
42127247--42127292	20	2.3	20	85	3	58	23	2	4	69	1.17
42139314--42139342	13	2.1	14	93	6	51	6	10	17	65	1.44
42147425--42147541	40	2.9	40	96	0	207	32	16	29	21	1.95
42147489--42148412	112	8.3	112	94	0	1568	25	18	29	26	1.98
42150088--42150288	84	2.4	84	93	0	339	32	19	18	29	1.96
42151486--42151525	11	3.7	11	96	3	73	37	10	25	27	1.88
42152868--42153227	17	20.6	17	68	24	164	43	11	1	42	1.51
42152859--42153008	57	2.6	57	93	2	257	44	12	1	42	1.50
42152985--42153109	57	2.1	60	89	8	195	44	12	1	42	1.51
42152942--42153048	40	2.7	40	94	2	189	42	11	1	43	1.51
42152880--42153210	101	3.3	101	94	4	573	43	11	1	43	1.51
42153034--42153149	44	2.7	43	88	7	168	43	11	1	43	1.50
42153078--42153260	57	3.1	57	90	6	285	42	10	2	44	1.51
42153232--42153276	13	3.5	13	87	0	72	40	6	2	51	1.41
42153423--42153572	73	2.1	73	100	0	300	50	1	6	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42153424--42153540	38	3.2	38	67	16	118	53	1	7	36	1.40
42153609--42153910	25	12.1	25	88	8	429	46	19	0	33	1.51
42153628--42153774	18	8.4	18	68	25	102	44	19	0	36	1.51
42153609--42153929	145	2.2	146	91	5	513	46	19	0	33	1.51
42153876--42153923	19	2.6	18	75	15	53	47	18	0	33	1.49
42159385--42159455	21	3.4	21	86	0	97	30	18	47	2	1.63
42159765--42159902	42	3.2	43	86	7	183	24	19	21	34	1.97
42159765--42159902	43	3.2	42	86	6	188	24	19	21	34	1.97
42169131--42169161	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16
42169385--42169433	20	2.5	20	86	0	62	44	12	8	34	1.71
42173086--42173378	149	2.0	149	95	0	523	44	8	8	38	1.66
42179068--42179121	17	3.2	17	72	27	60	33	29	16	20	1.95
42179053--42179121	34	2.0	34	94	0	120	33	27	18	20	1.96
42181110--42181165	24	2.3	24	81	9	60	57	3	1	37	1.27
42182215--42182852	318	2.0	318	88	1	949	24	27	19	28	1.98
42187855--42187889	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
42188284--42188319	18	2.0	18	100	0	72	38	5	5	50	1.49
42192305--42192358	20	2.8	20	86	13	85	29	9	9	51	1.65
42193027--42193117	46	2.0	46	97	0	173	40	5	5	48	1.49
42193242--42193285	23	1.9	23	85	0	61	40	20	11	27	1.86
42196849--42196876	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
42196873--42196943	5	13.2	6	82	14	68	32	2	15	49	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42196874--42196947	11	7.5	11	69	23	58	32	2	16	48	1.60
42196865--42196920	27	2.1	27	100	0	112	28	7	10	53	1.62
42196902--42196947	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
42205426--42205474	20	2.5	20	82	0	71	44	4	0	51	1.20
42206730--42206790	32	1.9	32	96	0	113	50	18	3	27	1.62
42206730--42206803	32	2.5	30	87	10	100	51	18	2	27	1.60
42206731--42206817	27	3.0	27	83	11	77	51	18	3	26	1.62
42225250--42225312	31	2.0	31	84	0	81	42	12	7	36	1.72
42225259--42225327	31	2.3	30	87	2	102	43	13	7	36	1.71
42238200--42238255	29	1.9	29	85	7	78	25	16	19	39	1.91
42252788--42252821	15	2.3	15	100	0	68	29	0	11	58	1.33
42256393--42256503	25	4.4	25	81	8	127	20	26	18	34	1.96
42256393--42256530	50	2.8	50	83	4	154	20	25	20	34	1.97
42256393--42256530	25	5.5	25	77	10	120	20	25	20	34	1.97
42264905--42264962	21	2.8	21	81	5	64	15	12	29	43	1.83
42264929--42264972	21	2.1	21	83	8	54	15	9	31	43	1.79
42287371--42287412	21	2.0	21	86	9	59	23	9	7	59	1.53
42290366--42290403	4	9.5	4	100	0	76	23	0	26	50	1.50
42292415--42292456	20	2.1	20	100	0	84	28	4	0	66	1.12
42294889--42294991	20	5.4	20	65	13	65	34	4	12	47	1.63
42294847--42295012	37	4.5	37	92	2	264	33	4	12	50	1.60
42294872--42295006	17	7.4	17	64	14	63	34	3	11	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42295013--42295091	9	8.6	9	83	10	88	21	11	27	39	1.88
42295013--42295093	29	2.9	28	81	5	101	20	11	27	40	1.86
42296039--42296222	42	4.4	42	86	5	216	28	20	24	26	1.99
42298157--42298202	16	2.9	16	84	9	60	69	4	2	23	1.17
42298155--42298202	20	2.4	19	80	13	51	70	4	2	22	1.15
42298388--42298451	25	2.5	25	97	2	119	51	12	10	25	1.72
42299187--42299235	23	2.1	23	100	0	98	32	16	18	32	1.93
42299259--42299291	13	2.5	13	90	0	57	81	0	9	9	0.87
42301439--42301501	13	4.8	13	78	0	72	34	6	23	34	1.81
42305909--42305967	25	2.4	25	88	0	82	23	25	16	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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