genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  189  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60361231--60361273	21	2.0	22	81	4	52	23	9	4	62	1.44
60361606--60361678	19	3.8	19	88	0	119	39	9	13	36	1.78
60361606--60361704	19	4.9	21	83	6	84	38	8	15	38	1.77
60366247--60366281	17	2.1	17	94	5	63	54	17	5	22	1.64
60372742--60372859	25	4.6	25	74	13	91	20	26	18	34	1.96
60373837--60373872	18	2.0	18	88	0	54	36	5	2	55	1.38
60388334--60388569	117	2.0	117	100	0	472	22	21	11	44	1.83
60390498--60390554	28	2.0	28	100	0	114	35	14	17	33	1.90
60391165--60391229	30	2.2	30	82	0	76	21	23	27	27	1.99
60392994--60393064	30	2.2	35	80	19	91	71	5	4	18	1.22
60394502--60394535	16	2.1	17	88	5	52	67	2	11	17	1.34
60394634--60394677	23	1.9	23	86	9	63	65	6	13	13	1.44
60394964--60394994	13	2.4	13	94	0	53	6	3	64	25	1.33
60395702--60395759	20	2.7	21	78	10	55	60	1	6	31	1.33
60398669--60398748	25	3.2	25	81	0	97	38	17	27	16	1.91
60399671--60399830	42	3.8	42	84	3	180	30	25	15	29	1.95
60401347--60401428	16	5.5	16	67	19	61	37	18	2	41	1.64
60407697--60407776	25	3.2	25	75	7	81	30	23	25	21	1.99
60407697--60407822	50	2.5	50	80	3	128	34	20	25	19	1.96
60407713--60407823	25	4.4	25	73	4	98	36	18	27	17	1.93
60407706--60407847	75	1.9	75	80	4	169	36	19	26	17	1.94
60412950--60413168	40	5.5	40	77	5	174	21	28	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60412950--60413179	120	1.9	120	83	3	302	20	27	16	34	1.95
60417832--60417882	24	2.1	24	100	0	102	19	33	9	37	1.85
60418507--60418566	30	2.0	30	100	0	120	46	16	16	20	1.84
60418744--60418821	29	2.8	28	86	5	97	21	17	21	38	1.93
60418930--60418983	28	1.9	28	100	0	108	22	25	25	25	2.00
60418930--60419016	33	2.8	33	83	8	94	22	25	26	25	2.00
60418930--60418994	28	2.3	28	92	5	105	21	24	24	29	1.99
60427219--60427321	41	2.5	40	84	6	125	28	25	18	28	1.98
60427219--60427335	41	2.9	41	79	5	103	28	25	18	27	1.98
60430160--60430269	26	4.2	26	78	4	96	21	20	21	36	1.95
60444706--60444985	128	2.2	128	86	4	377	25	38	1	35	1.63
60451429--60451460	2	16.0	2	93	0	55	3	50	0	46	1.17
60456352--60456388	18	2.1	18	100	0	74	21	16	21	40	1.91
60456870--60456936	29	2.2	30	79	10	75	47	10	2	38	1.53
60458006--60458032	6	4.5	6	100	0	54	14	51	0	33	1.43
60461324--60461361	16	2.4	16	86	8	51	28	2	0	68	1.03
60462854--60463245	130	3.0	130	77	3	401	38	10	10	39	1.75
60464716--60464757	21	1.9	23	90	9	70	80	7	9	2	0.97
60468676--60468722	11	4.0	12	78	10	53	34	0	2	63	1.06
60469529--60469601	37	2.0	36	86	2	101	43	0	24	31	1.54
60469529--60469601	36	2.0	37	84	7	96	43	0	24	31	1.54
60477087--60477122	17	2.1	17	89	0	54	72	8	0	19	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60478187--60478278	41	2.2	41	90	0	139	30	21	19	28	1.98
60478911--60479068	79	2.0	79	81	8	187	38	13	6	41	1.71
60481769--60481812	13	3.4	13	81	9	54	72	4	2	20	1.13
60481755--60481799	21	2.0	23	83	8	58	66	6	8	17	1.40
60482261--60482292	5	6.2	5	92	7	55	81	0	0	18	0.70
60482243--60482292	11	4.6	11	80	9	59	76	0	2	22	0.89
60492843--60492882	19	2.0	20	85	4	55	62	0	22	15	1.32
60494352--60494529	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60494353--60494508	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60494349--60494529	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60497622--60497669	23	2.1	23	100	0	96	45	8	8	37	1.64
60504689--60504717	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
60506702--60506772	37	1.9	37	85	2	99	26	15	14	43	1.85
60507889--60507943	19	2.7	19	77	8	56	54	10	3	30	1.52
60510939--60510977	20	2.0	20	89	0	60	43	0	10	46	1.37
60511425--60511489	33	1.9	34	87	9	98	35	0	3	61	1.12
60524600--60524849	50	4.9	49	80	8	234	28	21	28	22	1.99
60539510--60539584	3	25.0	3	94	0	123	32	2	0	65	1.07
60541445--60541670	27	8.4	26	88	4	308	43	21	16	18	1.88
60541445--60541670	53	4.2	53	88	3	328	43	21	16	18	1.88
60541445--60541670	80	2.8	80	89	2	346	43	21	16	18	1.88
60549217--60549259	22	2.0	22	100	0	86	41	9	23	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60552093--60552119	9	3.0	9	100	0	54	33	22	0	44	1.53
60553158--60553211	28	1.9	28	100	0	108	40	16	16	25	1.89
60554861--60554898	17	2.2	17	100	0	76	26	13	13	47	1.79
60555833--60555921	40	2.2	40	97	2	169	47	17	14	20	1.83
60566158--60566217	20	3.1	19	70	25	54	31	0	5	63	1.16
60569500--60569583	43	2.0	43	85	0	114	28	30	19	21	1.97
60577492--60577587	25	3.8	25	88	0	138	2	20	26	51	1.59
60577536--60577599	25	3.1	19	73	26	58	0	23	23	53	1.47
60578913--60579000	28	3.1	28	86	3	113	42	3	14	39	1.63
60579496--60579548	13	4.1	13	71	9	54	37	20	7	33	1.81
60584823--60584932	33	3.3	33	88	1	148	11	10	37	40	1.75
60584883--60584969	36	2.5	36	88	5	126	14	10	37	36	1.81
60586465--60586502	19	2.0	19	89	0	58	23	28	28	18	1.98
60591864--60591902	13	2.9	14	84	7	62	48	5	25	20	1.70
60595957--60596271	41	7.7	41	86	0	423	27	20	27	24	1.99
60598079--60598148	35	2.0	35	88	0	104	34	14	17	34	1.90
60599010--60599324	41	7.7	41	85	0	405	28	19	27	24	1.99
60601133--60601202	35	2.0	35	88	0	104	34	14	17	34	1.90
60603608--60603677	9	7.8	9	93	0	104	24	10	27	38	1.87
60603838--60603862	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
60604129--60604216	38	2.2	40	84	4	108	38	2	5	53	1.37
60607796--60607830	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60611238--60611274	19	1.9	19	94	0	65	32	18	5	43	1.73
60613050--60613106	18	3.2	17	76	18	55	47	0	26	26	1.52
60613050--60613093	16	2.6	16	82	13	52	45	0	22	31	1.53
60616269--60616341	25	2.9	25	95	0	128	1	23	26	49	1.58
60616313--60616351	19	2.1	19	95	0	69	0	25	23	51	1.49
60617671--60617759	28	3.1	28	85	3	106	41	3	15	39	1.64
60618254--60618304	13	3.9	13	80	10	68	35	25	7	31	1.85
60618253--60618304	26	2.0	27	88	3	79	34	25	7	32	1.84
60621870--60621910	17	2.4	17	95	4	73	39	0	12	48	1.41
60623307--60623416	33	3.3	33	87	1	139	13	10	35	40	1.78
60623369--60623453	36	2.4	36	84	5	104	17	10	35	36	1.85
60624927--60624963	19	1.9	19	94	0	65	24	24	32	18	1.97
60628925--60629034	33	3.3	33	88	1	148	11	10	37	40	1.75
60628985--60629071	36	2.5	36	87	5	117	14	10	36	37	1.81
60630567--60630604	19	2.0	19	89	0	58	23	28	28	18	1.98
60635965--60636003	13	2.9	14	84	7	62	48	5	25	20	1.70
60638641--60638710	35	2.0	35	88	0	104	34	14	17	34	1.90
60644091--60644134	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
60647239--60647296	28	2.1	28	90	0	89	53	10	6	29	1.61
60668737--60668802	31	2.1	32	97	2	125	30	3	3	63	1.24
60669196--60669241	22	2.1	22	84	4	58	39	4	0	56	1.19
60669238--60669262	7	3.6	7	100	0	50	16	12	0	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60675901--60675937	19	1.9	19	94	0	65	51	5	10	32	1.60
60676543--60676584	22	1.9	22	85	9	59	66	9	7	16	1.42
60682349--60682452	37	2.8	39	85	7	135	35	25	22	16	1.94
60682534--60682606	37	2.0	37	89	7	114	24	21	26	27	2.00
60682749--60682814	30	2.2	30	82	15	75	65	3	4	27	1.27
60683010--60683041	14	2.2	15	94	5	57	31	0	34	34	1.58
60686931--60687065	43	3.1	43	83	2	173	22	18	30	28	1.97
60688282--60688313	16	2.0	16	100	0	64	31	18	18	31	1.95
60688665--60688934	150	1.8	149	91	2	452	30	15	15	39	1.88
60689165--60689226	33	1.9	32	87	6	90	33	37	6	22	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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