genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7093111--7093593	109	4.4	109	92	0	779	30	14	20	35	1.92
7093111--7093593	219	2.2	218	92	0	797	30	14	20	35	1.92
7093778--7094195	209	2.0	208	98	0	809	30	23	15	31	1.95
7096775--7097200	92	4.7	92	86	7	566	23	26	14	36	1.93
7096828--7097157	175	1.9	176	91	2	545	22	25	15	36	1.93
7101311--7101345	11	3.2	11	100	0	70	54	17	20	8	1.68
7102018--7102051	12	2.8	12	81	0	50	55	8	0	35	1.31
7102018--7102060	8	5.5	8	77	5	52	55	9	0	34	1.32
7102190--7102231	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
7103915--7104168	73	3.5	73	90	3	395	31	18	17	33	1.94
7104101--7104524	88	5.1	84	77	12	337	36	18	16	28	1.93
7104317--7104586	76	3.6	76	86	5	386	35	20	16	27	1.94
7104295--7104602	154	2.0	154	89	6	482	36	19	17	26	1.94
7104821--7105004	75	2.5	75	83	3	221	33	25	16	25	1.96
7104662--7105192	201	2.6	202	94	2	908	33	22	17	25	1.96
7104937--7105322	128	2.9	125	73	16	373	33	22	16	27	1.96
7105022--7105286	73	3.7	70	82	6	311	33	22	16	27	1.96
7105233--7105488	107	2.4	108	88	3	383	37	18	14	30	1.90
7105237--7105488	53	4.7	54	88	4	384	37	18	13	30	1.90
7105494--7105654	72	2.2	73	92	2	270	34	16	17	31	1.92
7107821--7107888	32	2.1	32	82	15	79	1	8	5	83	0.85
7107821--7107889	24	2.8	23	75	16	59	1	10	5	82	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7107845--7107888	16	2.8	16	82	10	63	0	6	6	86	0.71
7112513--7112546	12	2.8	12	81	0	50	55	8	0	35	1.31
7112513--7112555	8	5.5	8	77	5	52	55	9	0	34	1.32
7112681--7112728	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
7116582--7116645	23	2.7	23	78	2	65	42	14	12	31	1.82
7125007--7125033	7	3.9	7	100	0	54	14	0	40	44	1.46
7126229--7126276	25	2.0	24	87	4	69	43	12	0	43	1.42
7136551--7136575	12	2.1	12	100	0	50	84	8	8	0	0.79
7136706--7136779	22	3.3	21	79	18	87	81	0	18	0	0.70
7136706--7136778	7	10.1	7	81	15	87	80	0	19	0	0.71
7136727--7136778	15	3.6	14	87	10	70	82	0	17	0	0.66
7137318--7137373	18	3.1	19	79	5	62	33	10	14	41	1.80
7137318--7137391	37	2.0	37	84	5	96	33	12	12	41	1.79
7137441--7137494	16	3.2	16	75	14	56	35	14	9	40	1.78
7137318--7137765	17	25.1	18	70	16	161	33	11	10	44	1.75
7137491--7137557	23	3.0	22	86	8	91	44	7	7	40	1.61
7137491--7137557	22	3.0	21	89	6	89	44	7	7	40	1.61
7137339--7137766	18	24.0	17	68	19	116	33	11	10	44	1.74
7145380--7145491	56	2.0	56	100	0	224	23	26	19	30	1.98
7146745--7146939	98	2.0	98	96	0	363	36	24	10	28	1.88
7148084--7148175	19	4.8	19	91	0	157	35	15	10	38	1.82
7148061--7148175	38	2.9	38	88	5	158	38	14	9	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7150109--7150188	28	3.0	25	77	16	63	33	3	0	62	1.13
7150126--7150186	28	2.1	30	90	9	99	37	4	0	57	1.20
7150121--7150195	39	1.9	39	81	10	91	37	4	0	58	1.17
7151820--7151887	21	3.3	20	81	8	66	41	1	2	54	1.24
7151834--7151887	20	2.6	20	82	5	63	38	1	1	57	1.20
7155106--7155134	12	2.3	13	88	11	51	37	6	6	48	1.57
7155109--7155134	12	2.2	12	100	0	52	38	7	7	46	1.61
7169208--7169305	51	1.9	51	80	0	115	34	13	29	22	1.92
7169470--7169547	33	2.4	33	88	0	120	48	20	11	19	1.79
7171789--7171973	13	13.7	13	73	14	97	34	17	2	45	1.61
7171789--7171937	42	3.6	42	90	3	248	35	16	2	44	1.62
7176448--7176492	22	2.0	22	91	0	72	24	2	0	73	0.95
7180245--7180274	6	4.8	6	95	4	51	13	3	0	83	0.77
7180453--7180486	10	3.5	10	84	8	52	79	0	0	20	0.73
7180444--7180492	19	2.6	19	81	12	73	69	0	4	26	1.06
7182145--7182200	28	2.0	28	82	6	69	28	10	14	46	1.78
7191455--7191521	31	2.2	31	100	0	134	20	14	13	50	1.77
7195370--7195425	22	2.6	21	81	10	69	48	5	0	46	1.25
7195374--7195420	23	2.0	23	88	8	69	46	6	0	46	1.28
7195417--7195442	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
7208430--7208459	15	2.0	15	93	0	51	56	0	10	33	1.32
7208733--7208872	69	2.0	73	88	5	216	35	14	4	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7212639--7212691	12	4.4	12	82	0	61	3	15	7	73	1.20
7215001--7215039	20	2.0	20	89	0	60	30	33	23	12	1.92
7233549--7233594	17	2.7	18	80	19	62	65	2	0	32	1.05
7238518--7238568	26	2.0	26	88	0	75	72	0	0	27	0.85
7238527--7238568	19	2.3	18	87	4	57	76	0	0	23	0.79
7244893--7244927	18	1.9	18	88	11	54	42	8	0	48	1.33
7245735--7245780	17	2.6	19	80	19	64	32	0	2	65	1.05
7257967--7258019	12	4.4	12	82	0	61	73	7	15	3	1.20
7261763--7261902	69	2.0	70	88	5	210	45	4	14	35	1.64
7273908--7273950	17	2.5	17	85	11	52	67	2	0	30	1.03
7273921--7273972	26	2.0	26	81	7	61	63	0	3	32	1.12
7274754--7274788	18	1.9	18	88	11	54	48	0	8	42	1.33
7278954--7278997	23	1.9	23	81	9	54	38	4	2	54	1.33
7281741--7281788	17	2.9	17	79	17	57	29	20	12	37	1.90
7297253--7297300	19	2.6	19	76	3	53	31	0	37	31	1.58
7308848--7308903	18	3.2	18	85	12	80	66	0	0	33	0.92
7308866--7308924	27	2.3	27	85	5	86	61	0	0	38	0.96
7308865--7308912	15	3.0	15	77	16	51	68	0	0	31	0.90
7309489--7309523	18	1.9	18	88	11	54	48	0	8	42	1.33
7313636--7313679	23	1.9	23	81	9	54	38	4	2	54	1.33
7313896--7313957	26	2.3	27	77	2	72	70	1	1	25	1.05
7316423--7316470	17	2.9	17	79	17	57	29	20	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7331977--7332025	20	2.5	19	84	12	64	32	0	36	30	1.58
7331926--7332085	75	2.2	71	85	6	205	39	0	33	26	1.61
7334566--7334644	25	3.2	25	87	7	115	32	22	21	22	1.98
7334534--7334644	50	2.2	50	85	0	141	32	22	18	26	1.97
7340414--7340458	22	2.0	22	100	0	90	31	0	33	35	1.58
7343318--7343361	23	2.0	22	81	4	52	31	22	13	31	1.93
7346441--7346522	41	2.0	41	100	0	164	24	4	29	41	1.75
7348852--7348907	21	2.7	21	71	0	67	55	17	5	21	1.62
7349373--7349427	27	2.0	27	100	0	110	34	10	18	36	1.86
7353276--7353319	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
7353364--7353452	45	2.0	45	93	0	151	31	24	19	24	1.98
7356545--7356588	20	2.2	20	100	0	88	38	13	13	34	1.84
7365883--7365968	41	2.1	41	91	4	138	27	8	12	51	1.68
7366372--7366427	20	2.5	22	75	16	62	53	5	0	41	1.24
7368583--7368684	31	3.4	31	82	10	147	26	12	9	50	1.71
7368606--7368710	29	3.6	29	81	11	142	25	12	10	51	1.71
7368583--7368710	60	2.2	59	97	1	238	26	12	10	50	1.71
7370062--7370193	72	1.9	72	88	3	205	22	21	7	48	1.75
7376993--7377065	33	2.2	34	82	7	87	56	0	10	32	1.34
7378901--7379158	87	2.8	93	77	10	246	29	20	17	32	1.95
7378901--7379469	44	12.8	44	70	12	207	28	20	18	32	1.96
7379143--7379426	87	3.3	86	73	11	247	29	18	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7382108--7382132	12	2.1	12	100	0	50	16	32	12	40	1.84
7396413--7396473	27	2.3	25	81	10	68	55	1	3	39	1.26
7396416--7396471	26	2.1	28	83	6	71	58	1	3	35	1.26
7397990--7398041	25	2.1	25	86	10	72	50	0	7	42	1.31
7399242--7399471	100	2.3	98	96	1	424	34	13	11	40	1.80
7402055--7402132	38	2.1	38	82	4	95	58	3	0	37	1.16
7402097--7402172	27	2.8	26	75	13	73	61	2	0	35	1.10
7407712--7408245	50	10.7	50	65	13	240	26	26	21	26	2.00
7407712--7408297	100	5.9	100	93	0	949	25	25	21	26	1.99
7414286--7414385	23	4.3	23	81	5	121	32	26	19	23	1.97

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