genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12479550--12479612	31	2.0	31	84	0	81	46	26	12	14	1.80
12485060--12485084	12	2.1	12	100	0	50	28	8	24	40	1.83
12491789--12491824	7	5.1	7	86	0	54	16	52	0	30	1.44
12492001--12492070	36	1.9	36	85	5	97	42	15	17	24	1.88
12492710--12492746	15	2.3	17	86	9	51	35	10	16	37	1.83
12497097--12497125	14	2.0	15	93	6	51	31	13	20	34	1.92
12499545--12499601	30	1.9	30	82	7	71	40	24	3	31	1.72
12501219--12501243	12	2.1	12	100	0	50	16	24	16	44	1.86
12511383--12511437	21	2.6	21	77	11	58	32	10	9	47	1.70
12511383--12511436	22	2.5	22	79	8	58	33	11	9	46	1.71
12512018--12512051	17	2.1	16	94	5	59	32	17	5	44	1.73
12511801--12512618	299	2.7	289	76	12	710	36	11	10	41	1.75
12513367--12513392	4	6.5	4	100	0	52	0	0	23	76	0.78
12513408--12513453	23	2.0	23	86	0	65	28	10	13	47	1.76
12514819--12514844	8	3.2	8	100	0	52	42	0	0	57	0.98
12516737--12516793	22	2.7	22	83	5	64	61	1	1	35	1.17
12516785--12516813	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
12516774--12516823	15	3.3	15	81	10	57	78	2	0	20	0.86
12517007--12517033	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
12517964--12518056	46	2.0	45	81	6	107	43	17	13	25	1.86
12536599--12536652	12	4.6	12	74	4	56	12	12	22	51	1.74
12536593--12536640	24	2.0	24	95	0	87	14	12	22	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12538038--12538068	16	2.0	16	93	6	55	64	12	9	12	1.50
12544729--12544793	31	2.0	33	82	11	82	44	3	3	49	1.33
12545739--12545807	21	3.3	21	76	9	61	47	2	2	46	1.32
12547397--12547497	53	1.9	53	85	4	141	28	30	13	26	1.94
12551399--12552013	306	2.0	306	94	0	1077	32	18	20	29	1.96
12557387--12557434	18	2.7	17	81	15	53	43	0	14	41	1.45
12557752--12557818	25	2.7	25	84	9	75	38	10	13	37	1.79
12559902--12559983	27	2.8	29	78	10	87	34	30	21	13	1.92
12559845--12560061	103	2.1	103	96	0	398	33	29	19	17	1.95
12568525--12568732	43	4.8	43	84	4	231	30	23	17	28	1.97
12568525--12568706	87	2.1	86	86	2	256	29	23	19	27	1.98
12568568--12568733	87	1.9	87	85	4	228	31	24	16	27	1.96
12568767--12568936	85	2.0	85	100	0	340	37	29	7	25	1.82
12574890--12575107	50	4.4	50	87	1	276	27	23	29	19	1.98
12574891--12575083	100	1.9	100	90	0	305	27	22	29	20	1.98
12577428--12577669	9	27.7	9	76	8	198	32	0	19	47	1.49
12577414--12577468	26	2.1	25	86	10	74	40	0	14	45	1.45
12577459--12577566	34	3.4	33	74	18	129	34	0	18	47	1.49
12577432--12577636	52	3.8	52	87	7	241	32	0	18	48	1.48
12577433--12577645	61	3.7	60	84	12	300	32	0	18	48	1.49
12579989--12580069	14	5.7	14	70	1	54	48	27	2	22	1.63
12585668--12585693	9	2.9	9	100	0	52	7	23	0	69	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12588988--12589048	24	2.7	22	75	20	54	57	3	3	36	1.31
12589975--12590010	18	1.9	18	88	5	54	66	0	2	30	1.06
12596654--12596691	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
12605716--12605791	39	1.9	39	84	12	102	39	7	9	43	1.66
12605716--12605791	20	3.8	20	86	10	104	39	7	9	43	1.66
12608421--12608640	115	1.9	115	97	0	413	40	20	14	24	1.90
12609223--12609272	20	2.5	20	87	6	75	14	4	6	76	1.13
12609690--12609730	21	2.0	21	90	0	64	39	39	0	21	1.54
12609919--12609944	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
12610162--12610188	14	1.9	14	100	0	54	44	29	0	25	1.54
12610206--12610239	14	2.4	14	90	0	50	44	29	0	26	1.55
12610981--12611044	13	4.9	13	80	0	83	34	7	21	35	1.83
12618375--12618422	23	2.1	23	92	0	78	31	10	41	16	1.82
12622438--12622498	18	3.4	18	76	0	59	27	19	22	29	1.98
12626038--12626084	23	2.0	23	83	0	58	57	8	8	25	1.57
12628870--12628903	16	2.1	16	88	0	50	64	0	0	35	0.94
12630255--12630300	3	15.3	3	90	0	74	28	0	4	67	1.10
12630255--12630312	15	3.9	15	88	0	71	27	0	5	67	1.12
12630592--12630627	2	18.0	2	88	0	54	47	2	0	50	1.15
12655077--12655727	44	15.0	44	69	12	287	30	19	22	27	1.98
12655127--12655722	214	2.7	216	89	3	923	30	19	22	27	1.98
12655522--12655683	87	1.9	87	84	2	218	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12657146--12657182	3	12.3	3	88	0	56	27	0	2	70	1.01
12657146--12657194	18	2.7	18	90	0	71	26	0	4	69	1.06
12658622--12658708	21	4.2	20	74	10	68	26	1	3	68	1.12
12658623--12658720	10	9.8	10	69	11	51	28	2	3	66	1.18
12658917--12658969	19	3.0	17	73	10	52	35	7	18	37	1.80
12658941--12658999	22	2.7	23	84	7	70	35	3	16	44	1.65
12669607--12669669	27	2.3	27	86	8	83	44	9	6	39	1.62
12669622--12669675	27	2.0	27	100	0	108	37	11	7	44	1.68
12670098--12670152	25	2.2	26	83	3	67	12	7	1	78	1.04
12671813--12671923	41	2.6	42	78	12	120	28	26	18	26	1.98
12671896--12672054	43	3.7	43	88	0	228	25	27	14	33	1.94
12676835--12676879	20	2.3	19	85	7	63	75	2	0	22	0.91
12679287--12679498	45	4.7	44	80	4	237	29	16	18	34	1.93
12679286--12679498	90	2.4	89	84	4	284	29	16	18	34	1.94
12686463--12686505	21	2.0	21	100	0	86	41	30	9	18	1.82
12687559--12687594	18	2.0	18	89	10	56	25	0	5	69	1.10
12688537--12688606	7	9.9	7	87	3	95	1	0	55	42	1.08
12688536--12688617	14	5.9	14	81	8	51	2	0	51	46	1.14
12690790--12690828	10	3.9	10	89	0	60	41	0	0	58	0.98
12690869--12690904	16	2.2	16	95	0	63	27	11	8	52	1.65
12690964--12691116	67	2.3	67	94	1	270	39	5	11	43	1.64
12691915--12691964	21	2.4	21	86	0	73	38	18	42	2	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12695261--12695343	37	2.2	37	93	4	141	31	13	12	43	1.80
12695271--12695347	37	2.1	37	100	0	154	32	12	11	42	1.80
12695563--12695614	20	2.6	21	77	20	65	65	1	1	30	1.14
12695561--12695617	19	2.8	21	79	10	66	63	1	1	33	1.15
12695563--12695624	19	3.1	19	73	15	54	61	1	3	33	1.22
12702818--12702884	34	2.0	34	87	0	98	20	20	7	50	1.72
12707090--12707142	24	2.2	24	82	0	61	24	5	60	9	1.49
12708851--12708923	29	2.5	29	75	4	76	32	5	1	60	1.28
12710532--12710570	16	2.4	16	88	12	62	30	0	0	69	0.89
12710534--12710570	17	2.2	16	95	4	65	29	0	0	70	0.88
12714486--12714533	24	2.0	24	83	4	60	52	0	0	47	1.00
12718093--12718131	20	2.0	20	85	5	53	25	7	10	56	1.59
12718335--12718393	22	2.5	24	72	25	63	42	8	20	28	1.81
12720294--12720335	18	2.4	17	88	11	59	76	2	14	7	1.10
12725986--12726049	29	2.4	27	82	10	78	62	3	0	34	1.11
12731029--12731064	18	2.0	18	89	10	56	77	5	0	16	0.94
12731380--12731412	15	2.1	16	88	5	50	48	3	0	48	1.17
12731798--12732039	35	7.1	35	82	5	289	18	21	18	41	1.91
12731798--12732039	67	3.6	68	83	7	285	18	21	18	41	1.91
12731798--12732039	102	2.4	102	91	0	385	18	21	18	41	1.91
12734826--12734870	20	2.1	22	84	12	58	13	11	8	66	1.44
12739489--12739729	35	7.1	35	81	6	271	18	21	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12739489--12739719	67	3.4	68	85	6	265	18	22	18	40	1.91
12739489--12739729	101	2.4	101	90	0	365	18	21	17	41	1.90
12745091--12745191	50	2.0	51	92	3	168	64	0	1	33	1.05
12745111--12745160	24	2.3	21	83	13	57	66	0	2	32	1.03
12745107--12745208	50	2.1	48	85	10	136	70	0	1	27	0.98
12746718--12746904	93	2.0	93	100	0	374	19	24	13	42	1.88
12749356--12749401	21	2.1	22	84	11	60	32	19	6	41	1.77
12753737--12753820	44	1.9	44	87	0	123	30	14	22	32	1.94
12753787--12753998	43	5.0	44	78	6	197	28	15	25	30	1.96
12753806--12753967	85	1.9	87	81	8	197	26	16	26	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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