genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  27  of  222  ( 26535 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8085254--8085298	9	5.2	9	82	12	51	37	4	0	57	1.19
8086839--8086889	15	3.5	14	75	15	50	45	3	0	50	1.20
8087139--8087311	85	2.0	85	97	0	328	32	8	8	50	1.63
8088743--8088858	56	2.1	56	83	1	142	32	16	12	38	1.85
8089050--8089094	23	1.9	24	86	4	65	44	2	4	48	1.35
8089048--8089100	23	2.3	23	80	6	63	43	1	3	50	1.30
8089962--8090052	25	3.6	25	88	2	130	38	18	21	20	1.93
8090570--8090601	13	2.5	13	94	0	55	56	0	3	40	1.15
8091037--8091083	14	3.3	14	85	11	60	27	2	0	70	0.99
8093672--8093724	11	4.6	11	74	6	52	62	0	1	35	1.06
8093717--8093744	13	2.2	13	100	0	56	82	0	0	17	0.68
8094190--8094219	7	4.3	7	100	0	60	40	13	13	33	1.83
8106908--8106984	21	3.7	21	70	13	68	16	19	19	44	1.87
8106919--8107022	42	2.5	42	87	0	136	18	23	19	39	1.92
8112995--8113122	67	1.9	67	93	0	220	28	30	17	23	1.97
8117892--8117934	17	2.5	18	81	11	54	44	9	0	46	1.35
8125496--8125549	28	1.9	28	88	0	81	44	11	0	44	1.39
8131596--8131861	103	2.6	104	89	3	410	20	20	29	29	1.97
8144752--8144784	3	11.3	3	93	6	59	0	0	30	69	0.88
8151998--8152063	21	3.2	20	70	8	51	13	19	19	46	1.83
8151997--8152175	42	4.3	41	82	4	187	14	21	18	44	1.86
8152010--8152172	21	7.8	21	66	2	85	14	21	20	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8152000--8152164	84	2.0	84	83	4	208	14	22	18	44	1.86
8152984--8153034	17	3.0	17	88	5	77	17	7	41	33	1.79
8183726--8183933	63	3.3	64	65	23	163	40	3	5	50	1.43
8183688--8183977	120	2.4	120	91	3	476	42	2	4	50	1.36
8183818--8183873	15	4.1	14	78	14	55	41	0	0	58	0.98
8183929--8183963	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8183917--8184191	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
8184076--8184110	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8184272--8184366	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
8184347--8184398	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
8186852--8187058	102	2.0	102	100	0	414	31	11	13	42	1.80
8188828--8188868	13	3.1	13	82	6	55	9	12	0	78	0.98
8189086--8189125	21	2.0	20	85	5	53	60	5	2	32	1.32
8191691--8191729	16	2.4	16	82	4	51	35	0	0	64	0.94
8191729--8191765	6	6.2	6	93	0	65	45	0	2	51	1.15
8194653--8195408	376	2.0	376	99	0	1503	37	13	18	31	1.89
8197358--8197391	17	2.0	17	88	0	50	44	2	5	47	1.42
8201595--8201662	35	1.9	35	96	0	127	32	16	8	42	1.79
8202314--8202437	59	2.1	60	81	4	144	50	8	15	25	1.72
8205694--8205737	19	2.3	19	92	0	70	56	25	2	15	1.51
8207649--8207707	29	2.0	29	93	0	100	49	0	11	38	1.40
8209754--8209818	32	2.0	32	96	0	121	35	18	10	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8215345--8215483	44	3.1	46	70	18	130	45	4	2	48	1.34
8215366--8215533	47	3.6	45	73	18	166	46	2	2	47	1.33
8216120--8216161	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
8215515--8216160	120	5.4	120	97	0	1161	43	2	5	48	1.40
8217219--8217251	16	2.1	16	94	0	57	6	15	15	63	1.49
8219495--8219563	33	2.1	33	91	0	111	34	1	11	52	1.47
8219602--8219643	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
8219593--8219634	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
8219771--8219875	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
8219769--8219878	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
8219857--8219919	32	2.0	32	93	0	108	26	34	1	36	1.67
8219857--8219908	16	3.2	16	94	0	95	28	34	0	36	1.58
8219965--8219991	7	3.9	7	100	0	54	44	0	11	44	1.39
8220054--8220122	20	3.5	20	74	20	56	50	1	2	44	1.25
8220073--8220106	17	1.9	18	88	5	52	50	0	2	47	1.16
8220071--8220122	22	2.2	24	83	6	63	51	1	1	44	1.23
8225062--8225135	34	2.1	34	82	2	85	39	21	17	21	1.93
8234323--8234369	22	2.1	23	88	4	69	59	2	2	36	1.21
8234591--8234631	19	2.2	19	86	4	57	31	0	7	60	1.24
8236894--8236972	29	2.6	30	84	6	88	46	10	6	36	1.63
8237448--8237490	22	2.0	22	81	9	52	58	11	11	18	1.63
8238779--8238836	28	2.1	28	100	0	116	32	17	12	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8240020--8240067	25	1.9	25	100	0	96	25	12	25	37	1.91
8242583--8242636	22	2.5	22	81	6	65	37	0	3	59	1.15
8246888--8246922	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8249272--8249322	19	2.7	19	82	11	61	17	1	1	78	0.94
8249272--8249323	6	8.3	6	83	12	61	17	1	1	78	0.93
8259762--8259801	20	2.0	20	90	0	62	27	5	12	55	1.58
8259803--8259881	33	2.4	32	83	4	95	26	11	17	44	1.83
8260904--8260936	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
8260916--8260949	13	2.7	12	83	16	50	41	0	0	58	0.98
8261272--8261313	13	3.1	13	78	21	50	30	0	2	66	1.04
8261281--8261321	20	2.0	21	90	4	66	26	0	2	70	0.99
8263093--8263123	15	2.1	15	100	0	62	25	6	6	61	1.45
8263493--8263546	24	2.2	24	90	0	81	29	3	29	37	1.75
8264199--8264254	26	2.2	26	80	6	60	35	7	1	55	1.38
8264257--8264281	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
8265828--8265865	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
8274257--8274292	15	2.4	15	90	0	54	25	2	2	69	1.15
8282635--8282707	35	2.1	35	100	0	146	27	16	16	39	1.90
8286005--8286244	125	1.9	126	90	0	383	29	19	16	34	1.94
8286295--8286340	21	2.1	22	84	4	58	50	32	0	17	1.47
8286748--8286782	18	1.9	19	88	11	56	8	8	11	71	1.31
8287401--8287436	3	12.0	3	87	0	54	0	38	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8288844--8288964	10	11.9	10	71	18	63	53	0	0	45	1.06
8288834--8288971	30	4.2	30	74	20	132	56	0	1	42	1.08
8288790--8288980	72	2.7	73	95	3	352	58	0	1	39	1.07
8288760--8288872	51	2.2	53	86	9	164	60	0	2	37	1.11
8292818--8292859	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
8293933--8293966	17	2.0	17	88	0	50	35	0	2	61	1.11
8293981--8294021	17	2.4	18	76	12	50	43	4	2	48	1.37
8295379--8295425	22	2.1	23	84	4	60	44	4	2	48	1.34
8302009--8302095	21	4.0	21	80	8	86	55	3	8	33	1.46
8303061--8303099	20	2.0	20	84	0	51	10	17	2	69	1.28
8305609--8305650	21	2.2	20	83	12	52	30	9	21	38	1.85
8312794--8312820	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
8334655--8334694	19	2.1	20	90	9	66	35	15	5	45	1.68
8354774--8354841	19	3.5	19	75	13	57	41	7	10	41	1.67
8356555--8356619	25	2.6	25	90	0	103	18	18	20	43	1.89
8356656--8356749	25	3.8	25	77	5	75	20	24	21	34	1.97
8356705--8356766	25	2.4	25	84	7	81	20	25	17	35	1.95
8357319--8357571	125	2.0	126	95	3	454	32	2	21	43	1.66
8358003--8358061	30	2.0	30	90	6	93	62	6	1	28	1.30
8363340--8363453	59	1.9	59	96	0	210	32	28	13	25	1.93
8371264--8371299	5	6.8	5	90	9	54	19	0	0	80	0.71
8371263--8371299	11	3.5	11	88	7	58	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8377224--8377253	7	4.3	7	95	0	51	60	0	0	40	0.97
8377327--8377352	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8378608--8378646	16	2.3	19	83	16	50	58	0	2	38	1.12
8383581--8383643	28	2.2	28	80	5	83	41	20	6	31	1.77
8383633--8383671	21	1.9	20	89	5	60	43	25	0	30	1.55
8383596--8383651	28	2.0	28	82	0	67	42	21	5	30	1.75
8390555--8390592	19	2.0	19	100	0	76	52	21	0	26	1.47
8392487--8392521	15	2.2	16	90	5	54	42	0	14	42	1.45
8393607--8393648	16	2.7	16	77	3	50	54	2	16	26	1.54
8397796--8398273	236	2.0	237	92	0	796	34	15	10	39	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222