genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25960669--25961020	40	8.8	40	94	0	614	21	27	20	30	1.98
25965890--25965914	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
25965893--25965982	18	5.6	18	64	24	56	41	1	0	57	1.06
25965892--25965930	19	2.1	19	85	0	51	38	0	0	61	0.96
25965902--25965982	30	2.6	31	92	5	128	41	1	0	56	1.07
25965922--25965982	15	3.6	18	72	19	67	42	1	0	55	1.09
25965911--25965961	11	4.9	11	73	22	56	43	1	0	54	1.11
25986299--25986420	42	2.9	42	78	9	131	22	14	28	33	1.94
25993951--25993995	21	2.3	19	80	7	54	31	0	17	51	1.46
25993447--25994359	457	2.0	459	94	1	1598	35	5	21	38	1.77
26001287--26001329	6	6.8	6	91	2	59	53	2	27	16	1.55
26001298--26001330	7	5.0	7	96	3	52	54	0	30	15	1.41
26008312--26008459	26	5.6	26	86	1	170	24	25	12	38	1.90
26008312--26008461	52	2.8	53	88	2	212	24	25	12	38	1.89
26008312--26008461	27	5.7	26	86	2	176	24	25	12	38	1.89
26008312--26008461	54	2.8	52	87	4	203	24	25	12	38	1.89
26015003--26015040	12	3.2	12	78	14	51	63	13	10	13	1.53
26021349--26021381	17	1.9	17	93	0	57	66	9	3	21	1.33
26022904--26022940	18	2.0	19	85	15	51	56	8	0	35	1.29
26023746--26023819	20	3.6	20	82	7	94	27	20	21	31	1.98
26028200--26028252	19	2.7	19	80	11	54	24	3	0	71	1.02
26032961--26033054	47	2.0	47	97	0	179	31	10	9	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26033242--26033277	18	1.9	19	88	5	56	5	19	2	72	1.17
26037720--26037906	51	3.7	51	72	9	159	26	16	25	31	1.96
26037917--26038004	45	2.0	45	93	0	149	26	18	22	32	1.97
26045360--26045455	50	1.9	50	93	0	165	25	4	22	47	1.69
26046174--26046256	41	2.0	41	100	0	166	24	26	19	30	1.98
26047835--26047903	34	2.0	34	97	0	129	34	24	17	23	1.96
26057713--26057925	105	2.0	105	95	0	381	39	21	16	22	1.92
26059325--26059350	12	2.2	12	100	0	52	46	15	30	7	1.74
26073456--26073545	46	2.0	46	93	0	153	23	5	11	60	1.52
26074911--26075000	46	2.0	46	84	0	117	25	6	8	58	1.52
26081608--26081701	25	3.8	25	77	13	90	21	26	21	30	1.98
26081672--26081737	25	2.8	24	79	4	71	19	28	19	31	1.97
26081803--26081917	50	2.2	52	80	7	128	24	24	20	31	1.98
26081834--26081917	25	3.2	25	75	11	80	22	22	20	34	1.97
26082933--26083007	31	2.5	29	87	10	98	36	2	0	61	1.10
26082943--26083040	39	2.4	40	91	5	153	38	2	0	59	1.09
26083022--26083078	23	2.4	23	88	2	78	40	0	3	56	1.17
26090280--26090377	25	3.8	25	80	1	115	18	26	23	31	1.97
26092731--26092773	18	2.4	18	80	3	52	32	0	13	53	1.41
26099074--26099123	24	2.1	24	100	0	100	26	28	12	34	1.92
26103107--26103145	14	2.7	15	84	4	53	35	5	2	56	1.35
26105132--26105374	50	4.8	50	90	0	369	26	23	30	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26106835--26106889	27	2.0	28	82	3	67	36	1	0	61	1.06
26107072--26107127	24	2.4	23	79	5	58	51	10	5	32	1.59
26107078--26107127	24	2.1	24	84	0	64	52	12	4	32	1.57
26107519--26107558	21	1.9	21	84	0	53	0	27	7	65	1.20
26108479--26108536	22	2.6	22	75	2	62	6	27	1	63	1.29
26115200--26115312	19	5.8	19	89	4	172	38	10	14	36	1.80
26115201--26115312	40	2.8	40	93	2	192	39	10	13	36	1.79
26115200--26115312	59	1.9	57	89	3	172	38	10	14	36	1.80
26116072--26116121	25	2.0	26	88	4	75	32	6	4	58	1.41
26116790--26116983	97	2.0	98	94	1	345	27	9	25	37	1.87
26122762--26122793	12	2.8	12	95	4	57	87	6	0	6	0.67
26124147--26124327	44	4.1	44	66	13	129	29	18	27	24	1.98
26124046--26124434	132	2.9	132	94	0	688	28	21	25	24	1.99
26124426--26125236	44	18.7	43	72	12	479	29	20	22	27	1.99
26124505--26125236	89	8.4	87	71	14	435	29	20	23	27	1.99
26124422--26125241	217	3.8	217	94	0	1397	29	20	22	27	1.99
26124551--26124874	173	1.9	173	81	8	392	28	21	22	27	1.99
26124722--26125188	133	3.6	127	73	12	290	28	20	23	27	1.99
26125410--26125541	19	6.8	19	91	3	219	37	10	15	36	1.82
26125410--26125548	59	2.4	57	89	6	219	38	10	15	36	1.81
26126295--26126344	25	2.0	26	88	4	75	32	6	4	58	1.41
26127012--26127206	98	2.0	98	94	0	345	27	10	25	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26143110--26143166	23	2.5	23	97	0	105	10	17	3	68	1.33
26143964--26144062	27	3.7	27	76	2	92	36	11	21	31	1.88
26144224--26144311	27	3.2	27	81	1	95	36	11	26	26	1.90
26146852--26146904	27	2.0	27	88	0	79	16	33	22	26	1.96
26146855--26146912	27	2.1	27	83	0	71	17	34	20	27	1.95
26147075--26147191	55	2.1	54	81	4	137	49	16	12	21	1.78
26147222--26147383	54	2.8	59	78	12	192	48	17	14	19	1.82
26147131--26147383	113	2.2	114	83	2	305	48	17	13	20	1.80
26147070--26147359	54	5.3	54	74	9	219	49	16	13	20	1.79
26154562--26154746	43	4.3	43	92	0	307	34	25	15	24	1.94
26154535--26154746	86	2.5	86	88	1	273	33	24	15	25	1.95
26156563--26156647	40	2.1	40	86	4	118	50	12	5	30	1.64
26156577--26156663	40	2.2	40	81	6	95	48	11	6	33	1.66
26159314--26159904	147	4.0	147	95	1	1017	25	16	14	44	1.85
26159314--26159904	293	2.0	293	93	1	1008	25	16	14	44	1.85
26160557--26160590	14	2.4	14	90	9	52	32	44	0	23	1.54
26160543--26160614	21	3.4	21	73	9	65	36	38	0	25	1.56
26161172--26161614	114	3.9	113	86	5	558	26	25	21	26	2.00
26161188--26161614	227	1.9	227	86	4	612	26	25	22	25	2.00
26161683--26161708	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
26163918--26163954	13	2.7	14	83	8	58	70	2	0	27	1.01
26171263--26171307	18	2.3	21	85	14	62	26	2	0	71	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26173651--26173750	49	2.0	49	92	0	164	30	9	11	50	1.68
26175144--26175377	120	2.0	120	96	0	432	42	1	4	51	1.29
26175330--26175365	18	2.1	17	90	10	56	38	0	0	61	0.96
26176089--26176182	28	3.5	28	69	26	78	36	1	2	60	1.16
26176105--26176185	15	6.1	14	68	20	57	32	1	2	64	1.15
26176104--26176199	24	3.9	24	80	8	111	32	1	4	62	1.21
26178606--26178636	4	7.8	4	100	0	62	25	48	0	25	1.52
26182488--26182529	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
26183441--26183495	21	2.5	22	81	16	62	43	1	3	50	1.30
26183364--26183593	113	2.0	113	100	0	460	40	11	5	43	1.63
26184456--26184537	38	2.1	38	82	6	94	53	2	2	41	1.27
26194246--26194303	21	2.7	21	81	5	71	25	32	25	15	1.95
26195021--26195072	8	6.9	8	80	12	65	69	9	0	21	1.17
26195019--26195084	29	2.3	29	89	5	98	69	9	0	21	1.15
26195029--26195070	21	2.0	21	90	0	66	71	9	0	19	1.13
26196592--26196645	22	2.5	22	71	0	54	61	11	9	18	1.55
26196631--26196664	11	3.1	11	86	0	50	70	23	0	5	1.09
26197533--26197702	43	4.0	43	79	9	184	25	31	18	24	1.98
26197533--26197699	86	1.9	86	84	2	219	24	32	18	24	1.97
26197644--26197778	43	3.1	43	75	7	121	32	22	15	28	1.95
26197836--26197892	23	2.5	24	80	8	64	56	1	1	40	1.20
26207029--26207171	59	2.4	58	82	4	180	23	16	21	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26208240--26208273	18	1.9	17	88	5	50	50	0	11	38	1.39
26208339--26208566	121	1.9	121	95	1	413	42	1	5	51	1.33
26208498--26208544	18	2.6	18	90	6	69	42	0	0	57	0.98
26208712--26208797	46	1.9	44	85	4	118	40	26	6	25	1.81
26208777--26208830	16	3.4	15	89	5	72	22	29	7	40	1.81
26208777--26208842	32	2.1	31	91	8	107	21	31	6	40	1.77
26208785--26208842	16	3.7	16	93	2	100	18	34	5	41	1.73
26211808--26211907	50	2.0	50	100	0	200	32	16	6	46	1.71
26214072--26214118	14	3.4	14	85	2	60	38	44	0	17	1.48
26214072--26214118	7	6.9	7	83	11	53	38	44	0	17	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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