genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24860316--24860594	80	3.5	79	80	6	303	24	21	18	36	1.95
24868770--24868821	17	3.2	16	81	10	61	46	15	7	30	1.74
24868776--24868830	17	3.2	17	87	5	76	45	14	7	32	1.72
24868793--24868838	17	2.7	17	89	0	74	43	13	4	39	1.63
24869857--24869935	31	2.6	31	87	2	106	48	12	5	34	1.63
24871550--24871588	18	2.2	18	85	0	51	30	7	2	58	1.39
24873370--24873451	42	2.0	41	85	2	110	41	10	24	23	1.86
24879995--24880041	23	2.0	23	84	8	60	55	2	2	40	1.24
24882911--24882956	23	1.9	25	86	8	69	36	6	13	43	1.69
24884636--24885119	27	18.0	27	81	4	390	43	21	17	18	1.88
24884628--24885130	54	9.3	53	79	6	453	43	21	16	18	1.88
24884636--24885131	81	6.1	79	78	5	431	43	21	16	18	1.88
24885459--24885541	28	3.0	28	87	0	121	25	21	24	28	1.99
24888616--24888656	20	2.0	20	100	0	82	56	29	4	9	1.53
24889175--24889213	17	2.2	18	86	4	53	35	7	2	53	1.43
24893057--24893162	30	3.6	29	80	10	97	26	24	11	37	1.89
24896070--24896296	49	4.6	50	71	14	177	25	25	14	34	1.94
24896024--24896299	49	5.7	47	71	15	154	25	23	16	34	1.95
24896073--24896380	147	2.1	147	95	0	553	26	24	14	34	1.94
24896073--24896443	147	2.5	147	88	2	469	27	24	15	32	1.95
24899076--24899105	6	5.0	6	100	0	60	16	16	0	66	1.25
24899079--24899207	57	2.3	56	85	6	163	27	17	5	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24907461--24907495	18	1.9	18	88	0	52	54	5	0	40	1.24
24926873--24926947	38	2.0	38	94	0	132	52	2	2	42	1.29
24927583--24927664	37	2.2	38	85	8	107	42	4	0	52	1.23
24928660--24928710	4	12.8	4	100	0	102	50	23	0	25	1.49
24930750--24930791	22	1.9	22	85	9	59	64	2	0	33	1.07
24938181--24938242	22	2.8	22	85	2	79	50	1	1	46	1.20
24938218--24938257	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
24938267--24938446	68	2.9	61	89	8	265	40	5	9	45	1.58
24938330--24938357	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
24938246--24938416	68	2.5	68	97	1	319	39	4	8	47	1.54
24942404--24942482	37	2.1	37	88	4	115	24	30	20	25	1.98
24942601--24943125	47	11.1	47	92	1	834	28	29	9	32	1.89
24942652--24943125	143	3.3	143	95	0	853	29	28	9	32	1.88
24951387--24951548	67	2.4	67	85	0	207	26	22	17	33	1.96
24953797--24953879	43	1.9	43	85	0	112	15	14	27	42	1.86
24953937--24954097	61	2.6	61	85	4	209	31	16	23	28	1.96
24953934--24954140	61	3.4	60	80	9	199	32	15	21	29	1.95
24965616--24965731	30	4.0	28	81	8	133	27	25	26	20	1.99
24965843--24965919	26	3.0	26	82	0	109	38	25	20	14	1.91
24966101--24966294	27	7.2	27	82	3	230	25	14	15	44	1.85
24969983--24970175	63	3.1	62	84	5	235	30	27	16	25	1.96
24985110--24985169	25	2.4	25	83	10	70	23	6	0	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24985123--24985174	6	8.3	6	78	16	52	21	3	0	75	0.97
24985619--24985653	9	4.0	9	85	7	54	88	0	0	11	0.51
24985627--24985651	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
24990039--24990066	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
24992742--24992773	8	4.0	8	95	0	55	12	0	15	71	1.14
24994757--24994944	59	3.2	59	66	11	150	41	3	3	51	1.35
24994746--24995034	119	2.4	120	93	2	492	43	2	4	50	1.34
24994866--24994921	15	3.5	18	75	24	63	42	0	0	57	0.99
24994820--24995002	56	3.1	58	66	23	146	42	2	6	49	1.39
24994986--24995020	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24994974--24995248	147	1.9	149	95	1	500	47	2	3	46	1.35
24995133--24995167	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24995329--24995423	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
24995404--24995471	16	4.2	16	94	0	109	36	35	0	27	1.58
24995873--24995921	17	2.7	18	81	15	57	44	6	2	46	1.39
24996912--24996981	31	2.3	31	82	5	79	48	10	14	27	1.75
25001410--25001434	6	4.2	6	100	0	50	0	36	16	48	1.46
25001471--25001495	12	2.1	12	100	0	50	60	0	40	0	0.97
25003705--25003888	40	4.7	40	80	8	200	25	22	27	25	2.00
25003757--25003921	79	2.1	79	81	8	185	26	20	27	25	1.99
25005431--25005456	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
25009068--25009098	15	2.1	15	93	0	53	35	6	35	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25012113--25012194	43	1.9	43	84	0	110	26	20	1	51	1.55
25012152--25012189	18	2.2	17	86	9	51	15	26	0	57	1.38
25027203--25027517	156	2.0	155	94	1	551	41	6	14	37	1.71
25028883--25028935	21	2.5	21	90	0	79	32	20	20	26	1.98
25039550--25039788	75	3.2	74	86	3	334	23	19	24	32	1.97
25041363--25041388	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
25051531--25051611	41	2.0	42	92	2	137	20	27	33	18	1.96
25062914--25062949	18	1.9	19	88	5	56	72	19	2	5	1.17
25067149--25067235	26	3.4	25	72	21	74	34	4	3	57	1.36
25067203--25067264	19	3.0	21	76	11	65	41	3	0	54	1.16
25067282--25067372	25	3.7	24	77	14	87	23	1	3	72	1.06
25067279--25067349	12	6.2	11	78	18	74	23	0	1	74	0.90
25067280--25067348	11	6.1	10	79	17	57	24	0	1	73	0.91
25071917--25072014	41	2.4	41	86	5	144	26	23	23	26	2.00
25074253--25074282	11	2.7	11	94	0	51	43	16	3	36	1.65
25075355--25075467	51	2.2	51	80	12	117	38	13	6	42	1.69
25078612--25078672	31	1.9	33	87	12	92	52	0	0	47	1.00
25083080--25083146	25	2.7	25	84	6	75	20	26	20	31	1.98
25083100--25083202	25	4.2	26	80	7	99	23	24	20	32	1.98
25100761--25100833	20	4.1	20	67	29	65	46	21	24	6	1.76
25100763--25100825	31	2.0	31	100	0	126	46	22	25	6	1.75
25105468--25105730	39	6.7	40	88	5	324	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25109750--25109774	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
25110223--25110320	27	3.5	28	88	2	126	25	13	29	31	1.93
25110251--25110333	27	3.0	27	84	5	87	28	12	26	32	1.92
25123850--25123955	50	2.1	50	87	0	149	26	22	31	19	1.98
25124219--25124257	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
25126628--25126866	130	1.8	133	91	4	403	51	9	10	28	1.67
25137745--25138021	40	6.9	40	93	0	446	24	27	20	27	1.99
25142064--25142136	37	2.0	37	97	0	137	42	15	15	27	1.86
25142847--25142893	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
25142849--25142890	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
25143458--25143511	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
25149916--25149992	34	2.3	33	89	6	120	24	24	23	27	2.00
25150268--25150362	27	3.6	27	94	1	156	38	12	13	34	1.83
25150450--25150504	23	2.4	23	96	0	101	23	34	29	12	1.92
25157820--25157948	27	4.8	27	94	2	199	37	14	15	31	1.88
25158627--25158688	30	2.0	31	90	3	99	54	6	16	22	1.64
25160153--25160386	50	4.7	50	88	2	319	21	31	20	25	1.98
25170011--25170253	50	4.9	50	86	2	301	21	29	22	26	1.99
25174882--25174910	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
25176134--25176168	17	2.1	17	88	0	52	31	37	25	5	1.80
25177495--25177617	25	5.0	26	74	13	82	34	21	20	24	1.97
25179016--25179144	44	2.9	44	88	1	177	41	13	23	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25179044--25179161	45	2.6	45	83	1	112	39	14	22	22	1.91
25181308--25181482	46	3.8	46	80	1	172	32	17	20	30	1.95
25185007--25185086	30	2.7	29	83	11	92	32	21	17	28	1.96
25196437--25196590	28	5.5	28	96	0	265	33	27	11	26	1.91
25198872--25198920	21	2.3	22	79	10	57	55	26	0	18	1.43
25200644--25200754	40	2.8	40	81	8	111	10	32	23	33	1.89
25200688--25200755	20	3.4	19	68	8	55	10	35	23	30	1.88
25204686--25204752	3	22.3	3	100	0	134	32	0	0	67	0.91
25212609--25212715	48	2.2	47	82	8	126	20	13	6	59	1.55
25217982--25218035	19	2.8	19	94	0	90	37	11	16	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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