genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27412723--27412782	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
27412896--27412955	30	2.0	30	83	0	75	38	0	38	23	1.55
27413066--27413108	18	2.3	18	88	4	59	32	18	16	32	1.93
27414583--27414618	18	2.0	18	100	0	72	72	5	11	11	1.28
27419940--27419980	21	1.9	22	85	5	57	46	12	0	41	1.41
27429489--27429520	15	2.2	14	94	5	55	56	0	12	31	1.37
27431855--27432083	114	2.0	115	97	0	433	35	11	22	30	1.89
27438166--27438214	10	4.9	10	87	7	73	20	2	4	73	1.10
27438161--27438214	21	2.6	21	91	8	85	20	3	3	72	1.16
27438417--27438530	44	2.6	44	85	4	140	30	4	30	34	1.77
27439407--27439451	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
27455301--27455333	6	5.7	6	85	7	50	51	12	18	18	1.76
27459872--27460095	79	2.8	78	84	6	281	25	27	22	24	2.00
27459872--27460095	40	5.7	40	87	7	273	25	27	22	24	2.00
27467930--27468153	79	2.8	78	83	6	281	25	27	22	24	2.00
27467930--27468153	39	5.6	39	85	6	256	25	27	22	24	2.00
27467930--27468153	40	5.7	40	84	9	234	25	27	22	24	2.00
27478579--27478740	40	4.1	39	80	5	157	33	21	16	29	1.95
27479946--27479986	21	1.9	22	90	5	66	41	0	0	58	0.98
27480034--27480076	21	2.0	21	86	0	59	27	11	13	46	1.78
27480682--27480786	53	1.9	55	86	3	151	48	6	5	39	1.53
27497191--27497343	69	2.2	69	96	0	279	39	20	18	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27497483--27497535	27	2.0	27	92	0	88	37	15	24	22	1.92
27499921--27500042	42	2.9	43	80	7	140	32	27	18	20	1.96
27501957--27501999	18	2.4	18	80	3	52	34	20	18	25	1.96
27503891--27503988	27	3.6	27	78	0	106	32	31	20	15	1.93
27504845--27504876	7	4.6	7	92	0	55	46	34	0	18	1.49
27513706--27513744	20	2.0	20	95	5	71	25	35	0	38	1.56
27515718--27515780	31	2.0	31	90	0	99	41	11	6	41	1.66
27523494--27523628	48	2.8	47	82	4	162	31	18	16	34	1.93
27526872--27526984	59	1.9	59	88	0	172	46	8	22	23	1.79
27527258--27527312	28	2.0	28	92	0	92	30	12	32	23	1.92
27531162--27531258	43	2.3	43	81	0	113	30	15	24	28	1.96
27531184--27531285	43	2.4	42	83	3	125	28	11	27	32	1.92
27536120--27536287	54	3.1	52	78	12	171	38	13	24	23	1.91
27538296--27538406	43	2.6	43	78	2	134	43	20	16	19	1.88
27542802--27542843	18	2.2	20	87	8	61	50	9	2	38	1.48
27546833--27546872	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
27555514--27555568	26	2.2	25	93	6	94	32	1	30	34	1.69
27567131--27567203	36	2.0	36	97	0	137	45	13	6	34	1.71
27572781--27572809	10	2.9	10	100	0	58	72	0	10	17	1.11
27579117--27579157	22	1.9	21	85	5	55	39	12	4	43	1.63
27585369--27585431	27	2.4	27	89	2	92	58	1	6	33	1.33
27585450--27585489	21	1.9	21	84	0	53	55	2	10	32	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27587855--27588151	50	5.9	50	78	0	252	23	21	22	31	1.98
27595516--27595578	27	2.4	27	89	2	92	58	1	6	33	1.33
27595597--27595636	21	1.9	21	84	0	53	55	2	10	32	1.47
27613686--27613909	40	5.7	40	83	7	271	25	22	26	25	2.00
27613686--27613928	79	3.1	79	84	7	289	26	22	26	24	2.00
27618183--27618405	39	5.7	40	83	9	241	25	22	26	24	2.00
27623169--27623373	27	7.6	27	83	5	198	28	29	15	26	1.96
27623169--27623373	54	3.8	55	82	3	218	28	29	15	26	1.96
27623169--27623373	82	2.5	81	81	4	216	28	29	15	26	1.96
27629013--27629217	38	5.6	38	72	18	134	28	20	26	24	1.99
27641458--27641609	77	2.0	78	92	2	254	27	19	26	25	1.99
27641418--27641637	40	5.6	39	78	11	213	26	21	26	25	1.99
27648106--27648349	40	6.1	37	82	8	193	26	21	26	25	2.00
27648106--27648330	80	2.8	81	86	6	300	25	21	26	25	2.00
27655950--27656127	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27655971--27656126	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27669903--27669948	3	15.3	3	86	0	65	67	6	0	26	1.15
27669906--27669948	9	4.8	9	97	0	77	67	6	0	25	1.15
27669973--27670030	6	9.2	6	78	10	53	74	3	6	15	1.17
27672988--27673086	47	2.1	47	92	0	162	27	20	16	36	1.93
27677572--27677992	87	4.8	88	82	4	467	28	24	24	22	2.00
27677982--27678265	129	2.2	129	92	0	460	29	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27678386--27678480	44	2.1	45	81	9	106	28	20	25	26	1.99
27678830--27678854	13	1.9	13	100	0	50	40	8	24	28	1.83
27684461--27684511	10	5.1	10	79	9	59	29	15	29	25	1.96
27684463--27684511	20	2.5	20	86	6	73	28	16	30	24	1.96
27686910--27686956	24	1.9	25	86	4	69	12	6	29	51	1.65
27687142--27687328	32	5.8	32	84	2	241	25	20	17	37	1.93
27687138--27687328	96	2.0	96	88	2	285	25	20	16	37	1.93
27695811--27695844	17	1.9	18	88	5	52	29	11	11	47	1.76
27702581--27702621	20	2.0	20	95	0	73	41	29	4	24	1.75
27702866--27702945	25	3.2	25	87	0	115	17	36	27	18	1.94
27707335--27707518	51	3.6	51	81	6	196	32	24	13	29	1.94
27714861--27715053	51	3.8	50	81	8	221	30	23	15	30	1.95
27714967--27715049	26	3.2	26	64	21	66	32	24	12	31	1.91
27714861--27715053	101	1.9	102	86	3	273	30	23	15	30	1.95
27716505--27716674	27	6.3	27	88	0	250	31	24	10	34	1.88
27719098--27719322	40	5.7	40	86	5	287	25	22	26	25	2.00
27719098--27719355	80	3.2	80	82	7	233	26	21	26	25	2.00
27719098--27719355	119	2.2	119	81	8	285	26	21	26	25	2.00
27727008--27727231	40	5.7	40	85	8	275	25	22	27	25	2.00
27727008--27727231	79	2.8	81	84	9	291	25	22	27	25	2.00
27727008--27727264	79	3.3	79	82	10	226	26	21	27	24	1.99
27746565--27746826	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27746617--27746851	78	3.0	79	86	6	266	26	21	27	24	1.99
27754519--27754743	40	5.7	40	86	5	287	24	22	26	25	2.00
27754519--27754766	119	2.1	119	80	8	274	25	22	26	25	2.00
27763135--27763162	13	2.2	13	100	0	56	21	7	14	57	1.61
27765150--27765345	30	6.6	30	75	9	150	39	12	26	21	1.88
27765275--27765345	29	2.4	30	90	2	108	42	11	29	16	1.83
27765185--27765388	89	2.3	90	80	4	225	36	14	27	21	1.92
27771932--27772079	75	2.0	75	91	0	242	45	9	12	32	1.75
27772052--27772767	138	5.1	138	87	5	936	41	7	5	45	1.55
27772052--27772767	279	2.5	274	86	6	950	41	7	5	45	1.55
27772633--27772659	13	2.1	13	100	0	54	40	7	0	51	1.30
27779521--27779608	43	2.0	43	95	0	158	35	14	3	46	1.62
27783615--27783802	40	4.7	40	89	0	259	34	17	29	18	1.94
27791064--27791194	40	3.2	40	82	3	156	35	13	29	21	1.92
27793020--27793086	19	3.3	20	89	8	109	1	16	11	70	1.24
27793639--27793703	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
27799747--27799794	18	3.0	15	75	16	51	22	47	0	29	1.51
27800300--27800624	117	2.8	116	91	1	524	44	23	9	22	1.82
27800867--27800913	16	2.9	16	81	6	58	23	6	29	40	1.79
27803248--27803322	36	2.1	37	94	2	134	42	14	8	34	1.75
27805225--27805291	32	2.1	32	100	0	134	34	8	14	41	1.78
27812545--27812587	19	2.3	18	84	4	50	51	4	6	37	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27817986--27818269	28	10.2	28	78	10	122	26	26	11	35	1.91
27818008--27818269	56	4.7	55	79	5	233	26	26	11	35	1.91
27818089--27818262	84	2.1	83	84	1	222	27	30	11	31	1.92
27824549--27824579	12	2.6	12	94	0	53	6	22	41	29	1.78
27831597--27831688	26	3.6	25	74	10	78	39	28	13	19	1.89
27831621--27831703	25	3.2	25	81	5	94	42	30	9	18	1.82
27836940--27837273	28	12.0	28	80	2	332	26	26	12	34	1.92
27836947--27837274	84	3.9	83	81	3	372	25	26	12	35	1.92
27836973--27837273	139	2.2	139	82	3	372	24	27	12	35	1.92
27836953--27837270	167	1.9	166	86	0	447	26	26	12	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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