genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26214003--26214165	81	2.0	84	89	3	251	44	28	0	26	1.55
26214208--26214273	14	4.7	14	84	0	69	39	40	1	18	1.60
26214212--26214283	14	5.1	14	83	8	65	37	40	1	20	1.62
26214930--26214955	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
26217700--26217734	13	2.7	13	86	0	52	42	22	8	25	1.82
26224960--26225054	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
26224985--26225068	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
26231412--26231441	15	2.0	15	93	0	51	20	6	10	63	1.47
26232317--26232408	19	4.8	19	66	9	62	41	19	7	31	1.80
26232288--26232438	58	2.6	59	90	6	236	38	18	9	33	1.84
26233360--26233423	16	4.1	16	69	16	53	48	12	1	37	1.51
26234328--26234375	5	9.6	5	100	0	96	58	0	0	41	0.98
26263746--26263798	11	4.7	11	86	13	65	22	30	0	47	1.52
26265172--26265236	21	3.0	22	84	13	82	53	6	3	36	1.41
26265151--26265261	25	4.6	23	75	19	84	54	7	1	36	1.38
26265628--26265694	30	2.2	30	97	0	125	16	37	37	8	1.80
26267020--26267267	44	5.7	43	72	15	140	28	22	20	28	1.99
26267020--26267141	44	2.7	45	79	13	144	27	24	18	29	1.98
26266870--26267275	217	1.9	218	90	1	654	27	22	21	29	1.99
26267112--26267268	44	3.7	44	78	7	144	29	21	21	27	1.98
26267701--26267776	9	8.4	9	78	5	82	26	11	22	39	1.88
26267701--26267776	27	2.8	27	78	7	91	26	11	22	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26268065--26268250	50	3.7	50	72	0	156	24	24	22	29	1.99
26268396--26268613	88	2.5	89	85	3	280	22	26	24	27	2.00
26273449--26273511	21	3.0	21	88	4	74	53	6	1	38	1.36
26277200--26277247	21	2.3	21	82	7	62	35	41	16	6	1.74
26277215--26277255	21	1.9	21	85	5	55	34	43	17	4	1.70
26277376--26277437	34	1.9	31	92	0	79	41	4	8	45	1.55
26280635--26281040	126	3.2	126	92	0	688	26	22	18	32	1.97
26281080--26281381	95	3.2	94	80	5	306	40	19	3	36	1.70
26281080--26281354	94	2.9	96	81	6	292	40	18	4	37	1.70
26287686--26287724	20	1.9	21	85	15	55	43	15	23	17	1.87
26290038--26290083	23	2.1	23	88	8	69	43	2	4	50	1.34
26291949--26292041	47	2.0	47	86	0	132	31	16	17	35	1.92
26296276--26296391	54	2.2	54	98	1	225	28	25	0	45	1.54
26296329--26296372	22	2.1	20	83	8	52	27	29	0	43	1.55
26296276--26296404	54	2.4	54	93	3	210	27	26	0	45	1.59
26297809--26297848	19	2.1	19	90	0	62	32	2	5	60	1.32
26297867--26297921	28	2.0	28	89	6	87	30	1	3	63	1.22
26310287--26310699	45	9.5	44	70	11	204	31	21	21	25	1.98
26310686--26310783	44	2.2	44	81	0	115	30	21	20	27	1.98
26312501--26312544	23	2.0	22	86	8	63	34	4	4	56	1.40
26312558--26312608	15	3.5	15	71	15	52	29	1	3	64	1.22
26312558--26312616	29	2.1	27	90	6	91	30	1	3	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26312986--26313020	15	2.3	15	95	0	61	22	0	11	65	1.24
26316990--26317026	13	2.8	13	95	0	65	51	8	16	24	1.71
26319695--26319892	50	3.8	52	82	6	197	24	28	20	26	1.99
26319695--26319881	100	1.8	105	82	6	249	24	28	20	26	1.99
26323016--26323112	43	2.3	43	78	3	106	27	24	17	29	1.97
26325333--26325703	123	3.0	122	82	4	440	31	18	23	26	1.97
26326963--26327034	36	2.0	37	88	2	110	25	1	41	31	1.64
26327479--26328058	270	2.1	270	87	1	804	34	14	18	32	1.92
26327824--26328291	233	2.0	233	87	1	679	35	14	20	30	1.92
26327559--26328547	503	2.0	502	82	4	1213	33	15	19	31	1.93
26328993--26329116	60	2.1	60	92	4	207	27	7	24	41	1.81
26329497--26329549	23	2.3	23	78	15	65	9	22	11	56	1.63
26330585--26330637	20	2.8	20	83	11	58	39	3	1	54	1.29
26330768--26330865	13	7.5	13	76	8	83	41	10	3	44	1.53
26330884--26331269	9	44.4	9	69	15	224	41	21	2	34	1.65
26330891--26330977	25	3.4	25	76	12	88	47	21	1	29	1.59
26330921--26331018	41	2.4	41	87	3	135	45	21	2	30	1.63
26331029--26331062	16	2.1	16	94	0	59	44	17	2	35	1.64
26331051--26331082	16	2.0	16	100	0	64	43	25	0	31	1.55
26331049--26331269	25	8.4	27	74	12	169	40	22	2	34	1.67
26331103--26331242	61	2.3	59	85	2	190	42	22	2	33	1.65
26330906--26331265	34	10.9	33	66	18	130	42	21	2	34	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26337010--26337165	85	1.8	84	86	4	224	29	19	26	24	1.98
26336993--26337167	42	4.1	43	81	7	189	28	18	28	25	1.98
26345088--26345127	11	3.6	11	79	0	53	20	15	7	57	1.61
26345168--26345227	30	2.0	30	93	0	102	28	5	8	58	1.48
26352226--26352587	43	8.4	43	79	5	329	28	28	17	25	1.97
26353449--26353722	23	11.9	22	74	14	196	39	22	6	32	1.79
26353449--26353722	46	5.9	46	80	8	308	39	22	6	32	1.79
26357644--26357696	21	2.5	21	84	6	63	33	47	0	18	1.49
26357657--26357702	7	6.7	7	85	5	67	32	52	0	15	1.43
26357658--26357699	21	2.0	21	95	0	75	30	52	0	16	1.44
26358009--26358042	14	2.4	14	95	0	59	47	29	0	23	1.52
26358299--26358344	20	2.4	19	85	7	58	65	4	4	26	1.30
26358353--26358711	41	8.8	41	84	4	388	28	26	22	22	1.99
26363461--26363488	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
26363740--26363774	16	2.2	16	89	0	52	37	40	8	14	1.76
26363827--26363891	30	2.2	30	91	0	103	30	27	4	36	1.77
26372455--26372480	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
26377861--26377890	13	2.4	12	94	5	51	46	6	0	46	1.29
26378243--26378285	15	2.8	16	83	16	63	55	4	2	37	1.33
26379234--26379296	23	2.7	24	90	2	92	15	14	50	19	1.77
26379483--26379534	27	1.9	27	84	7	70	17	3	9	69	1.31
26379499--26379548	22	2.3	22	85	0	64	16	4	6	74	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26379809--26380035	50	4.5	50	72	3	170	23	21	24	30	1.99
26379801--26380069	101	2.7	101	85	5	343	24	21	25	28	1.99
26379900--26380051	50	3.0	50	71	0	142	22	21	26	28	1.99
26380224--26380346	44	2.8	44	86	2	167	28	21	19	30	1.98
26380058--26380506	233	1.9	233	97	0	844	28	19	18	33	1.96
26380495--26381018	131	4.0	129	86	3	642	23	25	21	29	1.99
26382259--26382308	22	2.3	21	90	10	75	14	14	0	72	1.14
26382259--26382308	7	7.0	7	88	8	75	14	14	0	72	1.14
26387813--26387852	15	2.5	17	84	15	59	55	5	2	37	1.35
26388673--26388707	12	2.9	12	91	0	52	0	14	2	82	0.77
26388869--26388910	22	2.0	22	85	4	59	9	4	30	54	1.53
26388984--26389030	25	1.9	24	87	12	69	17	4	10	68	1.35
26389292--26389461	50	3.4	49	68	8	121	22	23	24	29	1.99
26389279--26389542	98	2.7	97	81	8	286	23	21	25	29	1.99
26389697--26389819	44	2.8	44	86	2	167	28	21	19	30	1.98
26389531--26389979	233	1.9	233	97	0	844	28	19	18	33	1.96
26389968--26390490	131	4.0	129	86	4	633	23	25	21	29	1.99
26391724--26391773	22	2.3	21	90	10	75	14	14	0	72	1.14
26391724--26391773	7	7.0	7	88	8	75	14	14	0	72	1.14
26396910--26396939	13	2.4	12	94	5	51	46	6	0	46	1.29
26397292--26397331	14	2.6	14	85	14	53	55	5	2	37	1.35
26397270--26397351	31	2.9	27	68	19	67	56	3	6	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26398524--26398575	27	1.9	27	84	7	70	17	3	9	69	1.31
26398540--26398589	22	2.3	22	85	0	64	16	4	6	74	1.17
26399003--26399093	23	4.0	23	85	0	119	26	27	17	28	1.98
26401982--26402038	11	4.8	11	83	14	60	57	0	0	42	0.98
26401982--26402026	14	3.4	13	85	11	56	57	0	0	42	0.98
26401983--26402041	25	2.3	26	88	5	84	57	0	0	42	0.98
26403352--26403409	27	2.1	27	80	0	62	17	5	12	65	1.43
26403361--26403417	27	2.1	27	90	0	87	14	3	14	68	1.34
26408630--26408761	50	2.6	52	77	17	141	37	12	15	34	1.84
26412267--26412310	17	2.7	15	83	13	52	59	0	4	36	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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