genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  47  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13933774--13933811	13	2.9	13	100	0	76	0	28	0	71	0.87
13933774--13933807	10	3.6	9	88	11	50	0	29	0	70	0.87
13941111--13941157	23	2.0	24	88	12	71	44	4	0	51	1.21
13941157--13941209	26	2.0	26	82	13	65	47	3	1	47	1.31
13948598--13948635	20	1.9	20	94	0	67	36	10	28	23	1.88
13954605--13954633	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
13956798--13956836	20	2.0	20	84	0	51	48	0	2	48	1.15
13956933--13956972	20	2.0	20	100	0	80	40	15	10	35	1.80
13956922--13956985	34	1.9	33	87	9	94	39	15	9	35	1.80
13956955--13956992	14	2.7	14	91	0	58	36	18	7	36	1.80
13959700--13959776	29	2.4	32	81	14	97	54	7	2	35	1.43
13961251--13961284	17	2.0	17	88	0	50	61	2	2	32	1.26
13962077--13962101	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
13963439--13963478	18	2.2	18	90	0	62	17	27	32	22	1.96
13985781--13985829	25	1.9	26	83	4	64	34	24	14	26	1.94
13986080--13986459	189	2.0	190	96	0	708	30	19	9	40	1.84
13988703--13988808	43	2.5	43	84	6	160	44	19	16	19	1.87
13990692--13990730	20	2.0	20	85	5	53	64	0	5	30	1.15
13999402--13999468	6	11.2	6	78	10	50	76	0	0	23	0.79
13999402--13999440	15	2.6	15	100	0	78	79	0	0	20	0.73
14008604--14008720	50	2.4	50	81	4	130	25	25	17	31	1.97
14008642--14008837	50	3.8	50	76	4	167	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14013115--14013145	16	1.9	16	93	0	53	29	0	45	25	1.54
14018007--14018057	20	2.8	18	76	23	61	49	3	1	45	1.32
14024500--14025670	585	2.0	581	97	0	2198	35	19	5	39	1.76
14027727--14027757	16	1.9	16	100	0	62	64	6	3	25	1.33
14029212--14030233	44	23.6	43	70	14	325	27	24	20	28	1.99
14029302--14030233	217	4.3	217	92	0	1494	27	24	20	28	1.99
14030034--14030143	43	2.5	43	81	5	123	30	22	20	26	1.98
14048281--14048376	40	2.4	40	85	3	122	38	19	20	20	1.94
14048414--14048729	122	2.6	124	88	2	458	23	21	25	29	1.99
14048414--14048722	41	7.5	41	85	1	422	23	20	25	29	1.99
14049131--14049163	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
14049330--14049355	7	3.7	7	100	0	52	26	0	30	42	1.56
14051957--14052015	18	3.3	18	63	13	50	42	6	10	40	1.65
14052223--14052520	43	6.9	43	84	1	373	19	16	31	32	1.94
14052223--14052520	86	3.5	86	88	1	418	19	16	31	32	1.94
14053020--14053044	12	2.1	12	100	0	50	36	0	24	40	1.55
14057704--14057742	19	2.0	20	90	5	62	17	0	12	69	1.19
14059527--14059572	21	2.2	21	88	0	65	28	17	32	21	1.96
14059759--14059805	19	2.4	19	85	3	58	31	10	4	53	1.55
14063630--14063728	34	3.2	33	62	26	79	37	8	17	37	1.79
14063622--14063743	60	2.0	60	98	0	235	36	7	18	38	1.78
14066003--14066031	14	2.1	14	100	0	58	27	6	20	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14067841--14068012	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
14067834--14068009	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
14075412--14075583	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
14075405--14075580	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
14078746--14078790	22	2.0	22	100	0	90	53	0	17	28	1.44
14082168--14082195	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
14088957--14089044	41	2.1	41	85	8	117	38	4	14	42	1.67
14089029--14089107	33	2.6	28	76	18	77	32	3	16	46	1.65
14090831--14090888	29	2.0	29	83	6	73	53	3	8	34	1.49
14091774--14091822	25	2.0	24	84	4	62	12	10	4	73	1.22
14096285--14096344	29	2.0	28	81	15	68	38	1	1	58	1.18
14098922--14098968	11	3.8	12	83	16	53	25	0	4	70	1.05
14098935--14098975	11	3.7	11	82	17	50	21	0	4	73	1.02
14098923--14098975	23	2.4	22	81	9	54	24	0	3	71	1.02
14099382--14099481	31	3.2	30	70	13	78	36	12	11	41	1.78
14102900--14102935	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
14104020--14104502	243	2.0	243	92	0	804	31	23	20	24	1.98
14107265--14107303	21	2.0	20	90	10	62	58	5	2	33	1.33
14107322--14107367	18	2.6	18	74	16	51	63	2	0	34	1.07
14118344--14118380	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
14118439--14118501	30	2.1	30	82	11	76	20	50	0	28	1.48
14122785--14122876	46	2.0	46	93	4	161	26	4	30	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14122785--14122893	46	2.5	44	85	11	147	28	3	31	36	1.75
14123035--14123073	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
14123040--14123073	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
14123106--14123145	20	2.0	21	85	5	55	60	5	0	35	1.19
14122997--14123192	54	3.4	54	71	17	144	54	3	1	41	1.23
14123235--14123298	32	2.0	32	81	0	74	50	1	0	48	1.10
14124639--14124742	49	2.1	49	87	0	145	50	9	8	30	1.65
14126869--14126902	12	2.8	12	81	0	50	55	20	23	0	1.43
14127969--14128013	22	2.0	22	83	12	56	51	2	8	37	1.46
14128828--14128852	13	1.9	13	100	0	50	32	8	40	20	1.81
14135299--14135353	22	2.5	22	84	0	74	61	16	10	10	1.55
14136887--14137303	138	3.0	137	92	2	692	41	6	5	45	1.55
14139886--14139934	3	16.7	3	79	12	57	38	0	2	59	1.09
14139889--14139934	13	3.6	13	82	2	58	39	0	2	58	1.10
14139885--14139932	16	3.1	16	74	20	57	39	0	2	58	1.10
14140404--14140437	18	1.9	18	88	5	52	38	0	23	38	1.55
14140885--14140947	21	3.0	21	75	6	58	19	20	25	34	1.96
14158206--14158235	10	3.0	10	100	0	60	0	20	0	80	0.72
14169861--14170177	45	7.1	45	77	6	329	28	18	25	27	1.98
14170825--14170860	15	2.4	15	85	0	54	22	44	22	11	1.84
14174046--14174134	25	3.6	25	84	0	106	20	31	19	29	1.97
14177478--14177568	41	2.2	41	84	0	119	28	17	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14184663--14184747	43	2.0	43	100	0	170	35	14	21	29	1.92
14187539--14187609	20	3.5	20	79	9	81	9	22	22	45	1.82
14194048--14194177	50	2.6	50	95	0	224	28	23	11	36	1.90
14194149--14194198	7	7.1	7	88	0	64	24	28	8	40	1.83
14194149--14194193	14	3.2	14	93	0	72	22	28	6	42	1.79
14194149--14194198	21	2.4	21	93	0	82	24	28	8	40	1.83
14194098--14194249	71	2.1	72	93	1	261	27	25	12	34	1.92
14194169--14194288	51	2.4	51	98	0	231	28	25	14	31	1.94
14197514--14197551	19	1.9	21	89	10	62	34	0	0	65	0.93
14204140--14204382	50	4.9	50	87	1	344	25	20	31	21	1.98
14210349--14210430	9	9.3	9	79	12	57	35	1	0	63	1.02
14210349--14210430	17	4.7	17	73	18	62	35	1	0	63	1.02
14210351--14210430	34	2.3	36	85	10	112	33	1	0	65	1.01
14210351--14210429	18	4.5	17	77	14	72	32	1	0	65	1.00
14211400--14211437	19	2.0	19	94	0	67	44	13	5	36	1.66
14214691--14214743	27	1.9	28	84	3	72	30	1	1	66	1.13
14215237--14215261	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
14216552--14216592	22	1.9	22	85	5	57	43	2	0	53	1.13
14223323--14223360	18	2.1	18	85	9	51	42	0	0	57	0.98
14226177--14226212	18	2.0	18	94	0	63	44	13	16	25	1.85
14241394--14241429	12	3.1	11	85	14	54	0	22	0	77	0.76
14241395--14241453	28	2.1	28	81	6	66	3	18	5	72	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14246577--14246611	18	2.0	17	88	5	52	74	0	5	20	1.02
14246589--14246631	22	2.0	21	86	4	59	74	0	4	20	1.00
14246745--14246793	26	1.9	26	87	4	73	57	0	2	40	1.10
14248227--14248272	22	2.1	21	84	11	58	23	4	2	69	1.17
14259161--14259353	36	5.3	35	85	5	190	39	29	12	17	1.87
14266183--14266229	18	2.4	18	82	10	58	63	0	2	34	1.06
14271089--14271142	28	2.0	28	85	3	74	20	3	14	61	1.49
14275796--14275850	25	2.2	25	93	0	92	32	7	16	43	1.75
14284325--14284366	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
14288171--14288371	101	2.0	101	100	0	402	32	9	22	34	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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