genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14291228--14291279	21	2.5	21	78	6	61	69	1	13	15	1.28
14291380--14291466	39	2.3	38	86	5	115	32	14	14	37	1.88
14291476--14291551	32	2.4	32	84	0	89	25	22	5	47	1.72
14295868--14295954	39	2.3	39	86	5	117	32	13	14	39	1.86
14295964--14296039	32	2.4	32	84	0	89	25	23	5	46	1.73
14297461--14297485	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14297772--14297829	26	2.2	26	93	0	98	34	8	8	48	1.65
14309225--14309249	7	3.6	7	100	0	50	60	0	12	28	1.32
14309630--14309676	7	6.7	7	95	0	85	70	0	29	0	0.88
14309807--14309849	23	1.9	22	95	4	77	72	0	25	2	0.97
14311663--14311700	16	2.4	16	90	0	58	44	0	2	52	1.14
14313211--14313241	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
14328318--14328396	33	2.4	33	83	8	99	60	2	3	32	1.28
14328494--14328535	22	1.9	22	90	9	68	59	2	0	38	1.10
14341423--14341568	68	2.1	68	89	0	229	34	15	17	32	1.91
14341486--14341876	105	3.8	104	81	4	466	34	15	17	33	1.91
14342623--14342701	26	3.0	27	81	9	99	43	15	0	41	1.46
14343368--14343393	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
14345083--14345142	25	2.4	25	86	10	95	23	15	8	53	1.68
14351448--14351511	23	2.8	23	90	0	101	39	15	12	32	1.85
14351827--14352007	57	3.2	57	83	5	242	20	16	15	47	1.82
14359288--14359481	23	8.4	23	81	1	228	41	15	12	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14360192--14360321	41	3.2	40	81	7	136	35	21	16	26	1.94
14360211--14360321	40	2.7	40	83	6	125	36	22	16	25	1.94
14360248--14360355	40	2.7	40	80	8	112	37	21	15	25	1.93
14362668--14362788	64	1.9	64	87	3	181	37	21	19	22	1.95
14363169--14363201	11	3.1	11	86	8	50	33	36	0	30	1.58
14367201--14367309	34	3.2	33	73	7	112	33	11	15	39	1.84
14367201--14367332	67	2.0	67	96	0	246	31	12	14	40	1.84
14367232--14367332	33	3.0	33	71	8	114	33	12	13	39	1.83
14367738--14367775	20	1.9	20	94	0	67	68	2	2	26	1.16
14369567--14369680	45	2.5	45	81	4	131	31	16	19	32	1.94
14369708--14369899	44	4.2	45	73	16	105	27	21	17	33	1.95
14371291--14371380	47	1.9	47	88	0	135	15	21	16	46	1.84
14378485--14378530	19	2.4	19	85	7	58	47	10	17	23	1.79
14384933--14384970	20	1.9	20	94	0	67	68	2	2	26	1.16
14390634--14390665	15	2.1	15	94	0	55	15	56	15	12	1.68
14390925--14390949	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
14391767--14391836	24	2.9	24	78	18	83	32	4	10	52	1.54
14393588--14393655	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
14393866--14393907	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14393985--14394036	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
14403096--14403150	27	2.1	26	89	3	83	52	1	12	32	1.50
14404294--14404328	6	5.8	6	96	0	61	20	45	0	34	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14412289--14412330	16	2.5	17	84	3	59	33	2	2	61	1.21
14412373--14412406	5	6.8	5	100	0	68	61	0	0	38	0.96
14414298--14414327	14	2.2	13	94	5	51	50	0	0	50	1.00
14420988--14421016	4	7.5	4	92	7	51	48	0	0	51	1.00
14422420--14422462	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
14422570--14422645	9	8.4	9	88	5	100	25	7	23	43	1.80
14422570--14422645	27	2.8	27	88	7	118	25	7	23	43	1.80
14423202--14423299	51	1.9	51	85	4	135	25	23	1	50	1.56
14424446--14424471	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
14425725--14425935	42	4.9	43	90	4	338	44	30	0	25	1.54
14425725--14425935	22	9.9	22	89	6	335	44	30	0	25	1.54
14426004--14426217	112	1.9	112	95	0	383	43	8	7	39	1.65
14429218--14429523	125	2.4	125	89	0	477	28	18	17	34	1.95
14429592--14429669	40	2.0	40	84	0	102	23	30	21	24	1.99
14435067--14435092	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
14440212--14440265	26	2.1	26	83	13	67	22	18	1	57	1.50
14442030--14442072	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
14443436--14443472	14	2.6	14	95	0	65	59	5	2	32	1.34
14445045--14445187	50	2.8	50	81	1	178	25	23	30	20	1.98
14446622--14446711	25	3.6	25	88	5	121	26	20	3	50	1.64
14446780--14447460	126	5.4	126	89	1	963	28	16	16	38	1.90
14447546--14447678	28	4.6	28	76	12	117	45	17	0	37	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14447588--14447655	33	2.1	33	88	5	102	44	10	0	45	1.38
14455047--14455105	30	2.1	29	84	9	77	33	18	5	42	1.72
14455236--14455309	22	3.5	21	75	17	73	45	24	1	28	1.61
14455270--14455315	22	2.1	22	87	0	65	54	21	0	23	1.45
14455750--14455804	23	2.4	23	76	14	60	38	0	7	54	1.28
14456233--14456311	39	2.1	38	80	7	88	51	3	3	40	1.38
14463219--14463250	15	2.1	15	94	5	55	71	12	3	12	1.25
14463591--14463785	41	4.8	41	82	2	221	35	24	20	20	1.96
14464213--14464264	28	1.9	26	88	7	77	44	7	0	48	1.31
14465448--14465472	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
14465631--14465705	9	8.2	9	84	8	80	42	25	10	21	1.85
14465630--14465705	27	2.8	27	78	8	91	43	25	10	21	1.84
14465781--14465869	39	2.3	39	84	2	124	19	2	28	50	1.59
14465848--14465877	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
14477229--14477884	67	9.8	67	80	3	631	37	16	21	24	1.93
14477229--14477874	134	4.8	134	82	0	727	38	15	21	24	1.93
14477229--14477874	201	3.2	198	81	4	749	38	15	21	24	1.93
14491249--14491564	67	4.7	67	77	3	269	35	14	24	26	1.93
14491249--14491564	133	2.4	134	80	3	350	35	14	24	26	1.93
14499448--14499473	7	3.7	7	100	0	52	46	26	0	26	1.53
14508351--14508396	21	2.1	22	88	4	67	32	2	0	65	1.05
14513519--14513612	41	2.3	41	83	3	118	26	17	15	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14519401--14519563	43	3.8	43	84	8	167	20	19	26	33	1.97
14519450--14519597	43	3.5	43	84	9	178	25	19	25	29	1.98
14533730--14533767	15	2.5	15	87	12	51	47	2	0	50	1.15
14545803--14546261	134	3.4	134	77	5	410	37	11	16	34	1.86
14549001--14549134	42	3.1	43	79	8	139	34	26	15	23	1.95
14549016--14549126	44	2.6	42	79	9	118	34	26	16	23	1.95
14554910--14554947	7	5.4	7	93	0	67	2	10	0	86	0.66
14559778--14559802	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
14562461--14562832	43	8.7	43	78	7	285	44	20	12	22	1.85
14563375--14563487	55	2.1	55	94	0	199	41	15	5	37	1.70
14570785--14570820	14	2.6	14	91	8	56	44	0	0	55	0.99
14570803--14570866	18	3.6	18	74	18	62	53	0	0	46	1.00
14571624--14571651	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
14576053--14576110	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
14577155--14577320	44	3.8	43	84	3	215	28	25	17	27	1.98
14577320--14577724	88	4.6	88	88	0	596	20	24	28	26	1.99
14577322--14577724	175	2.3	176	89	0	610	20	24	28	26	1.99
14577705--14578392	44	15.5	44	76	5	623	30	26	16	27	1.97
14577717--14578392	133	5.1	133	93	0	1127	30	26	15	27	1.96
14584765--14584841	19	3.8	19	82	6	82	40	16	6	36	1.75
14584765--14584841	38	1.9	40	84	10	104	40	16	6	36	1.75
14591698--14591750	27	1.9	28	84	3	72	45	3	7	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14595393--14595426	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
14595389--14595484	41	2.4	38	85	10	138	34	1	0	64	1.01
14595419--14595498	30	2.6	32	76	13	105	36	1	0	62	1.03
14595407--14595495	41	2.2	41	84	8	110	39	1	0	59	1.05
14595422--14595497	20	3.8	20	67	11	57	36	1	0	61	1.04
14595785--14595840	28	2.0	29	89	3	87	50	8	7	33	1.61
14599671--14599715	22	2.0	23	83	8	58	31	4	8	55	1.51
14621449--14621561	56	2.0	56	89	0	172	31	7	16	43	1.77
14621517--14621582	33	2.0	33	91	5	107	27	12	16	43	1.83
14630792--14631136	172	2.0	173	97	0	656	24	28	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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