genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  186  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59484760--59484846	42	2.1	42	86	0	120	25	20	32	21	1.98
59485182--59485275	49	1.9	49	91	0	152	43	7	23	25	1.79
59486245--59486271	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
59487300--59487429	67	1.9	67	87	0	188	33	16	16	32	1.92
59489887--59489924	5	7.6	5	100	0	76	21	0	39	39	1.53
59491475--59491539	22	2.8	25	75	11	66	61	4	0	33	1.16
59491522--59491596	36	2.1	35	92	2	123	42	5	2	49	1.39
59496889--59496916	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
59500708--59500735	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
59523781--59523823	21	2.0	21	90	0	68	69	2	2	25	1.12
59533265--59533290	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
59533239--59533290	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
59534092--59534152	30	2.0	31	90	3	97	36	0	44	19	1.51
59534281--59534311	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
59536000--59536079	36	2.3	35	89	8	126	43	18	5	32	1.72
59548047--59548071	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
59552269--59552517	50	4.8	50	83	3	282	20	28	23	27	1.99
59552268--59552517	100	2.4	105	87	5	348	20	28	23	27	1.99
59552612--59552643	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
59552855--59552912	30	1.9	30	86	6	82	31	24	1	43	1.64
59559809--59560057	50	4.8	50	86	3	309	20	29	23	26	1.99
59559808--59560057	100	2.4	104	88	5	364	20	29	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59560152--59560183	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
59560395--59560451	29	1.9	30	82	10	73	31	24	1	42	1.65
59572788--59572812	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
59577764--59577903	40	3.5	40	75	8	117	30	25	18	26	1.98
59578060--59578116	24	2.3	24	80	17	64	49	17	0	33	1.47
59578783--59578842	16	3.9	15	84	6	75	3	18	3	75	1.09
59578783--59578842	31	1.9	32	86	3	86	3	18	3	75	1.09
59597061--59597086	8	3.2	8	100	0	52	53	11	23	11	1.69
59604833--59605290	232	2.0	233	94	0	801	29	17	20	32	1.96
59606834--59606863	16	1.9	16	93	6	53	46	20	10	23	1.80
59611169--59611268	28	3.6	28	87	2	130	34	12	25	29	1.91
59611169--59611284	56	2.1	56	80	6	128	37	10	24	28	1.88
59611388--59611451	27	2.4	27	81	5	67	39	12	23	25	1.90
59613883--59613964	38	2.2	38	93	0	137	42	13	8	35	1.75
59631394--59631425	16	1.9	17	93	6	57	50	34	0	15	1.45
59632550--59632607	23	2.5	24	80	8	66	31	5	6	56	1.47
59636932--59636980	18	2.9	17	88	8	73	75	12	0	12	1.05
59636942--59636980	6	6.7	6	97	2	71	71	12	0	15	1.14
59636925--59636981	12	5.0	12	85	6	66	75	12	0	12	1.05
59637911--59637944	7	5.0	7	89	7	52	67	0	17	14	1.23
59637912--59637944	13	2.4	14	95	5	59	66	0	18	15	1.25
59639478--59639877	50	8.0	50	75	7	339	31	22	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59639453--59639864	100	4.1	100	88	2	596	32	22	19	24	1.97
59640215--59640259	16	2.8	16	86	10	56	48	33	0	17	1.48
59641366--59641423	23	2.5	24	80	8	66	31	5	6	56	1.47
59650137--59650195	25	2.4	25	80	5	66	20	30	20	28	1.97
59650011--59650215	24	8.2	25	75	8	136	20	27	19	32	1.97
59654207--59654253	3	16.0	3	77	4	51	59	4	0	36	1.17
59654207--59654253	12	4.0	12	86	5	60	59	4	0	36	1.17
59654910--59654935	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
59661253--59661291	20	2.0	20	90	10	62	28	23	2	46	1.65
59662204--59662262	30	2.0	30	93	0	100	57	10	3	28	1.48
59662820--59662856	18	2.1	18	100	0	74	40	10	10	37	1.75
59668566--59668684	63	1.9	63	85	0	166	28	8	34	28	1.86
59670978--59671663	371	1.8	371	88	1	1043	27	18	13	40	1.88
59677035--59677068	14	2.4	14	90	0	50	64	5	5	23	1.38
59678039--59678102	13	4.9	13	79	7	76	37	23	6	32	1.80
59685345--59685458	38	3.2	37	64	22	89	41	10	9	38	1.72
59685340--59685476	69	2.0	69	94	0	238	39	8	11	40	1.73
59690474--59690555	39	2.1	39	86	4	112	36	18	20	24	1.95
59690474--59690555	40	2.1	39	86	4	112	36	18	20	24	1.95
59690603--59690843	41	5.9	41	85	3	299	21	21	28	28	1.99
59691164--59691202	19	1.9	19	85	10	51	56	0	5	38	1.22
59691938--59691969	14	2.2	15	94	5	57	31	0	31	37	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59692128--59692190	33	1.9	32	87	3	90	22	6	38	33	1.79
59692232--59692282	14	3.6	14	75	0	57	17	0	43	39	1.49
59692422--59692692	150	1.8	150	92	1	463	39	15	15	30	1.88
59693045--59693076	16	2.0	16	100	0	64	31	18	18	31	1.95
59694275--59694412	43	3.2	42	77	11	111	28	26	18	26	1.98
59694297--59694431	43	3.1	43	83	2	173	28	30	18	22	1.97
59698240--59698461	118	1.8	123	82	11	289	41	24	1	31	1.63
59698487--59698519	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
59698719--59698788	30	2.4	29	75	13	72	31	4	2	61	1.30
59698929--59699028	41	2.5	40	93	4	173	31	25	21	23	1.98
59699090--59699199	40	2.8	39	86	4	141	16	21	26	35	1.94
59702464--59702569	43	2.5	43	93	0	176	20	18	33	26	1.96
59705762--59705798	19	1.9	19	94	0	65	32	10	5	51	1.60
59711431--59711475	22	2.0	22	95	0	81	17	6	13	62	1.52
59713463--59713507	21	2.0	23	83	8	58	55	0	4	40	1.20
59713907--59713975	33	2.1	33	100	0	138	65	2	2	28	1.22
59715233--59715287	28	2.1	26	83	12	69	34	1	10	52	1.47
59729468--59729504	19	1.9	19	88	0	56	45	2	24	27	1.66
59732183--59732263	40	2.0	40	90	2	128	59	8	4	27	1.48
59734873--59734909	19	1.9	19	88	0	56	59	8	5	27	1.48
59736596--59736633	20	1.9	19	89	5	58	42	0	0	57	0.98
59740460--59740614	42	3.7	42	79	3	168	46	14	20	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59743752--59743901	41	3.7	41	91	0	228	24	29	19	27	1.98
59743834--59743960	41	3.1	41	82	6	116	28	25	17	28	1.97
59745670--59745724	18	2.9	19	80	15	62	43	1	0	54	1.10
59745665--59745721	28	2.0	28	90	6	89	38	1	0	59	1.08
59745694--59745735	20	2.0	21	86	4	59	47	4	0	47	1.23
59745913--59745941	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
59749394--59749548	61	2.5	61	83	3	177	39	2	14	43	1.60
59752616--59752667	25	2.0	26	82	10	63	44	3	1	50	1.31
59752730--59752767	20	1.9	20	84	10	51	31	2	0	65	1.06
59754280--59754354	6	12.0	6	76	8	60	45	5	48	1	1.33
59754280--59754341	21	2.8	21	79	13	63	46	6	45	1	1.38
59754310--59754354	9	4.7	9	79	15	54	44	2	53	0	1.13
59756200--59756253	20	2.7	21	83	11	69	61	5	0	33	1.19
59756172--59756255	9	8.9	9	70	18	55	57	5	1	35	1.31
59756293--59756332	16	2.3	17	87	12	55	67	2	0	30	1.04
59756286--59756334	18	2.6	19	80	6	64	67	2	0	30	1.02
59758981--59759124	41	3.5	40	88	3	209	26	20	29	22	1.99
59759885--59760019	41	3.3	41	82	0	153	20	19	26	34	1.96
59759885--59760036	82	1.9	82	81	0	187	21	19	25	34	1.96
59760491--59760552	31	2.0	32	83	3	81	27	1	16	54	1.51
59763772--59763809	18	2.1	19	90	5	60	34	13	0	52	1.40
59764025--59764082	21	2.8	21	86	0	80	34	18	43	3	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59764067--59764094	12	2.3	12	100	0	56	39	17	42	0	1.50
59764529--59764777	85	2.9	83	84	4	293	26	22	21	29	1.99
59764528--59764797	42	6.4	42	83	4	285	26	22	21	29	1.99
59765051--59765109	8	7.0	8	75	11	55	40	0	1	57	1.09
59765719--59765787	29	2.4	29	85	9	104	21	11	33	33	1.90
59770703--59770760	9	6.4	9	85	0	80	43	22	8	25	1.82
59770703--59770752	18	2.8	18	93	0	91	42	22	10	26	1.84
59773562--59773609	24	2.0	24	100	0	96	29	12	20	37	1.90
59795154--59795198	20	2.3	20	78	17	51	37	2	6	53	1.40
59795328--59795356	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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