genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  21  of  222  ( 26535 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6521816--6521894	21	3.9	21	78	3	81	15	26	15	43	1.86
6530107--6530170	29	2.1	31	82	5	78	62	0	3	34	1.11
6530970--6531235	10	28.0	9	66	17	87	32	2	5	59	1.33
6530965--6531026	8	7.4	8	77	13	54	29	0	3	67	1.06
6531104--6531171	29	2.3	31	84	5	86	32	2	2	61	1.26
6532668--6532704	15	2.5	15	95	0	65	16	51	16	16	1.77
6537826--6537886	25	2.5	24	81	7	68	42	1	0	55	1.09
6543328--6543366	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
6543595--6543713	23	5.2	23	83	0	157	22	21	26	30	1.99
6543595--6543713	46	2.6	46	91	0	184	22	21	26	30	1.99
6560880--6560913	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
6560870--6560943	26	2.6	30	80	19	81	37	1	0	60	1.05
6560870--6560930	30	2.0	30	84	12	81	36	1	0	62	1.05
6560905--6560960	26	2.2	26	83	0	67	28	1	5	64	1.26
6562481--6562543	31	2.0	32	96	3	119	6	15	19	58	1.58
6562523--6562696	91	1.9	91	85	4	244	36	18	9	34	1.84
6562794--6562861	19	3.6	19	78	5	75	64	1	4	29	1.21
6563102--6563170	36	1.9	36	85	2	95	33	1	2	62	1.19
6563163--6563260	9	10.3	10	68	20	50	34	1	0	64	1.01
6563161--6563258	18	5.4	17	73	17	63	32	1	0	66	0.99
6563186--6563243	17	3.2	17	81	13	71	32	1	0	65	1.03
6563161--6563244	19	4.6	18	80	12	82	32	1	0	66	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6563166--6563259	10	9.9	10	69	18	67	32	1	0	65	0.99
6581273--6581341	30	2.3	30	87	5	95	52	17	8	21	1.71
6582071--6582116	22	2.0	23	84	12	60	71	2	26	0	0.97
6584534--6584608	30	2.5	29	79	10	80	46	4	14	34	1.63
6592524--6592679	78	2.0	78	100	0	312	34	11	28	25	1.91
6593095--6593135	21	2.0	21	85	9	57	36	4	7	51	1.51
6593437--6593476	20	2.1	19	86	13	55	50	2	0	47	1.14
6593894--6593988	10	9.6	10	76	19	76	37	1	1	60	1.11
6593918--6593980	8	8.0	8	73	16	60	38	1	0	60	1.07
6593925--6593983	31	2.0	29	90	6	91	40	1	0	57	1.09
6593876--6593988	39	2.9	38	89	2	163	35	0	0	62	1.07
6599551--6599599	21	2.3	21	85	3	62	34	2	4	59	1.28
6599587--6599650	19	3.3	19	95	2	110	34	0	6	59	1.23
6599614--6599679	32	2.0	34	94	5	118	36	0	6	57	1.23
6599657--6599686	9	3.3	9	95	0	51	36	0	6	56	1.26
6599601--6599720	41	2.9	39	71	15	91	35	1	5	56	1.33
6604598--6604640	22	2.0	21	86	4	59	23	4	2	69	1.18
6604839--6604866	11	2.5	11	100	0	56	60	0	0	39	0.97
6610644--6610755	56	2.0	56	100	0	224	39	12	8	39	1.75
6611793--6611845	7	7.1	7	83	8	52	64	0	1	33	1.05
6611792--6611853	31	2.0	31	87	6	90	64	0	1	33	1.03
6612790--6612822	13	2.5	13	90	0	57	48	0	6	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6612790--6612833	13	3.4	13	84	9	54	52	4	6	36	1.49
6624975--6625003	15	1.9	15	100	0	58	68	0	10	20	1.18
6641148--6641205	27	2.1	27	81	6	64	60	0	0	39	0.97
6641156--6641206	27	1.9	26	84	4	66	58	0	0	41	0.98
6646179--6646231	3	17.7	3	92	0	88	66	1	1	30	1.13
6647033--6647066	14	2.2	16	90	10	54	41	2	5	50	1.42
6651034--6651077	20	2.1	21	83	4	54	63	0	9	27	1.24
6653971--6654031	21	2.9	21	82	0	77	42	9	21	26	1.84
6654212--6654255	18	2.5	17	82	13	54	47	2	2	47	1.27
6654212--6654261	19	2.7	18	81	9	57	46	2	4	48	1.32
6654245--6654287	20	2.2	20	87	4	61	27	0	9	62	1.25
6655927--6655964	11	3.5	11	79	13	51	60	0	2	36	1.11
6659712--6659755	24	1.9	24	86	9	65	61	4	4	29	1.36
6664674--6664725	27	1.9	27	88	7	79	26	34	11	26	1.91
6665427--6665456	15	2.1	15	93	6	53	23	13	0	63	1.29
6666339--6666526	94	2.0	94	100	0	376	40	5	9	44	1.60
6673003--6673132	19	6.9	18	69	15	68	63	1	2	32	1.16
6672989--6673131	9	15.4	9	68	17	71	65	1	2	31	1.13
6673024--6673143	20	6.2	20	68	13	58	65	2	1	30	1.16
6688985--6689079	9	11.0	9	68	20	60	63	2	2	32	1.18
6700228--6700254	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
6714730--6714782	21	2.4	23	81	6	56	32	3	3	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6714842--6714881	7	5.9	7	83	16	57	47	15	0	37	1.45
6714838--6714892	20	2.7	20	83	8	67	45	18	1	34	1.60
6714842--6714882	13	3.1	13	80	19	57	46	17	0	36	1.48
6720571--6720673	36	2.9	36	71	11	86	39	11	28	20	1.87
6720894--6720933	19	2.0	20	85	4	55	42	10	20	27	1.83
6723940--6723996	20	2.9	19	79	7	60	52	0	0	47	1.00
6724533--6724580	24	2.0	24	87	0	69	56	4	8	31	1.48
6724674--6724730	29	1.9	30	86	10	82	40	8	7	43	1.63
6726731--6726759	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
6727322--6727364	9	4.8	9	94	0	68	23	9	27	39	1.85
6727525--6727549	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
6732940--6733070	42	3.1	42	65	23	112	37	5	8	48	1.56
6732903--6733070	84	2.0	83	96	1	309	38	4	7	49	1.51
6733458--6733493	15	2.3	15	90	4	54	52	0	0	47	1.00
6736855--6736988	41	3.3	41	86	2	182	26	20	12	39	1.89
6742003--6742122	42	2.9	42	76	5	125	22	15	18	43	1.88
6742004--6742213	42	5.0	41	69	13	122	22	15	18	43	1.87
6742371--6742410	19	2.1	19	95	0	71	42	17	15	25	1.88
6761190--6761222	16	2.0	17	88	5	50	24	0	0	75	0.80
6761821--6761884	22	2.8	22	79	11	67	50	6	1	42	1.37
6761833--6761884	22	2.4	22	83	6	70	53	5	0	40	1.25
6763357--6763386	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6772642--6772682	12	3.4	12	75	24	50	51	0	7	41	1.30
6772642--6772692	24	2.1	24	92	0	84	52	1	7	37	1.42
6779001--6779080	40	2.0	41	87	7	119	65	0	1	33	1.01
6781643--6781667	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
6781804--6781853	12	4.2	12	78	0	64	48	2	0	50	1.12
6781801--6781846	24	1.9	24	95	0	83	45	2	0	52	1.13
6782170--6782234	33	1.9	34	84	9	89	29	3	13	53	1.55
6783309--6783363	27	2.0	27	100	0	110	52	3	0	43	1.18
6788766--6788804	17	2.2	18	86	4	53	58	5	7	28	1.47
6790614--6790703	42	2.1	42	79	4	101	25	26	21	26	1.99
6792850--6792903	3	19.0	3	74	11	51	64	3	1	29	1.21
6794587--6794617	14	2.3	13	94	5	53	38	9	16	35	1.81
6796007--6796057	9	5.7	9	95	0	84	39	27	9	23	1.86
6797546--6797602	6	8.7	7	92	5	77	73	0	0	26	0.83
6802505--6802536	16	2.0	16	93	0	55	18	9	0	71	1.12
6806931--6807015	30	2.8	30	94	0	143	45	7	22	24	1.77
6811557--6811664	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
6811550--6811670	30	4.0	30	96	1	206	45	6	23	24	1.76
6819256--6819315	27	2.2	27	91	5	95	21	20	23	35	1.96
6821164--6821570	43	9.4	43	79	5	365	23	28	20	28	1.99
6821186--6821504	173	1.8	173	84	5	430	23	30	21	25	1.99
6821186--6821567	130	2.9	128	79	7	376	23	29	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6821186--6821566	173	2.2	171	80	6	412	23	29	20	26	1.99
6821653--6821682	14	2.1	14	93	0	51	50	36	0	13	1.42
6821894--6821948	21	2.6	21	91	0	83	5	47	18	29	1.71
6821936--6822096	87	1.9	87	84	5	218	13	31	16	39	1.87
6828034--6828073	14	2.9	14	96	0	71	40	0	5	55	1.22
6829588--6829618	16	1.9	16	93	0	53	32	6	25	35	1.82
6830362--6830406	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
6830031--6831833	789	2.2	793	90	5	2770	38	17	9	34	1.82
6832279--6832623	113	3.0	113	90	0	546	28	22	22	26	1.99
6834099--6834433	92	3.7	92	93	1	541	23	28	13	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222