genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2641444--2641478	11	3.1	11	95	4	61	0	17	0	82	0.66
2651706--2651847	60	2.3	61	77	9	146	38	4	14	42	1.68
2660676--2660735	30	2.0	30	87	6	86	33	6	10	50	1.62
2660682--2660742	30	2.1	29	84	3	77	36	4	9	49	1.58
2667417--2667456	20	2.0	20	90	0	62	25	12	10	52	1.70
2668206--2668292	43	2.0	43	97	0	165	33	27	17	21	1.96
2670060--2670110	27	1.9	27	84	4	68	58	1	1	37	1.20
2675799--2675930	70	1.9	67	83	7	167	45	9	11	33	1.73
2679164--2679189	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2683162--2683207	24	2.0	23	83	12	58	47	6	6	39	1.55
2684873--2684897	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2684914--2684954	22	2.0	21	85	9	57	31	12	0	56	1.36
2688545--2688603	31	1.9	31	86	6	84	38	10	8	42	1.69
2690228--2690273	24	2.0	23	83	12	58	47	6	6	39	1.55
2693044--2693247	46	4.5	46	93	1	333	28	22	15	33	1.95
2695459--2695501	18	2.5	17	80	3	50	30	4	2	62	1.28
2697744--2697798	28	2.0	28	85	7	76	47	1	1	49	1.23
2698497--2698548	24	2.2	24	82	0	59	51	9	5	32	1.58
2700650--2700683	16	2.1	16	88	0	50	52	11	17	17	1.73
2703487--2703527	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2712881--2713039	31	5.3	31	78	5	164	31	8	15	44	1.76
2712877--2712995	61	2.0	59	88	3	175	31	7	15	46	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728748--2728797	18	2.8	18	84	0	73	28	8	22	42	1.81
2735664--2735695	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
2745457--2745482	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
2745948--2745991	22	2.0	22	100	0	88	45	18	0	36	1.49
2752766--2752808	20	2.2	20	86	0	59	44	4	2	48	1.36
2755572--2755609	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
2760629--2761028	110	3.7	110	91	1	628	34	17	16	32	1.92
2761168--2761202	4	8.8	4	100	0	70	77	0	0	22	0.78
2762397--2762424	14	2.0	14	100	0	56	7	50	28	14	1.69
2764480--2764517	19	2.0	19	85	10	51	10	42	0	47	1.38
2764771--2765054	154	1.8	154	97	0	541	46	11	8	33	1.69
2767913--2767970	29	2.0	28	83	10	71	37	1	12	48	1.51
2768921--2769265	41	8.4	41	90	0	528	28	20	28	22	1.98
2769588--2769657	35	2.0	35	82	0	86	40	8	17	34	1.80
2771346--2771376	11	2.7	11	95	5	53	70	0	3	25	1.02
2775447--2775487	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2782821--2782859	15	2.6	15	100	0	78	64	0	0	35	0.94
2785213--2785270	17	3.2	17	76	16	55	50	0	24	25	1.50
2794414--2794451	19	2.0	19	85	10	51	10	42	0	47	1.38
2794502--2794538	19	1.9	19	89	10	58	29	0	13	56	1.37
2795065--2795115	18	2.8	18	75	22	52	66	1	1	29	1.13
2798692--2798746	28	1.9	29	88	3	85	49	10	9	30	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2800418--2800515	47	2.1	47	100	0	196	37	10	6	45	1.63
2800907--2800948	20	2.0	21	90	4	68	28	4	0	66	1.12
2802375--2802413	17	2.3	17	100	0	78	53	5	10	30	1.56
2804204--2804291	44	2.0	44	88	0	131	39	10	12	37	1.77
2805556--2805684	64	2.0	64	96	0	240	45	13	19	21	1.84
2807439--2807495	27	2.1	27	84	12	73	66	1	0	31	1.02
2812919--2813143	123	1.8	122	86	5	328	26	18	17	38	1.92
2819387--2819427	21	2.0	21	85	0	55	21	29	19	29	1.98
2824657--2824704	16	3.0	16	79	11	53	22	14	2	60	1.45
2827961--2827986	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
2832551--2832818	72	3.7	71	88	2	374	30	19	15	35	1.93
2838689--2838727	17	2.3	17	95	0	69	51	5	10	33	1.58
2839712--2839771	30	2.0	30	93	3	104	28	28	28	15	1.96
2841327--2841378	11	5.1	11	71	23	51	55	0	0	44	0.99
2841348--2841378	11	2.7	12	90	10	55	54	0	0	45	0.99
2841327--2841382	29	2.0	28	92	3	94	58	0	0	41	0.98
2841331--2841366	17	2.1	17	94	0	63	61	0	0	38	0.96
2853001--2853039	18	2.1	19	95	4	71	61	2	10	25	1.41
2855586--2855619	13	2.4	14	90	9	52	20	0	0	79	0.73
2855627--2855676	25	2.0	25	84	7	66	24	0	4	72	1.02
2856853--2856910	19	3.1	18	80	11	64	36	0	1	62	1.06
2856864--2856905	20	2.2	20	91	4	68	30	0	2	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2862738--2862986	50	4.8	50	84	4	275	20	29	23	26	1.99
2862737--2862986	100	2.4	104	87	6	348	21	29	23	26	1.99
2863081--2863112	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
2864582--2864631	18	2.7	18	84	9	57	36	2	2	60	1.20
2865412--2865461	26	1.9	26	84	8	66	62	2	2	34	1.18
2872144--2872201	29	2.0	29	86	0	80	43	5	12	39	1.64
2880360--2880401	15	2.8	16	78	10	52	21	21	26	30	1.98
2881807--2881871	27	2.4	27	79	5	78	29	0	9	61	1.27
2881807--2881879	27	2.7	27	76	4	76	30	0	8	61	1.25
2882015--2882080	29	2.3	30	86	5	91	43	0	1	54	1.09
2884343--2884416	30	2.4	30	86	6	96	16	48	0	35	1.46
2915912--2915960	12	4.1	12	100	0	98	16	24	8	51	1.71
2919388--2919420	17	2.0	17	88	5	50	27	3	9	60	1.42
2922167--2922198	7	4.7	7	92	7	57	84	0	15	0	0.63
2922167--2922198	13	2.4	13	94	5	55	84	0	15	0	0.63
2922248--2922278	7	4.4	7	95	0	53	54	29	3	12	1.53
2922812--2922871	21	2.9	20	81	13	77	45	1	15	38	1.56
2928521--2928561	20	2.0	20	100	0	82	29	4	21	43	1.73
2936326--2936366	5	8.0	5	89	10	57	19	4	0	75	0.98
2936331--2936359	14	2.1	14	100	0	58	20	0	0	79	0.74
2939399--2939435	4	9.2	4	93	0	65	45	0	2	51	1.15
2946513--2946548	6	5.7	6	96	3	54	16	0	5	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2947363--2947411	17	2.9	17	77	17	50	34	0	2	63	1.06
2947380--2947421	22	1.9	22	85	0	57	30	0	7	61	1.22
2963707--2963804	45	2.2	45	88	0	142	19	31	16	32	1.94
2964523--2964681	42	3.8	42	82	3	169	20	19	20	38	1.93
2964523--2964689	84	2.0	84	80	2	192	20	19	20	38	1.93
2976049--2976073	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
2983646--2984304	98	6.7	98	92	0	1030	32	24	21	21	1.98
2989953--2990153	72	2.8	72	85	4	271	30	18	18	32	1.95
2993622--2993660	18	2.0	20	85	9	55	43	0	2	53	1.14
2994986--2995155	30	5.7	30	76	5	121	34	20	2	41	1.68
2995028--2995155	59	2.2	60	80	7	136	36	21	3	39	1.69
2995465--2995521	3	18.3	3	82	13	55	70	0	29	0	0.88
2995479--2995536	4	15.5	4	77	16	54	75	0	24	0	0.80
2995615--2995692	13	6.0	12	72	22	61	75	19	2	2	1.03
2995617--2995670	15	3.7	14	73	9	54	77	16	1	3	1.00
2995612--2995668	30	2.0	29	86	10	82	71	21	3	3	1.15
2995650--2995693	22	2.0	22	86	0	61	81	13	2	2	0.88
2995650--2995693	23	1.9	23	85	0	61	81	13	2	2	0.88
2995807--2995859	25	2.1	25	82	6	63	73	0	26	0	0.83
2995887--2995930	22	2.0	22	95	0	79	18	18	20	43	1.89
2996187--2996249	18	3.6	17	74	17	58	33	12	9	44	1.75
2996187--2996285	36	2.7	37	81	7	112	35	12	9	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2996196--2996251	17	3.1	18	75	17	62	26	12	10	50	1.73
2996502--2996882	17	21.2	18	70	14	225	29	11	11	48	1.73
2996490--2996602	38	3.1	38	83	11	137	34	11	9	44	1.74
2996528--2996701	18	9.9	17	75	17	135	28	13	11	46	1.78
2996528--2996701	35	5.0	35	85	5	194	28	13	11	46	1.78
2996831--2996893	17	3.4	19	76	10	67	34	6	7	50	1.57
2996777--2996915	37	3.9	37	77	8	137	29	9	9	51	1.65
2998153--2998195	19	2.3	18	84	8	50	37	0	0	62	0.95
2998157--2998231	32	2.4	29	82	14	87	41	1	1	56	1.16
3002049--3002082	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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