genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14881864--14882175	131	2.4	129	87	3	446	31	19	21	27	1.98
14882019--14882295	85	3.3	85	94	0	473	27	21	20	30	1.98
14882104--14882644	128	4.2	126	87	2	525	30	21	21	26	1.99
14882019--14882345	85	3.8	82	83	7	375	28	21	21	28	1.99
14882019--14882345	170	1.9	170	86	2	469	28	21	21	28	1.99
14882192--14882673	128	3.8	128	92	0	795	30	22	21	25	1.99
14884054--14884082	6	4.8	6	100	0	58	31	0	34	34	1.58
14884482--14884521	20	2.0	21	85	5	55	57	0	5	37	1.21
14884609--14884661	17	3.0	17	83	5	70	58	0	1	39	1.09
14884584--14884661	36	2.2	35	84	13	97	57	1	1	39	1.15
14884634--14884770	72	1.9	72	90	3	222	48	2	3	44	1.35
14884769--14884808	20	2.0	20	90	0	62	40	0	0	60	0.97
14884877--14884916	8	4.8	8	82	11	53	50	0	0	50	1.00
14887296--14887339	6	7.7	6	85	10	65	34	2	15	47	1.58
14887296--14887339	16	2.6	16	89	7	61	34	2	15	47	1.58
14893089--14893182	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
14897571--14897664	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
14902049--14902139	17	5.2	19	69	29	69	29	1	13	56	1.45
14902116--14902333	76	2.8	77	74	12	203	34	4	10	50	1.55
14902315--14902345	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
14905897--14905934	18	2.1	18	90	0	58	26	28	23	21	1.99
14907552--14908599	159	6.6	158	92	3	1621	28	10	7	52	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14908542--14908651	51	2.2	48	82	10	132	24	9	3	62	1.41
14908585--14908651	16	4.2	15	79	9	71	20	7	2	68	1.28
14908585--14908651	17	4.1	16	74	14	66	20	7	2	68	1.28
14908833--14908869	18	2.0	19	89	5	58	67	5	0	27	1.12
14908986--14909014	13	2.2	13	100	0	58	0	37	0	62	0.96
14909047--14909118	27	2.7	27	84	0	99	8	34	33	23	1.85
14910333--14910463	69	1.9	69	82	0	163	36	16	25	22	1.94
14912834--14912891	26	2.3	25	85	8	82	44	3	17	34	1.65
14914399--14914447	24	2.0	24	100	0	98	26	16	40	16	1.89
14916340--14916380	21	1.9	22	85	5	57	26	26	19	26	1.99
14916338--14916590	106	2.3	108	87	3	339	26	20	14	38	1.91
14936291--14936340	20	2.5	20	83	3	64	38	4	2	56	1.30
14936291--14936333	19	2.3	19	84	11	54	39	2	0	58	1.11
14946213--14946322	34	3.2	34	78	10	118	30	13	15	40	1.86
14946399--14946551	45	3.4	44	80	8	173	26	16	14	42	1.87
14946476--14946547	23	3.1	23	66	18	58	22	15	15	47	1.82
14949314--14949356	21	2.0	21	100	0	86	58	4	9	27	1.49
14952559--14952742	40	4.6	40	89	2	237	27	27	20	24	1.99
14952557--14952781	80	2.8	79	81	7	215	28	28	19	24	1.98
14952559--14952781	120	1.9	119	81	4	270	27	28	19	24	1.99
14967034--14967144	19	5.8	19	91	0	177	37	10	13	37	1.80
14967711--14967762	25	2.1	25	85	7	70	32	3	5	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14968324--14968363	19	2.0	20	85	4	55	32	5	10	52	1.56
14972393--14972432	20	2.0	20	90	0	62	72	0	22	5	1.04
14973631--14974246	132	4.7	132	95	0	1090	30	19	24	24	1.98
14973643--14974222	44	13.2	44	63	9	189	30	20	24	24	1.98
14974594--14974725	19	6.8	19	89	3	210	37	10	14	37	1.81
14974594--14974732	59	2.4	57	88	6	210	38	10	14	37	1.80
14975885--14975924	19	2.0	20	85	4	55	32	5	10	52	1.56
14976181--14976359	98	1.8	98	96	0	331	26	9	25	38	1.86
14996259--14996302	8	5.4	8	97	2	79	38	11	25	25	1.89
15003026--15003075	26	1.9	26	95	0	91	16	20	34	30	1.94
15002985--15003116	67	2.0	68	86	4	187	23	18	28	28	1.98
15003055--15003200	42	3.5	42	82	6	170	21	18	26	34	1.96
15008993--15009041	20	2.5	20	83	12	66	22	26	0	51	1.49
15010646--15010873	42	5.4	42	74	5	156	21	21	19	37	1.94
15012331--15012376	21	2.2	20	81	7	56	69	2	2	26	1.11
15018276--15018380	44	2.4	44	91	3	167	32	23	13	30	1.93
15021565--15021613	24	1.9	27	84	12	68	22	20	8	48	1.75
15026250--15026424	92	1.9	91	85	3	244	21	20	32	26	1.97
15033004--15033052	25	2.0	24	84	4	62	24	30	18	26	1.98
15036921--15036950	15	2.0	15	93	0	51	46	10	0	43	1.37
15037354--15037492	42	3.3	41	88	5	181	27	20	19	32	1.97
15037825--15037895	21	3.4	21	80	7	90	2	45	19	32	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15038516--15038826	113	2.8	111	85	2	412	27	21	23	28	1.99
15039136--15039224	35	2.5	35	79	1	97	26	2	24	46	1.65
15039142--15039188	14	3.4	14	81	0	58	23	2	27	46	1.63
15042392--15042596	52	4.1	52	72	21	186	46	14	4	34	1.65
15042464--15042521	21	2.8	20	76	7	62	41	15	5	37	1.70
15042526--15042562	15	2.7	14	84	15	51	56	13	0	29	1.37
15042526--15042563	7	5.6	7	82	17	53	57	13	0	28	1.36
15042526--15042605	22	3.7	21	75	15	67	48	15	1	35	1.52
15042722--15042869	45	3.1	51	63	25	140	41	5	3	50	1.42
15042600--15042891	92	3.2	92	99	0	568	39	7	4	48	1.51
15042888--15043263	9	43.9	9	66	16	120	45	19	4	30	1.70
15043007--15043106	37	2.7	37	96	0	182	49	19	3	29	1.63
15043091--15043212	16	8.0	16	68	20	82	45	18	5	29	1.73
15043111--15043242	25	5.3	25	71	5	70	43	20	5	31	1.74
15048740--15048808	21	3.3	21	87	0	93	39	18	39	2	1.66
15049251--15049574	42	7.6	42	85	4	172	25	19	21	34	1.96
15049325--15049576	84	3.0	84	90	1	398	23	19	21	35	1.96
15049283--15049575	126	2.3	126	88	4	419	23	19	21	34	1.97
15053381--15053411	7	4.3	7	92	8	53	45	38	0	16	1.47
15053381--15053411	15	2.1	14	94	5	53	45	38	0	16	1.47
15053442--15053481	21	2.0	20	85	5	53	47	45	2	5	1.38
15053860--15053909	22	2.3	22	89	0	73	48	38	0	14	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15053851--15053910	14	4.2	14	74	4	57	46	40	0	13	1.43
15054053--15054160	49	2.2	47	75	6	108	50	26	1	21	1.59
15054239--15054989	114	6.6	113	79	5	726	26	23	18	31	1.97
15054262--15054990	227	3.2	228	83	4	893	26	23	18	31	1.97
15054239--15054989	341	2.2	340	81	5	827	26	23	18	31	1.97
15054996--15055206	112	1.9	112	80	5	248	27	22	21	28	1.99
15056390--15056944	276	2.0	276	100	0	1110	45	12	10	31	1.76
15060635--15060677	16	2.6	16	85	3	50	34	0	0	65	0.93
15063108--15063155	18	2.8	17	78	6	60	72	2	20	4	1.11
15065045--15065084	21	1.9	21	85	10	55	47	2	5	45	1.38
15066582--15066770	40	4.8	39	80	3	157	29	24	15	30	1.96
15066584--15066773	80	2.4	80	83	3	222	28	25	15	30	1.96
15075130--15075170	18	2.3	18	84	12	50	24	39	19	17	1.92
15076105--15076134	12	2.5	12	100	0	60	70	13	16	0	1.18
15079225--15079276	21	2.5	21	87	0	77	28	7	32	30	1.85
15082629--15082663	16	2.2	16	90	10	54	77	0	5	17	0.96
15091315--15091353	19	2.1	18	90	4	60	38	2	0	58	1.12
15098570--15098608	12	3.2	12	88	3	51	48	0	0	51	1.00
15100133--15100198	33	2.0	32	85	2	87	30	6	27	36	1.81
15104846--15104905	25	2.3	25	83	16	70	43	3	1	51	1.28
15107475--15107534	27	2.2	27	78	3	66	63	1	1	33	1.14
15117713--15117745	17	1.9	17	93	0	57	51	6	0	42	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15119682--15119734	24	2.2	25	80	16	58	39	1	13	45	1.54
15121762--15121828	27	2.4	28	80	7	66	34	1	1	62	1.13
15123486--15123526	17	2.3	19	80	16	52	63	12	0	24	1.28
15123485--15123524	18	2.2	18	86	8	55	65	12	0	22	1.26
15125972--15126062	40	2.3	38	87	7	137	35	10	16	37	1.84
15125972--15126065	19	4.8	19	90	5	143	35	10	18	36	1.85
15133027--15133666	88	7.3	88	89	0	931	25	23	26	24	2.00
15133644--15133824	42	4.1	42	79	9	166	30	15	25	28	1.96
15134169--15134224	21	2.8	19	84	10	85	35	10	17	35	1.85
15136436--15136488	19	2.8	18	78	13	54	62	1	5	30	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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