genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  70731513

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   

This is table  46  of  222  ( 26535 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13712603--13712637	16	2.2	16	89	0	52	20	20	17	42	1.89
13716321--13716355	17	2.1	17	94	0	61	25	8	28	37	1.85
13738134--13738164	14	2.2	14	94	0	53	61	22	0	16	1.34
13740037--13740074	15	2.7	15	92	8	62	23	13	0	63	1.30
13740958--13740995	14	2.7	14	95	0	67	34	15	21	28	1.94
13741268--13741670	117	3.4	117	79	4	422	27	22	21	28	1.99
13754373--13754403	14	2.2	14	94	0	53	61	22	0	16	1.34
13756269--13756306	15	2.7	15	92	8	62	23	13	0	63	1.30
13757188--13757225	14	2.7	14	95	0	67	34	15	21	28	1.94
13757498--13757900	117	3.4	117	79	4	422	27	22	21	28	1.99
13757965--13758237	144	1.9	144	82	4	345	28	21	19	30	1.97
13771522--13771744	40	5.6	40	83	6	213	24	20	27	27	1.99
13771522--13771746	80	2.8	79	82	7	242	24	20	28	27	1.99
13771597--13771779	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
13771522--13771779	119	2.2	120	80	4	281	25	20	27	26	1.99
13774372--13774413	2	20.5	2	81	13	50	45	0	4	50	1.23
13776549--13776580	13	2.5	13	94	0	55	28	34	31	6	1.82
13777576--13777631	21	2.8	19	89	10	94	37	10	16	35	1.83
13777576--13777654	19	3.7	22	80	14	78	36	8	16	37	1.80
13777858--13777902	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
13778057--13778106	23	2.2	23	82	7	57	36	2	0	62	1.07
13778367--13778405	21	1.9	20	89	5	60	33	7	2	56	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13783568--13783618	9	5.4	9	83	6	57	80	13	1	3	0.94
13783568--13783644	20	3.9	19	81	6	59	77	10	2	9	1.07
13784942--13785269	44	7.9	44	80	14	403	24	18	27	28	1.98
13784916--13785265	78	4.4	78	77	19	371	24	19	27	28	1.98
13784942--13785265	122	2.7	122	92	1	535	24	19	27	29	1.98
13785145--13785506	44	8.2	44	74	7	173	29	18	24	27	1.98
13785142--13785479	88	3.8	88	69	9	224	29	18	24	27	1.98
13785194--13785601	176	2.3	176	88	3	597	30	18	23	26	1.98
13785280--13785568	88	3.3	88	67	12	241	30	19	23	25	1.98
13786256--13786313	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
13786515--13786559	23	2.0	23	86	0	63	24	0	13	62	1.31
13789520--13789565	22	2.0	23	84	12	60	39	0	21	39	1.54
13792577--13792619	14	3.0	14	86	10	52	0	25	2	72	0.97
13795653--13795738	25	3.5	24	76	12	84	24	23	19	32	1.98
13802013--13802072	25	2.4	25	85	0	93	20	31	20	28	1.97
13807882--13807953	36	2.0	36	91	5	119	30	20	8	40	1.82
13811021--13811071	11	4.6	11	77	0	57	21	9	5	62	1.47
13811030--13811080	22	2.3	22	86	0	75	23	5	5	64	1.38
13811048--13811084	14	2.6	14	86	0	56	24	2	5	67	1.25
13812098--13812141	8	5.5	8	88	0	70	84	0	0	15	0.63
13812090--13812151	21	3.0	21	81	4	56	77	4	0	17	0.94
13812098--13812160	21	2.8	21	83	9	63	77	3	0	19	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13814552--13814615	29	2.2	30	83	13	80	53	6	1	39	1.36
13816428--13816494	27	2.4	29	78	12	77	67	0	4	28	1.10
13819765--13819798	13	2.4	14	90	9	52	20	0	0	79	0.73
13820400--13820433	9	3.8	9	88	0	50	47	0	2	50	1.16
13822721--13822761	20	2.0	20	90	0	64	9	19	19	51	1.74
13827088--13827138	26	2.0	24	85	7	66	27	0	3	68	1.07
13826990--13827140	9	16.0	9	67	19	60	33	1	3	61	1.23
13837944--13837984	17	2.3	19	76	16	52	36	14	14	34	1.87
13844888--13845342	46	10.6	45	81	14	554	34	14	21	29	1.94
13844888--13845342	82	5.3	86	82	14	438	34	14	21	29	1.94
13844888--13845342	128	3.6	127	85	10	617	34	14	21	29	1.94
13846318--13846371	21	2.7	19	77	13	56	42	14	11	31	1.81
13851488--13851536	21	2.3	21	78	0	53	44	14	22	18	1.85
13851517--13851617	42	2.4	42	81	0	112	42	15	22	18	1.89
13853227--13853348	57	2.1	57	82	7	149	47	4	17	30	1.68
13856096--13856382	42	6.8	42	91	2	443	32	21	22	23	1.98
13856096--13856420	84	3.9	84	88	2	456	32	20	21	26	1.98
13856096--13856461	126	2.9	126	86	2	459	31	20	20	26	1.97
13856096--13856461	84	4.4	82	84	5	419	31	20	20	26	1.97
13856538--13856571	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
13856797--13856852	21	2.7	21	80	5	60	3	42	19	33	1.69
13861685--13861996	18	18.0	18	64	31	75	33	0	20	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13861685--13861996	7	36.0	9	63	33	75	33	0	20	45	1.56
13861730--13862006	25	11.1	25	85	9	361	33	0	19	46	1.56
13861772--13862006	120	1.9	121	93	3	402	33	0	19	45	1.56
13861730--13862006	51	5.5	51	85	9	410	33	0	19	46	1.56
13862074--13862186	35	3.1	35	67	16	104	37	7	1	53	1.41
13862043--13862188	73	2.0	73	98	0	283	40	6	1	51	1.37
13862338--13862408	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
13862337--13862408	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
13862413--13862711	17	16.6	17	70	23	161	42	1	11	43	1.51
13862380--13862720	57	6.5	57	75	20	375	44	2	10	42	1.51
13862430--13862540	44	2.7	40	86	10	177	44	1	10	43	1.50
13862397--13862699	101	3.0	100	94	4	533	44	1	10	42	1.50
13862531--13862637	40	2.7	40	94	2	189	43	1	11	42	1.51
13862380--13862688	97	3.1	97	93	4	521	44	2	10	42	1.51
13864054--13864093	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
13865518--13865547	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
13865683--13865883	71	2.8	71	95	1	350	49	18	5	25	1.70
13866189--13866235	22	2.1	22	96	0	85	40	23	8	27	1.83
13867342--13867396	22	2.6	21	76	2	56	40	34	1	23	1.66
13867376--13867446	14	5.0	14	69	16	56	40	35	1	22	1.63
13867683--13867888	113	1.8	115	84	2	290	28	23	18	29	1.98
13867798--13868331	227	2.5	210	84	9	721	27	20	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13867896--13868562	113	5.9	112	77	8	564	27	21	18	32	1.97
13867896--13868448	227	2.4	227	86	2	662	27	21	18	33	1.96
13872743--13872806	28	2.2	30	80	5	78	56	1	6	35	1.34
13882514--13882554	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
13885946--13885993	13	3.8	13	78	10	55	64	2	0	33	1.05
13890982--13891015	12	2.8	12	81	0	50	29	5	2	61	1.34
13891033--13891088	24	2.5	22	78	13	69	35	3	5	55	1.40
13891102--13891140	18	2.2	18	95	0	69	38	5	2	53	1.37
13900635--13901622	492	2.0	492	97	0	1868	31	17	22	28	1.96
13904782--13905142	45	8.0	45	77	7	340	28	17	26	27	1.97
13904782--13905102	91	3.6	90	85	5	409	29	16	26	27	1.97
13906894--13907525	44	14.3	44	80	4	702	30	13	23	32	1.93
13906894--13907414	133	3.9	132	91	1	713	30	13	23	32	1.93
13907424--13907554	44	3.0	44	70	13	115	31	14	22	31	1.94
13909991--13910134	40	3.5	40	69	12	128	26	21	21	30	1.98
13909989--13910171	85	2.2	85	97	0	348	26	20	20	31	1.98
13910116--13910230	61	1.9	61	98	0	221	25	19	19	36	1.94
13911711--13911761	3	17.0	3	76	8	50	29	1	3	64	1.22
13911779--13911837	23	2.5	24	77	2	75	33	3	5	57	1.37
13911812--13911868	30	1.9	30	92	0	96	35	3	5	56	1.39
13911850--13911888	18	2.2	18	95	0	69	38	5	2	53	1.37
13914413--13914571	41	3.7	42	77	11	121	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13915465--13915523	28	2.0	31	83	9	79	50	5	0	44	1.24
13916589--13916650	30	2.1	30	81	6	72	48	1	3	46	1.28
13917783--13918005	51	4.4	52	72	10	138	26	14	27	31	1.95
13926200--13926284	20	4.2	19	75	14	64	51	4	3	40	1.40
13926227--13926275	19	2.6	19	84	9	57	53	4	2	40	1.32
13926266--13926307	20	2.2	20	91	4	68	59	0	0	40	0.97
13926275--13926327	21	2.6	20	84	3	61	64	0	1	33	1.05
13926609--13926648	21	1.9	21	94	0	71	55	15	12	17	1.70
13929778--13929820	18	2.3	19	88	11	63	13	16	0	69	1.19
13933774--13933807	3	10.7	3	87	12	50	0	29	0	70	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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